Огурцов А.Н. Выравнивание белковых последовательностей. – Харьков. НТУ ХПИ, 2015. – 80 с
..pdf
образом, две последовательности имеют расстояние 1 PAM, если они совпадают на 99% (другими словами, зафиксирована одна точечная мутация на 100 аминокислотных остатков).
Для получения матриц PAM Маргарет Дейхофф оценивала замены аминокислот в группе эволюционирующих белков; при этом были отмечены 1572 замены в 71 группе последовательностей белков, которые были подобны по крайней мере на 85%. Поскольку такого рода замены аминокислот наблюдаются в близкородственных белках, они представляют собой мутации, которые не приводят к значительным изменениям функции белка. Поэтому их и называют "принятыми" (или "зафиксированными") мутациями, поскольку эти замены аминокислот были "приняты" естественным отбором и "зафиксированы" в популяции.
Величины в ячейках матриц РАМ отражают вероятность мутации. Так, например, в матрице PAM250 для замены V M цена мутации равна +2. Это означает, что в сравниваемых эволюционно родственных последовательностях данная мутация происходит с вероятностью в 1,6 раз выше, чем при случайной мутации. Значение +2 было получено после умножения на 10, поэтому вероятность мутации равна 100,2 =1,6.
В матрицах замен аминокислот считается, что вероятность замены аминокислоты А на аминокислоту В всегда равна обратной вероятности замены В на А, поскольку невозможно определить разницу между этими двумя событиями.
Другое семейство матриц замен аминокислот – матрицы BLOSUM (Blocks Substitution Matrix) – разработали Стивен и Джорджа Хеникофф на основе базы данных BLOCKS (п. 9). Рассматривая непрерывные комбинации аминокислот, которые были обнаружены в каждом семействе родственных белков, выравниваемых без пропусков, супруги Хеникофф рассчитали в каждой позиции последовательности отношение числа обнаруженных пар замен аминокислотных остатков к числу замен, ожидаемых для всех рассмотренных родственных блоков.
Чтобы уменьшить преобладающий вклад тех замен аминокислот, которые происходят в наиболее подобных (родственных) последовательностях, такие последовательности были предварительно отобраны и числа
замен в них были усреднены, и именно такие средневзвешенные значения и использовались для представления всей группы родственных белков.
Затем блоки были сгруппированы по идентичности и в пределах каждой группы была рассчитана матрица замен: для блоков идентичных на 45% – матрица BLOSUM45; для подобных на 62% – матрица BLOSUM62; для подобных на 80% – матрица BLOSUM80 и так далее.
Как и в матрицах PAM, в матрицах BLOSUM результат представлен в виде логарифмов частот замен. Во избежание дробных чисел все значения в матрицах также умножены на 10 и округлены.
5. ВЫЧИСЛЕНИЕ СЧЁТА ВЫРАВНИВАНИЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
Рассмотрим процедуру вычисления счёта выравнивания на примере последовательностей альфа-глобина человека HBA_UUMAN и леггемоглобина жёлтого люпина LGB2_LUPLU [3].
С помощью матрицы BLOSUM50 (таблица 6 в п. 9) и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e вычислим при d 12 и e 2 счёт
S1 следующего фрагмента выравнивания
GSAQVKGHGKKVADALTNAVAHV---D--DMPNALSALSDLHAHK NNPELQAHAGKVFKLVYEAAIQLQVTGVVVTDATLKNLGSVHVSK
Полный счёт всякого выравнивания представляет собой сумму счётов замен выровненных аминокислот и штрафов за пропуски, определяемых по формуле (g) 12 (g 1) 2 , где g – длина пропуска. В рассматриваемом случае получаем
S1 s(G, N ) s(S, N ) s( A, P) s( A,V ) s(H , S) s(K, K )
0 1 1 2 1 2 0 10 0 2 6 5 3 1 2 1 2 0 5 0 1 1 1 [ 12 2(3 1)](пропуск) 1 [ 12 2(2 1)](пропуск) 4 1 1 1 0 5 0 1 5 0 0 1 10 0 1 6 10.
При тех же условиях вычислим счёт S2 выравнивания фрагмента альфа-глобина человека HBA_UUMAN и соответствующего фрагмента
18 |
19 |
глутанион-S-трансферазы нематоды GST7_CAEEL. Рассмотрим следующий фрагмент выравнивания
GSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSD---- |
LHAHK |
|
GSGYLVGDSLTFVDLL--VAQHTADLLAANAALLDEFPQFKAHQ |
||
Получаем |
|
|
S2 s(G,G) s(S, S) s( A,G) |
s( A, A) s(H , H ) s(K,Q) |
|
8 5 0 1 1 3 8 1 0 3 1 1 0 8 2 5 [ 12 2(2 1)](пропуск) 0 0 1 10 0 2 8 3 4 1 5 4
1 5 5 3 8 [ 12 2(4 1)](пропуск) 1 0 5 10 2 39.
Те же счета, но для других матриц BLOSSUM (см. п. 9) будут иметь
вид
S1(BLOSSUM45) s(G, N ) s(S, N ) s( A, P) s(H , S) s(K, K )0 1 1 2 1 1 0 10 0 2 5 5 2 0 1 1 1 0 5 0
1 1 1 [ 16](пропуск) 1 [ 14](пропуск) 3 1 1 1 0 5 1 1 5 0 0 1 10 0 1 5 11.
