- •2. Наземные экосистемы как источник и сток парниковых газов.
- •3. Биологический цикл азота.
- •Азотфиксация
- •Нитрификация
- •Денитрификация
- •4. Таксономическое разнообразие микроорганизмов цикла азота, осуществляемые ими процессы и продукты реакций.
- •5. Условия протекания процессов в экосистемах.
- •6. Таксономическое разнообразие микроорганизмов цикла углерода, осуществляемые ими процессы и продукты реакций.
- •7. Условия протекания процессов в экосистемах.
- •Процесс разложения растительных остатков и формирование подстилки
- •Образование и разложение гумуса
- •Участие почв-х мо в разрушении и новообразовании минералов
- •8. Микробная трансформация углерода и азота в почвенных агрегатах.
- •9. Формирование анаэробных зон внутри почвенных агрегатов.
- •10. Влияние размера почвенных агрегатов на продукты микробного метаболизма.
- •11. Участие микроорганизмов в «парниковом эффекте».
- •17. Постулат Бейеринка, Правило Гаузе, Триада Гузева.
- •18. Экологические (функциональные) и филогенетические классификации почвенных микроорганизмов.
- •19. Вертикальная ярусность микробов и их функции в различных экосистемах (бгц).
- •20. Филогенетическая структура метаболически активных прокариот в пространственно-сукцессионном (вертикально-ярусном) ряду.
- •2. Свойства покоящихся клеток.
- •3. Пролиферативный и метаболический покой.
- •4. Репродуктивные покоящиеся формы микроорганизмов.
- •5. Этапы формирования покоящихся форм.
- •6. Механизмы катаболитной репрессии и репрессии конечным продуктом.
- •7. Роль микроорганизмов в формировании и разложении почвенного гумуса.
- •8. Автохтонная и зимогенная микрофлора.
- •9. Микробная популяция как многоклеточный организм.
- •10. Экологическая роль антибиотиков в почве.
- •11. Примеры микробных сукцессий в почве.
- •2. Полифазная таксономия.
- •3. Основные филумы домена Bacteria и Archaea, обнаруживающиеся в почве.
- •2. Строение бактериофагов и их геном.
- •3. Генетический аппарат эукариотических микроорганизмов (грибов).
- •4. Лизогения у бактерий. Специфическая трансдукция: особенности и механизмы.
- •5. Конъюгация у бактерий.
- •6. Сравнительные особенности процесса конъюгации у разных типов бактерий.
- •7. Плазмиды и мигрирующие элементы.
- •8. Биологическое значение плазмид и мигрирующих элементов в изменчивости и эволюции микроорганизмов.
- •9. Сообщества бактерий – биопленки: их структура, экспрессия бактериальных генов в состоянии биопленок.
- •Фототрофы
- •Хемосинтез
- •2. Миксотрофия.
- •4. Современные представления о роли микроорганизмов в образовании и разрушении глинистых (почвообразующих, вторичных) минералов.
- •5. Роль микроорганизмов в образовании и деградации гумусовых веществ, основные группы организмов, механизмы процессов.
- •6. Понятие о «затравочном» эффекте.
- •7. «Вторая (подземная) биосфера» принципы ее функционирования.
- •8. Микробное фракционирование стабильных изотопов в природе.
- •9. Основные методы изучения геохимической деятельности микроорганизмов.
- •10. Современные биогеотехнологии с использованием микроорганизмов.
- •2. Микроорганизмы и ксенобиотики.
- •3. Почвы, загрязненные нефтью и нефтепродуктами.
- •4. Биологическая индикация загрязнения почвенной среды, самоочищение и самовосстановление почв, санитарное почвоведение.
- •5. Микроорганизмы почв и современные почвенные биотехнологии.
- •6. Микроорганизмы и охрана почв.
- •2. Современные методы, направленные на определение видового и функционального разнообразия почвенного микробного сообщества.
- •3. Методы для определения биомассы почвенных микроорганизмов.
2. Микроорганизмы и ксенобиотики.
