- •Передмова
- •Тема: напрями та методи дослідження в біохімії Основні напрямки розвитку біохімічних досліджень
- •Матеріали для біохімічних досліджень
- •Методи виділення речовин з біологічного матеріалу
- •Методи кількісного аналізу та їх класифікація
- •Тема : рН розчинів і біологічних рідин. Буферні розчини
- •Залежність між концентрацією водневих йонів і рН середовища
- •Значення рН фізіологічних рідин
- •Тема : електрокінетичні властивості колоїдів
- •Молекулярно-кінетичні властивості колоїдних систем
- •Дифузія і осмотичний тиск
- •Швидкість осідання у воді частинок різної величини
- •Ультрацентрифугування
- •Оптичні властивості колоїдних систем
- •Ультрамікроскопія і електронна мікроскопія
- •Електрокінетичні явища
- •Стійкість і коагуляція колоїдних систем
- •Фактори стійкості дисперсних систем
- •Теорії стійкості і коагуляції
- •Коагуляція гідрофобних золів
- •Коагуляція під дією електролітів
- •Біологічне значення коагуляції
- •Компенсаційний діаліз і вівідіаліз
- •Ультрафільтрація
- •Тема: поверхневі явища і адсорбція
- •Поверхневий натяг сироватки крові при 20с (293 k)
- •Явище адсорбці
- •Вибіркова адсорбція і її біологічне значення
- •Хроматографія
- •Тема: розчини високомолекулярних сполук
- •Класифікація і структура високомолекулярних сполук
- •Властивості розчинів високомолекулярних сполук
- •Фактори стійкості розчинів вмс
- •Колоїдний захист
- •В’язкість розчинів вмс
- •Поліелектроліти. Особливості розчинів білків
- •І основні властивості:
- •Ізоелектричні точки деяких білків
- •Біологічне значення процесів набрякання і старіння драглів
- •Тема: амінокислоти та білки
- •Класифікація амінокислот за будовою радикала і функціональних груп
- •Амінокислоти, що постійно зустрічаються в складі білків
- •Визначення окремих амінокислот хроматографічними методами Метод розподільчої (радіальної) хроматографії на папері
- •Розділення суміші амінокислот методом розподільчої хроматографії в тонкому шарі целюлози
- •Біологічне значення амінокислот
- •Біологічне значення пептидів
- •Роль білків в організмі тварини
- •Методи поділу білків і пептидів
- •Фізико-хімічні властивості білків
- •Переварювання білків у шлунково-кишковому тракті. Всмоктування амінокислот. Регуляція і порушення переварювання і всмоктування
- •Декарбоксилування амінокислот у тканинах. Гниття амінокислот у товстому кишечнику
- •Біологічна роль амінів
- •Обмін аміаку в організмі. Біосинтез сечовини
- •Біосинтез сечовини в печінці
- •Тема: нуклеїнові кислоти
- •Тема: Вітаміни
- •Подібність і відмінність вітамінів і гормонів
- •Гормони. Гормональна регуляція метаболізму в організмі тварини
- •IV. Вплив на мінеральний обмін:
- •I. Вплив на обмін вуглеводів
- •Якісні реакції на гормони щитовидної залози
- •Реакції на гормон підшлункової залози (інсулін)
- •Тема: ферменти
- •Дія ферментів
- •Вплив реакції середовища на активність ферментів
- •Вплив активаторів та інгібіторів на активність ферментів
- •Специфічність ферментів
- •Групова специфічність дії сахарази
- •Визначення активності ферментів
- •Тема: біоенергетика. Енергетичний обмін
- •Цикл лимонної кислоти – цтк – цикл Кребса
- •Біохімічні функції циклу Кребса:
- •Енергетична роль цтк
- •Регуляція циклу Кребса
- •Клінічне значення визначення пірувату
- •Роль кисню в метаболізмі
- •Токсичність кисню
- •Макроергічні молекули
- •Тема: вуглеводи
- •Цикл трикарбонових кислот Кребса (цтк)
- •Співвідношення між аеробним і анаеробним процесами перетворення вуглеводів в організмі
- •Якісні реакції на вуглеводи
- •Пентози
- •Дисахариди
- •Кількісне визначення та обмін вуглеводів
- •Обмін вуглеводів
- •Тема: ліпіди
- •Фізико-хімічні властивості ліпідів
- •Визначення хімічних параметрів жирів
- •Якісні реакції на ліпіди
- •Енерговитрати людини при різних видах діяльності
- •Енерговитрати різних вікових груп
- •Перелік індикаторів і характеристика деяких їх властивостей
- •Водневий показник біологічних рідин
- •Ізоелектричні точки деяких білків і ферментів (рН)
- •Rf окремих амінокислот для ідентифікації їх при хроматографії на папері (в бутилово-оцтово-водній суміші 4:1:5* або 40:15:5*)
- •Молекулярна маса деяких білків організма людини
