Огурцов А.Н. Выравнивание белковых последовательностей. – Харьков. НТУ ХПИ, 2015. – 80 с
..pdfЗАДАЧА 8.8
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-1 гемоглобина зародыша Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQV |
||
|
LS +K+ + A W KV |
G +AL R+ + FP T+ YF F +LS+ |
G+A+V |
|
Sbjct LSADEKSAINAVWSKVNIEND--GHDALTRLLVVFPWTQRYFSSFGNLSNVAAISGNAKV |
||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||
|
+ HGKKV A+ ++ H+DD+ N LS LS HA +L VDP NFK L+ L++ LA |
L A |
||
Sbjct |
RAHGKKVLSAVDESIHHLDDIKNFLSVLSTKHAEELHVDPENFKRLADVLVIVLAGKLGA |
|||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|
FTP V A+ +KF A + |
L+ Y |
|
|
Sbjct |
AFTPQVQAAWEKFSAGLVAALSHGY |
146 |
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
HAGEYGAEAL
ENDGHDAL
ЗАДАЧА 8.9
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей ро гемоглобина Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)
Query |
SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVK |
||
|
S +K |
+ + W KV |
E GAEAL R+ + +P T+ +F +F +LS |
G+ +V+ |
Sbjct SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFDNFGNLSSPTAIIGNPKVR |
||||
Query |
GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE |
|||
|
HGKKV |
+ AV ++D++ N + LS+LH KL VDP NF+LL + L++ LAAH + |
||
Sbjct |
AHGKKVLSSFGEAVKNLDNIKNTYAKLSELHCEKLHVDPENFRLLGNILIIVLAAHFTKD |
Query |
FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
FTP A K ++ V+ L KY |
|
Sbjct |
FTPTCQAVWQKLVSVVAHALAYKY |
146 |
используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VNVEECGA
58
ЗАДАЧА 8.10
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей гамма гемоглобина Oryctolagus cuniculus (Дикий кролик) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA----- |
QV |
|||
|
+ +K + + W V |
+ GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS SA |
+V |
||
Sbjct FTAEEKAAITSTWKLVDVE--DAGAEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSSSAIMGNPKV |
|||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
||||
|
K HGKKV |
A +AV +VDD+ N |
+ LS+LH +L VDP NFKLL + L++ LA + |
|
|
Sbjct |
KAHGKKVLTAFGDAVKNVDDLKNTFAHLSELHCDRLHVDPENFKLLGNVLVIVLAKYFGK |
||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
||
|
EFTP V ++ |
K +A V+T L |
KY |
|
|
Sbjct |
EFTPQVQSAWQKLVAGVATALAHKY |
146 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VDVEDAGA
ЗАДАЧА 8.11
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон-4 гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH------ |
GSAQV |
|||
|
+ +K V + W KV |
G E+L R+ + +P T+ +F F + |
G+ +V |
||
Sbjct FTTEEKAAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVYPWTQRFFDSFGNLYSESAIMGNPKV |
|||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
||||
|
K HG+KV ++ |
NA+ H+DD+ |
|
+ LS+LH KL VDP NF+LL + +L+ LA H |
|
Sbjct |
KAHGRKVLNSFGNAIEHMDDLKGTFADLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMILIVLATHFSK |
||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
||
|
EFTP + AS K |
+V+ L |
KY |
|
|
Sbjct |
EFTPQMQASWQKLTNAVANALAHKY |
146 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
GAHAGEYGAE
NVEVVGGE
59
ЗАДАЧА 8.12
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с белком LOC445037 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)
Query SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----QVK
|
S +++ + + W K+ |
+ |
E G + |
L R+ + +P T+ YF F DLS SA |
+V |
|
Sbjct SDSERKTIASVWSKI--NVDEIGPQTLARVLVVYPWTQRYFGAFGDLSCASAIMGNPKVS |
||||||
Query |
GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE |
|||||
|
HGK V AL |
AV +VDD+ |
+ |
LS LH KL VDP NFKLL+ CL + +A + |
|
|
Sbjct |
EHGKTVLKALEKAVKNVDDIKTTYAQLSQLHCEKLNVDPDNFKLLADCLSIVIATNFGPA |
|||||
Query |
FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
F PAV ++ |
K L+ V |
LTS+Y |
|
|
|
Sbjct |
FNPAVQSTWQKLLSVVVAALTSRY |
146 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
WGKVGAHAGE
WSKINVDE
ЗАДАЧА 8.13
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-С гемоглобина Ovis aries (Домашняя овца) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVKGHG |
||
|
+K + W KV |
E GAEAL R+ + +P T+ +F HF DLS |
G+A+VK HG |
|
Sbjct NKALITGFWSKV--KVDEVGAEALGRLLVVYPWTQRFFEHFGDLSTADAVLGNAKVKAHG |
||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
|||
|
KKV D+ +N V H+DD+ |
|
+ LS+LH KL VDP NF+LL + L+V LA H EFTP |
|
Sbjct |
KKVLDSFSNGVQHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKEFTP |
|||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|
+ A K +A V++ L |
+Y |
|
|
Sbjct |
ELQAEFQKVVAGVASALAHRY |
141 |
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
GKVGAHAGEY
SKVKVDEV
60
ЗАДАЧА 8.14
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей гамма-1 гемоглобина Papio anubis (Павиан догеровский, Анубис) (Sbjct)
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV
|
+ +K V + W K+ |
E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +V |
||
Sbjct FTAEEKAAVTSLWSKINVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKV |
|||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
||||
|
K HGKKV |
+ +A+ ++D++ |
A + LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H |
||
Sbjct |
KAHGKKVLTSFGDAIKNMDNLKTAFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGR |
||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
||
|
EFTP V A+ |
K +++V+ L |
