04-06-2014_12-07-43 / ChemDraw
.pdfНазва пункту |
"Гаряча" |
Призначення |
|
клавіша |
|||
|
|
||
|
|
кож і назв атомів необхідно додатково відмітити |
|
|
|
опцію "Rotate Atom Labels" |
|
|
|
Виклик панелі змінювання розміру об’єкту. Мож- |
|
|
|
ливі варіанти: |
|
|
|
∙ Scale Selected objects so that median bond is |
|
|
|
Fixed Length – встановити середню довжину |
|
|
|
зв’язку відповідно до вказаної в меню |
|
|
|
File→Drawing Settings→ Fixed Length |
|
|
|
∙ Scale Selected objects so that median bond is |
|
Scale |
Ctrl+K |
– встановити середню довжину зв’язку відпо- |
|
відно до необхідної довжини |
|||
|
|
||
|
|
∙ Scale by – виконати масштабування об’єкту |
|
|
|
відповідно до вказаного в полі вводу відсотка |
|
|
|
вихідного розміру. Максимальне збільшення |
|
|
|
об’єкта обмежене розмірами сторінки. |
|
|
|
При необхідності зміни розміру також і назв атомів |
|
|
|
необхідно додатково відмітити опцію "Scale Atom |
|
|
|
Labels". |
При вирівнюванні (Align) або розподіленні (Distribute) об’єктів для вказання необхідних достатньо виділити частини об’єктів, оскільки дані дії впливають цілком на весь об’єкт.
Для виклику панелей повороту (Rotate) або масштабування (Scale) можна також подвійно клацнути на відповідному маркері зони виділення.
При переміщенні виділених об’єктів на передній або задній план майте на увазі, що ChemDraw підтримує тільки три шари у документі, порядок слідування яких від заднього плану до переднього є фіксованим: шар імпортованих зображень, шар графічних об’єктів ChemDraw, текстовий шар. Переміщення відповідних об’єктів відбувається тільки в межах свого шару. Наприклад, імпортоване зображення не може перекрити структурну формулу, оскільки завжди знаходиться на самому задньому плані.
Імпортоване зображення – це будь-яке графічне зображення вставлене в документ ChemDraw з іншої програми (молекулярна модель з HyperChem, діаграма Excel, тощо) за допомогою вставки з буферу обміну. Графічний об’єкт ChemDraw – будь-який об’єкт створений в ChemDraw, за винятком тексту. Текст, який включає як назви та заголовки формул, так і назви атомів, завжди знаходиться на передньому плані.
Меню Structure (Структура)
Команди цього меню призначені для керування об’єктами програми як хімічними сполуками – описання властивостей об’єктів, елементний аналіз, розрахунки фізико-хімічних властивостей, тощо.
19
Назва пункту |
Призначення |
|
Atom Properties |
Панель описання властивостей виділених атомів |
|
Bond Properties |
Панель описання властивостей виділених зв’язків |
|
|
Дозволяє визначити брутто-формулу за структурною фор- |
|
|
мулою, розрахувати точну масу, молекулярну вагу, елемен- |
|
Analyze Structure |
тний склад виділеного об’єкта. Вибрані параметри можна |
|
внести в документ за допомогою кнопки Paste. Перед аналі- |
||
|
зом автоматично виконується перевірка структури на ко- |
|
|
ректність. |
|
|
Перевірка структури на коректність з точки зору витримки |
|
|
валентностей атомів. При виявленні атому з невірною |
|
|
валентністю на екран виводиться вікно із зображенням фо- |
|
Check Structure |
рмули, що перевіряється, на якій помилка помічається |
|
|
інверсним кольором. Помилку можна ігнорувати (Ignore чи |
|
|
Ignore All) або зупинити перевірку (Stop) для її виправлен- |
|
|
ня. |
|
Clean Up Structure |
Упорядкування виділеного об’єкта шляхом вирівнювання |
|
|
довжин зв’язків, кутів між зв’язками. |
|
|
Перетворення псевдонімів функціональних груп у виділе- |
|
Expand Label |
них об’єктах в структурні формули із створенням упоряд- |
|
|
кованої структури (див. File→List Nicknames). |
|
Add Multi-Center |
Створення багатоцентрової точки приєднання, яка дозволяє |
|
Attachment |
рисувати хімічно вірні багатошарові формули, такі, як, на- |
|
приклад, ферроцен. |
||
|
||
Add Variable |
Створення змінної точки приєднання для рисування струк- |
|
турних формул позиційних ізомерів із застосуванням ско- |
||
Attachment |
||
роченого запису без втрачання хімічного змісту. |
||
|
||
Map Reaction |
Автоматичне створення карти реакції. Підтримуються тіль- |
|
Atoms |
ки одностадійні реакції. |
|
Clear Reaction |
Видалення карти реакції. |
|
Map |
||
|
||
Define Nickname |
Визначення псевдоніму для виділеної функціональної гру- |
|
пи. |
||
|
Команди Atom Properties, Bond Properties, Map Reaction Atoms та Clear Reaction Map призначені для створення запитів до баз даних по хімічним структурам та хімічним реакціям.
