Добавил:
Sekretar
kiopkiopkiop18@yandex.ru
t.me/Prokururor I Вовсе не секретарь, но почту проверяю
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз:
Предмет:
Файл:Ординатура / Хирургия / Библиотека им академика М.И. Перельмана / Книга_2994_Библиотеки_им_академика_М_И_Перельмана
.pdf
341
Рисунок Г.1 – Экспрессия генов LAMB3, G0S2, CAMK1G, HSD11B1, C1orf74 регулируемых с помощью варианта rs11590807 в тканях,
затронутых патологическими процессами при бронхиальной астме и гипертонической болезни. Использованы данные портала GTeX (запрос к
источнику 15.02.2022)
342
ПРИЛОЖЕНИЕ Д
Таблица Д.1 - Последовательности праймеров, проб и условия генотипирования вариантов
генов для дистропии бронхиальной астмы и туберкулеза
SNP (ген)
Структура праймеров
5’→3’
Фермент
Продукты рестрикции, п.о.
1
2
3
4
rs17880053
(IFNGR2)
F: atgtccctcccttcttcaccgtat
R: tgtggaagtcaggcaaggattatg
Msp20 I
W: 293
M (G): 194+99
rs2069705
(IFNG)
F: attatcaagccagttttacagg
R: gattctttctcctcctttgtaa
Hpa I
C: 265
T: 186+79
rs16967593
(STAT5B)
F: ttttggaatgtttgcccttc
R: atggcattcaggttgcgtag
Aat II
Т: 271
А: 193+78
rs3760903
(PIASY/
PIAS4)
F: ggctgcagtttacatacccc
R: cagaagccaggtgtcctcga
Bst4CI
G: 260
A: 159+101
rs11652969
(TBX21)
F: tgcctgtagtcaaggagaatctct
R: tgaagaaactgacgctccg
BssT1 I
G: 242
А: 201+41
rs6737848
(SOCS5)
F: cggtttacaaaatgaaagctga
R: gacgaatagtaaaattcaaggaca
BstDE I
G: 204
C: 132+72
rs12756687
(PIAS3)
F: tgaaccctgacctgaaaacc
R: cctcctgggaacaggatagg
Bst2UI
G: 176+21+5
C:111+65+21+5
rs10905277
(GATA3)
F: gttgttgccactccagcaact
R: ggaggggtcgtttagcaaag
Rsa I
A: 234
G: 179+55
rs1800872
(IL10)
F: ggtcatggtgagcactacct
R: aaaaagttgatttcctgggg
Rsa I
C: 493
A: 311+182
rs16944
(IL1B)
F: gccctccctgtctgtattga
R: tggctagggtaacagcacct
Ama87 I
А: 222
G: 166+56
rs4073
(IL8)
F: cttgttctaacacctgccactc
R: ggcaaacctgagtcatcaca
Mfe I
T: 222
А: 141+81
rs525891
(TNFRSF1B)
F: catggaagctctttccttgc
R: gttttgtctgccctgctctc
Hpy188III
T: 347
А: 280+67
rs603151*
(TNFRSF1B)
F: tcctcctctcggctctctct
R: ccacctctgctgtctgcatc
FAM:tggttacttgcttgtcgttccaccc
HEX: tggttacttgcttgtccttccaccc
-
-
343
Продолжение Таблицы Д.1
1
2
3
4
rs652625*
(TNFRSF1B)
F: gtggaagcaggggacaatagt
R: tgggacctaagcctggga
FAM: tcaagaccaatgggaccaacagactgt
HEX: tcaagaccaatgggtccaacagactgt
-
-
rs1800629*
(TNF)
F: gaaatggaggcaataggttttgag
R: ggccactgactgatttgtgtgtag
FAM: ccgtcctcatgcc
ROX: ccgtccccatgcc
-
-
rs2239704*
(TNFB (LTA))
F: aaaccaaacccaccaaggc
R: tctcctgccccatctcctt
FAM: ctaccgcccagcagtgtcctgc
HEX: ctaccgccccgcagtgtcctgc
-
-
rs56061981
(CXCL10)
F: gcagatactgtctcagaacctggta
R: tgtcaccatctctcattttgattgt
Xba I
G: 499
А: 325+174
rs4386624*
(CXCL10)
F: gtaggaactccatcattaaagcaga
R: tctacctcacctccctctctttt
FAM: tctagcaaattgcatttaccccaagcaa
HEX: tctagcaaattccatttaccccaagcaa
-
-
rs4256246*
(CXCL10)
F: gagacagaccttgggaaagtagc
R: tgccacgattcatcatcca
FAM: tggagctgaaccccatcgtaaatcaac
HEX: tggagctgaacctcatcgtaaatcaac
-
-
rs2069832**
(IL6)
F: atcctttgctggtgtcagg
R: ttttccagaaaggaaaggaa
-
-
rs2276631*
(SLC11A1)
F: actttgaatcccgccacg
R: ctgccaccatccctataccc
FAM: catgagaaagccaggccccg
ROX:catgaggaagccaggccccg
-
-
rs2695343*
(SLC11A1)
F: tcacactcctccctgggtct
R: gccctcttcacactgtccact
FAM: tcaacatcaggactgcaaacccttgt
HEX: tcaacatcagggctgcaaacccttgt
-
-
Примечание. *ПЦР в режиме реального времени с использованием TaqMan-зондов; ** Анализ
кривых плавления высокого разрешения.
