- •Оглавление
- •Введение
- •1. Общие принципы организации везикулярного транспорта
- •1.1. Понятие о везикулярном транспорте: определение, его роль в клетке и в организме в целом
- •1.2. Общее представление об основных транспортных путях: биосинтетическом (экзоцитозном) и эндоцитозном. Ретроградный и антероградный транспорт
- •1.3. Основные стадии транспортного процесса
- •1.4. Малые гтфазы, принципы их действия
- •1.5. Формообразование и везикулярный транспорт. Роль липидов и белков
- •1.6. Методологические подходы к изучению везикулярного танспорта
- •2.Характеристика основных транспортных путей
- •2.1. Биосинтетический и экзоцитозный путь
- •2.1.1. Основные компартменты биосинтетического пути: эндоплазматический ретикулум и аппарат Гольджи
- •2.1.2. Прохождение грузов через аппарат Гольджи. Обзор современных гипотез
- •2.1.3. Транс-сеть аппарата Гольджи – основная сортирующая стадия биосинтетического пути
- •2.1.4. Секреторный, или экзоцитозный путь
- •2.2. Эндоцитозный путь. Общая характеристика
- •2.2.1. Пути входа макромолекул в клетку
- •2.2.2. Основные компартменты эндоцитозного пути. Ранние, рециклирующие и поздние эндосомы. Мультивезикулярные тела (мвт). Лизосомы
- •2.2.3. Общие принципы организации эндоцитозного пути
- •2 .2.4. Ранние эндосомы ― главная сортирующая стадия эндоцитозного пути. Возможные механизмы сортировки на путь рециклирования и лизосомной деградации
- •2.2.5. Проблемы идентификации ранних и поздних эндосом. Современные представления об организации эндоцитозного пути. Роль мультивезикулярных эндосом и лизосом
- •3. Формирование транспортных пузырьков
- •3.1. Окаймления и их типы
- •3.2. Сорi окаймление
- •3.3. Copii-окаймление
- •3.4. Клатриновые окаймления. Строение адапторных комплексов семейства ар и gga. Клатрин
- •3.4.1. Сборка gga- и ap1-зависимых окаймлений
- •3.4.2. Сборка aр3 окаймления
- •3.4.3. Aр4 окаймление
- •3.4.4. Сборка и разборка ар2-окаймления
- •3.4.5. Динамин – атипичная гтФаза. Динамин-подобные белки
- •3.4.6. Механизмы сортировки грузов в клатрин-окаймленные ямки
- •3.4.7. Окаймления. Заключение
- •4. Регуляция слияния мембран
- •4.1. Характеристика компонентов системы nsf-snap-snare
- •4.1.1. Принцип действия snare-комплекса
- •4.2.1. Первый цикл после синтеза de novo
- •4.3. Взаимодействие rab-белков и snare в ходе слияния мембран. 3 фазы слияния
- •4.4. Полное слияние и полуслияние (semifusion). Механизм «kiss-and-run». Реорганизация липидных бислоев в процессе слияния
- •4.6. Роль ионов кальция в регуляции слияния
- •5.1. Роль rab-белков в транспортировке грузов
- •6. Липиды и везикулярный транспорт
- •6.1. «Трансмембранная» ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.2. Латеральная ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.3. Липиды и формообразование
- •6.4. Фосфатидилинозитиды как регуляторы транспортных процессов
- •6.4.1. Фосфоинозитиды и экзоцитозный путь
- •6.4.2. Фосфоинозитиды на эндоцитозном пути. Механизм действия Vps34
- •6.4.3. Механизм действия фосфорилированых форм PtdIns
- •7. Роль убиквитинирования в регуляции везикулярного транспорта белков
- •7.1. Типы убиквитинирования: моно-, мульти- и полиубиквитинирование
- •7.2. Убиквитин-конъюгирующая система. Деубиквитинирование. Убиквитин-узнающие домены
- •7.3. Убиквитинирование и регуляция эндоцитоза. Убиквитинирование белков-грузов и регуляторных белков
- •7.4. Убиквитин-подобные белки, их роль в транспортных процессах. Связь убиквитин-зависимых механизмов сортировки белков с направлением инвагинации мембраны
- •7.5. Убиквитинирование. Заключение
- •9. Роль цитоскелета в позиционировании органелл и транспортных процессах
- •9.1. Типы цитоскелета, их основные свойства
- •9.2. Цитоскелет и позиционирование органелл
- •9.3. Цитоскелет в транспортных процессах
- •9.3.1. Цитоскелет и транспорт по антероградному пути
- •9.3.2. Цитоскелет и эндоцитозный путь
- •9.3.3. Роль цитоскелета и везикулярного транспорта в обеспечении пигментации кожи и мимикрии
- •10. Везикулярный транспорт в митозных клетках
- •11. Регуляция эндоцитоза рецепторов эфр как пример функционирования транспортной машинерии
- •12. Эндоцитоз и передача сигнала
- •13. Патологии, связанные с нарушением функционирования транспортных систем
- •Заключение
- •Библиографический список
2.2.2. Основные компартменты эндоцитозного пути. Ранние, рециклирующие и поздние эндосомы. Мультивезикулярные тела (мвт). Лизосомы
Процесс формирования и отпочковывания от плазматической мембраны пузырька с грузом, в результате чего этот пузырек начинает свою самостоятельную жизнь в цитоплазме клетки, называется интернализацией. Судьба такого пузырька может быть различной и определяется рядом факторов, однако ключевыми являются природа груза и портал, использованный для входа. Основными компартментами эндоцитозного пути являются эндосомы, которые делятся на так называемые ранние и поздние (по времени появления в них интернализованных грузов), а также рециклирующие.
