Добавил:
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз: Предмет: Файл:

Огурцов А.Н. Выравнивание белковых последовательностей. – Харьков. НТУ ХПИ, 2015. – 80 с

..pdf
Скачиваний:
62
Добавлен:
14.09.2020
Размер:
2.58 Mб
Скачать

ЗАДАЧА 8.8

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-1 гемоглобина зародыша Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQV

 

LS +K+ + A W KV

G +AL R+ + FP T+ YF F +LS+

G+A+V

Sbjct LSADEKSAINAVWSKVNIEND--GHDALTRLLVVFPWTQRYFSSFGNLSNVAAISGNAKV

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA

 

+ HGKKV A+ ++ H+DD+ N LS LS HA +L VDP NFK L+ L++ LA

L A

Sbjct

RAHGKKVLSAVDESIHHLDDIKNFLSVLSTKHAEELHVDPENFKRLADVLVIVLAGKLGA

Query

EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

FTP V A+ +KF A +

L+ Y

 

 

Sbjct

AFTPQVQAAWEKFSAGLVAALSHGY

146

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

HAGEYGAEAL

ENDGHDAL

ЗАДАЧА 8.9

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей ро гемоглобина Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)

Query

SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQVK

 

S +K

+ + W KV

E GAEAL R+ + +P T+ +F +F +LS

G+ +V+

Sbjct SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFDNFGNLSSPTAIIGNPKVR

Query

GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE

 

HGKKV

+ AV ++D++ N + LS+LH KL VDP NF+LL + L++ LAAH +

Sbjct

AHGKKVLSSFGEAVKNLDNIKNTYAKLSELHCEKLHVDPENFRLLGNILIIVLAAHFTKD

Query

FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

FTP A K ++ V+ L KY

 

Sbjct

FTPTCQAVWQKLVSVVAHALAYKY

146

используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VNVEECGA

58

ЗАДАЧА 8.10

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей гамма гемоглобина Oryctolagus cuniculus (Дикий кролик) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----

QV

 

+ +K + + W V

+ GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS SA

+V

Sbjct FTAEEKAAITSTWKLVDVE--DAGAEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSSSAIMGNPKV

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA

 

K HGKKV

A +AV +VDD+ N

+ LS+LH +L VDP NFKLL + L++ LA +

 

Sbjct

KAHGKKVLTAFGDAVKNVDDLKNTFAHLSELHCDRLHVDPENFKLLGNVLVIVLAKYFGK

Query

EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

EFTP V ++

K +A V+T L

KY

 

 

Sbjct

EFTPQVQSAWQKLVAGVATALAHKY

146

 

используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VDVEDAGA

ЗАДАЧА 8.11

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон-4 гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH------

GSAQV

 

+ +K V + W KV

G E+L R+ + +P T+ +F F +

G+ +V

Sbjct FTTEEKAAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVYPWTQRFFDSFGNLYSESAIMGNPKV

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA

 

K HG+KV ++

NA+ H+DD+

 

+ LS+LH KL VDP NF+LL + +L+ LA H

Sbjct

KAHGRKVLNSFGNAIEHMDDLKGTFADLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMILIVLATHFSK

Query

EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

EFTP + AS K

+V+ L

KY

 

 

Sbjct

EFTPQMQASWQKLTNAVANALAHKY

146

 

используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

GAHAGEYGAE

NVEVVGGE

59

ЗАДАЧА 8.12

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с белком LOC445037 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)

Query SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----QVK

 

S +++ + + W K+

+

E G +

L R+ + +P T+ YF F DLS SA

+V

Sbjct SDSERKTIASVWSKI--NVDEIGPQTLARVLVVYPWTQRYFGAFGDLSCASAIMGNPKVS

Query

GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE

 

HGK V AL

AV +VDD+

+

LS LH KL VDP NFKLL+ CL + +A +

 

Sbjct

EHGKTVLKALEKAVKNVDDIKTTYAQLSQLHCEKLNVDPDNFKLLADCLSIVIATNFGPA

Query

FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

F PAV ++

K L+ V

LTS+Y

 

 

Sbjct

FNPAVQSTWQKLLSVVVAALTSRY

146

 

используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

WGKVGAHAGE

WSKINVDE

ЗАДАЧА 8.13

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-С гемоглобина Ovis aries (Домашняя овца) (Sbjct)

Query

DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQVKGHG

 

+K + W KV

E GAEAL R+ + +P T+ +F HF DLS

G+A+VK HG

Sbjct NKALITGFWSKV--KVDEVGAEALGRLLVVYPWTQRFFEHFGDLSTADAVLGNAKVKAHG

Query

KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP

 

KKV D+ +N V H+DD+

 

+ LS+LH KL VDP NF+LL + L+V LA H EFTP

Sbjct

KKVLDSFSNGVQHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKEFTP

Query

AVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

+ A K +A V++ L

+Y

 

 

Sbjct

ELQAEFQKVVAGVASALAHRY

141

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

GKVGAHAGEY

SKVKVDEV

60

ЗАДАЧА 8.14

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей гамма-1 гемоглобина Papio anubis (Павиан догеровский, Анубис) (Sbjct)

Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV

 

+ +K V + W K+

E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS

G+ +V

Sbjct FTAEEKAAVTSLWSKINVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKV

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA

 

K HGKKV

+ +A+ ++D++

A + LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H

Sbjct

KAHGKKVLTSFGDAIKNMDNLKTAFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGR

Query

EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

EFTP V A+

K +++V+ L

KY

 

 

Sbjct

EFTPEVQAAWQKLVSAVAIALAHKY

146

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

KVGAHAGEYG

KINVEETG

ЗАДАЧА 8.15

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека

HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином дэльта Xenopus (Silurana) tropicalis

(Водная лягушка силураны) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV

 

LS +K+ + A W KV

G EAL R+ + +P T+ YF F +LS+

G+A+V

Sbjct

LSADEKSAINAVWQKVDIEKD--GHEALTRLLVVYPWTQRYFSSFGNLSNVTAISGNAKV

Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA GHGKKV A+ A+ H+DD+ + LSALS HA +L VDP NFK L+ L + +A L

Sbjct HGHGKKVLSAVDEAIHHIDDIKHFLSALSKKHAQELHVDPENFKRLADVLAIVVAGKLGT

Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

FTP V A+ +KF A + L+ Y

Sbjct AFTPQVQAAWEKFSAGLVAALSHGY 146

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

AHAGEYGAEA

IEKDGHEA

61

ЗАДАЧА 8.16

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)

