ПЦР. Материал для студентов / ПЦР. Список генов и праймеров
.docСПИСОК ЦЕЛЕВЫХ ГЕНОВ.
1) RUNX1 (runt-related transcription factor 1 isoform).
2) RUNX1T1 (acute myelogenous leukemia 1 translocation 1).
3) GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase).
4) INS (proinsulin precursor).
5) FURIN (furin preproprotein).
6) CPE (carboxypeptidase E preproprotein).
7) HSPA1B (heat shock 70 kDa protein 1B).
8) PDX1 (pancreatic and duodenal homeobox 1).
9) NEUROG3 (neurogenin 3).
10) PAX8 (paired box 8 isoform PAX8D).
11) AMOT (angiomotin isoform 1).
12) APL (apelin preproprotein).
13) MRO (maestro isoform d).
14) MUC15 (mucin 15 isoform b).
15) SOCS4 (suppressor of cytokine signaling 4).
16) PRTG (protogenin).
17) BCL2 (B-cell lymphoma protein 2 alpha isoform).
18) BAD (BCL2-associated agonist of cell death).
19) PARP1 (poly (ADP-ribose) polymerase family, member 1).
20) DFFA (DNA fragmentation factor, 45kDa, alpha).
КРАТКАЯ
характеристика праймеров, предназначенных для амплификации комплементарной ДНК целевых генов.
|
Ген |
Название праймера |
Сиквенс праймера, 5’3’ |
Tm праймера, oC |
Концентрация праймера, мкМ |
Размер ампликона, п.о. |
|
RUNX1 (exon 5–exon 7) |
RUNX1-exon 5_FP |
AATGACCTCAGGTTTGTCGG |
+61,3 |
13,2 |
174 |
|
RUNX1-exon 7_RP |
GGGCTTGGTCTGATCATCTAG |
+61,0 |
10,5 |
||
|
RUNX1T1 (exon 8a–exon 9) |
RUNX1T1-exon 8a_FP |
AAGGTAGCATCTGCCTAAGC |
+60,6 |
11,5 |
687 |
|
RUNX1T1-exon 9_RP |
AGAACGAGGGTGCGAACTC |
+63,2 |
8,8 |
||
|
RUNX1/RUNX1T1 (exon 6–exon 8b) |
RUNX1-exon 6_FP |
AAAAGCTTCACTCTGACCATCA |
+61,1 |
10,0 |
224 |
|
RUNX1T1-exon 8b_RP |
GAACTGGTTCTTGGAGCTCCT |
+63,1 |
10,0 |
||
|
GAPDH |
GAPDH_F/v.03 |
GCTGAGTACGTCGTGGAGTC |
+63,7 |
6,2 |
142 |
|
GAPDH_R/v.03 |
TCTCATGGTTCACACCCA |
+59,2 |
10,6 |
||
|
INS |
INS(A)_F |
GGGGAACGAGGCTTCTTCTA |
+60,7 |
7,2 |
151 |
|
INS(A)_R |
GTTCCACAATGCCACGCT |
+60,7 |
7,0 |
||
|
FURIN |
Fur_F |
GTCTCCATTCTGGACGATG |
+59,7 |
7,3 |
138 |
|
Fur_R |
GTGCCTGTTGTCATTCATCT |
+59,2 |
7,8 |
||
|
CPE |
CPE_F |
GAGATCACCGTGGAGCTTA |
+59,5 |
5,7 |
142 |
|
CPE_R |
CTTGAAGGTCTCGGACAAAT |
+59,8 |
9,9 |
||
|
HSPA1A |
hspA1A_FP |
CGGATCCAGTGTTCCGTTTCCAG |
+65,8 |
6,5 |
369 |
|
hspA1A_RP |
GGGCTTGTCTCCGTCGTTGAT |
+65,2 |
7,9 |
КРАТКАЯ
характеристика праймеров, предназначенных для амплификации целевых участков геномной ДНК.
|
Ген |
Название праймера |
Сиквенс праймера, 5’3’ |
Tm праймера, oC |
Концентрация праймера, мкМ |
Размер ампликона, п.о. |
|
GAPDH |
GAPDH_F/v.02 |
GTCTCTGTCCCTTTTGTAGGAG |
+61,2 |
|
116 |
|
GAPDH_R/v.02 |
AAACGCTTGTACACTCAGCA |
+60,9 |
|
||
|
HSPA1A |
hspA1A_FP-01 |
CGGATCCAGTGTTCCGTTTCCAG |
+65,8 |
6,5 |
369 |
|
hspA1A_RP-01 |
GGGCTTGTCTCCGTCGTTGAT |
+65,2 |
7,9 |