Ксенобиотики (от греч.ξένος — чуждый и βίος — жизнь) — условная категория для обозначения чужеродных для живых организмов химических веществ, естественно не входящих в биотический круговорот.
Ксенобиотики — любые чуждые для организма вещества, способные нарушать течение биологических процессов. В большинстве случаев ксенобиотики, попадая в живые организмы, либо имеют различные прямые нежелательные эффекты, либо вследствие биотрансформации образуют токсичные метаболиты, вызывающие:
-
токсические или аллергические реакции
-
изменения наследственности
-
снижение иммунитета
-
специфические заболевания (болезнь минамата, болезнь итай-итай, злокачественные опухоли)
-
искажение обмена веществ, нарушение естественного хода природных процессов в экосистемах, вплоть до уровня биосферы в целом.
Примеры ксенобиотиков
-
тяжёлые металлы (кадмий, свинец, ртуть и другие)
-
фреоны
-
нефтепродукты (бензол, толуол, смеси ксилолов, дизельное топливо итд.)
-
полициклические и галогенированные ароматические углеводороды
-
пестициды
-
многие виды пластмасс
-
синтетические поверхностно-активные вещества
Большинство веществ, относимых к ксенобиотикам, могут быть найдены в природе. Так, диоксины образуются в результате естественных процессов, таких как извержения вулканов и лесные пожары. Многие вещества могут быть отнесены к ксенобиотикам, если они накопятся в окружающей среде в неестественно высоких концентрациях в процессе промышленного производства или утилизации отходов.
В удалении ксенобиотиков из окружающей среды важны несколько факторов:
-
устойчивость ксенобиотиков к различным воздействиям;
-
растворимость их в воде;
-
летучесть ксенобиотиков;
-
рН среды;
-
способность ксенобиотиков поступать в клетки микроорганизмов;
-
сходство ксенобиотиков и природных соединений, подвергающихся естественной биодеградации.
Для биодеградации ксенобиотиков лучше использовать ассоциации микроорганизмов, так как они более эффективны, чем отдельно взятые виды. При этом типы связей в подобной ассоциации могут быть различны. Один вид микроорганизмов может непосредственно участвовать в разложении ксенобиотиков, а другой – поставлять недостающие питательные вещества. Это может быть метаболическая «атака» на субстрат, когда синтезируются разные компоненты ферментативного комплекса, или же цепочка ферментативных реакций (многосубстратные конверсии) и т.д.
Особенно трудно разлагаются такие биоциды, как детергенты, пластики и углеводороды. Самыми способными к борьбе с загрязнителями различного типа являются представители рода Pseudomonas – они практически «всеядны». Клетки этих микроорганизмов содержат оксидоредуктазы и гидроксилазы, способные разлагать большое число молекул углеводородов и ароматических соединений, таких как бензол, ксилол, толуол.
Преимущество бактериальной очистки по сравнению с химической в том, что она не вызывает появления нового загрязняющего агента в окружающей среде. Плотность фитопланктона после бактериальной очистки повышается. Некоторые микроорганизмы способны изменять молекулу ксенобиотика и делать ее доступной и привлекательной для других микроорганизмов («кометаболизм»). Примером может служить разложение инсектицида паратиона под действием двух штаммов Pseudomonas – P. aeruginosa и P. stuzeri. В некоторых случаях происходит неполное превращение молекулы ксенобиотика - фосфорилирование, метилирование, ацетилирование и т. д., результатом которого является утрата этим веществом токсичности.
Одним из сильных загрязнителей является ЭДТА (этилендиаминтетрауксусная кислота). Причина в том, что ЭДТА связывает тяжелые металлы, способствуя их накоплению в почве. Бактрии родов Pseudomonas и Bacillus способны за две недели разрушить все связи комплекса Fe-ЭДТА. Эти бактерии успешно применяются для очистки бытовых сточных вод, куда попадают детергенты моющих средств. Кроме Pseudomonas, биодеградацию ксенобиотиков могут осуществлять и представители родов Acinetobacter, Metviosinus.