Query

VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----Q

 

+L+ +K V A WGKV

E G EAL R+ + +P T+ +F F DLS A

+

Sbjct

MLTAEEKAAVTAFWGKV--KVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTADAVMNNPK

Query VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP VK HGKKV D+ +N + H+DD+ +ALS+LH KL VDP NFKLL + L+V LA +

Sbjct VKAHGKKVLDSFSNGMKHLDDLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVVVLARNFG

Query AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

EFTP + A K +A V+ L +Y

Sbjct KEFTPVLQADFQKVVAGVANALAHRY 144

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

WGKVGAHAGE

WGKVKVDE

ЗАДАЧА 8.17

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Pan troglodytes (Обыкновенный шимпанзе) (Sbjct)

Query

DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQVKGHG

 

+K

V + W K+

E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS

G+ +VK HG

Sbjct EKAAVTSLWSKMNVE--EAGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKVKAHG

Query

KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP

 

KKV

+

+A+ ++D++

A + LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H EFTP

Sbjct

KKVLTSFGDAIKNMDNLKPAFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGKEFTP

Query

AVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

V A+

K +++V+ L

KY

 

 

Sbjct

EVQAAWQKLVSAVAIALAHKY

146

 

используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

GAHAGEYGAE

NVEEAGGE

62

ЗАДАЧА 8.18

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)

Query

SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVK

 

S +K + + W KV

E GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS

G+ +V+

Sbjct

SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAIMGNPRVR

Query GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE HGKKV + AV ++D++ N + LS+LH KL VDP NF+LL L++ LA+H + Sbjct AHGKKVLSSFGEAVKNLDNIKNTYAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLASHFARD

Query FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

FTPA + K + V+ L KY

Sbjct FTPACQFAWQKLVNVVAHALARKY 146

используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VNVEECGA

ЗАДАЧА 8.19

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека

HBA_HUMAN (Query) с белком LOC100216007 Xenopus (Silurana) tropicalis

(Водная лягушка силураны) (Sbjct)

Query

DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQVKGHG

 

+K

+ + W KV

+ G EAL R+ + +P T+ YF F +LS+

G+A+V+ HG

Sbjct EKAAITSVWQKVNLE--QDGHEALTRLLVVYPWTQRYFSSFGNLSNVTAVSGNAKVRAHG

Query

KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP

 

KV

A+ NA+AH+D++

L

LS+ HA KL VDP NFK L L++ LA+ L FTP

Sbjct

NKVLSAVGNAIAHLDNVKGTLHDLSETHAFKLHVDPENFKRLGEVLVIVLASKLGTAFTP

Query

AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

142

 

 

+

+ +KF+A + L+ Y

 

 

Sbjct

QIQGAWEKFVAVLVDALSQGYN

147

 

используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

KVGAHAGEYG

KVNLEQDG

63

ЗАДАЧА 8.20

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Macaca mulatta (Макак-резус) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQV

 

+ +K

V + W K+

E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS

G+ +V

Sbjct FTAEEKAAVTSLWSKMNVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKV

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA

 

K HGKKV

+ +A+ ++D++

+ LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H

Sbjct

KAHGKKVLTSFGDAIKNMDNLKITFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGK

Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

EFTP V A+ K +++V+ L KY

Sbjct EFTPEVQAAWQKLVSAVAIALAHKY 146

используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

GAHAGEYGAEA

NVEETGGEA

ЗАДАЧА 8.21

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-2 гемоглобина Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct)

Query

DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQVKGHG

 

+K

+ + W KV

G!+AL R+ + +P T+ YF +F +LS+

G+A+V+ HG

Sbjct EKAAITSVWQKVNVE--HDGHDALGRLLIVYPWTQRYFSNFGNLSNSAAVAGNAKVQAHG

Query

KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP

 

KKV

A+ NA++H+D + ++L

LS +HA +L VDP NFK

L++ L A L FTP

Sbjct

KKVLSAVGNAISHIDSVKSSLQQLSKIHATELFVDPENFKRFGGVLVIVLGAKLGTAFTP

Query

AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

142

 

 

 

V A+ +KF+A +

L+ Y

 

 

 

Sbjct

KVQAAWEKFIAVLVDGLSQGYN

147

 

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VNVEHDGH

64

ЗАДАЧА 8.22

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с глобином эпсилон Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)

Query

DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----

GSAQVKGHG

 

+K

+

WGKV +

E!GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS

G+

V+ HG

Sbjct EKQLITGLWGKV--NVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSATAIIGNPMVRAHG

Query

KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP

 

KKV

+

AV ++D++

+ + LS LH KL VDP NF+LL L++ LA+H

+FTP

Sbjct

KKVLSSFGEAVKNLDNIKKSFAQLSKLHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLASHFSKDFTP

Query

AVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

 

A A+ K + V+ L +Y

 

 

 

Sbjct

ASQAAWQKMVRVVAHALAHEY

146

 

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

GKVGAHAGEY

GKVNVAEC

ЗАДАЧА 8.23

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон-2 гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH------

GSAQV

 

+ + V + W KV

G E+L R+ +

P T+ +F F +

G+ +V

Sbjct FTTEENVAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVCPWTQRFFDSFGNLYSESAIMGNPKV

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA

 

K +G+KV ++

NA+ H+DD+

+ LS+LH

KL VDP NF+LL + +L+ LA H

Sbjct

KVYGRKVLNSFGNAIKHMDDLKGTFADLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMILIVLATHFSK

Query

EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

 

EFTP + A+ K

+V+

LT KY

 

 

 

Sbjct

EFTPQMQAAWQKLTNAVANALTHKY

146

 

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGAE

VNVEVVGGE

65

ЗАДАЧА 8.24

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином альфа Rattus norvegicus (Серая крыса) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV

 

+ +K + + W KV

+ G E L R+ + +P T+ +F F +LS

G+ ++

Sbjct

FTAEEKAAIISIWEKVDLE--KIGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI

Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA + HGKKV +L +AV ++D++ + LS+LH KL VDP NFKLL + L++ L+ H

Sbjct RAHGKKVLTSLGSAVENMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPQNFKLLGNMLVIVLSTHFAK

Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

EFTP V A+ K + V+ L+ KY

Sbjct EFTPEVQAAWQKLVMGVANALSHKY 146

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VDLEKIGG

ЗАДАЧА 8.25

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-глобином Salmo salar (Сёмга) (Sbjct)