S2 (BLOSSUM45) s(G,G) s(S, S) s( A,G) s(H , H ) s(K,Q)7 4 0 1 1 2 7 0 0 3 1 0 0 7 1 5
[ 14](пропуск) 0 0 1 10 0 2 7 2 3 1 5 3 1 5 5 3 7 [ 18](пропуск) 1 1 5 10 1 36.
S1(BLOSSUM62) s(G, N ) s(S, N ) s( A, P) s(H , S) s(K, K )0 1 1 2 1 1 0 8 0 2 5 4 2 1 1 1 2 0 4 0
1 0 1 [ 16](пропуск) 1 [ 14](пропуск) 3 1 1 2 0 4 0 2 4 0 0 1 8 0 1 5 1.
S2 (BLOSSUM62) s(G,G) s(S, S) s( A,G) |
s(H , H ) s(K,Q) |
||
6 4 0 1 1 2 6 1 0 2 1 1 0 6 1 4 |
|
||
[ 14](пропуск) 0 0 1 8 0 2 6 2 |
3 2 4 3 |
|
|
1 4 4 2 6 [ 18](пропуск) 0 1 4 |
8 1 20. |
|
|
20 |
|
|
|
S1(BLOSSUM80) s(G, N ) s(S, N ) s( A, P) s(H , S) s(K , K )1 1 1 3 1 2 0 12 0 3 8 7 4 2 3 1 3 1 7 1
3 1 1 [ 16](пропуск) 3 [ 14](пропуск) 6 1 3 3 0 6 1 3 6 1 1 1 12 1 2 8 0.
S2 (BLOSSUM80) s(G,G) s(S, S) s( A,G) s(H , H ) s(K,Q)9 7 0 3 1 4 9 2 1 4 1 2 1 10 3 6
[ 14](пропуск) 1 1 2 12 0 3 10 3 5 3 7 6 2 7 6 4 10 [ 18](пропуск) 0 1 7 12 2 41.
6. ЗАДАЧИ НА ВЫЧИСЛЕНИЕ СЧЁТА ВЫРАВНИВАНИЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
ЗАДАЧА 6.1
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-2 субъединицей гемоглобина Rattus norvegicus (Серая крыса) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA----- |
QV |
||||
|
L+ A+K |
V |
WGKV +A |
GAEAL R+ + +P T+ YF F DLS SA |
QV |
|
Sbjct LTDAEKATVSGLWGKV--NADNVGAEALGRLLVVYPWTQRYFSKFGDLSSASAIMGNPQV |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||||
|
K HGKKV +A |
+ + H+D++ |
|
+ LS+LH KL VDP NF+LL + +++ L |
HL |
|
Sbjct |
KAHGKKVINAFNDGLKHLDNLKGTFAHLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMIVIVLGHHLGK |
|||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
EFTP |
A+ |
K +A V++ L |
KY |
|
|
Sbjct |
EFTPCAQAAFQKVVAGVASALAHKY |
146 |
|
|||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM30 и |
||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при d 10 и |
e 3) |
||||
счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF LTDAEKATVSGLWGKV--NADNVGAEALGRLLVVYPWTQRYFSKF
21
ЗАДАЧА 6.2
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-субъединицей гемоглобина Papio anubis (Павиан догеровский, Анубис) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQV |
|||
|
L+P +K V A WGKV |
+ |
E G EAL R+ + +P T+ +F F DLS |
G+ +V |
|
Sbjct LTPEEKNAVTALWGKV--NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSSPAAVMGNPKV |
|||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
||||
|
K HGKKV |
A ++ + H+D++ |
+ LS+LH KL VDP NFKLL + L+ |
LA H |
|
Sbjct |
KAHGKKVLGAFSDGLNHLDNLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVCVLAHHFGK |
||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141 |
|
|||
|
EFTP V A+ |
K +A V+ |
L |
KY |
|
Sbjct EFTPQVQAAYQKVVAGVANALAHKY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM70 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF LTPEEKNAVTALWGKV--NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSF
ЗАДАЧА 6.3
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-субъединицей гемоглобина major chain Rattus norvegicus (Серая крыса) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQV |
||||
|
L+ A+K |
V |
WGKV + E GAE+L + + +P T+ YF F DLS |
G+ QV |
||
Sbjct LTDAEKATVNGLWGKV--NPVEIGAESLASLLIVYPWTQRYFSKFGDLSSVSAIMGNPQV |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||||
|
K HG+KV +A |
+ + H+D++ |
|
++LS+LH KL VDP NF+LL + +++ + |
HL |
|
Sbjct |
KAHGEKVINAFDDGLKHLDNLKGTFASLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMIVIMMGHHLGK |
|||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
EFTP+ |
A+ |
K +A V++ L |
KY |
|
|
Sbjct |
EFTPSAQAAFQKVVAGVASALAHKY |
146 |
|
|||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM120 и |
||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при d 10 и |
e 3) |
||||
счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF LTDAEKATVNGLWGKV--NPVEIGAESLASLLIVYPWTQRYFSKF
22
ЗАДАЧА 6.4
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином эпсилон Bos taurus (Дикий бык)
(Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA----- |
QV |
|||
|
!+ +K |
+ |
WGKV |
E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS SA |
+V |
Sbjct FTAEEKAAITGLWGKVNVE--EAGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSASAIMGNPKV |
|||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
||||
|
K HGKKV |
+ |
A+ ++D++ |
A + LS+LH KL VDP NF+LL + +++ LA H |
|
Sbjct |
KAHGKKVLTSFGEAIKNLDNLKGAFAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVIVIILATHFGR |
||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141 |
|
|||
|
EFTP V A+ |
K ++ V+T L |
KY |
|
|
Sbjct EFTPDVQAAWQKLVSGVATALAHKY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM250 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF FTAEEKAAITGLWGKVNVE--EAGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSF
ЗАДАЧА 6.5
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта гемоглобина Ovis aries (Домашняя овца) (Sbjct)
Query |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQ |
||
|
+L+ +K V WGKV |
