Теоретические основы применения по ChemDraw для моделирования химических соединений.

Особенности программы Особого внимания заслуживает функция проверки на наличие ошибок отображенной в рабочей области молекулярной структуры. Эта функция доступна через кнопку (Check Structure) (гор.клавиши – Shift+Ctrl+K). После данной проверки не лишним будет также выравнивание структуры (Clean structure), что бывает необходимым при построении молекулярных структур вручную. В ChemDraw реализована возможность генерирования названия молекулярной структуры в соответствии с правилами номенклатуры ИЮПАК. После построения изучаемой молекулярной структуры в рабочей области и ее проверки на наличие ошибок, необходимо в подменю Structure выбрать пункт Convert Structure to Name; программа сгенерирует название структуры.

Рис. 3 Генерирование названия для исследуемой структуры

Возможен и обратный процесс – отображение молекулярной структуры в рабочей области, исходя из ее названия. Для этого, выбрав пункт Convert Name to Structure, в появившемся диалоговом окне введите название структуры и нажмите OK. В соответствии с введенным названием, программа предложит структуру.

Рис. 4 Построение молекулярной структуры с помощью функции Convert Name to Structure

Набор инструментов программы ChemDraw

     – (Selection). Кнопки Лассо и Прямоугольник предназначены для выделения молекулярных структур и их фрагментов.

  – (Bonds). Эта группа кнопок предназначена для добавления различных химических связей, входящих в состав моделируемой молекулярной структуры.

  – (Eraser). Кнопка удаляет отдельные атомы и связи.

  – (Text). Кнопка предназначена для ввода текста. Параметры шрифта и индексация настраиваются с помощью главной панели.

  – (Pen). Кнопка включает режим рисования векторной графики: сглаженной ломаной линии.

   – (Arrow). Кнопка предоставляет возможность добавления в рабочую область стрелок различного вида и формы.

  – (Orbital). Кнопка позволяет отображать в рабочей области электронные орбитали различных форм и видов.

 – (Drawing Elements). Набор графических элементов (плоских и объемных сфер, прямоугольников, линий и пр.).

– (Bracket). Набор скобок различного вида.

 

 – (Chemical Symbols). Кнопка набора особых химических символов (заряды ионов, значки радикалов и пр.).

       

Рис. 5 Панель инструментов

  – (Query Tools). Набор знаков для реакционных центров молекул.

 

  – (Acyclic Chain). Инструмент для рисования нециклических цепей. Число звеньев цепи при рисовании отображает специальный индикатор.

  – (Rings) – Набор кнопок для быстрой вставки в рабочую область таких фрагментов молекулярных структур, как циклоалканы и ароматические циклы.

  – (Templates). Кнопка вызова контекстного меню заготовок: аминокислот, ароматических циклов, бициклов, изображений химических приборов и посуды, функциональных групп и др.

 – (Dashed, Hashed, Hashed Wedged, Bold, Wedged, Hollow Wedged, Wavy Bond). Эта группа кнопок предназначена для добавления различных химических связей, входящих в состав моделируемой молекулярной структуры.

 – (Fragmentation tools). Инструменты для разделения соединений.

Рис. 6 Контекстное меню Templates

Изменение масштаба окна отображения молекулярных структур осуществляется с помощью кнопок (Zoom). 

Нарисовав конкретную молекулу и, выделив ее с помощью одной из трех кнопки контрольной      панели, затем, нажав кнопку View главного меню, можно узнать подробнейшие ее характеристики. Для этого после указанной кнопки View необходимо нажать сначала кнопку Show Analysis Window, чтобы получить панель с данными структуры выбранной молекулы.

 

Рис.7 Рабочие окна программы ChemDraw 15.1 для определения характеристик молекулы

При нажатии на панели Analysis кнопки Paste, данные по структуре появятся на экране под молекулой. Аналогичными действиями, пользуясь кнопкой главной панели View, можно получить подробные физические характеристики, щелкнув кнопкой Show Chemical Properties Window.

Рис. 8 Кнопки для настройки шрифта, размера и рифта и тд.

Остальные кнопки главной панели предназначены для настройки шрифта, размера шрифта, стиля букв и нижней и верхней индексации аналогично панели стандартного Word.