В розширених версіях ChemDraw крім аналізу структури (меню Analyze), також розраховується ряд фізичних та термодинамічних властивостей сполук (закладка Properties), а саме:
Назва |
Властивість |
|
Log(P) |
Розрахунковий коефіцієнт розподілення в системі |
|
н-октанол– вода. |
||
|
||
MR |
Розрахунковий індекс мольної рефракції. |
|
Henry's Law |
Логарифм газової константи Генрі |
|
|
20 |
Назва |
Властивість |
|
|
Boiling Point |
Розрахункова температура кипіння (в Кельвінах при 1 атм.) |
||
Melting Point |
Розрахункова температура плавлення (в Кельвінах при 1 |
||
атм.) |
|
||
|
|
||
Critical |
Розрахункова критична температура (в Кельвінах). |
||
Temperature |
|||
|
|
||
Critical Pressure |
Розрахунковий критичний тиск (в барах) |
|
|
Critical Volume |
Розрахунковий критичний об’єм речовини (см3/моль) |
||
Heat of Formation |
Розрахункова теплота утворення (в кДж/моль, |
в нормаль- |
|
|
них умовах) |
|
|
Gibbs Energy |
Розрахункова енергія Гібса (в кДж/моль, в |
нормальних |
|
умовах) |
|
||
|
|
Для отримання деталей розрахунків властивостей можна натиснути кнопку Report. У звіт про розрахунки, крім зазначених даних, також включаються відомості про методи розрахунку, посилання на відповідні літературні джерела, тощо.
Меню Text (Текст)
В ChemDraw розрізнюється два види тексту – текст назв (Caption Text) та текст формул (Atom Label). Для визначення позиції де буде текст і подальшого вводу, застосовується інструмент "Текст" панелі графічних інструментів
ChemDraw.
Для створення тексту формули необхідно вибрати інструмент "Текст" та клацнути на необхідному атомі у формулі, крім того, під час рисування зв’язків для вводу тексту як частини формули, можна також виконати подвійне клацання в необхідному місці не змінюючи при цьому інструмента "Зв’язок". До такого тексту автоматично застосовується стиль Formula, в якому всі цифри вважаються нижнім індексом, текст формул автоматично вирівнюється таким чином, щоб лінія зв’язку йшла від атома, який введений першим. Для створення тесту назв необхідно вибрати інструмент "Текст" та клацнути будь-де поза формулою.
Незалежно від типу тексту в позиції вводу відображається прямокутник, який вказує границі поля вводу тексту. На правому боці прямокутника знаходиться маркер зміни розміру поля вводу, перетягування якого приводить до зменшення чи збільшення поля, причому текст автоматично переноситься по рядкам, щоб максимально заповнити поле вводу.
Параметри за умовчанням для тексту назв і тексту формул визначаються в меню File→Caption Text Settings та File→Label Text Settings відповідно.
Меню Text дозволяє перевизначити параметри тексту, який буде вводитись, або виділеного тексту, проте основні параметри тексту – шрифт, розмір, начертання, стиль – простіше змінювати за допомогою кнопок управління текстом стандартної панелі інструментів (див. "Панелі інструментів програми ChemDraw") або відповідних "гарячих клавіш". Звернемо увагу на те, що для вводу кириличних текстів необхідно вибирати шрифти із суфіксом Cyr – Arial Cyr, Times New Roman Cyr, тощо. Колір тексту або його частини визначається за допомогою ме-
ню Color.