E GAEAL R+ + +P T+ +F HF DLS |
+A+ |
Sbjct |
MLTAEEKAAVTGFWGKV--KVDEVGAEALGRLLVVYPWTQRFFEHFGDLSSADAVMNNAK |
||
Query VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP VK HGKKV D+ +N V H+DD+ + LS+LH KL VDP NF+LL + L+V LA H
Sbjct VKAHGKKVLDSFSNGVQHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHHG
Query AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
+EFTP + A K +A V+ L +Y
Sbjct SEFTPVLQAEFQKVVAGVANALAHRY 144
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM45 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF MLTAEEKAAVTGFWGKV--KVDEVGAEALGRLLVVYPWTQRFFEHF
23
ЗАДАЧА 6.6
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-1 гемоглобина Mus musculus (Мышь домовая) (Sbjct)
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV
|
L+ A+K |
V |
WGKV |
+A E G EAL R+ + +P T+ YF F DLS |
G+A+V |
|
Sbjct LTDAEKAAVSGLWGKV--NADEVGGEALGRLLVVYPWTQRYFDSFGDLSSASAIMGNAKV |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||||
|
K HGKKV |
A |
+ + H+D + |
++LS+LH KL VDP NF+LL + +++ L |
HL |
|
Sbjct |
KAHGKKVITAFNDGLNHLDSLKGTFASLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMIVIVLGHHLGK |
|||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
+FTPA |
A+ |
K +A V+ |
L KY |
|
|
Sbjct |
DFTPAAQAAFQKVVAGVAAALAHKY 146 |
|
|
|
||||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM50 и |
||||||||
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при |
d 10 и |
e 3) |
||||||
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
||||||
|
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|||||||
|
LTDAEKAAVSGLWGKV--NADEVGGEALGRLLVVYPWTQRYFDSF |
|||||||
|
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.7 |
|
|
|
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
|||||||
HBA_HUMAN (Query) |
с |
субъединицей |
бэта гемоглобина |
Gallus |
gallus |
|||
(Банкивский петух) (Sbjct) |
|
|
|
|||||
Query DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVKGHG |
||||||||
|
+K |
+ |
WGKV |
+ |
E GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ |
V+ HG |
|
Sbjct EKQLITGLWGKV--NVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAILGNPMVRAHG |
||||||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
|||||||
|
KKV |
+ |
+AV ++D++ N S LS+LH |
KL VDP NF+LL L++ LAAH |
+FTP |
|||
Sbjct |
KKVLTSFGDAVKNLDNIKNTFSQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFSKDFTP |
|||||||
Query AVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
A+ K + V+ L KY
Sbjct ECQAAWQKLVRVVAHALARKY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM62 и
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и |
e 3) |
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
EKQLITGLWGKV--NVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASF |
|
24 |
|
ЗАДАЧА 6.8
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-1 гемоглобина зародыша Xenopus laevis (Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQV |
|||||
|
LS |
+K+ + A W KV |
|
G +AL R+ + FP T+ YF F +LS+ |
G+A+V |
||
Sbjct LSADEKSAINAVWSKVNIEND--GHDALTRLLVVFPWTQRYFSSFGNLSNVAAISGNAKV |
|||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
||||||
|
+ HGKKV A+ ++ H+DD+ N LS LS HA +L VDP NFK L+ |
L++ LA L A |
|||||
Sbjct |
RAHGKKVLSAVDESIHHLDDIKNFLSVLSTKHAEELHVDPENFKRLADVLVIVLAGKLGA |
||||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|||
|
FTP V A+ +KF A + |
L+ |
Y |
|
|
|
|
Sbjct |
AFTPQVQAAWEKFSAGLVAALSHGY |
146 |
|
|
|||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM80 и |
|||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при |
d 10 |
и e 3) |
||||
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
|||||
|
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
||||||
|
LSADEKSAINAVWSKVNIEND--GHDALTRLLVVFPWTQRYFSSF |
||||||
|
|
|
ЗАДАЧА 6.9 |
|
|
||
|
Для |
выравнивания |
альфа |
субъединицы гемоглобина |
человека |
||
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей ро гемоглобина Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)
Query |
SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVK |
||||
|
S +K |
+ + W KV |
E GAEAL R+ + +P T+ +F +F +LS |
G+ +V+ |
||
Sbjct SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFDNFGNLSSPTAIIGNPKVR |
||||||
Query |
GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE |
|||||
|
HGKKV |
+ |
AV ++D++ N |
+ LS+LH KL VDP NF+LL + L++ LAAH + |
||
Sbjct |
AHGKKVLSSFGEAVKNLDNIKNTYAKLSELHCEKLHVDPENFRLLGNILIIVLAAHFTKD |
|||||
Query |
FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
FTP |
A |
K ++ V+ |
L KY |
|
|
Sbjct |
FTPTCQAVWQKLVSVVAHALAYKY |
146 |
|
|||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM30 и |
||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при d 10 |
и e 3) |
||||
счёт следующего фрагмента выравнивания
SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFDNF
25
ЗАДАЧА 6.10
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей гамма гемоглобина Oryctolagus cuniculus (Дикий кролик) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA----- |