Query

ADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS

-----HGSAQVKGH

 

A+K+ + A WGKV

+

E G

AL R+ + +P T+ YF F D+S

G+ +V H

Sbjct AEKSTISAVWGKVDIN--EVGPLALARVLIVYPWTQRYFGSFGDVSTPAAIMGNPKVAAH

Query

GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFT

 

GK V AL

AV ++ ++

+LS+ HA+KL VDP NF++L+

L + +AA A FT

Sbjct

GKVVCGALDKAVKNMGNILATYKSLSETHANKLFVDPDNFRVLADVLTIVIAAKFGASFT

Query

PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

P + A+

KF+

V

+ S+Y

 

 

Sbjct

PEIQATWQKFMKVVVAAMGSRY

146

 

используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VDINEVGP

66

ЗАДАЧА 8.26

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-Н1 гемоглобина Mus musculus (Мышь домовая) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV

 

+ +K + + W KV

+ G E L R+ + +P T+ +F F +LS

G+ ++

Sbjct

FTAEEKAAITSIWDKVDLE--KVGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI

Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA + HGKKV +L V ++D++ + LS+LH KL VDP NFKLL + L++ L+ H

Sbjct RAHGKKVLTSLGLGVKNMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPENFKLLGNMLVIVLSTHFAK

Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

EFTP V A+ K + V+ L+ KY

Sbjct EFTPEVQAAWQKLVIGVANALSHKY 146

используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VDLEKVGG

ЗАДАЧА 8.27

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта гемоглобина Equus caballus (Лошадь домашняя) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV

 

LS +K V A W KV

E G!EAL R+ + +P T+ +F F DLS+

G+ +V

Sbjct

LSGEEKAAVLALWDKVNEE--EVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKV

Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA K HGKKV + V H+D++ +ALS+LH KL VDP NF+LL + L+V LA H

Sbjct KAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGK

Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

+FTP + AS K +A V+ L KY

Sbjct DFTPELQASYQKVVAGVANALAHKY 146

используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VGAHAGEYGA

VNEEEVGG

67

ЗАДАЧА 8.28

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-типом глобина эмбриона Oncorhynchus mykiss (Радужная форель) (Sbjct)

Query

EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKG----

--HGKKVADALTNAVAHVDDM

 

+ G

AL R + +P T+ YF +F + +A ++G

HGK V

L

AV ++DD+

Sbjct

DVGPAALSRCLVVYPWTQRYFGNFGNLYNAAAIQGNPMVAAHGKTVLRGLDRAVKNMDDI

Query

PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL

 

 

+ LS LH+ KLRVDP NF+LL+ CL + +AA + A+FT V

+

KFLA V + L

Sbjct

KATYAELSVLHSEKLRVDPDNFRLLADCLTIVVAARMGADFTADVQGAFQKFLAVVVSSL

Query

TSKY

141

 

 

 

 

+Y

 

 

 

 

Sbjct

GRQY

146

 

 

 

используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

HGKKVADA

AAHGKTVLRG

ЗАДАЧА 8.29

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-4 гемоглобина Oncorhynchus mykiss (Радужная форель) (Sbjct)

Query

DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----

HGSAQVKGHG

 

+++ +

WGK+

E G +AL R+ + P T+ +F F +LS

G+ V HG

Sbjct ERSAIVGLWGKISVD--EIGPQALARLLIVSPWTQRHFSTFGNLSTPAAIMGNPAVAKHG

Query

KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHL-PAEFT

 

K V

L AV ++DD+ N

+ALS +H+ KL VDP NF+LL+ C+ V +AA L PA F+

Sbjct

KTVMHGLDRAVQNLDDIKNTYTALSVMHSEKLHVDPDNFRLLADCITVCVAAKLGPAVFS

Query

PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

 

 

+

KFLA V + L

+Y

 

Sbjct ADTQEAFQKFLAVVVSALGRQY 147

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

KVGAHAGEYG

KISVDEIG

68

ЗАДАЧА 8.30

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-1 гемоглобина Xenopus (Silurana) tropicalis (Водная лягушка силураны) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS

------HGSAQ

 

L+

++ +

W K+ A

G +AL

M ++P T+ YF F +LS

H +A

Sbjct LTAKERQLITGTWSKICAKT--LGKQALGSMLYTYPWTQRYFSSFGNLSSIEAIFHNAA-

Query

VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP

 

V

HG+KV

++ A+ H+DD+

+ LS

H+ L VDP NFK

C ++++A L

Sbjct

VATHGEKVLTSIGEAIKHMDDIKGYYAQLSKYHSETLHVDPYNFKRFCSCTIISMAQTLQ

Query AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

+FTP + A+ +K A+++ L Y

Sbjct EDFTPELQAAFEKLFAAIADALGKGY 146

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

AHAGEYGAEA

AKTLGKQA

ЗАДАЧА 8.31

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином бэта эмбриональным-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)

Query

EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----

QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDM

 

E G +AL+R + +P T+ YF F +L + A

+V HG

V

L A+ ++DD+

Sbjct

EAGPKALQRALIVYPWTQRYFGSFGNLYNAEAIINNPKVAAHGTVVLHGLDRAMKNMDDI

Query

PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL

 

N

+ LS LH+ KL VDP NF+LL+ CL + +A+ + A FT

+ A+

KFLA V + L

Sbjct

KNTYAELSVLHSEKLHVDPDNFRLLADCLTIVIASTMGAAFTADMQAAWQKFLAVVVSAL

Query

TSKY

141

 

 

 

 

+Y

 

 

 

 

Sbjct

QRQY

146

 

 

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

FDLSHGSA

FGNLYNAEAI

69

ЗАДАЧА 8.32

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN с белком LOC417972 Gallus gallus (Банкивский петух)

(Sbjct)

Query

MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF------DLSHGSA

 

M S A+ + + AW K+ A + G L RMF P TK+YF HF

+

S

Sbjct

MSFSEAEVQSARGAWEKMYVDAEDNGTAVLVRMFTEHPDTKSYFTHFKGMDSAEEMKQSD

Query

QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL---HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLA

 

QV+GHGK+V

A+ + V

H+D+

L

L+ L

HA!+L++DP NF+++ +L

Sbjct QVRGHGKRVFTAINDMVQHLDNTEAFLGILNPLGQKHATQLKIDPKNFRIICDIILQL--

Query

AHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

142

 

+ +F

AS +K

+ T LT+

Y+

 