Однако, в некоторых случаях внесение этих микроорганизмов в почву может изменить экосистему местности. Избежать этого можно ограничивая время жизнедеятельности бактерий. Например, облучая штаммы ультрафиолетом, получили мутант, ауксотрофный по лейцину. Бактерии размножают в питательной среде, содержащей лейцин. Суспензией микроорганизмов в питательной среде пропитывают древесную стружку, которую разбрасывают по загрязненной территории. Количество лейцина рассчитывается на время, достаточное для уничтожения вредных примесей, поэтому после очистки мутантные штаммы гибнут.
Еще эффективнее, чем бактерии, справляются с посвенными загрязнителями грибы. Они могут разрушать такие вещества, как пентахлорбензол, пентахлофенол. В одном из экспериментов грибами обработали около 10000 тонн почвы с территории деревоперерабатывающего комплекса. В этой почве содержание пентахлорфенола достигало 700 мг/кг, но за год деятельности оно снизилось до 10 мг/кг, что является допустимой нормой. Бактерии смогли бы переработать эту почву лишь за 4-5 лет. Грибы активны и зимой, разрушают высокомолекулярные полиароматические углеводороды, действуют внеклеточно, выделяя неспецифические ферменты. Стоимость грибной и бактериальной очистки одинаковы, но применение грибов позволяет сокращать сроки деградации и существенно удешевляет ее.
Наиболее активно участвуют в разрушении ксенобиотиков бактерии и грибы, основное количество которых выделено из почвы и воды. Представители бактерий относятся к различным родам грамотрицательных и грамположительных аэробных и анаэробных организмов.
Из наиболее важных аэробных грамотрицательных бактерий следует отметить виды родов Pseudomonas, Sphingomonas, Burkholderia, Alcaligenes, Acinetobacter, Flavobacterium, метанокисляющие и нитрифицирующие бактерии, а из грамположительных — представителей родов Arthrobacter, Nocardia, Rhodococcus и Bacillus.
Некоторые виды нитрат- и сульфатредуцирующих бактерий, а также метаногенные археи активно участвуют в анаэробной деградации ксенобиотиков.
Грибы, способные аэробно разрушать такие соединения, относятся к родам Phanerochaete(возбудители «белойгнили»), Penicillium, Aspergillus, Trichoderma, Fusarium.
Поскольку каждая группа ксенобиотиков имеет в своем составе соединения самой разнообразной химической структуры, процесс биодеградации сложного загрязнителя складывается из нескольких путей, осуществляемых определенными группами микроорганизмов и направленных на конкретный класс химических веществ. Основными микроорганизмами, разрушающими в аэробных условиях простые ароматические соединения, являются представители родов Pseudomonas, Alcaligenes, Bacillus и грибы рода Aspergillus, широко распространенные в почвенных и водных экосистемах. В анаэробных условиях при отсутствии такого окислителя, как кислород, разрушение ароматических веществ происходит более сложно, в многоэтапном процессе, при участии различных ферментов.
Вызывающий гниение древесины базидиомицет Phanerochaetechrysosporium способен в аэробных условиях разрушать широкий спектр ксенобиотиков, в том числе таких устойчивых, как ДДТ, бензопирен, полихлорированныебифенилы, линдан, кристаллвиолет, различные азокрасители.
Наиболее распространенными аэробными деструкторами полициклических ароматических углеводородов, входящих в состав тяжелых фракций нефти, являются бактерии родов Rhodococcus, Pseudomonas, Burkholderia, Arthrobacter и Acinetobacter.
Восстановительное расщепление азокрасителей в анаэробных условиях с образованием соответствующих ароматических аминов проводят молочнокислые бактерии: Proteussp., Enterococcussp., Streptococcusfaecalis, Bacilluspyосуaneus, B. subtilis, B. cereus, Pseudomonassp., Aeromonashydrophila, Caprococcuscatus, Fusobacteriumsp., Bacteroidesthetaiotaomicron, Bifidobacteriuminfantis, Eubacteriumbiforme, Peptostreptococcusproductus, Citrobactersp..