QV |
||||
|
!+ +K |
+ + W V |
+ GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS SA |
+V |
||
Sbjct FTAEEKAAITSTWKLVDVE--DAGAEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSSSAIMGNPKV |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||||
|
K HGKKV |
A |
+AV +VDD+ N |
+ LS+LH +L VDP NFKLL + L++ LA + |
|
|
Sbjct |
KAHGKKVLTAFGDAVKNVDDLKNTFAHLSELHCDRLHVDPENFKLLGNVLVIVLAKYFGK |
|||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
EFTP V ++ |
K +A V+T L |
KY |
|
|
|
Sbjct EFTPQVQSAWQKLVAGVATALAHKY |
146 |
|
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM70 и |
||
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 |
и e 3) |
|
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
||
FTAEEKAAITSTWKLVDVE--DAGAEALGRLLVVYPWTQRFFDSF |
||
ЗАДАЧА 6.11 |
|
|
Для выравнивания альфа |
субъединицы гемоглобина |
человека |
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон-4 гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH------GSAQV
|
!+ +K V + W KV |
G E+L R+ + +P T+ +F F + |
G+ +V |
|
Sbjct FTTEEKAAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVYPWTQRFFDSFGNLYSESAIMGNPKV |
||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||
|
K HG+KV ++ |
NA+ H+DD+ |
+ LS+LH KL VDP NF+LL + +L+ LA H |
|
Sbjct |
KAHGRKVLNSFGNAIEHMDDLKGTFADLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMILIVLATHFSK |
|||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141 |
|
||
|
EFTP + AS K |
+V+ L |
KY |
|
Sbjct EFTPQMQASWQKLTNAVANALAHKY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM120 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF FTTEEKAAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVYPWTQRFFDSF
26
ЗАДАЧА 6.12
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с белком LOC445037 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)
Query SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----QVK
|
S +++ + + W K+ |
+ |
E G + |
L R+ + +P T+ YF F DLS SA |
+V |
|
Sbjct SDSERKTIASVWSKI--NVDEIGPQTLARVLVVYPWTQRYFGAFGDLSCASAIMGNPKVS |
||||||
Query |
GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE |
|||||
|
HGK V |
AL AV +VDD+ |
+ |
LS LH KL VDP NFKLL+ CL + +A + |
|
|
Sbjct |
EHGKTVLKALEKAVKNVDDIKTTYAQLSQLHCEKLNVDPDNFKLLADCLSIVIATNFGPA |
|||||
Query |
FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
F PAV ++ |
K L+ V |
LTS+Y |
|
|
|
Sbjct FNPAVQSTWQKLLSVVVAALTSRY |
146 |
|
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM250 и |
||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e |
(при d 10 и e 3) |
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF SDSERKTIASVWSKI--NVDEIGPQTLARVLVVYPWTQRYFGAF
ЗАДАЧА 6.13
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека
HBA_HUMAN |
(Query) с субъединицей |
бэта-С гемоглобина |
Ovis |
aries |
|||
(Домашняя овца) (Sbjct) |
|
|
|
|
|
||
Query DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVKGHG |
|||||||
|
+K + |
W KV |
E GAEAL R+ + +P T+ +F HF DLS |
G+A+VK HG |
|||
Sbjct NKALITGFWSKV--KVDEVGAEALGRLLVVYPWTQRFFEHFGDLSTADAVLGNAKVKAHG |
|||||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
||||||
|
KKV D+ +N V H+DD+ |
|
+ LS+LH |
KL VDP NF+LL + L+V LA H |
EFTP |
||
Sbjct |
KKVLDSFSNGVQHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKEFTP |
||||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|
||
|
+ A |
K +A V++ L |
+Y |
|
|
|
|
Sbjct |
ELQAEFQKVVAGVASALAHRY |
141 |
|
|
|
||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM45 и
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и |
e 3) |
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
NKALITGFWSKV--KVDEVGAEALGRLLVVYPWTQRFFEHF |
|
27 |
|
ЗАДАЧА 6.14
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей гамма-1 гемоглобина Papio anubis (Павиан догеровский, Анубис) (Sbjct)
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV
|
!+ +K |
V + W K+ |
E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +V |
|
Sbjct FTAEEKAAVTSLWSKINVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKV |
|||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
||||
|
K HGKKV |
+ |
+A+ ++D++ |
A + LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H |
|
Sbjct |
KAHGKKVLTSFGDAIKNMDNLKTAFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGR |
||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141 |
|
|||
|
EFTP V A+ |
K +++V+ L |
KY |
|
|
Sbjct EFTPEVQAAWQKLVSAVAIALAHKY 146 |
|
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM50 и |
|
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e |
(при d 10 и e 3) |
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF FTAEEKAAVTSLWSKINVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSF
ЗАДАЧА 6.15
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека
HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином дэльта Xenopus (Silurana) tropicalis
(Водная лягушка силураны) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