KY |
|
|
Sbjct |
EFTPEVQAAWQKLVSAVAIALAHKY |
146 |
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
KVGAHAGEYG
KINVEETG
ЗАДАЧА 8.15
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека
HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином дэльта Xenopus (Silurana) tropicalis
(Водная лягушка силураны) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
||
|
LS +K+ + A W KV |
G EAL R+ + +P T+ YF F +LS+ |
G+A+V |
Sbjct |
LSADEKSAINAVWQKVDIEKD--GHEALTRLLVVYPWTQRYFSSFGNLSNVTAISGNAKV |
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA GHGKKV A+ A+ H+DD+ + LSALS HA +L VDP NFK L+ L + +A L
Sbjct HGHGKKVLSAVDEAIHHIDDIKHFLSALSKKHAQELHVDPENFKRLADVLAIVVAGKLGT
Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
FTP V A+ +KF A + L+ Y
Sbjct AFTPQVQAAWEKFSAGLVAALSHGY 146
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
AHAGEYGAEA
IEKDGHEA
61
ЗАДАЧА 8.16
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)
Query |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----Q |
||
|
+L+ +K V A WGKV |
E G EAL R+ + +P T+ +F F DLS A |
+ |
Sbjct |
MLTAEEKAAVTAFWGKV--KVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTADAVMNNPK |
Query VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP VK HGKKV D+ +N + H+DD+ +ALS+LH KL VDP NFKLL + L+V LA +
Sbjct VKAHGKKVLDSFSNGMKHLDDLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVVVLARNFG
Query AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
EFTP + A K +A V+ L +Y
Sbjct KEFTPVLQADFQKVVAGVANALAHRY 144
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
WGKVGAHAGE
WGKVKVDE
ЗАДАЧА 8.17
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Pan troglodytes (Обыкновенный шимпанзе) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVKGHG |
||||
|
+K |
V + W K+ |
E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +VK HG |
||
Sbjct EKAAVTSLWSKMNVE--EAGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKVKAHG |
||||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
|||||
|
KKV |
+ |
+A+ ++D++ |
A + LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H EFTP |
||
Sbjct |
KKVLTSFGDAIKNMDNLKPAFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGKEFTP |
|||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
V A+ |
K +++V+ L |
KY |
|
|
|
Sbjct |
EVQAAWQKLVSAVAIALAHKY |
146 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
GAHAGEYGAE
NVEEAGGE
62
ЗАДАЧА 8.18
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)
Query |
SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVK |
||
|
S +K + + W KV |
E GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +V+ |
Sbjct |
SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAIMGNPRVR |
Query GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE HGKKV + AV ++D++ N + LS+LH KL VDP NF+LL L++ LA+H + Sbjct AHGKKVLSSFGEAVKNLDNIKNTYAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLASHFARD
Query FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
FTPA + K + V+ L KY
Sbjct FTPACQFAWQKLVNVVAHALARKY 146
используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VNVEECGA
ЗАДАЧА 8.19
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека
HBA_HUMAN (Query) с белком LOC100216007 Xenopus (Silurana) tropicalis
(Водная лягушка силураны) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVKGHG |
|||
|
+K |
+ + W KV |
+ G EAL R+ + +P T+ YF F +LS+ |
G+A+V+ HG |
|
Sbjct EKAAITSVWQKVNLE--QDGHEALTRLLVVYPWTQRYFSSFGNLSNVTAVSGNAKVRAHG |
|||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
||||
|
KV |
A+ NA+AH+D++ |
L |
LS+ HA KL VDP NFK L L++ LA+ L FTP |
|
Sbjct |
NKVLSAVGNAIAHLDNVKGTLHDLSETHAFKLHVDPENFKRLGEVLVIVLASKLGTAFTP |
||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
|
||
|
+ |
+ +KF+A + L+ Y |
|
|
|
Sbjct |
QIQGAWEKFVAVLVDALSQGYN |
147 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
KVGAHAGEYG
KVNLEQDG
63
ЗАДАЧА 8.20
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Macaca mulatta (Макак-резус) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQV |
||
|
+ +K |
V + W K+ |
E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +V |
Sbjct FTAEEKAAVTSLWSKMNVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKV |
||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||
|
K HGKKV |
+ +A+ ++D++ |
+ LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H |
|
Sbjct |
KAHGKKVLTSFGDAIKNMDNLKITFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGK |
Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
EFTP V A+ K +++V+ L KY
Sbjct EFTPEVQAAWQKLVSAVAIALAHKY 146
используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
GAHAGEYGAEA
NVEETGGEA
ЗАДАЧА 8.21
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-2 гемоглобина Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVKGHG |
||||
|
+K |
+ + W KV |
G!+AL R+ + +P T+ YF +F +LS+ |
G+A+V+ HG |
||
Sbjct EKAAITSVWQKVNVE--HDGHDALGRLLIVYPWTQRYFSNFGNLSNSAAVAGNAKVQAHG |
||||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
|||||
|
KKV |
A+ NA++H+D + ++L |
LS +HA +L VDP NFK |
L++ L A L FTP |
||
Sbjct |
KKVLSAVGNAISHIDSVKSSLQQLSKIHATELFVDPENFKRFGGVLVIVLGAKLGTAFTP |
|||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
|
|
||
|
V A+ +KF+A + |
L+ Y |
|
|
|
|
Sbjct |
KVQAAWEKFIAVLVDGLSQGYN |
147 |
|
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VNVEHDGH
