Презентации 2020 / 07-20-FunctionGenomApplic-Metagenom
.pdf
Метагеномика – новая наука (1998)
Метагеном - совокупный геном сообщества организмов, например:
-Человек со своим микробным сообществом
-Капелька океанской воды с сообществом микроорганизмов
-Образец почвы
Метатранскриптом – совокупность РНК
Анализ метагенома позволяет
-определить видовое разнообразие исследуемого образца без культивирования и выделения отдельных организмов
-выяснить механизмы их функционирования сообществ, определить метаболические взаимосвязи
Геномика и протеомика
Метагеном = совокупный геном сообществ
|
Основное видовое богатство Земли |
||
|
(разнообразие видов) – микроорганизмы |
||
|
Почва содержит наибольшего кол-ва видов |
||
|
(осн: археи, бактерии, грибы, простейшие, |
||
|
нематоды, микроартроподы, водоросли, |
||
|
вирусы) |
||
|
Идентификация – по генам 16S и 18S рРНК, |
||
|
напр., для бактерий число отделов выросло |
||
Институт почвоведения СО РАН: |
в 3 раза до ~40 за посл 10 лет |
||
|
|
|
|
Местообитание бактерий |
|
Культивируемые бактерий, от |
|
|
|
общего числа |
|
Моря и океаны |
|
0,001–0,1 |
|
Пресноводные водоемы |
|
0,25 |
|
Мезотрофные озера |
|
0,1–1 |
|
Незагрязненные воды эстуариев |
|
0,1–3 |
|
Перерабатыв-мые отходы канализации |
1–15 |
|
|
Осадочные породы |
|
0,25 |
|
Почва |
|
0,3 |
|
Геномика и протеомика
Анализ метагеномов:
Целевое секвенирование (опр. 16 S rRNA) и/или тотальное (shotgun):
Метагеномы – ключ к пониманию мира
Геномика и метагеномика
Идентификация по генам 16S и 18S RNA
Преимущества классификации по 16S rRNA
-Много копий генов
-Имеет консервативные и гипервариабельные районы
-Огромная база данных
Анализ метагенома микробного образца
Геномика и протеомика
Применение метагеномики
Улучшение окружающей среды
Повышение плодородия почвы
Идентификацию новых биокатализат-ов
Открытие новых антибиотиков
Персонализированная медицина
Биоремедиация
Геномика и протеомика
Спасибо за внимание!
Геномика и протеомика