Sbjct

--MEEKFGGDCKASFEKVTNEICTHLTNIYK

147

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM80 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

LSDLHAH

LNPLGQKHAT

ЗАДАЧА 8.33

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----

HGSAQV

 

L+ ++ +K

W +V A + G

L R F++FP+ K YF F D+

S+Q+

Sbjct

LTDVERGIIKDTWARVYASCEDVGVTILIRFFVNFPSAKQYFSQFQDMEDPEEMEKSSQL

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL----HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAA

 

+ H ++V +A+

V ++ D P

+S++ L

HA K +V+PV FK+LS

+L LA

Sbjct

RKHARRVMNAINTVVENLHD-PEKVSSVLVLVGKAHAFKYKVEPVYFKILSGVILEILAE

Query HLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141

FTP V S K +A++ +T Y

Sbjct EFGECFTPEVQTSWSKLMAALYWHITGAY 166

используя матрицу замен аминокислот PAM30 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

YFPHFDLS

YFSQFQDMED

70

ЗАДАЧА 8.34

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV

 

++ +++

+K

W +V A+

+ G

L R F++FP+ K +F F

GS Q+

Sbjct

ITESERGVIKETWARVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQHFSQFKHMEDPLEMEGSVQL

Query KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH

 

+ HG++V

A+ + V ++ D

+

LS +

HA K +V+PV FK+L+

+L A

Sbjct

RKHGRRVMGAVNSVVENLGDPEKVTTVLSIVGKSHALKHKVEPVYFKILTGVMLEVFAEE

Query

LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

142

 

 

+FTP V

+K + + + + S Y+

 

 

Sbjct

YAKDFTPDVQLVWNKLRSLIYSHVQSAYK

167

 

используя матрицу замен аминокислот PAM70 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

NAVAHVDD

SVVENLGDPE

ЗАДАЧА 8.35

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Gallus gallus (Банкивский петух)

(Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV

 

+S A+K

++

W +V A+

+ G L R F++FP+ K YF F

S Q+

Sbjct

ISDAEKKVIQETWSRVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQYFSQFKHMDDTLEMERSLQL

Query KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH

 

+ H ++V

A+

V ++DD

+ + L+ + HA K +V+PV FK L+

+L +A

Sbjct

RKHAQRVMGAINTVVENLDDPEKVSSVLALVGKAHALKHKVEPVYFKKLTGVMLEVIAEA

Query LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR 142

+FTP H + K + T +T+ Y+

Sbjct YGNDFTPEAHGAWTKMRTLIYTHVTAAYK 167

используя матрицу замен аминокислот PAM120 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт (вес))

DDMPNAL

DDPEKVSSVL

71

ЗАДАЧА 8.36

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека

HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Xenopus (Silurana) tropicalis (Водная лягушка силураны) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFD------LSHGSAQV

 

++ +++

+K

W +V A+

+ G

L R F++FP+ K +F F

GS Q+

Sbjct

ITESERGVIKETWARVYANCEDVGVSILIRFFVNFPSAKQHFSQFKHMEDPLEMEGSVQL

Query KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH

 

+ H ++V

A+ + V ++!D

+

LS +

HA K +VDPV FK+L+

+L +A

Sbjct

RKHARRVMGAVNSVVENLGDPEKITTVLSIVGKSHALKHKVDPVYFKILTGVMLEVIAEE

Query

LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

142

 

 

+FTP V

+ +K + + + + S Y+

 

 

Sbjct

YAKDFTPDVQLAWNKLRSHLYSHVLSAYK

167

 

используя матрицу замен аминокислот PAM250 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

DDMPNAL

GDPEKITTVL

ЗАДАЧА 8.37

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином Oncorhynchus mykiss (Радужная форель) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHG------SAQV

 

L +++ +K W KV +

+ G L R+F++FP++K YF F

SAQ+

Sbjct

LCDSEREMIKDTWAKVYQNCDDVGVAILIRLFVNFPSSKQYFSQFQQVEDPGELERSAQL

Query KGHGKKVADALTNAVAHV---DDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH

 

+ H ++V +A+

V ++

D M + L + HA + V+PV FK+L

+L L A

Sbjct

RKHSRRVMNAINTLVENLHDGDKMVSVLKLVGKAHALRHNVEPVYFKILCGVILEVLVAD

Query

LPAEFTPAVHASLDKFLASV

133

 

 

P TP V

+ K L ++

 

 

Sbjct

FPDYITPEVAVAWTKLLDAI

158

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM45 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

VAHVDDM

VENLHDGDKM

72

ЗАДАЧА 8.38

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином-2 Oryzias latipes (Медака, рыбка семейства оризиевых) (Sbjct)

Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQV

 

LS A+

++

WG V +

+ G

L R F++FP+ K YF F D+

S+Q+

Sbjct

LSDAEMEIIQHTWGHVYKNCEDVGVSVLIRFFVNFPSAKQYFSQFQDMQDPEEMEKSSQL

Query

KGHGKKVADALTNAVAHVDD---MPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH

 

+ H ++V

+A+

V ++ D

+ + L+

+ HA K +V+P+ FK+ S

+L L+

Sbjct

RQHARRVMNAINTVVENLQDPEKVSSVLALVGKAHAVKHKVEPIYFKIXSGVMLSVLSED

Query

LPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

P FT

V

K +A+V

+T

Y

 

 

Sbjct

FPEFFTAEVQLVWTKLMAAVYWHVTGAY

181

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM50 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

YFPHFDLS

YFSQFQDMQD

ЗАДАЧА 8.39

Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином-1 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)

Query

LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----

HGSAQV

 

L+

D ++ W

V A

G L R F +FP+ K YF HF +L

+AQ+

Sbjct

LTEEDVCVIQDTWKPVYAERDNAGVAVLVRFFTNFPSAKQYFEHFRELQDPAEMQQNAQL

Query

KGHGKKVADALTNAVAHV---DDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAH

 

K HG++V +AL

V ++

D +

+ +

HA + +VDPV FK+L+

+L L

Sbjct

KKHGQRVLNALNTLVENLRDADKLNTIFNQMGKSHALRHKVDPVYFKILAGVILEVLVEA

Query

LPAEFTPA-VHASLDKFLASVSTVLTSKY

141

 

 

P

F+PA V +S

K + +

+

Y

 

 

Sbjct

FPQCFSPAEVQSSWSKLMGILYWQMNRVY

164

 

используя матрицу замен аминокислот BLOSUM62 и фиксированный штраф за пропуски d 8 , методом Нидлмена-Вунша построить глобальное выравнивание двух фрагментов (и вычислить его счёт)