64
ЗАДАЧА 8.22
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с глобином эпсилон Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVKGHG |
|||||
|
+K |
+ |
WGKV + |
E!GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ |
V+ HG |
|
Sbjct EKQLITGLWGKV--NVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSATAIIGNPMVRAHG |
|||||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
||||||
|
KKV |
+ |
AV ++D++ |
+ + LS LH KL VDP NF+LL L++ LA+H |
+FTP |
||
Sbjct |
KKVLSSFGEAVKNLDNIKKSFAQLSKLHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLASHFSKDFTP |
||||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|||
|
A A+ K + V+ L +Y |
|
|
|
|||
Sbjct |
ASQAAWQKMVRVVAHALAHEY |
146 |
|
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
GKVGAHAGEY
GKVNVAEC
ЗАДАЧА 8.23
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон-2 гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH------ |
GSAQV |
||||
|
+ + V + W KV |
G E+L R+ + |
P T+ +F F + |
G+ +V |
||
Sbjct FTTEENVAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVCPWTQRFFDSFGNLYSESAIMGNPKV |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||||
|
K +G+KV ++ |
NA+ H+DD+ |
+ LS+LH |
KL VDP NF+LL + +L+ LA H |
||
Sbjct |
KVYGRKVLNSFGNAIKHMDDLKGTFADLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMILIVLATHFSK |
|||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
||
|
EFTP + A+ K |
+V+ |
LT KY |
|
|
|
Sbjct |
EFTPQMQAAWQKLTNAVANALTHKY |
146 |
|
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGAE
VNVEVVGGE
65
ЗАДАЧА 8.24
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином альфа Rattus norvegicus (Серая крыса) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
||
|
+ +K + + W KV |
+ G E L R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ ++ |
Sbjct |
FTAEEKAAIISIWEKVDLE--KIGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI |
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA + HGKKV +L +AV ++D++ + LS+LH KL VDP NFKLL + L++ L+ H
Sbjct RAHGKKVLTSLGSAVENMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPQNFKLLGNMLVIVLSTHFAK
Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
EFTP V A+ K + V+ L+ KY
Sbjct EFTPEVQAAWQKLVMGVANALSHKY 146
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VDLEKIGG
ЗАДАЧА 8.25
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-глобином Salmo salar (Сёмга) (Sbjct)
Query |
ADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS |
-----HGSAQVKGH |
||||
|
A+K+ + A WGKV |
+ |
E G |
AL R+ + +P T+ YF F D+S |
G+ +V H |
|
Sbjct AEKSTISAVWGKVDIN--EVGPLALARVLIVYPWTQRYFGSFGDVSTPAAIMGNPKVAAH |
||||||
Query |
GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFT |
|||||
|
GK V AL |
AV ++ ++ |
+LS+ HA+KL VDP NF++L+ |
L + +AA A FT |
||
Sbjct |
GKVVCGALDKAVKNMGNILATYKSLSETHANKLFVDPDNFRVLADVLTIVIAAKFGASFT |
|||||
Query |
PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
P + A+ |
KF+ |
V |
+ S+Y |
|
|
Sbjct |
PEIQATWQKFMKVVVAAMGSRY |
146 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VDINEVGP
66
ЗАДАЧА 8.26
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-Н1 гемоглобина Mus musculus (Мышь домовая) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
||
|
+ +K + + W KV |
+ G E L R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ ++ |
Sbjct |
FTAEEKAAITSIWDKVDLE--KVGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI |
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA + HGKKV +L V ++D++ + LS+LH KL VDP NFKLL + L++ L+ H
Sbjct RAHGKKVLTSLGLGVKNMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPENFKLLGNMLVIVLSTHFAK
Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
EFTP V A+ K + V+ L+ KY
Sbjct EFTPEVQAAWQKLVIGVANALSHKY 146
используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VDLEKVGG
ЗАДАЧА 8.27
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта гемоглобина Equus caballus (Лошадь домашняя) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
||
|
LS +K V A W KV |
E G!EAL R+ + +P T+ +F F DLS+ |
G+ +V |
Sbjct |
LSGEEKAAVLALWDKVNEE--EVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKV |
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA K HGKKV + V H+D++ +ALS+LH KL VDP NF+LL + L+V LA H
Sbjct KAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGK
Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
+FTP + AS K +A V+ L KY
Sbjct DFTPELQASYQKVVAGVANALAHKY 146
используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VGAHAGEYGA
VNEEEVGG
67
ЗАДАЧА 8.28
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-типом глобина эмбриона Oncorhynchus mykiss (Радужная форель) (Sbjct)
Query |
EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKG---- |
--HGKKVADALTNAVAHVDDM |
|||
|
+ G |
AL R + +P T+ YF +F + +A ++G |
HGK V |
L |
AV ++DD+ |
Sbjct |
DVGPAALSRCLVVYPWTQRYFGNFGNLYNAAAIQGNPMVAAHGKTVLRGLDRAVKNMDDI |
||||
Query |
PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL |
||||
|
|
+ LS LH+ KLRVDP NF+LL+ CL + +AA + A+FT V |
+ |
KFLA V + L |
|
Sbjct |
KATYAELSVLHSEKLRVDPDNFRLLADCLTIVVAARMGADFTADVQGAFQKFLAVVVSSL |
||||
Query |
TSKY |
141 |
|
|
|
|
+Y |
|
|
|
|
Sbjct |
GRQY |
146 |
|
|
|
используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
HGKKVADA
AAHGKTVLRG
ЗАДАЧА 8.29