- •Замінні і незамінні амінокислоти для організму людини
- •Відносна щільність та концентрація водних розчинів їдкого натру
- •Метали, активатори ряду ферментів в організмі людини
- •Відносна щільність та концентрація водних розчинів азотної кислоти
- •Відносна щільність та концентрація водних розчинів соляної кислоти
Якісні реакції на гормони щитовидної залози
Реакція на гормони щитовидної залози (тироксин)
Принцип методу. Гормони щитовидної залози є йодовмісними сполуками. Внаслідок руйнування утворюється йодистий калій, який окислюється КІО3 у кислому середовищі з виділенням молекулярного йоду. Під час взаємодії з крохмалем виникає сине забарвлення:
5КІ + КІО3 + 6НС1 ЗІ2 + 6КС1 + ЗН2О;
І2 + крохмаль синє забарвлення
Реакції на гормони мозкового шару надниркових залоз (адреналін, норадреналін)
Якісна реакція на адреналін з хлоридом заліза (ІІІ)
Принцип реакції. Внаслідок додавання до розчину адреналіну хлориду заліза (III) рідина забарвлюється в смарагдово-зелений колір за рахунок утворення комплексної сполуки типу феноляту заліза:
Адреналін має слабколужну реакцію й легко окислюється на повітрі з утворенням адренохрому, що супроводжується забарвленням розчину в червоний колір.
Реакції на гормон підшлункової залози (інсулін)
Якісні реакції на інсулін
Принцип реакцій. Інсулін вступає в реакції, специфічні для білків: біуретову, Геллера, Фоля, Міллона. Ці реакції свідчать, що інсулін має білкову природу. Для якісних реакцій використовують розчин інсуліну в ампулах.
Якісне виявлення 17-кетостероїдів у сечі за допомогою н-динітробензолу
Методика визначення
У пробірку поміщають 5 крапель сечі, 5 крапель 30%-го розчину їдкого натру і 5 крапель 2%-го спиртовогo розчину (у етанолі) m-динітробензолу. Перемішують. При стоянні з'являється червоне забарвлення за рахунок утворення продуктів конденсації циклопентанопергідрофенантрену з н-динітробензолом.
Якісна реакція на 11-дезоксикортикостерон
Принцип методу. Під час взаємодії 11-дезоксикортикостерону з сірчаною кислотою з'являється синє забарвлення з червоною флуоресценцією.
Тема: ферменти
Ферменти – біологічні каталізатори білкової природи. Синтезуються клітками організму. Деякі клітки можуть містити до 1000 різних ферментів. За останні 50 років із усіх типів організмів виділено більше 2500 ферментів. Частину з них отримали в кристалічному виді, а для 50 ферментів за допомогою ренгеноструктурного аналізу визначена трьохвимірна просторова структура.
Класифікація ферментів
Міжнародним біохімічним союзом були введені номенклатури: систематична і тривіальна.
Основні риси систематичної номенклатури складаються в наступному:
1. Ферменти за типом реакцій, що вони каталізують, підрозділяються на шість класів, у кожному з яких присутні кілька підкласів (від 4 до 13);
2. Назва ферментів складається з 2 частин: назви субстрату + типу каталізованої реакції + закінчення «аза».
Кожен фермент має шифр, що складається з парних чисел, розділених крапками. Перше число визначає головний клас, друге вказує підклас, третє – підпідклас, четверте – номер ферменту в межах підпідкласу.
Вивчення дії ферментів
Розділ хімії, що вивчає швидкості і механізми хімічних реакцій, називають хімічною кінетикою.
Швидкість хімічної реакції залежить від того, чи знаходяться реагуючі речовини в одній чи різних фазах. Якщо між вихідними речовинами відсутня поверхня поділу, то реакція є гомогенною, а якщо вона присутня, то реакція – гетерогенна.
Швидкість хімічної реакції – це зміна молярної маси реагуючих чи речовин продуктів реакції за одиницю часу в одиниці об'єму (для гомогенних реакцій) чи на одиницю площі (для гетерогенних):
Vгомогенних =+
Vгетероген. =+
Швидкість хімічної реакції залежить від природи концентрації реагуючих речовин, температури, присутності каталізаторів, площі поверхні торкання реагуючих речовин.
Кількісна характеристика активності ферменту
За одиницю ферментативної активності (Е) приймають кількість ферменту, що каталізує перетворення 1 мкмоль субстрату за 1 хв.:
-
E =
мкмоль перетвореного субстрату
час інкубації в хвилинах
Питому активність ферменту визначають шляхом розподілу числа одиниць ферментативної активності на масу білка (або тканини), г або мг.