YFPHFDLS

YFEHFRELQD

73

9. МАТРИЦЫ ЗАМЕН АМИНОКИСЛОТ

Таблица 1 – Матрица замен аминокислот PAM30

Ala (A)

6

–7

–4

–3

–6

–4

–2

–2

–7

–5

–6

–7

–5

–8

–2

0

–1

–13

–8

–2

Arg (R)

–7

8

–6

–10

–8

–2

–9

–9

–2

–5

–8

0

–4

–9

–4

–3

–6

–2 –10

–8

Asn (N)

–4

–6

8

2

–11

–3

–2

–3

0

–5

–7

–1

–9

–9

–6

0

–2

–8

–4

–8

Asp (D)

–3 –10

2

8

–14

–2

2

–3

–4

–7 –12

–4

–11 –15

–8

–4

–5

–15 –11

–8

Cys (C)

–6

–8 –11

–14

10

–14

–14

–9

–7

–6 –15

–14

–13 –13

–8

–3

–8

–15

–4

–6

Gln (Q)

–4

–2

–3

–2

–14

8

1

–7

1

–8

–5

–3

–4 –13

–3

–5

–5

–13 –12

–7

Glu (E)

–2

–9

–2

2

–14

1

8

–4

–5

–5

–9

–4

–7 –14

–5

–4

–6

–17

–8

–6

Gly (G)

–2

–9

–3

–3

–9

–7

–4

6

–9

–11 –10

–7

–8

–9

–6

–2

–6

–15 –14

–5

His (H)

–7

–2

0

–4

–7

1

–5

–9

9

–9

–6

–6

–10

–6

–4

–6

–7

–7

–3

–6

Ile (I)

–5

–5

–5

–7

–6

–8

–5 –11

–9

8

–1

–6

–1

–2

–8

–7

–2

–14

–6

2

Leu (L)

–6

–8

–7

–12

–15

–5

–9 –10

–6

–1

7

–8

1

–3

–7

–8

–7

–6

–7

–2

Lys (K)

–7

0

–1

–4

–14

–3

–4

–7

–6

–6

–8

7

–2 –14

–6

–4

–3

–12

–9

–9

Met (M)

–5

–4

–9

–11

–13

–4

–7

–8 –10

–1

1

–2 11

–4

–8

–5

–4

–13 –11

–1

Phe (F)

–8

–9

–9

–15

–13 –13

–14

–9

–6

–2

–3

–14

–4

9

–10

–6

–9

–4

2

–8

Pro (P)

–2

–4

–6

–8

–8

–3

–5

–6

–4

–8

–7

–6

–8 –10

8

–2

–4

–14 –13

–6

Ser (S)

0

–3

0

–4

–3

–5

–4

–2

–6

–7

–8

–4

–5

–6

–2

6

0

–5

–7

–6

Thr (T)

–1

–6

–2

–5

–8

–5

–6

–6

–7

–2

–7

–3

–4

–9

–4

0

7

–13

–6

–3

Trp (W)

–13

–2

–8

–15

–15 –13

–17 –15

–7

–14

–6

–12

–13

–4 –14

–5 –13

13

–5 –15

Tyr (Y)

–8 –10 –4

–11

–4 –12

–8 –14

–3

–6

–7

–9

–11

2

–13

–7

–6

–5 10 –7

Val (V)

–2

–8

–8

–8

–6

–7

–6

–5

–6

2

–2

–9

–1

–8

–6

–6

–3

–15

–7

7

 

A R N D C Q E G H I L K M

F P S T W Y V

Таблица 2 – Матрица замен аминокислот PAM70

Ala (A)

5

–4

–2

–1

–4

–2

–1

0

–4

–2

–4

–4

–3

–6

0

1

1

–9

–5

–1

Arg (R)

–4

8

–3

–6

–5

0

–5

–6

0

–3

–6

2

–2 –7 –2

–1

–4

0

–7

–5

Asn (N)

–2

–3

6

3

–7

–1

0

–1

1

–3

–5

0

–5 –6 –3

1

0

–6

–3

–5

Asp (D)

–1

–6

3

6

–9

0

3

–1

–1

–5

–8

–2

–7 –10

–4

–1

–2 –10

–7

–5

Cys (C)

–4

–5

–7

–9

9

–9 –9 –6 –5

–4 –10

–9

–9 –8 –5

–1

–5 –11

–2

–4

Gln (Q)

–2

0

–1

0

–9

7

2

–4

2

–5

–3

–1

–2 –9 –1

–3

–3

–8

–8

–4

Glu (E)

–1

–5

0

3

–9

2

6

–2

–2

–4

–6

–2

–4 –9 –3

–2

–3 –11

–6

–4

Gly (G)

0

–6

–1

–1

–6

–4

–2

6

–6

–6

–7

–5

–6 –7 –3

0

–3 –10

–9

–3

His (H)

–4

0

1

–1

–5

2

–2

–6

8

–6

–4

–3

–6 –4 –2

–3

–4

–5

–1

–4

Ile (I)

–2

–3

–3

–5

–4

–5 –4 –6

–6

7

1

–4

1

0

–5

–4

–1

–9

–4

3

Leu (L)

–4

–6

–5

–8 –10

–3 –6 –7

–4

1

6

–5

2

–1

–5

–6

–4

–4

–4

0

Lys (K)

–4

2

0

–2

–9

–1 –2 –5

–3

–4

–5

6

0

–9

–4

–2

–1

–7

–7

–6

Met (M)

–3

–2

–5

–7

–9

–2 –4 –6

–6

1

2

0

10

–2

–5

–3

–2

–8

–7

0

Phe (F)

–6

–7

–6

–10

–8

–9 –9 –7

–4

0

–1

–9

–2

8

–7

–4

–6

–2

4

–5

Pro (P)

0

–2

–3

–4

–5

–1 –3 –3

–2

–5

–5

–4

–5

–7

7

0

–2

–9

–9

–3

Ser (S)

1

–1

1

–1

–1

–3

–2

0

–3

–4

–6

–2

–3

–4

0

5

2

–3

–5

–3

Thr (T)

1

–4

0

–2

–5

–3 –3 –3

–4

–1

–4

–1

–2 –6 –2

2

6

–8

–4

–1

Trp (W)

–9

0

–6

–10 –11

–8 –11 –10

–5

–9

–4

–7

–8 –2 –9

–3

–8

13

–3 –10

Tyr (Y)