344
Таблица Д.2 – Последовательности праймеров и проб, используемые для анализа экспрессии
генов
Ген
Последовательность праймеров и проб
GAPDH- F
5'-GCCAGCCGAGCCACATC-3'
GAPDH- R
5'-GGCAACAATATCCACTTTACCAGA-3'
GAPDH- Z
FAM -5`-CGCCCAATACGACCAAATCCG-BHQ1
ACTB- F
5'-GAGAAGATGACCCAGATCATGTT-3'
ACTB- R
5'-ATAGCACAGCCTGGATAGCAA-3'
ACTB- Z
FAM -5`-AGACCTTCAACACCCCAGCCAT-BHQ1
TNF- F
5`- CTCTCTCTAATCAGCCCTCTGG - 3`
TNF- R
5`- TACAACATGGGCTACAGGCTT - 3`
TNF- Z
FAM -5`-CCCAGGCAGTCAGATCATCTTCTCGA - 3`-BHQ1
LTA - F
5’- AAACCTGCTGCTCACCTCAT -3’
LTA - R
5’- GACCAGGAGAGAATTGTTGCTC 3’
LTA - Z
FAM - 5’- CGTGCCTTCCTCCAGGATGGTT -3’-BHQ1
TNFRSF1B- F
5’- CAGTGCGTTGGACAGAAGG -3’
TNFRSF1B- R
5’- CTGTGGTCAGAGCTGCTACA -3’
TNFRSF1B- Z
FAM - 5’- CTCAGATTCTTCCCCTGGTGGC -3’-BHQ1
CXCL10- F
5’- CTCCAGTCTCAGCACCATGA -3’
CXCL10- R
5’- ATGCAGGTACAGCGTACAGT -3’
CXCL10 - Z
FAM - 5’- ATTCTGATTTGCTGCCTTATCTTT -3’-BHQ1
345
Таблица Д.3 – Ассоциации SNPs в общих для бронхиальной астмы и туберкулеза генах,
выявленных с помощью анализа генных сетей
Ген
SNPs,
ассоциированные с
бронхиальной
астмой
SNPs,
ассоциированные с
туберкулезом
Источник
1
2
3
4
IL2
(4q26-q27)
rs2069762
rs2069762
[Chen, Ma, 2020; Selvaraj et al.,
2008; Christensen et al., 2006]
IL8
(4q13-q21)
rs2227306
rs2227538
rs4073
[Chen, Ma, 2020; Charrad et al.,
2017; de Wit et al. 2011; Puthothu
et al., 2006]
IL10
(1q31-q32)
rs1800871
rs1800872
rs1800896
rs3024490
rs4844553
rs1800896
rs1800871
rs1800872
rs1800896
[Chen, Ma, 2020; Yu et al., 2018;
Chatterjee et al., 2005; Shin et al.,
2005]
IL12В
(5q31.1-q33.1)
rs3212227
rs17860508
rs3212227
rs17860508
rs10631390
VNTR (TG-TA)
n
[Chen et al., 2011; Tso et al., 2004;
Hirota et al., 2005]
TNFA (6p21.3)
rs1800629
rs1800629
[MacIntyre et al., 2014; Yang et al.,
2014; Wang et al., 2012]
IFNG (12q14)
rs1861494
rs2430561
rs1861494
rs2069718
[Wu et al., 2019; Lee et al., 2015;
Kumar, Ghosh, 2008]
HLA-DQB1
(6p21.3)
rs1063355
Asp57
[Li et al., 2010; Delgado et al.,
2006]
HLA- DRB1
(6p21.3)
HLA-DRB1* 03
HLA-DRB1*1101
HLA-DRB1*1202
DRB1*1302
HLA-DRB1*0803
[Yuliwulandari et al., 2010;
Munthe-Kaas et al., 2007; Lombard
et al., 2006; Kim et al., 2005]
CCL2 (17q11.2-
q12)
rs1024611
rs1024611
rs2857656
rs13306750
[Patarčić et al., 2015; Intemann et
al., 2011; Szalai et al., 2001]
IL1B (2q14)
rs16944
rs16944
[Zeyrek et al., 2008; Awomoyi et
al., 2005]
IL4 (5q31.1)
rs2243250
rs2070874
rs2243250
[Chen, Ma, 2020; Klaassen et al.,
2015; Nie et al., 2013]
IL6 (7p21)
rs1800797
rs1800796
[Lajunen et al., 2016; Zhang et al.,
2012]
CXCL10 (4q21)
-
rs56061981
[Tang et al., 2009]
SPP1 (4q22.1)
rs1126616
rs1126772
rs9138
-
[Arjomandi et al., 2011]
346
Продолжение Таблицы Д.3
1
2
3
4
VDR (12q13.11)
rs2228570
rs1544410
rs731236
rs7975232
rs2228570
rs1544410
rs731236
[Makoui et al., 2020; Wang et al.,
2019]
SLC11A1
(2q35)
-
rs17235409,
1729+del4,
rs3731865,
rs34448891
[Yuan et al., 2017; Meilang et al.,
2012]
TNFRSF1B
(1p36.3-p36.2)
-
rs1061624