21
Назва пункту |
|
Призначення |
||
Format |
Виклик панелі визначення формату тексту (див. рис. 4). |
|||
Font |
Дозволяє вибрати один з десяти нещодавно використаних |
|||
шрифтів або визначити інший. |
||||
|
||||
Style |
Виклик меню визначення стилю та начертання тексту (див. |
|||
далі). |
|
|
||
|
|
|
||
|
Вибір необхідного розміру шрифту із фіксованого списку |
|||
Size |
доступних розмірів або визначення іншого. Розмір літер |
|||
може становити від 1 до 999 пунктів (1 пункт=1/72"≈0.35 |
||||
|
||||
|
мм). |
|
|
|
Flush Left |
Вирівнювання тексту по лівому краю. |
|||
Centered |
Вирівнювання тексту по центру. |
|||
Flush Right |
Вирівнювання тексту по правому краю. |
|||
Justified |
Тільки для тексту назв – вирівнювання тексту по ширині. |
|||
|
Тільки для тексту формул – |
створення багаторядкових на- |
||
Stacked Above |
зв атомів чи функціональних груп. Для переводу рядка на- |
|||
тиснути Ctrl+Enter (див. File→Preferences). Зв’язок рису- |
||||
|
ється до крайнього лівого атома у нижньому рядку. |
|||
Automatic |
Тільки для тексту формул – |
автоматичне визначення по- |
||
ложення тексту формули в |
залежності від положення |
|||
|
зв’язку, для якого створюється текст. |
|||
|
Визначення міжрядкової відстані в тексті. Варіанти: |
|||
|
∙ |
Automatic – відстань визначається розміром найви- |
||
|
∙ |
щої літери всього тексту і є однаковою для всіх рядків |
||
Line Spacing |
Variable – відстань визначається розміром найвищої |
|||
|
літери рядка і може бути змінною в різних рядках |
|||
|
∙ |
|||
|
Fixed at – відстань дорівнює вказаному в полі вводу |
|||
|
|
значенню. Одиниці виміру задаються в меню File → |
||
|
|
Preferences→Unit |
|
Для тексту програма ChemDraw підтримує наступні начертання та стилі
(підменю Text→Style):
Назва пункту |
"Гаряча" |
Призначення |
|
клавіша |
|||
|
|
||
Plain |
Ctrl+T |
Звичайне начертання тексту |
|
Bold |
Ctrl+B |
Напівжирний текст |
|
Italic |
Ctrl+I |
Курсивний текст |
|
Underline |
Ctrl+U |
Підкреслений текст |
|
Subscript |
F9 |
Стиль "Верхній індекс" |
|
Superscript |
F10 |
Стиль "Нижній індекс" |
|
Formula |
Ctrl+F |
Стиль "Формула", в якому всі цифри вважаються |
|
|
|
нижнім індексом. |
22
Меню Curves (Криві)
Меню визначає параметри кривих, а команди цього меню активні тільки коли виділена крива, створена за допомогою інструмента "Перо" панелі графічних інструментів ChemDraw. До однієї кривої можна одночасно застосовувати декілька параметрів, якщо вони не виключають один одного. Встановлення чи змінювання параметрів цього меню впливає також на всі криві, які будуть далі створюватись. Параметри рисування кривих – товщина ліній, довжина штриху, тощо, визначаються в меню File→Drawing Settings, колір виділеної кривої – в меню Color
(див.).
Назва пункту |
Призначення |
Plain |
Звичайна лінія. |
Dashed |
Пунктирна лінія. |
Bold |
Напівжирна лінія. |
Arrow at Start |
Стрілка на початку лінії. |
Arrow at End |
Стрілка наприкінці лінії. |
Half Arrow at Start |
Напівстрілка на початку лінії. |
Half Arrow at End |
Напівстрілка наприкінці лінії. |
Closed |
Закрита лінія – початок і кінець автоматично з’єднується. |
Filled |
Створення на основі кривої області із суцільною заливкою |
Меню Color (Колір)
Дане меню містить палітру кольорів, доступних для визначення кольору виділених об’єктів або тексту. Для рисування чи вводу тексту використовується колір рисування за умовчанням (Foreground Color), який разом з фоном документа (BackGround Color) і додатковими кольорами (Other Colors) визначається або змінюється в меню File→ Color Palette. Панель Color Palette визначає всі кольори, доступні в меню Color – колір рисування, фоновий колір та до 20 додаткових кольорів.