–5

–7

–3

–7

–2

–8 –6 –9

–1

–4

–4

–7

–7

4

–9

–5

–4

–3

9

–5

Val (V)

–1

–5

–5

–5

–4

–4 –4 –3 –4

3

0

–6

0

–5

–3

–3

–1 –10

–5

6

 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

Таблица 3 – Матрица замен аминокислот PAM120

Ala (A)

3

–3

–1

0

–3

–1

0

1

–3

–1

–3

–2

–2

–4

1

1

1

–7

–4

0

Arg (R)

–3

6

–1 –3 –4

1

–3

–4

1

–2

–4

2

–1 –5 –1

–1

–2

1

–5

–3

Asn (N)

–1

–1

4

2

–5

0

1

0

2

–2

–4

1

–3 –4 –2

1

0

–4

–2

–3

Asp (D)

0

–3

2

5

–7

1

3

0

0

–3

–5

–1

–4 –7 –3

0

–1 –8 –5

–3

Cys (C)

–3

–4

–5

–7

9

–7 –7 –4 –4

–3

–7

–7

–6 –6 –4

0

–3 –8 –1

–3

Gln (Q)

–1

1

0

1

–7

6

2

–3

3

–3

–2

0

–1

–6

0

–2

–2 –6 –5

–3

Glu (E)

0

–3

1

3

–7

2

5

–1

–1

–3

–4

–1

–3 –7 –2

–1

–2 –8 –5

–3

Gly (G)

1

–4

0

0

–4

–3

–1

5

–4

–4

–5

–3

–4 –5 –2

1

–1 –8 –6

–2

His (H)

–3

1

2

0

–4

3

–1

–4

7

–4

–3

–2

–4 –3 –1

–2

–3 –3 –1

–3

Ile (I)

–1

–2

–2 –3 –3

–3 –3 –4

–4

6

1

–3

1

0

–3

–2

0

–6

–2

3

Leu (L)

–3

–4

–4 –5 –7

–2 –4 –5

–3

1

5

–4

3

0

–3

–4

–3 –3 –2

1

Lys (K)

–2

2

1

–1

–7

0

–1

–3

–2

–3

–4

5

0

–7

–2

–1

–1 –5 –5

–4

Met (M)

–2

–1

–3 –4 –6

–1 –3 –4

–4

1

3

0

8

–1

–3

–2

–1 –6 –4

1

Phe (F)

–4

–5

–4 –7 –6

–6 –7 –5

–3

0

0

–7

–1

8

–5

–3

–4

–1

4

–3

Pro (P)

1

–1

–2 –3 –4

0

–2

–2

–1

–3

–3

–2

–3

–5

6

1

–1 –7 –6

–2

Ser (S)

1

–1

1

0

0

–2

–1

1

–2

–2

–4

–1

–2

–3

1

3

2

–2

–3

–2

Thr (T)

1

–2

0

–1

–3

–2 –2 –1

–3

0

–3

–1

–1 –4 –1

2

4

–6

–3

0

Trp (W)

–7

1

–4 –8 –8

–6 –8 –8

–3

–6

–3

–5

–6 –1 –7

–2 –6 12 –2

–8

Tyr (Y)

–4

–5

–2 –5 –1

–5 –5 –6

–1

–2

–2

–5

–4

4

–6

–3

–3

–2

8

–3

Val (V)

0

–3

–3 –3 –3

–3 –3 –2 –3

3

1

–4

1

–3

–2

–2

0

–8

–3

5

 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

Таблица 4 – Матрица замен аминокислот PAM250

Ala (A)

2

–2

0

0

–2

0

0

1

–1 –1 –2

–1 –1 –3

1

1

1

–6

–3

0

Arg (R)

–2

6

0

–1

–4

1

–1

–3

2

–2

–3

3

0

–4

0

0

–1

2

–4

–2

Asn (N)

0

0

2

2

–4

1

1

0

2

–2

–3

1

–2

–3

0

1

0

–4 –2 –2

Asp (D)

0

–1

2

4

–5

2

3

1

1

–2

–4

0

–3

–6

–1

0

0

–7 –4 –2

Cys (C)

–2

–4

–4

–5 12 –5

–5

–3

–3 –2 –6

–5 –5 –4

–3

0

–2

–8

0

–2

Gln (Q)

0

1

1

2

–5

4

2

–1

3

–2

–2

1

–1

–5

0

–1

–1

–5 –4 –2

Glu (E)

0

–1

1

3

–5

2

4

0

1

–2

–3

0

–2

–5

–1

0

0

–7 –4 –2

Gly (G)

1

–3

0

1

–3

–1

0

5

–2 –3 –4

–2 –3 –5

0

1

0

–7 –5 –1

His (H)

–1

2

2

1

–3

3

1

–2

6

–2

–2

0

–2

–2

0

–1

–1

–3

0

–2

Ile (I)

–1

–2

–2

–2 –2 –2

–2

–3

–2

5

2

–2

2

1

–2

–1

0

–5

–1

4

Leu (L)

–2

–3

–3

–4 –6 –2

–3

–4

–2

2

6

–3

4

2

–3

–3

–2

–2

–1

2

Lys (K)

–1

3

1

0

–5

1

0

–2

0

–2

–3

5

0

–5

–1

0

0

–3 –4 –2

Met (M)

–1

0

–2

–3 –5 –1

–2

–3

–2

2

4

0

6

0

–2

–2

–1

–4

–2

2

Phe (F)

–3

–4

–3

–6 –4 –5

–5

–5

–2

1

2

–5

0

9

–5

–3

–3

0

7

–1

Pro (P)

1

0

0

–1

–3

0

–1

0

0

–2

–3

–1 –2 –5

6

1

0

–6 –5 –1

Ser (S)

1

0

1

0

0

–1

0

1

–1 –1 –3

0

–2

–3

1

2

1

–2 –3 –1

Thr (T)

1

–1

0

0

–2

–1

0

0

–1

0

–2

0

–1

–3

0

1

3

–5

–3

0

Trp (W)

–6

2

–4

–7 –8 –5

–7

–7

–3 –5 –2

–3

–4

0

–6

–2

–5

17

0

–6

Tyr (Y)

–3

–4

–2

–4

0

–4

–4

–5

0

–1

–1

–4

–2

7

–5

–3

–3

0

10

–2

Val (V)

0

–2

–2

–2 –2 –2

–2

–1

–2

4

2

–2

2

–1

–1

–1

0

–6

–2

4

 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

74

75

Таблица 5 – Матрица замен аминокислот BLOSUM45

 