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-4 гемоглобина Oncorhynchus mykiss (Радужная форель) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS----- |
HGSAQVKGHG |
|||
|
+++ + |
WGK+ |
E G +AL R+ + P T+ +F F +LS |
G+ V HG |
|
Sbjct ERSAIVGLWGKISVD--EIGPQALARLLIVSPWTQRHFSTFGNLSTPAAIMGNPAVAKHG |
|||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHL-PAEFT |
||||
|
K V |
L AV ++DD+ N |
+ALS +H+ KL VDP NF+LL+ C+ V +AA L PA F+ |
||
Sbjct |
KTVMHGLDRAVQNLDDIKNTYTALSVMHSEKLHVDPDNFRLLADCITVCVAAKLGPAVFS |
||||
Query |
PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141 |
|
|||
|
+ |
KFLA V + L |
+Y |
|
Sbjct ADTQEAFQKFLAVVVSALGRQY 147
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
KVGAHAGEYG
KISVDEIG
68
ЗАДАЧА 8.30
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-1 гемоглобина Xenopus (Silurana) tropicalis (Водная лягушка силураны) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS |
------HGSAQ |
||||
|
L+ |
++ + |
W K+ A |
G +AL |
M ++P T+ YF F +LS |
H +A |
Sbjct LTAKERQLITGTWSKICAKT--LGKQALGSMLYTYPWTQRYFSSFGNLSSIEAIFHNAA- |
||||||
Query |
VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP |
|||||
|
V |
HG+KV |
++ A+ H+DD+ |
+ LS |
H+ L VDP NFK |
C ++++A L |
Sbjct |
VATHGEKVLTSIGEAIKHMDDIKGYYAQLSKYHSETLHVDPYNFKRFCSCTIISMAQTLQ |
Query AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
+FTP + A+ +K A+++ L Y
Sbjct EDFTPELQAAFEKLFAAIADALGKGY 146
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
AHAGEYGAEA
AKTLGKQA
ЗАДАЧА 8.31
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином бэта эмбриональным-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)
Query |
EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA----- |
QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDM |
|||
|
E G +AL+R + +P T+ YF F +L + A |
+V HG |
V |
L A+ ++DD+ |
|
Sbjct |
EAGPKALQRALIVYPWTQRYFGSFGNLYNAEAIINNPKVAAHGTVVLHGLDRAMKNMDDI |
||||
Query |
PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL |
||||
|
N |
+ LS LH+ KL VDP NF+LL+ CL + +A+ + A FT |
+ A+ |
KFLA V + L |
|
Sbjct |
KNTYAELSVLHSEKLHVDPDNFRLLADCLTIVIASTMGAAFTADMQAAWQKFLAVVVSAL |
||||
Query |
TSKY |
141 |
|
|
|
|
+Y |
|
|
|
|
Sbjct |
QRQY |
146 |
|
|
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
FDLSHGSA
FGNLYNAEAI
69
ЗАДАЧА 8.32
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN с белком LOC417972 Gallus gallus (Банкивский петух)
(Sbjct)
Query |
MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF------DLSHGSA |
||
|
M S A+ + + AW K+ A + G L RMF P TK+YF HF |
+ |
S |
Sbjct |
MSFSEAEVQSARGAWEKMYVDAEDNGTAVLVRMFTEHPDTKSYFTHFKGMDSAEEMKQSD |
||
Query |
QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL---HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLA |
|
QV+GHGK+V |
A+ + V |
H+D+ |
L |
L+ L |
HA!+L++DP NF+++ +L |
Sbjct QVRGHGKRVFTAINDMVQHLDNTEAFLGILNPLGQKHATQLKIDPKNFRIICDIILQL-- |
||||||
Query |
AHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
||||
|
+ +F |
AS +K |
+ T LT+ |
Y+ |
|
|
Sbjct |
--MEEKFGGDCKASFEKVTNEICTHLTNIYK |
147 |
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
LSDLHAH
LNPLGQKHAT
ЗАДАЧА 8.33
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS----- |
HGSAQV |
|||
|
L+ ++ +K |
W +V A + G |
L R F++FP+ K YF F D+ |
S+Q+ |
|
Sbjct |
LTDVERGIIKDTWARVYASCEDVGVTILIRFFVNFPSAKQYFSQFQDMEDPEEMEKSSQL |
||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL----HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAA |
||||
|
+ H ++V +A+ |
V ++ D P |
+S++ L |
HA K +V+PV FK+LS |
+L LA |
Sbjct |
RKHARRVMNAINTVVENLHD-PEKVSSVLVLVGKAHAFKYKVEPVYFKILSGVILEILAE |
Query HLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
FTP V S K +A++ +T Y
Sbjct EFGECFTPEVQTSWSKLMAALYWHITGAY 166
используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
YFPHFDLS
YFSQFQDMED
70
ЗАДАЧА 8.34
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV |
||||||
|
++ +++ |
+K |
W +V A+ |
+ G |
L R F++FP+ K +F F |
GS Q+ |
|
Sbjct |
ITESERGVIKETWARVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQHFSQFKHMEDPLEMEGSVQL |
||||||
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH |
|||||||
|
+ HG++V |
A+ + V ++ D |
+ |
LS + |
HA K +V+PV FK+L+ |
+L A |
|
Sbjct |
RKHGRRVMGAVNSVVENLGDPEKVTTVLSIVGKSHALKHKVEPVYFKILTGVMLEVFAEE |
||||||
Query |
LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
|
||||
|
+FTP V |
+K + + + + S Y+ |
|
|
|||
Sbjct |
YAKDFTPDVQLVWNKLRSLIYSHVQSAYK |
167 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
NAVAHVDD
SVVENLGDPE
ЗАДАЧА 8.35
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Gallus gallus (Банкивский петух)
(Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV |
||||
|
+S A+K |
++ |
W +V A+ |
+ G L R F++FP+ K YF F |
S Q+ |
Sbjct |
ISDAEKKVIQETWSRVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQYFSQFKHMDDTLEMERSLQL |
||||
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH |
|||||
|
+ H ++V |
A+ |
V ++DD |
+ + L+ + HA K +V+PV FK L+ |
+L +A |
Sbjct |
RKHAQRVMGAINTVVENLDDPEKVSSVLALVGKAHALKHKVEPVYFKKLTGVMLEVIAEA |
Query LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR 142
+FTP H + K + T +T+ Y+
Sbjct YGNDFTPEAHGAWTKMRTLIYTHVTAAYK 167
используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт (вес))
DDMPNAL
DDPEKVSSVL
71
ЗАДАЧА 8.36
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека
HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Xenopus (Silurana) tropicalis (Водная лягушка силураны) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV |
||||||
|
++ +++ |
+K |
W +V A+ |
+ G |
L R F++FP+ K +F F |
GS Q+ |
|
Sbjct |
ITESERGVIKETWARVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQHFSQFKHMEDPLEMEGSVQL |
||||||
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH |
|||||||
|
+ H ++V |
A+ + V ++!D |
+ |
LS + |
HA K +VDPV FK+L+ |
+L +A |
|
Sbjct |
RKHARRVMGAVNSVVENLGDPEKITTVLSIVGKSHALKHKVDPVYFKILTGVMLEVIAEE |
||||||
Query |
LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
|
||||
|
+FTP V |
+ +K + + + + S Y+ |
|
|
|||
Sbjct |
YAKDFTPDVQLAWNKLRSHLYSHVLSAYK |
167 |
|
используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
DDMPNAL
GDPEKITTVL
ЗАДАЧА 8.37
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Oncorhynchus mykiss (Радужная форель) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHG------SAQV |
|||
|
L +++ +K W KV + |
+ G L R+F++FP++K YF F |
SAQ+ |
|
Sbjct |
LCDSEREMIKDTWAKVYQNCDDVGVAILIRLFVNFPSSKQYFSQFQQVEDPGELERSAQL |
|||
Query KGHGKKVADALTNAVAHV---DDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH |
||||
|
+ H ++V +A+ |
V ++ |
D M + L + HA + V+PV FK+L |
+L L A |
Sbjct |
RKHSRRVMNAINTLVENLHDGDKMVSVLKLVGKAHALRHNVEPVYFKILCGVILEVLVAD |
|||
Query |
LPAEFTPAVHASLDKFLASV |
133 |
|
|
|
P TP V |
+ K L ++ |
|
|
Sbjct |
FPDYITPEVAVAWTKLLDAI |
158 |
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
VAHVDDM
VENLHDGDKM
72
ЗАДАЧА 8.38
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином-2 Oryzias latipes (Медака, рыбка семейства оризиевых) (Sbjct)
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQV
|
LS A+ |
++ |
WG V + |
+ G |
L R F++FP+ K YF F D+ |
S+Q+ |
|
Sbjct |
LSDAEMEIIQHTWGHVYKNCEDVGVSVLIRFFVNFPSAKQYFSQFQDMQDPEEMEKSSQL |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH |
||||||
|
+ H ++V |
+A+ |
V ++ D |
+ + L+ |
+ HA K +V+P+ FK+ S |
+L L+ |
|
Sbjct |
RQHARRVMNAINTVVENLQDPEKVSSVLALVGKAHAVKHKVEPIYFKIXSGVMLSVLSED |
||||||
Query |
LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
||||
|
P FT |
V |
K +A+V |
+T |
Y |
|
|
Sbjct |
FPEFFTAEVQLVWTKLMAAVYWHVTGAY |
181 |
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
YFPHFDLS
YFSQFQDMQD
ЗАДАЧА 8.39
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином-1 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS----- |
HGSAQV |
|||||
|
L+ |
D ++ W |
V A |
G L R F +FP+ K YF HF +L |
+AQ+ |
||
Sbjct |
LTEEDVCVIQDTWKPVYAERDNAGVAVLVRFFTNFPSAKQYFEHFRELQDPAEMQQNAQL |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHV---DDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH |
||||||
|
K HG++V +AL |
V ++ |
D + |
+ + |
HA + +VDPV FK+L+ |
+L L |
|
Sbjct |
KKHGQRVLNALNTLVENLRDADKLNTIFNQMGKSHALRHKVDPVYFKILAGVILEVLVEA |
||||||
Query |
LPAEFTPA-VHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
||||
|
P |
F+PA V +S |
K + + |
+ |
Y |
|
|
Sbjct |
FPQCFSPAEVQSSWSKLMGILYWQMNRVY |
164 |
|
используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)
YFPHFDLS
YFEHFRELQD
73
9. МАТРИЦЫ ЗАМЕН АМИНОКИСЛОТ
Таблица 1 – Матрица замен аминокислот PAM30
Ala (A) |
6 |
–7 |
–4 |
–3 |
–6 |
–4 |
–2 |
–2 |
–7 |
–5 |
–6 |
–7 |
–5 |
–8 |
–2 |
0 |
–1 |
–13 |
–8 |
–2 |
Arg (R) |
–7 |
8 |
–6 |
–10 |
–8 |
–2 |
–9 |
–9 |
–2 |
–5 |
–8 |
0 |
–4 |
–9 |
–4 |
–3 |
–6 |
–2 –10 |
–8 |
|
Asn (N) |
–4 |
–6 |
8 |
2 |
–11 |
–3 |
–2 |
–3 |
0 |
–5 |
–7 |
–1 |
–9 |
–9 |
–6 |
0 |
–2 |
–8 |
–4 |
–8 |
Asp (D) |
–3 –10 |
2 |
8 |
–14 |
–2 |
2 |
–3 |
–4 |
–7 –12 |
–4 |
–11 –15 |
–8 |
–4 |
–5 |
–15 –11 |
–8 |
||||
Cys (C) |
–6 |
–8 –11 |
–14 |
10 |
–14 |
–14 |
–9 |
–7 |
–6 –15 |
–14 |
–13 –13 |
–8 |
–3 |
–8 |
–15 |
–4 |
–6 |
|||
Gln (Q) |
–4 |
–2 |
–3 |
–2 |
–14 |
8 |
1 |
–7 |
1 |
–8 |
–5 |
–3 |
–4 –13 |
–3 |
–5 |
–5 |
–13 –12 |
–7 |
||
Glu (E) |
–2 |
–9 |
–2 |
2 |
–14 |
1 |
8 |
–4 |
–5 |
–5 |
–9 |
–4 |
–7 –14 |
–5 |
–4 |
–6 |
–17 |
–8 |
–6 |
|
Gly (G) |
–2 |
–9 |
–3 |
–3 |
–9 |
–7 |
–4 |
6 |
–9 |
–11 –10 |
–7 |
–8 |
–9 |
–6 |
–2 |
–6 |
–15 –14 |
–5 |
||
His (H) |
–7 |
–2 |
0 |
–4 |
–7 |
1 |
–5 |
–9 |
9 |
–9 |
–6 |
–6 |
–10 |
–6 |
–4 |
–6 |
–7 |
–7 |
–3 |
–6 |
Ile (I) |
–5 |
–5 |
–5 |
–7 |
–6 |
–8 |
–5 –11 |
–9 |
8 |
–1 |
–6 |
–1 |
–2 |
–8 |
–7 |
–2 |
–14 |
–6 |
2 |
|
Leu (L) |
–6 |
–8 |
–7 |
–12 |
–15 |
–5 |
–9 –10 |
–6 |
–1 |
7 |
–8 |
1 |
–3 |
–7 |
–8 |
–7 |
–6 |
–7 |
–2 |
|
Lys (K) |
–7 |
0 |
–1 |
–4 |
–14 |
–3 |
–4 |
–7 |
–6 |
–6 |
–8 |
7 |
–2 –14 |
–6 |
–4 |
–3 |
–12 |
–9 |
–9 |
|
Met (M) |
–5 |
–4 |
–9 |
–11 |
–13 |
–4 |
–7 |
–8 –10 |
–1 |
1 |
–2 11 |
–4 |
–8 |
–5 |
–4 |
–13 –11 |
–1 |
|||
Phe (F) |
–8 |
–9 |
–9 |
–15 |
–13 –13 |
–14 |
–9 |
–6 |
–2 |
–3 |
–14 |
–4 |
9 |
–10 |
–6 |
–9 |
–4 |
2 |
–8 |
|
Pro (P) |
–2 |
–4 |
–6 |
–8 |
–8 |
–3 |
–5 |
–6 |
–4 |
–8 |
–7 |
–6 |
–8 –10 |
8 |
–2 |
–4 |
–14 –13 |
–6 |
||
Ser (S) |
0 |
–3 |
0 |
–4 |
–3 |
–5 |
–4 |
–2 |
–6 |
–7 |
–8 |
–4 |
–5 |
–6 |
–2 |
6 |
0 |
–5 |
–7 |
–6 |
Thr (T) |
–1 |
–6 |
–2 |
–5 |
–8 |
–5 |
–6 |
–6 |
–7 |
–2 |
–7 |
–3 |
–4 |
–9 |
–4 |
0 |
7 |
–13 |
–6 |
–3 |
Trp (W) |
–13 |
–2 |
–8 |
–15 |
–15 –13 |
–17 –15 |
–7 |
–14 |
–6 |
–12 |
–13 |
–4 –14 |
–5 –13 |
13 |
–5 –15 |
|||||
Tyr (Y) |
–8 –10 –4 |
–11 |
–4 –12 |
–8 –14 |
–3 |
–6 |
