6.6.4. Определение генов холерного токсина (ctx ав) и токсинкорегулируемых пилей (tcp а)

А. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

Методом ПЦР проводят определение генов холерного токсина (ctx АВ) и токсинкорегулируемых пилей (tcp А).

В основе ПЦР лежит амплификация (умножение) участка генома, ограниченного парой специфических праймеров, путем многократного копирования при помощи фермента - термостабильной ДНК-полимеразы (Taq-полимеразы). Образование в результате реакции фрагментов ДНК ожидаемого размера свидетельствует о наличии в пробе специфической ДНК.

Материал для исследования. Материалом для исследования может быть клинический материал (испражнения, рвотные массы), объекты окружающей среды (вода поверхностных водоемов, смывы с поверхностей, стоки, ил), чистые культуры вибрионов, I и II среда накопления. Первичную подготовку, обеззараживание материала и выделение ДНК проводят в соответствии с МУ 1.3.1794-03 "Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного микроорганизмами I - II групп патогенности".

Подготовка проб для ПЦР. Подлежащие исследованию пробы испражнений или рвотных масс в объеме 1 мл (1 г) помещают в стерильные флаконы и добавляют 0,9 мл 0,9%-го раствора натрия хлорида, суспендируют встряхиванием и отстаивают в течение 10 мин. Затем для отделения крупных частиц центрифугируют в течение 3 мин. при 5000 g (об./мин.). Надосадочную жидкость центрифугируют в течение 15 мин. при 12000 g (об./мин.), после чего осадок ресуспендируют в 100 мкл дистиллированной воды. Подготовленную таким образом пробу обеззараживают.

Воду из поверхностных водоемов (стоки) центрифугируют в полном объеме (1 л) в центрифужных стаканах емкостью 250 мл в течение 15 мин. при 12000 g (об./мин.). Осадок ресуспендируют в 1000 мкл или 1,5 - 2,0 мл дистиллированной воды. Пробы обеззараживают.

Подозрительные колонии и чистые культуры, выросшие на плотных

питательных средах, суспендируют в 50 мкл дистиллированной воды в

микропробирке объемом 1,5 мл, доводя концентрацию до 5 единиц по

стандартному образцу мутности (ОСО 42-28-59-86П), что

9

соответствует 1 х 10 м.к./мл для вибрионов. Затем готовят

10-кратные разведения взвесей в дистиллированной воде до

необходимой концентрации с учетом чувствительности используемой

ПЦР-тест-системы и обеззараживают.

При исследовании сред накопления их центрифугируют в течение 15 мин. при 12000 g (об./мин.). Осадок ресуспендируют в 100 мкл дистиллированной воды и обеззараживают.

Обеззараживание проб. Все пробы обеззараживают путем кипячения в течение 30 мин., что обеспечивает инактивацию культур холерных вибрионов согласно пункту 2.8.16 СП 1.3.1285-03.

Выделение ДНК. Из подготовленных и обеззараженных таким образом проб проводят выделение ДНК с помощью сертифицированных наборов для выделения ДНК и согласно прилагаемой к набору инструкции. При исследовании чистых культур этап выделения ДНК опускают, для постановки ПЦР используют обеззараженные кипячением бактериальные взвеси.

Постановка ПЦР. Для постановки ПЦР используют разрешенные комитетом МИБП к применению в практике здравоохранения ПЦР-тест-системы. Работу выполняют согласно прилагаемой к тест-системе инструкции. Амплификацию проводят на программируемых термоциклерах отечественного и зарубежного производства.

Учет результатов ПЦР. Для учета результатов ПЦР используют электрофорез в агарозном или полиакриламидном геле. Условия проведения электрофореза, визуализации результатов и их учет отражены в инструкциях к ПЦР-тест-системам.

При этом следует обратить внимание на следующие моменты:

- если в положительном контроле отсутствует специфическая полоса (ошибка в постановке реакции, неправильное хранение или загрязнение реактивов в процессе работы, сбой программы амплификатора) - требуется повторная постановка реакции;

- если в отрицательном контроле выявляется специфическая полоса на уровне положительного контроля (контаминация реактивов положительной ДНК или продуктами амплификации) - необходимо поставить дополнительные отрицательные контроли на этапе постановки ПЦР. Если результат повторяется - необходимо сменить реактивы.

Наличие полос ампликонов, располагающихся выше или ниже контрольной полосы, является неспецифическим ответом, и результат реакции оценивается как отрицательный.