Для змінювання кольору виділеного об’єкта достатньо вибрати необхідний колір із списку. Якщо виділений об’єкт чи об’єкти містять декілька кольорів, то в меню Color ці кольори позначаються маркерами.
Меню Window (Вікно)
Містить команди управління розташуванням вікон документів та список усіх відкритих документів. Вибір документу із списку переводить вікно документа на передній план.
Назва пункту |
Призначення |
|
Cascade |
Впорядковує вікна накладанням одного на інше таким чи- |
|
ном, щоб було видно тільки заголовки вікон заднього плану. |
||
|
||
Tile Horizontal |
Розташовує всі вікна одне над одним по вертикалі, встанов- |
|
лює для вікон однаковий розмір. |
||
|
||
Tile Vertical |
Розташовує всі вікна одне поряд з одним по горизонталі, |
|
встановлює для вікон однаковий розмір. |
||
|
||
Arrange Icons |
Впорядковує значки згорнутих вікон розташовуючи в лінію в |
|
нижньому рядку вікна програми. |
||
|
||
|
23 |
Меню Help (Допомога)
Містить команди доступу до довідкової системи програми CS ChemDraw.
Назва пункту |
"Гаряча" |
Призначення |
|
клавіша |
|||
|
|
||
Contents |
F1 |
Зміст довідки для пошуку по темі. |
|
Help Mode |
Shift+F1 |
Контекстна допомога по вибраному меню або |
|
|
|
панелі інструментів. |
|
Search for Help on |
|
Пошук довідки за ключовими словами. |
|
How to Use Help |
|
Довідка по користуванню довідковою системою. |
|
Getting Started |
|
Приклади використання ChemDraw для створен- |
|
|
ня структурних формул, схем, тощо. |
||
|
|
||
What’s New |
|
Нові можливості даної версії програми. |
|
About ChemDraw |
|
Інформація про розробників програми. |
В режимі Help Mode вказівник "миші" набуває наступного вигляду:, після чого вибір пункту меню чи кнопки приводить до виводу короткої довідки по відповідному елементу.
24
Створення хімічних формул у ChemDraw
В даному розділі ми розглянемо як за допомогою програми ChemDraw можна вирішувати найпоширеніші задачі відображення хімічних формул, схем, тощо. Звертаємо увагу, що оскільки програма автоматично враховує валентності атомів, при рисуванні зв’язків треба керуватися простим правилом – рисувати від вже існуючого атома (зв’язку). Індикатором вибору атома чи зв’язку є поява поля виділення (див. File→Preferences→Tolerance) при наведенні вказівника миші на відповідний елемент зображення.
В залежності від задачі, яку ставить перед собою хімік, запуск програми можна робити по-різному. Якщо передбачається, що друк структури, сама структура, тощо, буде виконуватись чи використовуватись в межах пакету ChemOffice, то для запуску програми краще застосувати головне меню операційної системи:
Пуск→Програми→CS ChemOffice→CS ChemDraw. Така дія приведе до запус-
ку програми і автоматичному створенню нового документа на основі шаблона, який використовується за умовчанням (див. Меню Файл (File)). Для збереження документу після роботи треба буде використати команди File→Save або
File→Save As.
Якщо хімічну структуру треба вбудувати в документ іншої програми, наприклад Word, то це можна зробити за допомогою копіювання та вставки через буфер обміну або за допомогою команд вбудовування об’єктів відповідної про-
грами (для Word: Вставка→Объект→CS ChemDraw Drawing).
У першому випадку треба запустити програму ChemDraw, нарисувати потрібний об’єкт, скопіювати чи вирізати його в буфер обміну (Edit→Copy або Edit→Cut відповідно), потім переключитися на необхідний документ і застосувати команду вставки з буферу обміну відповідної програми (для Word: Правка→Вставить або Ctrl+V). У другому випадку автоматично викликається програма ChemDraw, а після завершення редагування для внесення змін у цільовий документ треба використати відповідну команду меню File (див. Меню Файл (File)). Занотуйте, що і в даному випадку для визначення параметрів рисування програма використовує шаблон за умовчанням. Для редагування вже вбудованих об’єктів програма ChemDraw викликається згідно з документацією по програмі, в документ якої був вбудований об’єкт.