Молярну активність ферменту визначають шляхом розподілу числа одиниць ферментативної активності в зразку на масу ферменту, виражену в мікромолях (для очищених ферментів):
-
Eпитома =
Е
маса білку (тканини), г чи мг
-
Eмолярна =
Е
маса ферменту, мкмоль
Кількісна характеристика активності ферментів у біологічних рідинах
Активність ферментів крові: α-амілаза – г/ (ч·л) АсАТ, АлАТ, ЛДГ, ХЭ, КФ, лужної фосфатази – у ммоль/(год·л).
трипсину – мкмоль (мл/год.)
Властивості ферментів
Вплив концентрації і природи реагуючих речовин на швидкість реакції
При взаємодії речовин помічені наступні закономірності:
Органічні речовини з ковалентними зв'язками реагують повільніше, ніж речовини з іонними і полярними ковалентними зв'язками;
Гомогенні реакції протікають швидше, ніж гетерогенні.
Кількісно зв'язок між швидкістю реакції і концентраціями реагуючих речовин визначається законом діючих мас, установленим норвезькими вченими К. М. Гульдбергом і П. Вааге: при постійній температурі швидкість хімічної реакції прямо пропорційна діючим масам – молярним концентраціям реагуючих речовин, узятим у ступені відповідних стехіометричних коефіцієнтів.
У загальному вигляді для реакції, що протікає по рівнянню:
aA+ bB = cC + dD;
де А і В – вихідні речовини; С і D – продукти реакції; а, b, c, d – коефіцієнти в рівнянні реакції. Швидкість реакції визначають по формулі:
V = k × [А]a × [У]b;
де k – константа прямої реакції, що чисельно дорівнює швидкості реакції, якщо концентрація кожного з реагуючих речовин дорівнює 1 моль/л.
Молекулярність реакції – число молекул, одночасно взаємодіючих і які здійснюють елементарний акт хімічного перетворення. Вона може характеризуватися тільки цілими числами. Якщо в елементарному акті реакції бере участь одна молекула, що перетворюється в одну чи декілька молекул інших речовин, то така реакція називається одномолекулярною чи мономолекулярною.
Якщо в реакції одночасно беруть участь дві молекули, то реакція – бімолекулярна:
сахароза + НОН = -глюкоза + -фруктоза.
Реакції, елементарний акт яких зводиться до одночасного зіткнення трьох молекул, називаються тримолекулярними. Статистично цей акт малоймовірний, і чисті приклади тримолекулярних реакцій зустрічаються рідко. Реакції з молекулярністю більше трьох у хімічній практиці невідомі.
У хімічній кінетиці користуються поняттям: порядок реакції, що визначається кінетичним рівнянням, що виражає залежність швидкості реакції від концентрації реагуючих речовин і дорівнює сумі їх показників ступенів у даному рівнянні. Наприклад: глюкозо-6-фосфат + вода = глюкоза + фосфорна кислота; швидкість реакції визначається виразом v = k [глюкозо-6-фосфат]; (концентрація води постійна, тому враховується в константі і не записується у виразі). Дана реакція є реакцією першого порядку. Швидкість реакції першого порядку прямо пропорційна і концентрації однієї з реагуючих речовин.
Якщо у виразі для швидкості реакції відсутні концентрації речовин і швидкість реакції дорівнює тільки константі v = k, то такі реакції мають нульовий порядок. Графічно залежність швидкості таких реакцій від концентрації виражається прямою лінією, рівнобіжною з віссю абсцис.
Ферментами або ензимами називають біологічні каталізатори, які є продуктами життєдіяльності живих організмів.
Так як і у технічних каталізаторів, у ферментів в гетерогенному каталізі бере участь не вся молекула, а лише окремі ділянки, які називаються активними центрами. Ферменти поділяються на дві групи: прості ферменти-білки і складні ферменти-білки. Перші є ферментами тільки білкової природи, а другі складаються з білка (апофермент) і небілкового компонента, яким можуть бути вітаміни, їх ефіри ортофосфатної кислоти, нуклеотиди, геми, йони металів. Небілкові компоненти складних ферментів називають простетичними групами, кофакторами, коферментами.
Взаємодія між активними центрами ферментів і молекулами субстрату визначається силами хімічних, ковалентних, електростатичних зв’язків і до певної міри водневими зв’язками та вандерваальсовими силами.
У складних ферментів функцію активних центрів виконують переважно простетичні групи із залученням білкових компонентів на окремих ділянках молекул білка. У простих ферментів активні центри утворюються за рахунок своєрідного розташування амінокислотних залишків у структурі білка. До таких амінокислотних залишків належать – SH-групи цистеїну; ОН-групи серину; NH-група імідазолу в гістидині, а також карбоксильні групи аспарагінової і глутамінової амінокислот, індольна група триптофану та ін.