 

 

 

 

Таблица 7 – Матрица замен аминокислот BLOSUM62

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ala (A)

5

–2

–1 –2 –1

–1

–1

0

–2

–1 –1 –1

–1 –2 –1

1

0

–2

–2

0

 

Ala (A)

4

–1

–2

–2

0

–1

–1

0

–2 –1 –1

–1

–1

–2

–1

1

0

–3

–2

0

Arg (R)

–2

7

0

–1

–3

1

0

–2

0

–3

–2

3

–1 –2 –2

–1

–1

–2

–1

–2

 

Arg (R)

–1

5

0

–2

–3

1

0

–2

0

–3

–2

2

–1

–3

–2

–1

–1 –3 –2

–3

Asn (N)

–1

0

6

2

–2

0

0

0

1

–2

–3

0

–2 –2 –2

1

0

–4

–2

–3

 

Asn (N)

–2

0

6

1

–3

0

0

0

1

–3

–3

0

–2

–3

–2

1

0

–4

–2

–3

Asp (D)

–2

–1

2

7

–3

0

2

–1

0

–4

–3

0

–3 –4 –1

0

–1

–4

–2

–3

 

Asp (D)

–2

–2

1

6

–3

0

2

–1

–1 –3 –4

–1

–3

–3

–1

0

–1 –4 –3

–3

Cys (C)

–1

–3

–2 –3 12

–3

–3

–3

–3

–3 –2 –3

–2 –2 –4

–1

–1

–5

–3

–1

 

Cys (C)

0

–3

–3

–3

9

–3

–4

–3

–3 –1 –1

–3

–1

–2

–3

–1

–1 –2 –2

–1

Gln (Q)

–1

1

0

0

–3

6

2

–2

1

–2

–2

1

0

–4

–1

0

–1

–2

–1

–3

 

Gln (Q)

–1

1

0

0

–3

5

2

–2

0

–3

–2

1

0

–3

–1

0

–1 –2 –1

–2

Glu (E)

–1

0

0

2

–3

2

6

–2

0

–3

–2

1

–2

–3

0

0

–1

–3

–2

–3

 

Glu (E)

–1

0

0

2

–4

2

5

–2

0

–3

–3

1

–2

–3

–1

0

–1 –3 –2

–2

Gly (G)

0

–2

0

–1

–3

–2

–2

7

–2 –4 –3 –2

–2 –3 –2

0

–2

–2

–3

–3

 

Gly (G)

0

–2

0

–1

–3

–2

–2

6

–2 –4 –4

–2

–3

–3

–2

0

–2 –2 –3

–3

His (H)

–2

0

1

0

–3

1

0

–2

10

–3 –2 –1

0

–2

–2

–1

–2

–3

2

–3

 

His (H)

–2

0

1

–1

–3

0

0

–2

8

–3

–3

–1

–2

–1

–2

–1

–2

–2

2

–3

Ile (I)

–1

–3

–2 –4 –3

–2

–3

–4

–3

5

2

–3

2

0

–2

–2

–1

–2

0

3

 

Ile (I)

–1

–3

–3 –3 –1

–3

–3

–4

–3

4

2

–3

1

0

–3

–2

–1 –3 –1

3

Leu (L)

–1

–2

–3 –3 –2

–2

–2

–3

–2

2

5

–3

2

1

–3

–3

–1

–2

0

1

 

Leu (L)

–1

–2

–3 –4 –1

–2

–3

–4

–3

2

4

–2

2

0

–3

–2

–1 –2 –1

1

Lys (K)

–1

3

0

0

–3

1

1

–2

–1

–3

–3

5

–1 –3 –1

–1

–1

–2

–1

–2

 

Lys (K)

–1

2

0

–1

–3

1

1

–2

–1 –3 –2

5

–1

–3

–1

0

–1 –3 –2

–2

Met (M)

–1

–1

–2 –3 –2

0

–2

–2

0

2

2

–1

6

0

–2

–2

–1

–2

0

1

 

Met (M)

–1

–1

–2 –3 –1

0

–2

–3

–2

1

2

–1

5

0

–2

–1

–1 –1 –1

1

Phe (F)

–2

–2

–2 –4 –2

–4

–3

–3

–2

0

1

–3

0

8

–3

–2

–1

1

3

0

 

Phe (F)

–2

–3

–3 –3 –2

–3

–3

–3

–1

0

0

–3

0

6

–4

–2

–2

1

3

–1

Pro (P)

–1

–2

–2 –1 –4

–1

0

–2

–2

–2 –3 –1

–2

–3

9

–1

–1

–3

–3

–3

 

Pro (P)

–1

–2

–2 –1 –3

–1

–1

–2

–2 –3 –3

–1

–2

–4

7

–1

–1 –4 –3

–2

Ser (S)

1

–1

1

0

–1

0

0

0

–1

–2 –3 –1

–2 –2 –1

4

2

–4

–2

–1

 

Ser (S)

1

–1

1

0

–1

0

0

0

–1 –2 –2

0

–1

–2

–1

4

1

–3

–2

–2

Thr (T)

0

–1

0

–1

–1

–1

–1

–2

–2

–1 –1 –1

–1 –1 –1

2

5

–3

–1

0

 

Thr (T)

0

–1

0

–1

–1

–1

–1

–2

–2 –1 –1

–1

–1

–2

–1

1

5

–2

–2

0

Trp (W)

–2

–2

–4 –4 –5

–2

–3

–2

–3

–2 –2 –2

–2

1

–3

–4

–3

15

3

–3

 

Trp (W)

–3

–3

–4 –4 –2

–2

–3

–2

–2 –3 –2

–3

–1

1

–4

–3

–2

11

2

–3

Tyr (Y)

–2

–1

–2 –2 –3

–1

–2

–3

2

0

0

–1

0

3

–3

–2

–1

3

8

–1

 

Tyr (Y)

–2

–2

–2 –3 –2

–1

–2

–3

2

–1

–1

–2

–1

3

–3

–2

–2

2

7

–1

Val (V)

0

–2

–3 –3 –1

–3

–3

–3

–3

3

1

–2

1

0

–3

–1

0

–3

–1

5

 

Val (V)

0

–3

–3 –3 –1

–2

–2

–3

–3

3

1

–2

1

–1

–2

–2

0

–3

–1

4

 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

 

 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

Таблица 6 – Матрица замен аминокислот BLOSUM50

 

