Филогения рода
Solanum по гену ndhF
Вариант А
Введение
•ndhF — ген пятой субъединицы НАДН- дегидрогеназного комплекса хлоропластов, обнаружен во всех отделах сосудистых растений и является высоко консервативным. Это небольшой однокопийный фрагмент хлоропластного ДНК, который предположительно кодирует гидрофобный белок из 664 аминокислот с массой 72,9 кДа.
•Благодаря высокой консервативности у разных организмов ген ndhF чрезвычайно полезен для воссоздания филогенетических отношений между разными таксономическими уровнями.
Введение
•Паслён (лат. Solanum) — род растений семейства Паслёновые (Solanaceae), содержащий около 1200 видов. Род содержит как сельскохозяйственные культуры (картофель, баклажан, томат), так и лекарственные растения (паслён сладко-горький и паслён чёрный).
Методы
•Из Genbank NCBI взяты 24 последовательности гена ndhF у представителей рода Solanum и внешней группы.
•С помощью программ MUSCLE и ClustalW получены выравнивания взятых последовательностей.
•Затем с помощью программы Gblocks удалены ненужные участки нуклеотидной последовательности.
Методы
•Полученная исправленная последовательность введена в программы PhyML, BioNJ и MrBayes, в которых произведено построение филогенетического дерева.
•Полученные филогенетические деревья выведены в формате .png с помощью TreeDyn.
•Для доступа к вышеперечисленным программам использовался сайт https://www.phylogeny.fr.
Использованные
последовательности
•Род Solanum: S. elaeagnifolium, S. rostratum, S. villosum, S. torvum, S. carolinense, S. sisymbriifolium, S. virginianum, S. retroflexum, S. physalifolium, S. pennellii, S. chilense. Всего 11 видов.
•Внешняя группа: Emilia sonchifolia, Paraboea subplana, Petasites japonicus, Sinosenecio globiger, Sinosenecio wuyiensis. Всего 5 видов.
•Общее число последовательностей — 24.
Выравнивание GBlocks
MUSCLE
ClustalW
Выбираем фильтрацию от ClustalW, т.к. число совпадающих позиций больше, чем MUSCLE.
Филогенетическое дерево PhyML
Филогенетическое дерево BioNJ
