- •Оглавление
- •Введение
- •1. Общие принципы организации везикулярного транспорта
- •1.1. Понятие о везикулярном транспорте: определение, его роль в клетке и в организме в целом
- •1.2. Общее представление об основных транспортных путях: биосинтетическом (экзоцитозном) и эндоцитозном. Ретроградный и антероградный транспорт
- •1.3. Основные стадии транспортного процесса
- •1.4. Малые гтфазы, принципы их действия
- •1.5. Формообразование и везикулярный транспорт. Роль липидов и белков
- •1.6. Методологические подходы к изучению везикулярного танспорта
- •2.Характеристика основных транспортных путей
- •2.1. Биосинтетический и экзоцитозный путь
- •2.1.1. Основные компартменты биосинтетического пути: эндоплазматический ретикулум и аппарат Гольджи
- •2.1.2. Прохождение грузов через аппарат Гольджи. Обзор современных гипотез
- •2.1.3. Транс-сеть аппарата Гольджи – основная сортирующая стадия биосинтетического пути
- •2.1.4. Секреторный, или экзоцитозный путь
- •2.2. Эндоцитозный путь. Общая характеристика
- •2.2.1. Пути входа макромолекул в клетку
- •2.2.2. Основные компартменты эндоцитозного пути. Ранние, рециклирующие и поздние эндосомы. Мультивезикулярные тела (мвт). Лизосомы
- •2.2.3. Общие принципы организации эндоцитозного пути
- •2 .2.4. Ранние эндосомы ― главная сортирующая стадия эндоцитозного пути. Возможные механизмы сортировки на путь рециклирования и лизосомной деградации
- •2.2.5. Проблемы идентификации ранних и поздних эндосом. Современные представления об организации эндоцитозного пути. Роль мультивезикулярных эндосом и лизосом
- •3. Формирование транспортных пузырьков
- •3.1. Окаймления и их типы
- •3.2. Сорi окаймление
- •3.3. Copii-окаймление
- •3.4. Клатриновые окаймления. Строение адапторных комплексов семейства ар и gga. Клатрин
- •3.4.1. Сборка gga- и ap1-зависимых окаймлений
- •3.4.2. Сборка aр3 окаймления
- •3.4.3. Aр4 окаймление
- •3.4.4. Сборка и разборка ар2-окаймления
- •3.4.5. Динамин – атипичная гтФаза. Динамин-подобные белки
- •3.4.6. Механизмы сортировки грузов в клатрин-окаймленные ямки
- •3.4.7. Окаймления. Заключение
- •4. Регуляция слияния мембран
- •4.1. Характеристика компонентов системы nsf-snap-snare
- •4.1.1. Принцип действия snare-комплекса
- •4.2.1. Первый цикл после синтеза de novo
- •4.3. Взаимодействие rab-белков и snare в ходе слияния мембран. 3 фазы слияния
- •4.4. Полное слияние и полуслияние (semifusion). Механизм «kiss-and-run». Реорганизация липидных бислоев в процессе слияния
- •4.6. Роль ионов кальция в регуляции слияния
- •5.1. Роль rab-белков в транспортировке грузов
- •6. Липиды и везикулярный транспорт
- •6.1. «Трансмембранная» ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.2. Латеральная ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.3. Липиды и формообразование
- •6.4. Фосфатидилинозитиды как регуляторы транспортных процессов
- •6.4.1. Фосфоинозитиды и экзоцитозный путь
- •6.4.2. Фосфоинозитиды на эндоцитозном пути. Механизм действия Vps34
- •6.4.3. Механизм действия фосфорилированых форм PtdIns
- •7. Роль убиквитинирования в регуляции везикулярного транспорта белков
- •7.1. Типы убиквитинирования: моно-, мульти- и полиубиквитинирование
- •7.2. Убиквитин-конъюгирующая система. Деубиквитинирование. Убиквитин-узнающие домены
- •7.3. Убиквитинирование и регуляция эндоцитоза. Убиквитинирование белков-грузов и регуляторных белков
- •7.4. Убиквитин-подобные белки, их роль в транспортных процессах. Связь убиквитин-зависимых механизмов сортировки белков с направлением инвагинации мембраны
- •7.5. Убиквитинирование. Заключение
- •9. Роль цитоскелета в позиционировании органелл и транспортных процессах
- •9.1. Типы цитоскелета, их основные свойства
- •9.2. Цитоскелет и позиционирование органелл
- •9.3. Цитоскелет в транспортных процессах
- •9.3.1. Цитоскелет и транспорт по антероградному пути
- •9.3.2. Цитоскелет и эндоцитозный путь
- •9.3.3. Роль цитоскелета и везикулярного транспорта в обеспечении пигментации кожи и мимикрии
- •10. Везикулярный транспорт в митозных клетках
- •11. Регуляция эндоцитоза рецепторов эфр как пример функционирования транспортной машинерии
- •12. Эндоцитоз и передача сигнала
- •13. Патологии, связанные с нарушением функционирования транспортных систем
- •Заключение
- •Библиографический список
3.4.6. Механизмы сортировки грузов в клатрин-окаймленные ямки
В соответствии с современными представлениями, трансмембранные рецепторы имеют определенную степень свободы перемещения в двумерной мембране. В ходе таких случайных перемещений они могут попадать в область формирующейся ОЯ и задерживаться там (секвестрироваться), либо свободно покидать ее, продолжая случайное движение.