 

 

 

 

Таблица 8 – Матрица замен аминокислот BLOSUM80

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ala (A)

5

–2

–1 –2 –1

–1

–1

0

–2 –1 –2

–1

–1 –3 –1

1

0

–3

–2

0

 

Ala (A)

7

–3

–3 –3 –1

–2

–2

0

–3

–3

–3

–1

–2

–4

–1

2

0

–5 –4 –1

Arg (R)

–2

7

–1 –2 –4

1

0

–3

0

–4

–3

3

–2 –3 –3

–1

–1 –3 –1

–3

 

Arg (R)

–3

9

–1 –3 –6

1

–1

–4

0

–5

–4

3

–3

–5 –3 –2

–2

–5 –4 –4

Asn (N)

–1

–1

7

2

–2

0

0

0

1

–3

–4

0

–2 –4 –2

1

0

–4

–2

–3

 

Asn (N)

–3

–1

9

2

–5

0

–1

–1

1

–6

–6

0

–4

–6

–4

1

0

–7 –4 –5

Asp (D)

–2

–2

2

8

–4

0

2

–1

–1 –4 –4

–1

–4 –5 –1

0

–1 –5 –3

–4

 

Asp (D)

–3

–3

2

10

–7

–1

2

–3 –2 –7

–7

–2

–6

–6 –3 –1

–2

–8 –6 –6

Cys (C)

–1

–4

–2 –4 13

–3

–3

–3

–3 –2 –2

–3

–2 –2 –4

–1

–1 –5 –3

–1

 

Cys (C)

–1

–6

–5 –7 13

–5

–7

–6 –7 –2

–3

–6

–3

–4 –6 –2

–2

–5 –5 –2

Gln (Q)

–1

1

0

0

–3

7

2

–2

1

–3

–2

2

0

–4

–1

0

–1 –1 –1

–3

 

Gln (Q)

–2

1

0

–1

–5

9

3

–4

1

–5

–4

2

–1

–5 –3 –1

–1

–4 –3 –4

Glu (E)

–1

0

0

2

–3

2

6

–3

0

–4

–3

1

–2 –3 –1

–1

–1 –3 –2

–3

 

Glu (E)

–2

–1

–1

2

–7

3

8

–4

0

–6

–6

1

–4

–6 –2 –1

–2

–6 –5 –4

Gly (G)

0

–3

0

–1

–3

–2

–3

8

–2 –4 –4

–2

–3 –4 –2

0

–2 –3 –3

–4

 

Gly (G)

0

–4

–1 –3 –6

–4

–4

9

–4

–7

–7

–3

–5

–6 –5 –1

–3

–6 –6 –6

His (H)

–2

0

1

–1

–3

1

0

–2

10

–4

–3

0

–1 –1 –2

–1

–2

–3

2

–4

 

His (H)

–3

0

1

–2

–7

1

0

–4 12 –6

–5

–1

–4

–2 –4 –2

–3

–4

3

–5

Ile (I)

–1

–4

–3 –4 –2

–3

–4

–4

–4

5

2

–3

2

0

–3

–3

–1 –3 –1

4

 

Ile (I)

–3

–5

–6 –7 –2

–5

–6

–7

–6

7

2

–5

2

–1 –5 –4

–2

–5

–3

4

Leu (L)

–2

–3

–4 –4 –2

–2

–3

–4

–3

2

5

–3

3

1

–4

–3

–1 –2 –1

1

 

Leu (L)

–3

–4

–6 –7 –3

–4

–6

–7

–5

2

6

–4

3

0

–5

–4

–3

–4

–2

1

Lys (K)

–1

3

0

–1

–3

2

1

–2

0

–3

–3

6

–2 –4 –1

0

–1 –3 –2

–3

 

Lys (K)

–1

3

0

–2

–6

2

1

–3 –1 –5

–4

8

–3 –5 –2 –1

–1

–6 –4 –4

Met (M)

–1

–2

–2 –4 –2

0

–2

–3

–1

2

3

–2

7

0

–3

–2

–1

–1

0

1

 

Met (M)

–2

–3

–4 –6 –3

–1

–4

–5

–4

2

3

–3

9

0

–4

–3

–1

–3

–3

1

Phe (F)

–3

–3

–4 –5 –2

–4

–3

–4

–1

0

1

–4

0

8

–4

–3

–2

1

4

–1

 

Phe (F)

–4

–5

–6 –6 –4

–5

–6

–6 –2 –1

0

–5

0

10

–6

–4

–4

0

4

–2

Pro (P)

–1

–3

–2 –1 –4

–1

–1

–2

–2 –3 –4

–1

–3 –4 10

–1

–1 –4 –3

–3

 

Pro (P)

–1

–3

–4 –3 –6

–3

–2

–5 –4 –5

–5

–2

–4 –6 12 –2

–3

–7 –6 –4

Ser (S)

1

–1

1

0

–1

0

–1

0

–1 –3 –3

0

–2 –3 –1

5

2

–4

–2

–2

 

Ser (S)

2

–2

1

–1

–2

–1

–1

–1 –2 –4

–4

–1

–3

–4

–2

7

2

–6 –3 –3

Thr (T)

0

–1

0

–1

–1

–1

–1

–2

–2 –1 –1

–1

–1 –2 –1

2

5

–3

–2

0

 

Thr (T)

0

–2

0

–2

–2

–1

–2

–3 –3 –2

–3

–1

–1

–4

–3

2

8

–5

–3

0

Trp (W)

–3

–3

–4 –5 –5

–1

–3

–3

–3 –3 –2

–3

–1

1

–4

–4

–3

15

2

–3

 

Trp (W)

–5

–5

–7 –8 –5

–4

–6

–6 –4 –5

–4

–6

–3

0

–7

–6

–5

16

3

–5

Tyr (Y)

–2

–1

–2 –3 –3

–1

–2

–3

2

–1

–1

–2

0

4

–3

–2

–2

2

8

–1

 

Tyr (Y)

–4

–4

–4 –6 –5

–3

–5

–6

3

–3

–2

–4

–3

4

–6

–3

–3

3

11

–3

Val (V)

0

–3

–3 –4 –1

–3

–3

–4

–4

4

1

–3

1

–1

–3

–2

0

–3

–1

5

 

Val (V)

–1

–4

–5 –6 –2

–4

–4

–6

–5

4

1

–4

1

–2 –4 –3

0

–5

–3

7

 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

 

 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

 

 

 

 

 

 

 

 

 

76

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

77