–7 |
–9 |
–11 |
2 |
–13 |
–7 |
–6 |
–5 10 –7 |
||||||
Val (V) |
–2 |
–8 |
–8 |
–8 |
–6 |
–7 |
–6 |
–5 |
–6 |
2 |
–2 |
–9 |
–1 |
–8 |
–6 |
–6 |
–3 |
–15 |
–7 |
7 |
|
A R N D C Q E G H I L K M |
F P S T W Y V |
Таблица 2 – Матрица замен аминокислот PAM70
Ala (A) |
5 |
–4 |
–2 |
–1 |
–4 |
–2 |
–1 |
0 |
–4 |
–2 |
–4 |
–4 |
–3 |
–6 |
0 |
1 |
1 |
–9 |
–5 |
–1 |
Arg (R) |
–4 |
8 |
–3 |
–6 |
–5 |
0 |
–5 |
–6 |
0 |
–3 |
–6 |
2 |
–2 –7 –2 |
–1 |
–4 |
0 |
–7 |
–5 |
||
Asn (N) |
–2 |
–3 |
6 |
3 |
–7 |
–1 |
0 |
–1 |
1 |
–3 |
–5 |
0 |
–5 –6 –3 |
1 |
0 |
–6 |
–3 |
–5 |
||
Asp (D) |
–1 |
–6 |
3 |
6 |
–9 |
0 |
3 |
–1 |
–1 |
–5 |
–8 |
–2 |
–7 –10 |
–4 |
–1 |
–2 –10 |
–7 |
–5 |
||
Cys (C) |
–4 |
–5 |
–7 |
–9 |
9 |
–9 –9 –6 –5 |
–4 –10 |
–9 |
–9 –8 –5 |
–1 |
–5 –11 |
–2 |
–4 |
|||||||
Gln (Q) |
–2 |
0 |
–1 |
0 |
–9 |
7 |
2 |
–4 |
2 |
–5 |
–3 |
–1 |
–2 –9 –1 |
–3 |
–3 |
–8 |
–8 |
–4 |
||
Glu (E) |
–1 |
–5 |
0 |
3 |
–9 |
2 |
6 |
–2 |
–2 |
–4 |
–6 |
–2 |
–4 –9 –3 |
–2 |
–3 –11 |
–6 |
–4 |
|||
Gly (G) |
0 |
–6 |
–1 |
–1 |
–6 |
–4 |
–2 |
6 |
–6 |
–6 |
–7 |
–5 |
–6 –7 –3 |
0 |
–3 –10 |
–9 |
–3 |
|||
His (H) |
–4 |
0 |
1 |
–1 |
–5 |
2 |
–2 |
–6 |
8 |
–6 |
–4 |
–3 |
–6 –4 –2 |
–3 |
–4 |
–5 |
–1 |
–4 |
||
Ile (I) |
–2 |
–3 |
–3 |
–5 |
–4 |
–5 –4 –6 |
–6 |
7 |
1 |
–4 |
1 |
0 |
–5 |
–4 |
–1 |
–9 |
–4 |
3 |
||
Leu (L) |
–4 |
–6 |
–5 |
–8 –10 |
–3 –6 –7 |
–4 |
1 |
6 |
–5 |
2 |
–1 |
–5 |
–6 |
–4 |
–4 |
–4 |
0 |
|||
Lys (K) |
–4 |
2 |
0 |
–2 |
–9 |
–1 –2 –5 |
–3 |
–4 |
–5 |
6 |
0 |
–9 |
–4 |
–2 |
–1 |
–7 |
–7 |
–6 |
||
Met (M) |
–3 |
–2 |
–5 |
–7 |
–9 |
–2 –4 –6 |
–6 |
1 |
2 |
0 |
10 |
–2 |
–5 |
–3 |
–2 |
–8 |
–7 |
0 |
||
Phe (F) |
–6 |
–7 |
–6 |
–10 |
–8 |
–9 –9 –7 |
–4 |
0 |
–1 |
–9 |
–2 |
8 |
–7 |
–4 |
–6 |
–2 |
4 |
–5 |
||
Pro (P) |
0 |
–2 |
–3 |
–4 |
–5 |
–1 –3 –3 |
–2 |
–5 |
–5 |
–4 |
–5 |
–7 |
7 |
0 |
–2 |
–9 |
–9 |
–3 |
||
Ser (S) |
1 |
–1 |
1 |
–1 |
–1 |
–3 |
–2 |
0 |
–3 |
–4 |
–6 |
–2 |
–3 |
–4 |
0 |
5 |
2 |
–3 |
–5 |
–3 |
Thr (T) |
1 |
–4 |
0 |
–2 |
–5 |
–3 –3 –3 |
–4 |
–1 |
–4 |
–1 |
–2 –6 –2 |
2 |
6 |
–8 |
–4 |
–1 |
||||
Trp (W) |
–9 |
0 |
–6 |
–10 –11 |
–8 –11 –10 |
–5 |
–9 |
–4 |
–7 |
–8 –2 –9 |
–3 |
–8 |
13 |
–3 –10 |
||||||
Tyr (Y) |
–5 |
–7 |
–3 |
–7 |
–2 |
–8 –6 –9 |
–1 |
–4 |
–4 |
–7 |
–7 |
4 |
–9 |
–5 |
–4 |
–3 |
9 |
–5 |
||
Val (V) |
–1 |
–5 |
–5 |
–5 |
–4 |
–4 –4 –3 –4 |
3 |
0 |
–6 |
0 |
–5 |
–3 |
–3 |
–1 –10 |
–5 |
6 |
||||
|
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V |
Таблица 3 – Матрица замен аминокислот PAM120
Ala (A) |
3 |
–3 |
–1 |
0 |
–3 |
–1 |
0 |
1 |
–3 |
–1 |
–3 |
–2 |
–2 |
–4 |
1 |
1 |
1 |
–7 |
–4 |
0 |
Arg (R) |
–3 |
6 |
–1 –3 –4 |
1 |
–3 |
–4 |
1 |
–2 |
–4 |
2 |
–1 –5 –1 |
–1 |
–2 |
1 |
–5 |
–3 |
||||
Asn (N) |
–1 |
–1 |
4 |
2 |
–5 |
0 |
1 |
0 |
2 |
–2 |
–4 |
1 |
–3 –4 –2 |
1 |
0 |
–4 |
–2 |
–3 |
||
Asp (D) |
0 |
–3 |
2 |
5 |
–7 |
1 |
3 |
0 |
0 |
–3 |
–5 |
–1 |
–4 –7 –3 |
0 |
–1 –8 –5 |
–3 |
||||
Cys (C) |
–3 |
–4 |
–5 |
–7 |
9 |
–7 –7 –4 –4 |
–3 |
–7 |
–7 |
–6 –6 –4 |
0 |
–3 –8 –1 |
–3 |
|||||||
Gln (Q) |
–1 |
1 |
0 |
1 |
–7 |
6 |
2 |
–3 |
3 |
–3 |
–2 |
0 |
–1 |
–6 |
0 |
–2 |
–2 –6 –5 |
–3 |
||
Glu (E) |
0 |
–3 |
1 |
3 |
–7 |
2 |
5 |
–1 |
–1 |
–3 |
–4 |
–1 |
–3 –7 –2 |
–1 |
–2 –8 –5 |
–3 |
||||
Gly (G) |
1 |
–4 |
0 |
0 |
–4 |
–3 |
–1 |
5 |
–4 |
–4 |
–5 |
–3 |
–4 –5 –2 |
1 |
–1 –8 –6 |
–2 |
||||
His (H) |
–3 |
1 |
2 |
0 |
–4 |
3 |
–1 |
–4 |
7 |
–4 |
–3 |
–2 |
–4 –3 –1 |
–2 |
–3 –3 –1 |
–3 |
||||
Ile (I) |
–1 |
–2 |
–2 –3 –3 |
–3 –3 –4 |
–4 |
6 |
1 |
–3 |
1 |
0 |
–3 |
–2 |
0 |
–6 |
–2 |
3 |
||||
Leu (L) |
–3 |
–4 |
–4 –5 –7 |
–2 –4 –5 |
–3 |
1 |
5 |
–4 |
3 |
0 |
–3 |
–4 |
–3 –3 –2 |
1 |
||||||
Lys (K) |
–2 |
2 |
1 |
–1 |
–7 |
0 |
–1 |
–3 |
–2 |
–3 |
–4 |
5 |
0 |
–7 |
–2 |
–1 |
–1 –5 –5 |
–4 |
||
Met (M) |
–2 |
–1 |
–3 –4 –6 |
–1 –3 –4 |
–4 |
1 |
3 |
0 |
8 |
–1 |
–3 |
–2 |
–1 –6 –4 |
1 |
||||||
Phe (F) |
–4 |
–5 |
–4 –7 –6 |
–6 –7 –5 |
–3 |
0 |
0 |
–7 |
–1 |
8 |
–5 |
–3 |
–4 |
–1 |
4 |
–3 |
||||
Pro (P) |
1 |
–1 |
–2 –3 –4 |
0 |
–2 |
–2 |
–1 |
–3 |
–3 |
–2 |
–3 |
–5 |
6 |
1 |
–1 –7 –6 |
–2 |
||||
Ser (S) |
1 |
–1 |
1 |
0 |
0 |
–2 |
–1 |
1 |
–2 |
–2 |
–4 |
–1 |
–2 |
–3 |
1 |
3 |
2 |
–2 |
–3 |
–2 |
Thr (T) |
1 |
–2 |
0 |
–1 |
–3 |
–2 –2 –1 |
–3 |
0 |
–3 |
–1 |
–1 –4 –1 |
2 |
4 |
–6 |
–3 |
0 |
||||
Trp (W) |
–7 |
1 |
–4 –8 –8 |
–6 –8 –8 |
–3 |
–6 |
–3 |
–5 |
–6 –1 –7 |
–2 –6 12 –2 |
–8 |
|||||||||
Tyr (Y) |
–4 |
–5 |
–2 –5 –1 |
–5 –5 –6 |
–1 |
–2 |
–2 |
–5 |
–4 |
4 |
–6 |
–3 |
–3 |
–2 |
8 |
–3 |
||||
Val (V) |
0 |
–3 |
–3 –3 –3 |
–3 –3 –2 –3 |
3 |
1 |
–4 |
1 |
–3 |
–2 |
–2 |
0 |
–8 |
–3 |
5 |
|||||
|
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V |
Таблица 4 – Матрица замен аминокислот PAM250
Ala (A) |
2 |
–2 |
0 |
0 |
–2 |
0 |
0 |
1 |
–1 –1 –2 |
–1 –1 –3 |
1 |
1 |
1 |
–6 |
–3 |
0 |
||||
Arg (R) |
–2 |
6 |
0 |
–1 |
–4 |
1 |
–1 |
–3 |
2 |
–2 |
–3 |
3 |
0 |
–4 |
0 |
0 |
–1 |
2 |
–4 |
–2 |
Asn (N) |
0 |
0 |
2 |
2 |
–4 |
1 |
1 |
0 |
2 |
–2 |
–3 |
1 |
–2 |
–3 |
0 |
1 |
0 |
–4 –2 –2 |
||
Asp (D) |
0 |
–1 |
2 |
4 |
–5 |
2 |
3 |
1 |
1 |
–2 |
–4 |
0 |
–3 |
–6 |
–1 |
0 |
0 |
–7 –4 –2 |
||
Cys (C) |
–2 |
–4 |
–4 |
–5 12 –5 |
–5 |
–3 |
–3 –2 –6 |
–5 –5 –4 |
–3 |
0 |
–2 |
–8 |
0 |
–2 |
||||||
Gln (Q) |
0 |
1 |
1 |
2 |
–5 |
4 |
2 |
–1 |
3 |
–2 |
–2 |
1 |
–1 |
–5 |
0 |
–1 |
–1 |
–5 –4 –2 |
||