Суттєвим моментом, що визначає швидкість ферментативної реакції, є концентрація реагуючих речовин, враховуючи тим більше те, що фермент попередньо утворює проміжну сполуку з субстратом. При вивченні кінетики ферментативних процесів проводять вимірювання початкових швидкостей реакцій, що досягається шляхом зміни концентрації субстрату при незмінності всіх інших умов. Міхаеліс і Ментен розробили теорію, яка пояснює залежність початкової швидкості від концентрації субстрату. Вони виходили із такого рівняння:
F+S
FS
P+F,
де: F – фермент (ензим); S – субстрат; FS – фермент-субстратний комплекс; P – продукт реакції; k – константи реакцій.
За умови, що [S]>>[F]o, i [S]o>>[FS] та [S]о ≈ [S] ([F]o і [S]o – початкові концентрації ферменту і субстрату, початкову швидкість νo утворення продукту можна описати рівнянням:
(13)
Концентрація ферменту і субстрату в момент часу τ від початку реакції:
[F] = [F]0–[FS], (14)
[S] = [S]0–[FS] (15)
Міхаеліс і Ментен припустили, що k–1>>k2. Тому першу стадію утворення комплексу [ES] можна розглядати як процес швидкого встановлення динамічної рівноваги. Константа рівноваги:
(16)
Якщо в рівняння (16) підставити значення [F] згідно з (14), то:
,
(17)
звідси:
(18)
На підставі (13) і (18) можна визначити υ0. Виходячи з умови, що [S]0>>[F]0, витратою субстрату при вивченні початкової швидкості можна знехтувати, тобто [S]0 ≈ [S], тому:
(19)
Часто величина k2 наближається до k–1 або навіть перевищує її. Тому був запропонований інший підхід, незалежний від відносних величин k–1 і k2, за умови перебігу реакції у стаціонарному режимі, тобто якщо
Це дає можливість записати кінетичне рівняння реакції:
,
а згідно з (14):
k1([F]o–[FS])[S]–(k–1+k2)[FS] = 0 (20)
Тоді відносно [FS], одержимо:
(21)
Відповідно рівнянь (13) і (21) вираз для початкової стаціонарної швидкості буде таким:
,
(22)
де Km – константа Міхаеліса-Ментена яка дорівнює:
(23)
Рівняння (22) є рівнянням Міхаеліса-Ментена. Рівняння (19) є окремим випадком рівняння Міхаеліса-Ментена, коли k–1>>k2, тому:
Добуток k2·[F]o має розмірність швидкості реакції, що звичайно називають швидкістю ферментативної реакції і позначають υm (υm – швидкість, з якою відбувається реакція, якщо фермент перебуває у складі комплексу FS). Тобто, при
[F]o = [FS], або υm = k2[F]0 (24)
Тоді рівняння (22) можна записати так:
(25)
Отже, стаціонарна швидкість ферментативної реакції при [S]0>>[F]0 має гіперболічну залежність від концентрації субстрату і лінійну – від початкової концентрації ферменту (рис. 21 а, б).
а) б) Рис. 21.
Залежність початкової швид-кості υ0
ферментативної реакції від концентрацій
субстрату (а) і ферменту (б).
Рівняння (25) має два граничних випадки.
При низькій концентрації субстрату
Кm>>[S]
швидкість описується рівнянням першого
порядку відносно [S]:
.
При високій концентрації субстрату
[S]>>Кm
швидкість має нульовий порядок відносно
[S]: υ0 ≈ υm.
Ці два випадки стосуються як початкової
фази, так і наступних періодів реакції
(рис. 21, а).
Обчислення Кm
спрощується, якщо використати замість
рівняння (25) його зворотні показники,
згідно з Лайнуівером-Берком і за допомогою
графіка (рис. 22) можна визначити Кm,
оскільки при
рівняння (24) дає:
,
або Km=[S]
Рис. 22.
Графічне визначення υm
і Кm заЛайнуівером-Берком.
Визначення ферментативної активності використовується з діагностичною метою. Наприклад, інфаркт міокарда супроводжується різким підвищенням активності ферменту аспартатамінотрансферази (АсАТ) ще до появи електрокардіографічних змін у міокарді. Тому метод діагностики за активністю АсАТ точніший і дає відомості раніше.
Термолабільність ферментів
Зі збільшенням температури біохімічної реакції росте число зіткнень молекул, що приводить до збільшення швидкості реакції. Голландський вчений Я. Г. Вант-Гофф на підставі численних спостережень встановив, що при підвищенні температури на 10о С швидкість гомогенної реакції збільшується в 2 – 4 рази. Число, що показує, у скільки разів збільшується швидкість реакції при збільшенні температури на 10о С, називається температурним коефіцієнтом (у).