||
|
LS +K+ + A W KV |
G EAL R+ + +P T+ YF F +LS+ |
G+A+V |
Sbjct |
LSADEKSAINAVWQKVDIEKD--GHEALTRLLVVYPWTQRYFSSFGNLSNVTAISGNAKV |
||
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA GHGKKV A+ A+ H+DD+ + LSALS HA +L VDP NFK L+ L + +A L
Sbjct HGHGKKVLSAVDEAIHHIDDIKHFLSALSKKHAQELHVDPENFKRLADVLAIVVAGKLGT
Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
FTP V A+ +KF A + L+ Y
Sbjct AFTPQVQAAWEKFSAGLVAALSHGY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM62 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF LSADEKSAINAVWQKVDIEKD--GHEALTRLLVVYPWTQRYFSSF
28
ЗАДАЧА 6.16
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)
Query |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----Q |
||
|
+L+ +K V A WGKV |
E G EAL R+ + +P T+ +F F DLS A |
+ |
Sbjct |
MLTAEEKAAVTAFWGKV--KVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTADAVMNNPK |
||
Query VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP VK HGKKV D+ +N + H+DD+ +ALS+LH KL VDP NFKLL + L+V LA +
Sbjct VKAHGKKVLDSFSNGMKHLDDLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVVVLARNFG
Query AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
EFTP + A K +A V+ L +Y
Sbjct KEFTPVLQADFQKVVAGVANALAHRY 144
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM80 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF MLTAEEKAAVTAFWGKV--KVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESF
ЗАДАЧА 6.17
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Pan troglodytes (Обыкновенный шимпанзе) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVKGHG |
|||
|
+K V + W K+ |
E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +VK HG |
||
Sbjct EKAAVTSLWSKMNVE--EAGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKVKAHG |
|||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
||||
|
KKV |
+ +A+ ++D++ |
A + LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H EFTP |
||
Sbjct |
KKVLTSFGDAIKNMDNLKPAFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGKEFTP |
||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
||
|
V A+ |
K +++V+ L |
KY |
|
|
Sbjct |
EVQAAWQKLVSAVAIALAHKY |
146 |
|
||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM30 и
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и |
e 3) |
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
EKAAVTSLWSKMNVE--EAGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSF |
|
29 |
|
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.18 |
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.20 |
|
||
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
|||||||||
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Gallus gallus |
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон гемоглобина Macaca |
|||||||||||
(Банкивский петух) (Sbjct) |
|
|
|
mulatta (Макак-резус) (Sbjct) |
|
|
||||||
Query SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVK |
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
|||||||||||
|
S +K |
+ + W KV |
E GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +V+ |
|
!+ +K |
V + W K+ |
E G EAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ +V |
|||
Sbjct SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAIMGNPRVR |
Sbjct FTAEEKAAVTSLWSKMNVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSPSAILGNPKV |
|||||||||||
Query |
GHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAE |
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||||||||
|
HGKKV |
+ |
AV ++D++ N |
+ LS+LH KL VDP NF+LL |
L++ LA+H + |
|
K HGKKV |
+ |
+A+ ++D++ |
+ LS+LH KL VDP NFKLL + +++ LA H |
||
Sbjct |
AHGKKVLSSFGEAVKNLDNIKNTYAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLASHFARD |
Sbjct |
KAHGKKVLTSFGDAIKNMDNLKITFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVMVIILATHFGK |
|||||||||
Query |
FTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141 |
|
||||||
|
FTPA |
+ |
K + V+ |
L KY |
|
|
|
EFTP V A+ |
K +++V+ L |
KY |
|
|
Sbjct |
FTPACQFAWQKLVNVVAHALARKY 146 |
|
|
Sbjct |
EFTPEVQAAWQKLVSAVAIALAHKY 146 |
|
|
|
|||||||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM70 и |
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM250 и |
||||||||||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при |
d 10 и |
e 3) |
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e |
(при d 10 и |
e 3) |
||||||||
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
|
|||||||||
|
SPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
||||||||||||
|
SAEEKQLITSVWSKVNVE--ECGAEALARLLIVYPWTQRFFASF |
|
FTAEEKAAVTSLWSKMNVE--ETGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSF |
||||||||||||
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.19 |
|
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.21 |
|
|
|
||
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
||||||||||||
HBA_HUMAN (Query) с белком LOC100216007 Xenopus (Silurana) tropicalis |
