Оның себебі:
а) бірінші мейоздық бөліну кезінде гамологтық хромосомалардың бір-біріне тәуелсіз ажырауы; ә) гамета қарама-қарсы жынысты гаметамен ұрықтанғанда белгілі тәртіппен емес, кездейсоқ ұрықтанады. б) кроссинговер (хромосома бөліктерінің өзара ауысуы) кезінде гендердің рекомбинациясы (екі үзіндінің қосылып жалғасуы); тұқым қуалаушылық фактор (ген) бұл кезде өзгермейді, тек өзара жаңа үйлесімдер пайда болып, ол организмнің жаңа фенотипінің пайда болуына әкеп соғады.
2. Мутациялық өзгергіштік мутацияның нәтижесінде пайда болады.
Мутация дегеніміз ағзаның генотипінің, яғни хромосомалар мен олардың гендерінің өзгеруі. Бұл кездейсоқ пайда болатын, тұқым қуалайтын өзгерісі.
Генотип өзгеруіне байланысты мутациялар гендік,хромосомдық және геном-дық деп бөлінеді.
1. Геномдық мутация хромосомалар санының өзгеруіне байланысты болатын өзгергіштік. Геномдық мутацияның келесі типтерін айырады:
а)полиплоидия- хромосома санының гаплоидты жиынтыққа еселеніп көбеюі (3n- триплоидия, 4n – тетраплоидия және т.с.с.). Полиполидияның себептері әр түрлі болады: мейоз кезінде хромосомалардың саны екі есе азайған гаметалардың түзілуі; сомалық жасушалардың немесе олардың ядроларының қосылуы; хромосомалардың екі еселеніп,бірақ жасушаның бөлінбеуі. Полиполидия өсімдіктерде жиі, жануарларда аз кездеседі.
ә)гетероплойдия хромосомалар санының гаплоидті жиынтыққа еселеніп артуы емес, белгілі хромосомалар санының артуын немесе кемуін айтады (2n +1,2,3 немесе 2 n -1,2,3 және т.с.с.).
Трисомия (2n+1) мысалы – Даун ауруы. Мұндай ауру адамда 21-жұп хромосомадан үш, яғни тағы бір хромосома артық болады. Оларда барлығы 46-ның орнына 47 хромосома болады, сондықтан адамда ақыл кемістігі, дене мүшелерінде түрлі кемістіктер байқалады. Клайнфельтера синдромымен ауыратын адамда бір жыныс хромосомасы артық (ХХҮ).
2. Хромосомалық мутацияда хромосомалар құрамы өзгеріске ұшырайды. Ондай өзгерістер бір хромосоманың ішінде немесе хромосомааралық болып келеді. Бір хромосома ішінде болатын мутацияға мыналар жатады: — Делеция (жетіспеушілік) – хромосоманың бір бөлігінің үзіліп, түсіп қалуы; хромосоманың үлкен бөлігінің жетіспеушілігі ағза үшін өте қауіпті. — Инверсия –хромосома бөлігінің 180°-қа бұрылуына байланысты гендердің орналасу ретінің өзгеруі; — Дупликация –хромосоманың бір бөлігінің екі еселенуі; — Транслокация- хромосомалық өзгерістерге жатады. хромосоманың оған гомологиялық емес басқабір хромосомамен хромосома бөлігімен алмасуы. Сол сияқты бұған хромосомалар арасында көпірлердің пайда болуын да жатқызуға болады.
3. Гендік мутация. Мутацияның мұндай түрі жекелеген гендерде болады және жиі кездеседі. Гендік мутация ДНҚ молекуласындағы нуклеотидтердің орналасуы ретінің өзгеруіне байланысты болады. Мысалы, ДНҚ құрамындағы қатар тұрған екі нуклеотидтің орын алмастыруы немесе бір нуклеотидтің түсіп қалуы мүмкін. Мұндай мутацияны селекцияда, өсімдіктердің жаңа сорттарын, жануарлардың тұқымдарын және микроорганизмдердің жаңа түрлерін алу үшін қажетті материял ретінде пайдаланылады.