Для секвестрирования используются несколько типов сортировки белков. В настоящее время известно, по крайней мере, 3 механизма сортировки рецепторов-грузов в ОЯ (рис. 20).
Во-первых, АР2 может узнавать сигнальную последовательность в цитоплазматическом домене рецептора, как правило, длинною в несколько аминокислотных остатков (содержащих либо дилейциновый мотив, либо тирозиновый). К этой группе в основном относятся метаболические рецепторы, которые постоянно локализуются в ОЯ, например, рецепторы трансферрина. При этом неважно, связан ли рецептор с грузом или нет.
Для рецепторов второго типа сигнальные последовательности играют незначительную роль, их заякоривание в ОЯ происходит через взаимодействие с вспомогательными белками (accesory proteins) Eps15/epsin. Этот механизм характерен для сигнальных рецепторов, обладающих тирозинкиназной активностью, и попадающих в ОЯ только в результате стимуляции после связывания с лигандом
Рис. 20. Механизмы сортировки грузов в ОЯ. 1 – АР-2 взаимодействуют с рецепторами, несущими дилейциновый или тирозиновый мотив; 2 – узнавание убиквитинированных рецепторов компонентами АР2-окаймления; 3 – взаимодействие GPCR с АР2 через аррестин
(фактором роста). В результате формирования лиганд-рецепторного комплекса тирозинкиназа активируется и фосфорилирует ряд белков, определяющих взаимодействие рецептора с компонентами ОЯ. Так, субстратом фосфорилирования является Eps15 и убиквитин-лигаза c-Cbl, убиквитинирующая сам рецептор. Такой рецептор задерживается в ОЯ благодаря наличию в составе ямки белков, аффинных к убиквитину.
Третья группа грузов – серпентиновые рецепторы, ассоциированные с тримерными G-белками (GPCR, G-protein coupled receptors) – связываются с АР2 через белок аррестин.
Вопрос о специфичности окаймленных ямок по отношению к тому или другому грузу остается открытым. С одной стороны, в одной и той же первичной эндосоме могут обнаруживаться и рецепторы трансферрина, и тирозинкиназные рецепторы. С другой стороны, практически все субъединицы адапторных комплексов имеют несколько изоформ, в результате набор несколько отличающихся по составу тетрамерных комплексов с различными преференциями по отношению к тому или иному грузу может быть довольно значительным.
3.4.7. Окаймления. Заключение
Суммируя сказанное в главе 3, можно отметить наиболее характерные черты строения и формирования окаймлений. Во-первых, «минимальная система» для сборки практически всех известных нам окаймлений содержит три основных компонента: это инициирующая малая ГТФаза (в основном – это Arf1), которая при переходе в активированную ГТФ-связанную форму рекрутирует различные белковые комплексы. Эти комплексы способны: (а) – взаимодействовать с определенными липидами мембраны и (б) – узнавать последовательности характерных для каждого окаймления грузов (мембранных белков или мембранных рецепторов растворимых белков). Для конститутивно транспортируемых грузов такого механизма секвестрирования оказывается достаточно, в случае же необходимости рекрутировать в формирующийся пузырек груз, в норме не находящийся там (стимулируемый связыванием с лигандами эндоцитоз сигнальных рецепторов), механизмы секвестирования могут быть гораздо более сложными.
Белковые компоненты окаймлений представляют собой комплексы, отдельные субъединицы которых обладают достаточно высокой степенью гомологии. Так, бета-субъединица СОРI-окаймления родственна бета1-4 субъединицам «клатриновых» окаймлений. Исключение представляет собой лишь белковые комплексы COPII, обеспечивающие упаковку вновь синтезированных в ЭПР белков.
Искривление мембраны в процессе формирования транспортного пузырька происходит в результате двух процессов: (а) возникновения тем или иным способом в области инвагинации модифицированных липидов, способных изменять геометрию мембранного участка и (б) за счет сил, развиваемых белковыми комплексами окаймлений при их ассоциации. Наибольшие силы развиваются клатриновыми окаймлениями.
Способность мультибелковых, ассоциированных с определенным участком мембраны, комплексов, избирательно связывать (и тем самым концентрировать) одни белки и исключать другие, позволяет им играть роль платформ, в пределах которых происходят процессы сортировки мембранных и мембранно-связанных компонентов. Такого рода платформы (в основном на эндосомах) способны организовывать и элементы COPI-окаймления, и, в большей степени, клатрин. В последнем случае в качестве адаптеров для связи плоской клатриновой решетки с мембраной используются белки HRS и семейство сортирующих нексинов (sorting nexins, SNXs). В ходе дальнейшего изложения роль таких «компартментов в компартменте» еще будет затрагиваться.
В заключение необходимо отметить, что далеко не все транспортные пути «приобрели» свои окаймления. Так, до сих пор остается неизвестным механизм инвагинации пиноцитозных пузырьков.