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-2 гемоглобина Xenopus laevis |
||||||||||||||
(Водная лягушка силураны) (Sbjct) |
|
|
(Обыкновенная шпорцевая лягушка) (Sbjct) |
|
|
|
|||||||||
Query DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVKGHG |
Query DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQVKGHG |
||||||||||||||
|
+K |
+ + W KV |
+ G EAL R+ + +P T+ YF F +LS+ |
G+A+V+ HG |
|
+K |
+ + W KV |
G +AL R+ + +P T+ YF +F +LS+ |
G+A+V+ HG |
||||||
Sbjct EKAAITSVWQKVNLE--QDGHEALTRLLVVYPWTQRYFSSFGNLSNVTAVSGNAKVRAHG |
Sbjct EKAAITSVWQKVNVE--HDGHDALGRLLIVYPWTQRYFSNFGNLSNSAAVAGNAKVQAHG |
||||||||||||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
||||||||||||
|
KV |
A+ NA+AH+D++ |
L |
LS+ HA KL VDP NFK L L++ LA+ L |
FTP |
|
KKV |
A+ NA++H+D + ++L |
LS +HA +L VDP NFK |
L++ L A L |
FTP |
||||
Sbjct |
NKVLSAVGNAIAHLDNVKGTLHDLSETHAFKLHVDPENFKRLGEVLVIVLASKLGTAFTP |
Sbjct |
KKVLSAVGNAISHIDSVKSSLQQLSKIHATELFVDPENFKRFGGVLVIVLGAKLGTAFTP |
||||||||||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
|
|
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
|
|
|
|||||
|
+ |
+ +KF+A + |
L+ |
Y |
|
|
|
|
V A+ +KF+A + |
L+ Y |
|
|
|
|
|
Sbjct |
QIQGAWEKFVAVLVDALSQGYN |
147 |
|
|
Sbjct |
KVQAAWEKFIAVLVDGLSQGYN |
147 |
|
|
|
|||||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM120 и |
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM45 и |
||||||||||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при |
d 10 и |
e 3) |
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e |
(при d 10 и |
e 3) |
||||||||
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
|
|||||||||
|
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
|
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
||||||||||
|
EKAAITSVWQKVNLE--QDGHEALTRLLVVYPWTQRYFSSF |
|
|
EKAAITSVWQKVNVE--HDGHDALGRLLIVYPWTQRYFSNF |
|
||||||||||
|
|
|
|
|
30 |
|
|
|
|
|
|
31 |
|
|
|
ЗАДАЧА 6.22
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с глобином эпсилон Gallus gallus (Банкивский петух) (Sbjct)
Query |
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH----- |
GSAQVKGHG |
|||||
|
+K |
+ |
WGKV + |
E GAEAL R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ |
V+ HG |
|
Sbjct EKQLITGLWGKV--NVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSATAIIGNPMVRAHG |
|||||||
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP |
||||||
|
KKV |
+ |
AV ++D++ |
+ + LS LH KL VDP NF+LL L++ LA+H |
+FTP |
||
Sbjct |
KKVLSSFGEAVKNLDNIKKSFAQLSKLHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLASHFSKDFTP |
||||||
Query |
AVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|||
|
A A+ K + V+ L +Y |
|
|
|
|||
Sbjct |
ASQAAWQKMVRVVAHALAHEY |
146 |
|
|
|||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM50 и
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и |
e 3) |
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
EKQLITGLWGKV--NVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASF |
|
ЗАДАЧА 6.23
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей эпсилон-2 гемоглобина Bos taurus (Дикий бык) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH------ |
GSAQV |
||||
|
!+ + V + W KV |
G E+L R+ + |
P T+ +F F + |
G+ +V |
||
Sbjct FTTEENVAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVCPWTQRFFDSFGNLYSESAIMGNPKV |
||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
|||||
|
K +G+KV ++ |
NA+ H+DD+ |
+ LS+LH |
KL VDP NF+LL + +L+ LA H |
||
Sbjct |
KVYGRKVLNSFGNAIKHMDDLKGTFADLSELHCDKLHVDPENFRLLGNMILIVLATHFSK |
|||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
||
|
EFTP + A+ K |
+V+ |
LT KY |
|
|
|
Sbjct EFTPQMQAAWQKLTNAVANALTHKY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM62 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF FTTEENVAVASLWAKVNVEV--VGGESLARLLIVCPWTQRFFDSF
32
ЗАДАЧА 6.24
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином альфа Rattus norvegicus (Серая крыса) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
||
|
!+ +K + + W KV |
+ G E L R+ + +P T+ +F F +LS |
G+ ++ |
Sbjct |
FTAEEKAAIISIWEKVDLE--KIGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI |
||
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA + HGKKV +L +AV ++D++ + LS+LH KL VDP NFKLL + L++ L+ H
Sbjct RAHGKKVLTSLGSAVENMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPQNFKLLGNMLVIVLSTHFAK
Query EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY 141
EFTP V A+ K + V+ L+ KY
Sbjct EFTPEVQAAWQKLVMGVANALSHKY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM80 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF FTAEEKAAIISIWEKVDLE--KIGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKF
ЗАДАЧА 6.25
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с бэта-глобином Salmo salar (Сёмга) (Sbjct)
Query |
ADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS |
-----HGSAQVKGH |
||||
|
A+K+ + A WGKV |
+ |
E G |
AL R+ + +P T+ YF F D+S |
G+ +V H |
|
