Лекция_4_БИ_М_2014
.pdf
Praline
MUSCLE
ProbСons
TCoffee
MSA: Прогрессивные методы. выравнивание пяти низкогомологичных глобинов
* - полная идентичность
Ещё пара терминов……
Consensus Sequence
Мы можем вывести consensus sequence из результатов MSA.
The consensus sequence содержит наиболее часто встречающийся символ в каждой колонке выравнивания.
A T C T T G T
A A C T T G T 
A A C T T G T A A C T T C T
Где начинается трансляция? прокариоты
dnaN |
ACATTATCCGTTAGGAGGATAAAAATG |
gyrA |
GTGATACTTCAGGGAGGTTTTTTAATG |
serS |
TCAATAAAAAAAGGAGTGTTTCGCATG |
bofA |
CAAGCGAAGGAGATGAGAAGATTCATG |
csfB |
GCTAACTGTACGGAGGTGGAGAAGATG |
xpaC |
ATAGACACAGGAGTCGATTATCTCATG |
metS |
ACATTCTGATTAGGAGGTTTCAAGATG |
gcaD |
AAAAGGGATATTGGAGGCCAATAAATG |
spoVC |
TATGTGACTAAGGGAGGATTCGCCATG |
ftsH |
GCTTACTGTGGGAGGAGGTAAGGAATG |
pabB |
AAAGAAAATAGAGGAATGATACAAATG |
rplJ |
CAAGAATCTACAGGAGGTGTAACCATG |
tufA |
AAAGCTCTTAAGGAGGATTTTAGAATG |
rpsJ |
TGTAGGCGAAAAGGAGGGAAAATAATG |
rpoA |
CGTTTTGAAGGAGGGTTTTAAGTAATG |
rplM |
AGATCATTTAGGAGGGGAAATTCAATG |
Где начинается трансляция? прокариоты
dnaN |
ACATTATCCGTTAGGAGGATAAAAATG |
gyrA |
GTGATACTTCAGGGAGGTTTTTTAATG |
serS |
TCAATAAAAAAAGGAGTGTTTCGCATG |
bofA |
CAAGCGAAGGAGATGAGAAGATTCATG |
csfB |
GCTAACTGTACGGAGGTGGAGAAGATG |
xpaC |
ATAGACACAGGAGTCGATTATCTCATG |
metS |
ACATTCTGATTAGGAGGTTTCAAGATG |
gcaD |
AAAAGGGATATTGGAGGCCAATAAATG |
spoVC |
TATGTGACTAAGGGAGGATTCGCCATG |
ftsH |
GCTTACTGTGGGAGGAGGTAAGGAATG |
pabB |
AAAGAAAATAGAGGAATGATACAAATG |
rplJ |
CAAGAATCTACAGGAGGTGTAACCATG |
tufA |
AAAGCTCTTAAGGAGGATTTTAGAATG |
rpsJ |
TGTAGGCGAAAAGGAGGGAAAATAATG |
rpoA |
CGTTTTGAAGGAGGGTTTTAAGTAATG |
rplM |
AGATCATTTAGGAGGGGAAATTCAATG |
|
Последовательность Шайна-Дальгарно (SD) |
Профиль (Profile)
Также возможно вывести статистическую модель, описывающую MSA. Профиль содержит информацию о символах в каждом столбце выравнивания.
A T C T T G T
A A C T T G T
A A C T T C T
|
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
A |
1 |
0.67 |
0 |
0 |
. |
. |
T |
0 |
0.33 |
1 |
1 |
. |
. |
C |
0 |
0 |
0 |
0 |
. |
. |
G |
0 |
0 |
0 |
0 |
. |
. |
Profile vs. Consensus
Consensus: каждая позиция отражает наиболее часто встречающийся символ.
Profile: каждая позиция отражает частоту символа в данной позиции.