Как описывалось выше, несмотря на легкость визуальной идентификации основных компартментов биосинтетического пути, в вопросах его функционирования еще остается много неясного. В еще большей степени это относится к противоположному, эндоцитозному пути. Уже само название его главных компартментов ― «ранних» и «поздних» эндосом, основано не на каких-то характерных морфологических особенностях или локализации, а на времени попадания в них интернализованных белков-грузов, хотя и этот показатель весьма относителен. Так, в ранних эндосомах грузы выявляются уже через 5–20 мин после начала эндоцитоза, а в поздних могут обнаруживаться через 15–60 мин. Уже из приводимых цифр видно, что даже временные границы существования ранних и поздних эндосом неопределенны. Строго выполняется лишь одно условие – в поздние эндосомы интернализованный груз попадает из ранних.
Первоначально ранние эндосомы описывали как гетерогенную популяцию пузырьков, представленную отдельными везикулами диаметром до 200 нм, тубуло-везикулярными структурами (т. е. структурами, в которых от основной везикулярной части вытягиваются недлинные «рукоподобные» (arm-like) тубулярные выросты), а иногда – как довольно протяженную тубуло-везикулярную сеть. Кроме того, эндоцитированные грузы часто выявляли в так называемых мультивезикулярных телах, или эндосомах (МВТ, МВЭ) – крупных, диаметром до нескольких микрон, образованиях, содержащих разное количество внутренних пузырьков диаметром 50–100 нм. Их место и роль в эндоцитозном пути оставалась долго неясной, хотя эти структуры встречаются во всех клетках от дрожжей до млекопитающих. Даже конечный пункт деградационного пути – лизосомы, выглядящие как обычные везикулы, не вносили дополнительной ясности в определение границ компартментов и в механизмы переноса грузов между ними.
2.2.3. Общие принципы организации эндоцитозного пути
Несмотря на существование проблем идентификации компартментов эндоцитозного пути, многочисленные исследования позволили выявить некоторые закономерности (рис. 8).
Рис. 8. Общая характеристика эндоцитозного пути. РЭ – ранние эндосомы; ПЭ – поздние эндосомы
Во-первых, эндоцитозный путь имеет векторную организацию – от мембраны к околоядерной области, – за счет того, что транспорт эндосом происходит по микротрубочкам, наиболее часто организованным в радиальную сеть с центром схождения в околоядерной области (им часто является ЦОМТ, центр организации микротрубочек). Ранние эндосомы располагаются преимущественно на периферии клетки. С течением времени грузы обнаруживаются в более крупных эндосомах, которые находятся в околоядерной области, расположенной в непосредственной близости от центра организации микротрубочек. Таким образом, для появления груза в поздних околоядерных эндосомах необходимы микротрубочки. Предполагалось, что околоядерные эндосомы ― это уже поздние эндосомы и их локализация облегчает взаимодействие с лизосомами, также расположенными преимущественно около ядра, рядом с ЦОМТ.
Во-вторых, было доказано, что по ходу эндоцитозного пути происходит закисление внутреннего пространства эндосом за счет работы протонной вакуолярной помпы, встроенной в мембрану эндосом.
В третьих, исследования слияния эндосом в системах in vitro показало, что существуют ограничения в слиянии эндосом друг с другом. Так, ранние эндосомы способны сливаться с ранними, а поздние ― с поздними, что говорит об общих свойствах их мембран (в этом случае мембраны называется гомотипичными), тогда как гетеротипические слияния (ранних эндосом с поздними) практически не происходят. Невозможность гетеротипических слияний отражает существенные различия в свойствах мембран ранних и поздних эндосом.