Sbjct AEKSTISAVWGKVDIN--EVGPLALARVLIVYPWTQRYFGSFGDVSTPAAIMGNPKVAAH |
||||||
Query |
GKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFT |
|||||
|
GK V AL |
AV ++ ++ |
+LS+ HA+KL VDP NF++L+ |
L + +AA A FT |
||
Sbjct |
GKVVCGALDKAVKNMGNILATYKSLSETHANKLFVDPDNFRVLADVLTIVIAAKFGASFT |
|||||
Query |
PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
P + A+ |
KF+ |
V |
+ S+Y |
|
|
Sbjct PEIQATWQKFMKVVVAAMGSRY 146
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM30 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
ADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF AEKSTISAVWGKVDIN--EVGPLALARVLIVYPWTQRYFGSF
33
|
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.26 |
|
|
|
|
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.28 |
|
|
|
|
|||
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
||||||||||||||||||
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-Н1 гемоглобина Mus musculus |
HBA_HUMAN (Query) с бэта-типом глобина эмбриона Oncorhynchus mykiss |
||||||||||||||||||||
(Мышь домовая) (Sbjct) |
|
|
|
|
|
|
(Радужная форель) (Sbjct) |
|
|
|
|
|
|
||||||||
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
Query EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKG------HGKKVADALTNAVAHVDDM |
||||||||||||||||||||
|
!+ |
+K |
+ + W KV |
+ G E L R+ + +P T+ +F |
F +LS |
G+ ++ |
|
+ G |
AL R + +P T+ YF +F |
+ +A ++G |
HGK V |
L |
AV ++DD+ |
||||||||
Sbjct FTAEEKAAITSIWDKVDLE--KVGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKFGNLSSALAIMGNPRI |
Sbjct |
DVGPAALSRCLVVYPWTQRYFGNFGNLYNAAAIQGNPMVAAHGKTVLRGLDRAVKNMDDI |
|||||||||||||||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
Query |
PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL |
||||||||||||||||||
|
+ HGKKV |
+L |
V ++D++ |
|
+ LS+LH |
KL VDP NFKLL + L++ L+ H |
|
+ LS LH+ KLRVDP NF+LL+ CL + +AA + A+FT V |
+ |
KFLA V + L |
|||||||||||
Sbjct |
RAHGKKVLTSLGLGVKNMDNLKETFAHLSELHCDKLHVDPENFKLLGNMLVIVLSTHFAK |
Sbjct |
KATYAELSVLHSEKLRVDPDNFRLLADCLTIVVAARMGADFTADVQGAFQKFLAVVVSSL |
||||||||||||||||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|
Query |
TSKY |
141 |
|
|
|
|
|
|
|
||||||
|
EFTP V A+ |
K + V+ |
L+ KY |
|
|
|
|
|
+Y |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
Sbjct |
EFTPEVQAAWQKLVIGVANALSHKY |
146 |
|
|
|
Sbjct |
GRQY |
146 |
|
|
|
|
|
|
|
||||||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM70 и |
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM250 и |
||||||||||||||||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при d 10 |
и e 3) |
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e |
(при |
d 10 и |
e 3) |
||||||||||||||
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
|
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
|
|
|||||||||||||
|
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKG------HGKKV |
||||||||||||||||||
|
FTAEEKAAITSIWDKVDLE--KVGGETLGRLLIVYPWTQRFFDKF |
|
DVGPAALSRCLVVYPWTQRYFGNFGNLYNAAAIQGNPMVAAHGKTV |
||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.27 |
|
|
|
|
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.29 |
|
|
|
|
|||
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
|
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека |
||||||||||||||||||
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта гемоглобина Equus caballus |
HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-4 гемоглобина Oncorhynchus |
||||||||||||||||||||
(Лошадь домашняя) (Sbjct) |
|
|
|
|
|
|
mykiss (Радужная форель) (Sbjct) |
|
|
|
|
|
|||||||||
Query LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSH-----GSAQV |
Query DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKGHG |
||||||||||||||||||||
|
LS |
+K |
V A W KV |
E G EAL R+ + +P T+ +F |
F DLS+ |
G+ +V |
|
+++ + |
|
WGK+ |
E G +AL R+ + P T+ +F F +LS |
|
G+ |
V HG |
|||||||
Sbjct LSGEEKAAVLALWDKVNEE--EVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKV |
Sbjct ERSAIVGLWGKISVD--EIGPQALARLLIVSPWTQRHFSTFGNLSTPAAIMGNPAVAKHG |
||||||||||||||||||||
Query |
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPA |
Query |
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHL-PAEFT |
||||||||||||||||||
|
K HGKKV |
+ |
V H+D++ |
|
+ALS+LH |
KL VDP NF+LL + L+V LA H |
|
K V |
L |
AV ++DD+ N |
+ALS +H+ KL VDP NF+LL+ C+ V +AA L PA F+ |
||||||||||
Sbjct |
KAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGK |
Sbjct |
KTVMHGLDRAVQNLDDIKNTYTALSVMHSEKLHVDPDNFRLLADCITVCVAAKLGPAVFS |
||||||||||||||||||
Query |
EFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|
Query |
PAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|
|
|||||||||
|
+FTP + AS |
K +A V+ |
L |
KY |
|
|
|
|
|
|
+ |
KFLA V + L |
+Y |
|
|
|
|
|
|||
Sbjct |
DFTPELQASYQKVVAGVANALAHKY |
146 |
|
|
|
Sbjct |
ADTQEAFQKFLAVVVSALGRQY |
147 |
|
|
|
|
|||||||||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM120 и |
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM45 и |