Glu (E) |
0 |
–1 |
1 |
3 |
–5 |
2 |
4 |
0 |
1 |
–2 |
–3 |
0 |
–2 |
–5 |
–1 |
0 |
0 |
–7 –4 –2 |
||
Gly (G) |
1 |
–3 |
0 |
1 |
–3 |
–1 |
0 |
5 |
–2 –3 –4 |
–2 –3 –5 |
0 |
1 |
0 |
–7 –5 –1 |
||||||
His (H) |
–1 |
2 |
2 |
1 |
–3 |
3 |
1 |
–2 |
6 |
–2 |
–2 |
0 |
–2 |
–2 |
0 |
–1 |
–1 |
–3 |
0 |
–2 |
Ile (I) |
–1 |
–2 |
–2 |
–2 –2 –2 |
–2 |
–3 |
–2 |
5 |
2 |
–2 |
2 |
1 |
–2 |
–1 |
0 |
–5 |
–1 |
4 |
||
Leu (L) |
–2 |
–3 |
–3 |
–4 –6 –2 |
–3 |
–4 |
–2 |
2 |
6 |
–3 |
4 |
2 |
–3 |
–3 |
–2 |
–2 |
–1 |
2 |
||
Lys (K) |
–1 |
3 |
1 |
0 |
–5 |
1 |
0 |
–2 |
0 |
–2 |
–3 |
5 |
0 |
–5 |
–1 |
0 |
0 |
–3 –4 –2 |
||
Met (M) |
–1 |
0 |
–2 |
–3 –5 –1 |
–2 |
–3 |
–2 |
2 |
4 |
0 |
6 |
0 |
–2 |
–2 |
–1 |
–4 |
–2 |
2 |
||
Phe (F) |
–3 |
–4 |
–3 |
–6 –4 –5 |
–5 |
–5 |
–2 |
1 |
2 |
–5 |
0 |
9 |
–5 |
–3 |
–3 |
0 |
7 |
–1 |
||
Pro (P) |
1 |
0 |
0 |
–1 |
–3 |
0 |
–1 |
0 |
0 |
–2 |
–3 |
–1 –2 –5 |
6 |
1 |
0 |
–6 –5 –1 |
||||
Ser (S) |
1 |
0 |
1 |
0 |
0 |
–1 |
0 |
1 |
–1 –1 –3 |
0 |
–2 |
–3 |
1 |
2 |
1 |
–2 –3 –1 |
||||
Thr (T) |
1 |
–1 |
0 |
0 |
–2 |
–1 |
0 |
0 |
–1 |
0 |
–2 |
0 |
–1 |
–3 |
0 |
1 |
3 |
–5 |
–3 |
0 |
Trp (W) |
–6 |
2 |
–4 |
–7 –8 –5 |
–7 |
–7 |
–3 –5 –2 |
–3 |
–4 |
0 |
–6 |
–2 |
–5 |
17 |
0 |
–6 |
||||
Tyr (Y) |
–3 |
–4 |
–2 |
–4 |
0 |
–4 |
–4 |
–5 |
0 |
–1 |
–1 |
–4 |
–2 |
7 |
–5 |
–3 |
–3 |
0 |
10 |
–2 |
Val (V) |
0 |
–2 |
–2 |
–2 –2 –2 |
–2 |
–1 |
–2 |
4 |
2 |
–2 |
2 |
–1 |
–1 |
–1 |
0 |
–6 |
–2 |
4 |
||
|
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V |
74 |
75 |
Таблица 5 – Матрица замен аминокислот BLOSUM45 |
|
|
|
|
|
Таблица 7 – Матрица замен аминокислот BLOSUM62 |
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||
Ala (A) |
5 |
–2 |
–1 –2 –1 |
–1 |
–1 |
0 |
–2 |
–1 –1 –1 |
–1 –2 –1 |
1 |
0 |
–2 |
–2 |
0 |
|
Ala (A) |
4 |
–1 |
–2 |
–2 |
0 |
–1 |
–1 |
0 |
–2 –1 –1 |
–1 |
–1 |
–2 |
–1 |
1 |
0 |
–3 |
–2 |
0 |
||||||||
Arg (R) |
–2 |
7 |
0 |
–1 |
–3 |
1 |
0 |
–2 |
0 |
–3 |
–2 |
3 |
–1 –2 –2 |
–1 |
–1 |
–2 |
–1 |
–2 |
|
Arg (R) |
–1 |
5 |
0 |
–2 |
–3 |
1 |
0 |
–2 |
0 |
–3 |
–2 |
2 |
–1 |
–3 |
–2 |
–1 |
–1 –3 –2 |
–3 |
||||
Asn (N) |
–1 |
0 |
6 |
2 |
–2 |
0 |
0 |
0 |
1 |
–2 |
–3 |
0 |
–2 –2 –2 |
1 |
0 |
–4 |
–2 |
–3 |
|
Asn (N) |
–2 |
0 |
6 |
1 |
–3 |
0 |
0 |
0 |
1 |
–3 |
–3 |
0 |
–2 |
–3 |
–2 |
1 |
0 |
–4 |
–2 |
–3 |
||
Asp (D) |
–2 |
–1 |
2 |
7 |
–3 |
0 |
2 |
–1 |
0 |
–4 |
–3 |
0 |
–3 –4 –1 |
0 |
–1 |
–4 |
–2 |
–3 |
|
Asp (D) |
–2 |
–2 |
1 |
6 |
–3 |
0 |
2 |
–1 |
–1 –3 –4 |
–1 |
–3 |
–3 |
–1 |
0 |
–1 –4 –3 |
–3 |
||||||
Cys (C) |
–1 |
–3 |
–2 –3 12 |
–3 |
–3 |
–3 |
–3 |
–3 –2 –3 |
–2 –2 –4 |
–1 |
–1 |
–5 |
–3 |
–1 |
|
Cys (C) |
0 |
–3 |
–3 |
–3 |
9 |
–3 |
–4 |
–3 |
–3 –1 –1 |
–3 |
–1 |
–2 |
–3 |
–1 |
–1 –2 –2 |
–1 |
||||||||||
Gln (Q) |
–1 |
1 |
0 |
0 |
–3 |
6 |
2 |
–2 |
1 |
–2 |
–2 |
1 |
0 |
–4 |
–1 |
0 |
–1 |
–2 |
–1 |
–3 |
|
Gln (Q) |
–1 |
1 |
0 |
0 |
–3 |
5 |
2 |
–2 |
0 |
–3 |
–2 |
1 |
0 |
–3 |
–1 |
0 |
–1 –2 –1 |
–2 |
||
Glu (E) |
–1 |
0 |
0 |
2 |
–3 |
2 |
6 |
–2 |
0 |
–3 |
–2 |
1 |
–2 |
–3 |
0 |
0 |
–1 |
–3 |
–2 |
–3 |
|
Glu (E) |
–1 |
0 |
0 |
2 |
–4 |
2 |
5 |
–2 |
0 |
–3 |
–3 |
1 |
–2 |
–3 |
–1 |
0 |
–1 –3 –2 |
–2 |
||
Gly (G) |
0 |
–2 |
0 |
–1 |
–3 |
–2 |
–2 |
7 |
–2 –4 –3 –2 |
–2 –3 –2 |
0 |
–2 |
–2 |
–3 |
–3 |
|
Gly (G) |
0 |
–2 |
0 |
–1 |
–3 |
–2 |
–2 |
6 |
–2 –4 –4 |
–2 |
–3 |
–3 |
–2 |
0 |
–2 –2 –3 |
–3 |
|||||||||
His (H) |
–2 |
0 |
1 |
0 |
–3 |
1 |
0 |
–2 |
10 |
–3 –2 –1 |
0 |
–2 |
–2 |
–1 |
–2 |
–3 |
2 |
–3 |
|
His (H) |
–2 |
0 |
1 |
–1 |
–3 |
0 |
0 |
–2 |
8 |
–3 |
–3 |
–1 |
–2 |
–1 |
–2 |
–1 |
–2 |
–2 |
2 |
–3 |
||
Ile (I) |
–1 |
–3 |
–2 –4 –3 |
–2 |
–3 |
–4 |
–3 |
5 |
2 |
–3 |
2 |
0 |
–2 |
–2 |
–1 |
–2 |
0 |
3 |
|
Ile (I) |
–1 |
–3 |
–3 –3 –1 |
–3 |
–3 |
–4 |
–3 |
4 |
2 |
–3 |
1 |
0 |
–3 |
–2 |
–1 –3 –1 |
3 |
||||||
Leu (L) |
–1 |
–2 |
–3 –3 –2 |
–2 |
–2 |
–3 |
–2 |
2 |
5 |
–3 |
2 |
1 |
–3 |
–3 |
–1 |
–2 |
0 |
1 |
|
Leu (L) |
–1 |
–2 |
–3 –4 –1 |
–2 |
–3 |
–4 |
–3 |
2 |
4 |
–2 |
2 |
0 |
–3 |
–2 |
–1 –2 –1 |
1 |
||||||
Lys (K) |
–1 |
3 |
0 |
0 |
–3 |
1 |
1 |
–2 |
–1 |
–3 |
–3 |
5 |
–1 –3 –1 |
–1 |
–1 |
–2 |
–1 |
–2 |
|
Lys (K) |
–1 |
2 |
0 |
–1 |
–3 |
1 |
1 |
–2 |
–1 –3 –2 |
5 |
–1 |
–3 |
–1 |
0 |
–1 –3 –2 |
–2 |
||||||
Met (M) |
–1 |
–1 |
–2 –3 –2 |
0 |
–2 |
–2 |
0 |
2 |
2 |
–1 |
6 |
0 |
–2 |
–2 |
–1 |
–2 |
0 |
1 |
|
Met (M) |
–1 |
–1 |
–2 –3 –1 |
0 |
–2 |
–3 |
–2 |
1 |
2 |
–1 |
5 |
0 |
–2 |
–1 |
–1 –1 –1 |
1 |
||||||
Phe (F) |
–2 |
–2 |
–2 –4 –2 |
–4 |
–3 |
–3 |
–2 |
0 |
1 |
–3 |
0 |
8 |
–3 |
–2 |
–1 |
1 |
3 |
0 |
|
Phe (F) |
–2 |
–3 |
–3 –3 –2 |
–3 |
–3 |
–3 |
–1 |
0 |
0 |
–3 |
0 |
6 |
–4 |
–2 |
–2 |
1 |
3 |
–1 |
||||
Pro (P) |
–1 |
–2 |
–2 –1 –4 |
–1 |
0 |
–2 |
–2 |
–2 –3 –1 |
–2 |
–3 |
9 |
–1 |
–1 |
–3 |
–3 |
–3 |
|
Pro (P) |
–1 |
–2 |
–2 –1 –3 |
–1 |
–1 |
–2 |
–2 –3 –3 |
–1 |
–2 |
–4 |
7 |
–1 |
–1 –4 –3 |
–2 |
||||||||||
Ser (S) |
1 |
–1 |
1 |
0 |
–1 |
0 |
0 |
0 |
–1 |
–2 –3 –1 |
–2 –2 –1 |
4 |
2 |
–4 |
–2 |
–1 |
|
Ser (S) |
1 |
–1 |
1 |
0 |
–1 |
0 |
0 |
0 |
–1 –2 –2 |
0 |
–1 |
–2 |
–1 |
4 |
1 |
–3 |
–2 |
–2 |
||||||
Thr (T) |
0 |
–1 |
0 |
–1 |
–1 |
–1 |
–1 |
–2 |
–2 |
–1 –1 –1 |
–1 –1 –1 |
2 |
5 |
–3 |
–1 |
0 |
|
Thr (T) |
0 |
–1 |
0 |
–1 |
–1 |
–1 |
–1 |
–2 |
–2 –1 –1 |
–1 |
–1 |
–2 |
–1 |
1 |
5 |
–2 |
–2 |
0 |
||||||
Trp (W) |
–2 |
–2 |
–4 –4 –5 |
–2 |
–3 |
–2 |
–3 |