Гетероциклическиесоединения — индол, хинолин, производныепиридина, фурана, никотиновой кислоты — полностью минерализуются микробными сообществами анаэробных осадков в нитрат-, сульфат- редуцирующих и метаногенных условиях. К использованию полимерных соединений, синтетических тканей и пластиков в аэробных условиях способны прежде всего грибы с их высокоактивными, часто внеклеточными гидролазами. Мицелиальные грибы родов Aspergillus, Penicillium, Trichoderma обладают фосфатазами, которые могут служить инициаторами биодеструкции некоторых полимеров. Первичная колонизация пластиков происходит в результате разрастания колоний грибов на поверхности, проникновения мицелия в толщу материала через микротрещины, а затем начинается агрессивное воздействие ферментов и выделяемых кислот на отдельные компоненты пластиков. Бактерии разрушают пластики реже, и в отдельных случаях их присутствие трудно обнаружить.
К числу полимерных смол, обладающих повышенной стойкостью к деструкции плесневыми грибами и бактериями, относят полиэтилен, полипропилен, полистирол, жесткий поливинилхлорид, полиамид, полиэтилентерефталат. Менее стойки поливинилацетат, поливиниловый спирт, хлорсульфированный полиэтилен. Основными деструкторами резины, пластиков и других полимерных соединений в окислительных условиях можно считать микроскопические грибы родов Aspergillus, Penicillium, Тrichoderma, Cladosporium, Fusarium, а также бактерии родов Pseudomonas,Streptomyces, Bacillus, Arthrobacter. Втермофильныхусловиях некоторые синтетические волокна разрушаются В. subtilis, В. mycoides, Aerobacteraerogenesи некоторыми грибами. Есть данные, что в деградации высокомолекулярных полиэтиленов и нейлонов принимают участие грибы, вызывающие «белую гниль». С помощью ферментного комплекса, гидролизующего лигнин, эти микроорганизмы способны разлагать такие полимеры до растворимых олигомеров. Представителями этой группы микроорганизмов являются PhanerochaetechrysosporiumиTrametesversicolor.
На способности микроорганизмов к разложению сложных органических веществ основан процесс биоремедиации, т. е. устранения загрязняющих агентов из окружающей среды посредством биологической активности. При этом есть две возможности его осуществления: либо стимулировать развитие активных микроорганизмов уже имеющихся в окружающей среде, либо интродуцировать в загрязненную область микроорганизмы с уже известной деструктивной активностью.
В качестве приема, стимулирующего разрушающую активность резидентных микроорганизмов, используют внесение в загрязненную область лимитирующих процесс элементов в доступной форме. Например, добавление азота и фосфора при разливе нефти на Аляске ускорило биодеградацию углеводородов, и за 16 месяцев 60—70 % нефтяных загрязнений было ликвидировано. В искусственных очистных сооружениях значительно больше возможностей применять полученные в лаборатории сверхактивные штаммы микроорганизмов-деструкторов или специально созданные микробные сообщества, в том числе и генноинженерные. Соответствующее аппаратурное оформление и технологические приемы позволяют создавать и поддерживать условия, оптимальные для проведения процесса биодеградации ксенобиотических веществ. Часто при этом возможно получение на выходе полезного продукта (биогаза, органических удобрений, металлов и т.д.).
В перспективе выяснение видового состава микробных сообществ, осуществляющих процесс биодеградации, взаимосвязей в нем, а также изучение механизмов преобразования чужеродных веществ позволит понять и стимулировать процессы самоочищения в природных местообитаниях, создать эффективные системы микробной переработки промышленных и бытовых отходов и, в конечном счете, позволит снизить негативное антропогенное давление на природу.
(БОЛЕЕ ПОДРОБНО, ЕСЛИ ИНТЕРЕСНО при подготовке, можно прочитать в учебнике нетрусова «Экология микроорганизмов» на станице 165, там где про биодеградацию начинается)