rs3397
[Mokrousov et al., 2011; Möller et
al., 2010]
БЛАГОДАРНОСТИ
Выражаю искреннюю признательность своему научному консультанту,
доктору медицинских наук, профессору, академику РАН Валерию Павловичу
Пузыреву за чуткое и внимательное отношение, помощь и всестороннюю
поддержку в выполнении исследования феномо-геномных связей между
болезнями многофакторной природы. Валерий Павлович, огромное спасибо за
Ваше бесконечное терпение и безграничную мудрость!
Выражаю отдельную благодарность сотрудникам Сибирского
государственного медицинского университета, Областной детской больницы
(г. Томск), Областной клинической туберкулезной больницы и Областного
противотуберкулезного диспансера (г. Томск), туберкулезного отделения
Областной психиатрической больницы (г. Томск), а также сотрудникам
лечебно-профилактических учреждений г. Иркутска за тяжелую и
кропотливую работу с пациентами, тщательно собранный анамнез, описание
клинических данных и сбор материала, которые были использованы в
настоящем исследовании. В результате многолетнего плодотворного
сотрудничества благодаря участию врачей в исследовании был получен
колоссальный опыт и приобретены важные для исследования знания.
Также благодарю всех участников исследовании, кто согласился пройти
обследование и сдать биологический материал на благо науки, без вашего
участия это было бы невозможным.
Отдельная благодарность коллегам из ИЦиГ СО РАН, г. Новосибирск
(лаборатория компьютерной протеомики, зав. лабораторией – канд. биол. наук
В. А. Иванисенко) и Билефельдского университета, г. Билефельд, Германия
(отдел биоинформатики и медицинской информатики, руководитель –
профессор, доктор наук Р. Хофештадт) за неоценимую помощь в проведении
биоинформатического этапа исследования.
Глубоко признательна руководителю (д-ру мед. наук Назаренко Марии
Сергеевне) и всем сотрудникам лаборатории популяционной генетики НИИ
медицинской генетики Томского НИМЦ, особенно ведущему научному
сотруднику лаборатории, д-ру биол. наук Кучер А.Н., старшему научному
сотруднику, канд. биол. наук Бабушкиной Н.П., научному сотруднику, канд.
биол. наук Гончаровой И.А. за дружеское соучастие, помощь и поддержку на
протяжении выполнения диссертационного исследования. Выражаю
огромную благодарность д-ру биол. наук Фрейдину М. Б. за неоценимую
помощь и поддержку при выполнении диссертационного исследования. Также
хочу поблагодарить младшего научного сотрудника лаборатории геномики
орфанных болезней Жалсанову И.Ж. без активного участия которой
невозможна была бы существенная часть этой работы.
Отдельно хочу поблагодарить канд. биол. наук Кирееву Татьяну
Николаевну за неоценимую техническую помощь в подготовке
диссертационной работы к защите.
Наконец, хотелось бы поблагодарить свою семью за долготерпение и
моральную поддержку, спасибо за бесконечную любовь и поддержку. Спасибо
за огромную помощь, за внимание, за тепло и заботу.
Соседние файлы в папке Библиотека им академика М.И. Перельмана