Справочная информация по использованию topas
Публикации результатов, полученных с помощью TOPAS:
Общее использование TOPAS
Bruker AXS (2008): TOPAS V4: General profile and structure analysis software for powder diffraction data. - User's Manual, Bruker AXS, Karlsruhe, Germany.
Подбор профиля методом свертки / фундаментальных параметров
Cheary, R.W. & Coelho, A.A. (1992): A fundamental parameters approach to X-ray line-profile fitting. - J. Appl. Cryst., 25, 109-121.
Cheary, R.W., Coelho, A.A. & Cline, J.P. (2004): Fundamental Parameters Line Profile Fitting in Laboratory Diffractometers. - J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol., 109, 1-25.
Kern, A., Coelho, A.A. & Cheary, R.W. (2004): Convolution based profile fitting. - Diffraction Analysis of the Microstructure of Materials, edited by Mittemeijer, E.J. & Scardi, P. Materials Science, Springer, ISBN 3-540-40510-4, 17 - 50.
Индицирование
Coelho, A.A. (2003): Indexing of powder diffraction patterns by iterative use of singular value decomposition. - J. Appl. Cryst., 36, 86-95.
Coelho, A.A. & Kern, A. (2005): Discussion of the indexing algorithms within TOPAS. - CPD Newsletter, 32, 43-45.
Определение структуры
Coelho, A.A. (2000): Whole Profile Structure Solution from Powder Diffraction Data using Simulated Annealing. - J. Appl. Cryst., 33, 899-908.
Coelho, A.A. (2007): A charge-flipping algorithm incorporating the tangent formula for solving difficult structures. - Acta Cryst., A36, 400-406.
Элементы пользовательского интерфейса
Графический пользовательский интерфейс TOPAS предназначен для работы как в GUI-режиме, так и в режиме запуска. При уточнении в GUI-режиме требуется, чтобы данные вводились в окне параметров, а в режиме запуска данные контролируются в файле INP. Соответственно, несколько окон и диалоговых окон, используемых в GUI-режиме могут быть недоступны в режиме запуска или не действовать на него.
Экран TOPAS (рис. 2-1) состоит из следующих элементов:
Строка меню
Содержит названия подменю со списком всех команд и значков панели инструментов, если они есть.
Панель инструментов
Показывает самые важные команды в виде значков для быстрого доступа.
Рабочая область
Содержит все элементы необходимые для подбора профиля, например, данные наблюдений и вычислений, параметры и результаты подбора. Вся информация отображается отдельно.
Строка состояния
Показывает важную справочную информацию, зависящую от контекста, и координаты x и y курсора данных в активном окне сканирования, как описано в разделе 3.
Экран TOPAS
Рабочая область используется для размещения следующих окон
Окно сканирования (Scan Window)
Окно сканирования (рис 2-2) – это поле основной работы. Оно доступно как в GUI-режиме, так и в режиме запуска. Другие окна связаны с ним
Окно быстрого масштабирования (Quick Zoom Window)
Окно круговой диаграммы процентного соотношения весов (Weight Percent Pie Chart Window)
Диалоговое окно параметров диаграммы (Chart Options Dialog)
Диалоговое окно поиска пиков (Peak Search Dialog) (только в GUI-режиме)
Диалоговое окно подробной информации о пиках (Peak Details Dialog) (только в GUI-режиме)
Диалоговое окно настроек (Options Dialog) (большинство настроек доступно только в GUI-режиме)
Окно подбора (Fit Window) и Диалоговое окно параметров уточнения (Refinement Options Dialog)
Окно сканирования описано в разделе 3.
Окно параметров (Parameters Window) (только в GUI-режиме)
В окне параметров показаны все параметры уточнения, доступные в GUI-режиме, в виде иерархического дерева (рис. 2-3). Оно может быть закреплено справа, слева, сверху или снизу рабочей области. Это окно описано в разделе 4. Окно параметров не влияет на работу в режиме запуска.
Окно просмотра структуры/редактор жесткого тела (недоступно в TOPAS P)
Окно просмотра структуры и редактор жесткого тела позволяют просмотреть структуру кристалла и объемное распределение электронной плотности, а также может использоваться для создания редактирования жестких тел. Оно может быть закреплено справа, слева, сверху или снизу рабочей области. Это окно описано в разделе 5. Окно параметров не влияет на работу в режиме запуска
Окно сканирования и соответствующие варианты отображения