–2 –2 –2 |
–2 |
1 |
–3 |
–4 |
–3 |
15 |
3 |
–3 |
|
Trp (W) |
–3 |
–3 |
–4 –4 –2 |
–2 |
–3 |
–2 |
–2 –3 –2 |
–3 |
–1 |
1 |
–4 |
–3 |
–2 |
11 |
2 |
–3 |
||||||||
Tyr (Y) |
–2 |
–1 |
–2 –2 –3 |
–1 |
–2 |
–3 |
2 |
0 |
0 |
–1 |
0 |
3 |
–3 |
–2 |
–1 |
3 |
8 |
–1 |
|
Tyr (Y) |
–2 |
–2 |
–2 –3 –2 |
–1 |
–2 |
–3 |
2 |
–1 |
–1 |
–2 |
–1 |
3 |
–3 |
–2 |
–2 |
2 |
7 |
–1 |
||||
Val (V) |
0 |
–2 |
–3 –3 –1 |
–3 |
–3 |
–3 |
–3 |
3 |
1 |
–2 |
1 |
0 |
–3 |
–1 |
0 |
–3 |
–1 |
5 |
|
Val (V) |
0 |
–3 |
–3 –3 –1 |
–2 |
–2 |
–3 |
–3 |
3 |
1 |
–2 |
1 |
–1 |
–2 |
–2 |
0 |
–3 |
–1 |
4 |
||||
|
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V |
|
|
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V |
Таблица 6 – Матрица замен аминокислот BLOSUM50 |
|
|
|
|
|
Таблица 8 – Матрица замен аминокислот BLOSUM80 |
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||
Ala (A) |
5 |
–2 |
–1 –2 –1 |
–1 |
–1 |
0 |
–2 –1 –2 |
–1 |
–1 –3 –1 |
1 |
0 |
–3 |
–2 |
0 |
|
Ala (A) |
7 |
–3 |
–3 –3 –1 |
–2 |
–2 |
0 |
–3 |
–3 |
–3 |
–1 |
–2 |
–4 |
–1 |
2 |
0 |
–5 –4 –1 |
||||||||||
Arg (R) |
–2 |
7 |
–1 –2 –4 |
1 |
0 |
–3 |
0 |
–4 |
–3 |
3 |
–2 –3 –3 |
–1 |
–1 –3 –1 |
–3 |
|
Arg (R) |
–3 |
9 |
–1 –3 –6 |
1 |
–1 |
–4 |
0 |
–5 |
–4 |
3 |
–3 |
–5 –3 –2 |
–2 |
–5 –4 –4 |
||||||||||||
Asn (N) |
–1 |
–1 |
7 |
2 |
–2 |
0 |
0 |
0 |
1 |
–3 |
–4 |
0 |
–2 –4 –2 |
1 |
0 |
–4 |
–2 |
–3 |
|
Asn (N) |
–3 |
–1 |
9 |
2 |
–5 |
0 |
–1 |
–1 |
1 |
–6 |
–6 |
0 |
–4 |
–6 |
–4 |
1 |
0 |
–7 –4 –5 |
||||
Asp (D) |
–2 |
–2 |
2 |
8 |
–4 |
0 |
2 |
–1 |
–1 –4 –4 |
–1 |
–4 –5 –1 |
0 |
–1 –5 –3 |
–4 |
|
Asp (D) |
–3 |
–3 |
2 |
10 |
–7 |
–1 |
2 |
–3 –2 –7 |
–7 |
–2 |
–6 |
–6 –3 –1 |
–2 |
–8 –6 –6 |
||||||||||||
Cys (C) |
–1 |
–4 |
–2 –4 13 |
–3 |
–3 |
–3 |
–3 –2 –2 |
–3 |
–2 –2 –4 |
–1 |
–1 –5 –3 |
–1 |
|
Cys (C) |
–1 |
–6 |
–5 –7 13 |
–5 |
–7 |
–6 –7 –2 |
–3 |
–6 |
–3 |
–4 –6 –2 |
–2 |
–5 –5 –2 |
||||||||||||||||
Gln (Q) |
–1 |
1 |
0 |
0 |
–3 |
7 |
2 |
–2 |
1 |
–3 |
–2 |
2 |
0 |
–4 |
–1 |
0 |
–1 –1 –1 |
–3 |
|
Gln (Q) |
–2 |
1 |
0 |
–1 |
–5 |
9 |
3 |
–4 |
1 |
–5 |
–4 |
2 |
–1 |
–5 –3 –1 |
–1 |
–4 –3 –4 |
||||||
Glu (E) |
–1 |
0 |
0 |
2 |
–3 |
2 |
6 |
–3 |
0 |
–4 |
–3 |
1 |
–2 –3 –1 |
–1 |
–1 –3 –2 |
–3 |
|
Glu (E) |
–2 |
–1 |
–1 |
2 |
–7 |
3 |
8 |
–4 |
0 |
–6 |
–6 |
1 |
–4 |
–6 –2 –1 |
–2 |
–6 –5 –4 |
||||||||
Gly (G) |
0 |
–3 |
0 |
–1 |
–3 |
–2 |
–3 |
8 |
–2 –4 –4 |
–2 |
–3 –4 –2 |
0 |
–2 –3 –3 |
–4 |
|
Gly (G) |
0 |
–4 |
–1 –3 –6 |
–4 |
–4 |
9 |
–4 |
–7 |
–7 |
–3 |
–5 |
–6 –5 –1 |
–3 |
–6 –6 –6 |
||||||||||||
His (H) |
–2 |
0 |
1 |
–1 |
–3 |
1 |
0 |
–2 |
10 |
–4 |
–3 |
0 |
–1 –1 –2 |
–1 |
–2 |
–3 |
2 |
–4 |
|
His (H) |
–3 |
0 |
1 |
–2 |
–7 |
1 |
0 |
–4 12 –6 |
–5 |
–1 |
–4 |
–2 –4 –2 |
–3 |
–4 |
3 |
–5 |
||||||
Ile (I) |
–1 |
–4 |
–3 –4 –2 |
–3 |
–4 |
–4 |
–4 |
5 |
2 |
–3 |
2 |
0 |
–3 |
–3 |
–1 –3 –1 |
4 |
|
Ile (I) |
–3 |
–5 |
–6 –7 –2 |
–5 |
–6 |
–7 |
–6 |
7 |
2 |
–5 |
2 |
–1 –5 –4 |
–2 |
–5 |
–3 |
4 |
||||||||
Leu (L) |
–2 |
–3 |
–4 –4 –2 |
–2 |
–3 |
–4 |
–3 |
2 |
5 |
–3 |
3 |
1 |
–4 |
–3 |
–1 –2 –1 |
1 |
|
Leu (L) |
–3 |
–4 |
–6 –7 –3 |
–4 |
–6 |
–7 |
–5 |
2 |
6 |
–4 |
3 |
0 |
–5 |
–4 |
–3 |
–4 |
–2 |
1 |
||||||
Lys (K) |
–1 |
3 |
0 |
–1 |
–3 |
2 |
1 |
–2 |
0 |
–3 |
–3 |
6 |
–2 –4 –1 |
0 |
–1 –3 –2 |
–3 |
|
Lys (K) |
–1 |
3 |
0 |
–2 |
–6 |
2 |
1 |
–3 –1 –5 |
–4 |
8 |
–3 –5 –2 –1 |
–1 |
–6 –4 –4 |
|||||||||||
Met (M) |
–1 |
–2 |
–2 –4 –2 |
0 |
–2 |
–3 |
–1 |
2 |
3 |
–2 |
7 |
0 |
–3 |
–2 |
–1 |
–1 |
0 |
1 |
|
Met (M) |
–2 |
–3 |
–4 –6 –3 |
–1 |
–4 |
–5 |
–4 |
2 |
3 |
–3 |
9 |
0 |
–4 |
–3 |
–1 |
–3 |
–3 |
1 |
||||
Phe (F) |
–3 |
–3 |
–4 –5 –2 |
–4 |
–3 |
–4 |
–1 |
0 |
1 |
–4 |
0 |
8 |
–4 |
–3 |
–2 |
1 |
4 |
–1 |
|
Phe (F) |
–4 |
–5 |
–6 –6 –4 |
–5 |
–6 |
–6 –2 –1 |
0 |
–5 |
0 |
10 |
–6 |
–4 |
–4 |
0 |
4 |
–2 |
||||||
Pro (P) |
–1 |
–3 |
–2 –1 –4 |
–1 |
–1 |
–2 |
–2 –3 –4 |
–1 |
–3 –4 10 |
–1 |
–1 –4 –3 |
–3 |
|
Pro (P) |
–1 |
–3 |
–4 –3 –6 |
–3 |
–2 |
–5 –4 –5 |
–5 |
–2 |
–4 –6 12 –2 |
–3 |
–7 –6 –4 |
|||||||||||||||||
Ser (S) |
1 |
–1 |
1 |
0 |
–1 |
0 |
–1 |
0 |
–1 –3 –3 |
0 |
–2 –3 –1 |
5 |
2 |
–4 |
–2 |
–2 |
|
Ser (S) |
2 |
–2 |
1 |
–1 |
–2 |
–1 |
–1 |
–1 –2 –4 |
–4 |
–1 |
–3 |
–4 |
–2 |
7 |
2 |
–6 –3 –3 |
||||||||
Thr (T) |
0 |
–1 |
0 |
–1 |
–1 |
–1 |
–1 |
–2 |
–2 –1 –1 |
–1 |
–1 –2 –1 |
2 |
5 |
–3 |
–2 |
0 |
|
Thr (T) |
0 |
–2 |
0 |
–2 |
–2 |
–1 |
–2 |
–3 –3 –2 |
–3 |
–1 |
–1 |
–4 |
–3 |
2 |
8 |
–5 |
–3 |
0 |
||||||
Trp (W) |
–3 |
–3 |
–4 –5 –5 |
–1 |
–3 |
–3 |
–3 –3 –2 |
–3 |
–1 |
1 |
–4 |
–4 |
–3 |
15 |
2 |
–3 |
|
Trp (W) |
–5 |
–5 |
–7 –8 –5 |
–4 |
–6 |
–6 –4 –5 |
–4 |
–6 |
–3 |
0 |
–7 |
–6 |
–5 |
16 |
3 |
–5 |
||||||||
Tyr (Y) |
–2 |
–1 |
–2 –3 –3 |
–1 |
–2 |
–3 |
2 |
–1 |
–1 |
–2 |
0 |
4 |
–3 |
–2 |
–2 |
2 |
8 |
–1 |
|
Tyr (Y) |
–4 |
–4 |
–4 –6 –5 |
–3 |
–5 |
–6 |
3 |
–3 |
–2 |
–4 |
–3 |
4 |
–6 |
–3 |
–3 |
3 |
11 |
–3 |
||||
Val (V) |
0 |
–3 |
–3 –4 –1 |
–3 |
–3 |
–4 |
–4 |
4 |
1 |
–3 |
1 |
–1 |
–3 |
–2 |
0 |
–3 |
–1 |
5 |
|
Val (V) |
–1 |
–4 |
–5 –6 –2 |
–4 |
–4 |
–6 |
–5 |
4 |
1 |
–4 |
1 |
–2 –4 –3 |
0 |
–5 |
–3 |
7 |
||||||
|
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V |
|
|
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
76 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
77 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|