Рисування схем реакцій
Наприклад, для використання в якості демонстративного матеріала необхідно створити наступну схему реакції:
2-пропанон |
4-гидрокси-4-метил-2-пентанон |
2 моля |
1 моль |
25
Послідовність дій, яка приведе до виконання поставленої задачі, може бути наступна:
1.Запустити ChemDraw.
2.Встановити фіксовані довжини зв’язків та фіксований кут повороту за допомогою меню Tools→Fixed Length (Fixed Angles). Зверніть увагу – встановлення цих параметрів дозволяє створювати формули з однаковими еле-
ментами, що приводить до кращого естетичного вигляду рисунка. Довжина зв’язку визначається в меню File→Drawing Settings→Fixed Length.
3.Створити "базовий" зв’язок, від якого будуть створюватись всі інші елементи. Ця операція завжди виконується на початку рисування нового об’єкту.
∙Клацнути на інструменті "Суцільна лінія зв’язку"
∙Навести вказівник миші в будь-яке місце документу, при цьому вказівник набуває вигляду перехрестя (+), та натиснути ліву кнопку "миші"
∙Перетягнути вказівник діагонально вгору-вправо під кутом 30о (тут і далі пунктирною стрілкою вказується напрям перетягування):
Під час перетягування слідкуйте за повідомленням у лівому кутку рядка статусу вікна програми (рис. 1), яке відображує поточну довжину лінії та кут повороту. Коли кут буде дорівнювати заданій величині відпустити кнопку.
4.Додати другий зв’язок:
∙Навести вказівник на правий атом зв’язку – повинно з’явитися поле виділення:
∙Клацнути лівою кнопкою для додавання лінії:
Занотуйте, що лінія з’являється під кутом, який визначений в меню
File→ Drawing Settings→Chain Angle (звичайно 120о). Якщо нарисува-
ти зв’язок під таким кутом неможливо, автоматично застосовується менший кут.
5.Додати третій зв’язок:
∙Не зсуваючи вказівник з виділеного атому ще раз клацнути лівою кнопкою "миші"
26
6.Перетворити одинарний зв’язок на подвійний. Для цього необхідно навести вказівник на центральний атом структури натиснути ліву кнопку "миші" і перетягти вказівник як показано на наступному рисунку:
7.Додати назву атому:
∙Навести вказівник "миші" на атом як показано на рисунку
∙Двічі клацнути лівою кнопкою "миші", після чого з’явиться поле вводу тексту. Зверніть увагу, що для такого тексту автоматично застосовується стиль "Формула"
∙Надрукуйте літеру О
∙Закрийте поле вводу тексту, для чого необхідно клацнути будь-де поза формулою, або вибрати інший інструмент
8.Скопіювати структуру (для спрощення подальших дій):
∙Вибрати інструмент "Ласо". Зверніть увагу, що останній нарисований елемент виділяється автоматично
∙Навести вказівник в середину прямокутника виділення (вказівник набуває вигляду руки)
27
∙Натиснути кнопку Ctrl, на вказівнику додатково з’являється символ +, який означає, що включено режим копіювання виділеного об’єкту
∙Не відпускаючи кнопки Ctrl перетягти прямокутник виділення разом з копією об’єкту вправо на необхідну відстань
Занотуйте, якщо об’єкт необхідно пересувати точно горизонтально або вертикально, перетягування виконується при натисненій кнопці Alt. При копіюванні пертягуванням (як показано вище) треба натиснути кнопки Ctrl та Alt одночасно.
9.Змінити скопійовану структуру
∙Клацнути на інструменті "Суцільна лінія зв’язку"
∙Навести вказівник "миші" на атом як показано на рисунку та клацнути лівою кнопкою
10.Додати декілька зв’язків до атома
∙Навести вказівник "миші" на атом як показано на рисунку
∙Клацнути лівою кнопкою послідовно три рази з паузою між клацаннями.Якщо цю дію виконувати швидко, то ця дія може бути сприйнята програмою як подвійне або потрійне клацання, що приведе до появи поля вводу тексту або повтору останньої назви атому відповідно. Якщо дія виконана вірно, об’єкт буде таким:
11.Пересунути зв’язок
28