||||||||||||||||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при d 10 |
и e 3) |
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e |
(при |
d 10 и |
e 3) |
||||||||||||||
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
|
счёт следующего фрагмента выравнивания |
|
|
|
|
|||||||||||||
|
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
DKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF |
|
|||||||||||||||||
|
LSGEEKAAVLALWDKVNEE--EVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSF |
|
ERSAIVGLWGKISVD--EIGPQALARLLIVSPWTQRHFSTF |
|
|||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
34 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
35 |
|
|
|
|
ЗАДАЧА 6.30
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с субъединицей бэта-1 гемоглобина Xenopus (Silurana) tropicalis (Водная лягушка силураны) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS------ |
HGSAQ |
|||||||
|
L+ |
++ + |
W K+ A |
G +AL |
M |
++P T+ YF F +LS |
H +A |
||
Sbjct LTAKERQLITGTWSKICAKT--LGKQALGSMLYTYPWTQRYFSSFGNLSSIEAIFHNAA- |
|||||||||
Query |
VKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLP |
||||||||
|
V |
HG+KV |
++ |
A+ H+DD+ |
+ LS |
H+ L VDP NFK |
C ++++A L |
||
Sbjct |
VATHGEKVLTSIGEAIKHMDDIKGYYAQLSKYHSETLHVDPYNFKRFCSCTIISMAQTLQ |
||||||||
Query |
AEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|
|
||||
|
+FTP + A+ +K |
A+++ L |
Y |
|
|
|
|
||
Sbjct |
EDFTPELQAAFEKLFAAIADALGKGY |
146 |
|
|
|
||||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM50 и |
|||||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при |
d 10 |
и e 3) |
||||||
счёт следующего фрагмента выравнивания
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF LTAKERQLITGTWSKICAKT--LGKQALGSMLYTYPWTQRYFSSF
ЗАДАЧА 6.31
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с гемоглобином бэта эмбриональным-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)
Query EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDM
|
E G +AL+R + +P T+ YF F +L + A |
+V HG |
V |
L A+ ++DD+ |
|
Sbjct |
EAGPKALQRALIVYPWTQRYFGSFGNLYNAEAIINNPKVAAHGTVVLHGLDRAMKNMDDI |
||||
Query |
PNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVL |
||||
|
N |
+ LS LH+ KL VDP NF+LL+ CL + +A+ + A FT |
+ A+ |
KFLA V + L |
|
Sbjct |
KNTYAELSVLHSEKLHVDPDNFRLLADCLTIVIASTMGAAFTADMQAAWQKFLAVVVSAL |
||||
Query |
TSKY |
141 |
|
|
|
|
+Y |
|
|
|
|
Sbjct |
QRQY |
146 |
|
|
|
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM62 и аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 и e 3) счёт следующего фрагмента выравнивания
EYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLSHGSA-----QVKGHGKKV EAGPKALQRALIVYPWTQRYFGSFGNLYNAEAIINNPKVAAHGTVV
36
ЗАДАЧА 6.32
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN с белком LOC417972 Gallus gallus (Банкивский петух)
(Sbjct)
Query |
MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF------DLSHGSA |
|||||||
|
M |
S A+ |
+ + AW K+ |
A + G |
L RMF P TK+YF HF |
+ |
S |
|
Sbjct |
MSFSEAEVQSARGAWEKMYVDAEDNGTAVLVRMFTEHPDTKSYFTHFKGMDSAEEMKQSD |
|||||||
Query QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL---HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLA |
||||||||
|
QV+GHGK+V |
A+ + V H+D+ |
L L+ L |
HA +L++DP NF+++ |
|
+L |
||
Sbjct |
QVRGHGKRVFTAINDMVQHLDNTEAFLGILNPLGQKHATQLKIDPKNFRIICDIILQL-- |
|||||||
Query |
AHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR |
142 |
|
|
||||
|
+ |
+F |
AS +K |
+ T LT+ Y+ |
|
|
|
|
Sbjct |
--MEEKFGGDCKASFEKVTNEICTHLTNIYK |
147 |
|
|
||||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот BLOSUM80 и |
||||||||
аффинного штрафа за пропуски (g) d (g 1)e (при d 10 |
и e 3) |
|||||||
счёт следующего фрагмента выравнивания
QVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL---HAHKL QVRGHGKRVFTAINDMVQHLDNTEAFLGILNPLGQKHATQL
ЗАДАЧА 6.33
Для выравнивания альфа субъединицы гемоглобина человека HBA_HUMAN (Query) с цитоглобином-2 Danio rerio (Данио рерио, аквариумная рыбка) (Sbjct)
Query |
LSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS----- |
HGSAQV |
||||
|
L+ ++ +K |
W +V A + G |
L R F++FP+ K YF F D+ |
S+Q+ |
||
Sbjct |
LTDVERGIIKDTWARVYASCEDVGVTILIRFFVNFPSAKQYFSQFQDMEDPEEMEKSSQL |
|||||
Query KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL----HAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAA |
||||||
|
+ H ++V +A+ |
V ++ D P |
+S++ |
L |
HA K +V+PV FK+LS |
+L LA |
Sbjct RKHARRVMNAINTVVENLHD-PEKVSSVLVLVGKAHAFKYKVEPVYFKILSGVILEILAE |
||||||
Query |
HLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKY |
141 |
|
|||
|
FTP V |
S K +A++ |
+T |
Y |
|
|
Sbjct |
EFGECFTPEVQTSWSKLMAALYWHITGAY |
166 |
|
|||
вычислить с помощью матрицы замены аминокислот PAM30 и |
||||||
аффинного штрафа за пропуски |
(g) d (g 1)e (при d 10 |
и e 3) |
||||
счёт следующего фрагмента выравнивания
KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDL----HAHKLRVDPV RKHARRVMNAINTVVENLHD-PEKVSSVLVLVGKAHAFKYKVEPV
37