- •Компьютерная технология квантово-химических расчетов с помощью программного пакета “gaussian” Методическое пособие
- •Введение
- •Строение электронной оболочки атома
- •Волновая функция электрона и стационарное уравнение Шредингера
- •1.2 Решение уравнения Шредингера для атома водорода и водородоподобных атомов
- •1.3 Многоэлектронные атомы
- •Аналитические аппроксимации атомных орбиталей и атомные базисные наборы
- •Атомные псевдопотенциалы
- •II. Теория электронного строения молекул
- •2.1 Метод молекулярных орбиталей (мо лкао)
- •В заключение этого раздела необходимо обратить внимание еще на одно весьма важное обстоятельство.
- •2.2 Теория возмущений Мёллера-Плессе
- •2.3 Теория функционала плотности
- •2.4 Полуэмпирические методы квантовой химии
- •2.5 Модель реакционного поля для учета эффектов сольватации
- •III. Порядок работы с программным пакетом квантово-химических расчетов “ гауссиан”
- •3.1 Структура файла исходных данных
- •0 1 (Спецификация молекулы)
- •Variables:
- •3.2 Структура выходного файла
- •Variables:
- •Initialization pass.
- •Isotopes: n-14,h-1,h-1,h-1
- •Item Value Threshold Converged? Maximum Force .043925 .000450 no
- •Virtual (a1) (e) (e) (e) (e) (a1) (a1) (e) (e) (a1)
- •Ir Inten -- 381.2474 22.7331 22.7331
- •22.61138 (Kcal/Mol)
- •Vibrational temperatures: 1230.35 2673.15 2673.15 5243.52 5468.34
- •Vibrational 22.653 .605 .172
- •3.3 Алгоритм составления z-матрицы
- •3.3.1. Использование внутренних координат атомов.
- •Variables:
- •Variables:
- •3.3.2 Использование декартовых координат атомов.
- •3.3.3 Смешанное использование внутренних и декартовых координат.
- •Variables:
- •3.3.4 Использование псевдоатомов.
- •Variables:
- •IV. Оптимизация молекулярной геометрии
- •Расчет молекулы при фиксированной геометрии
- •Оптимизация геометрии
- •V. Расчет путей химических реакций
- •5.1 Поверхность потенциальной энергии реакций
- •5.2 Поиск переходного состояния.
- •Variables:
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Ir Inten -- 18.4533 18.9748 128.0921
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •Variables:
- •Variables:
- •Iteration 8
- •I X gradient displacement newx
- •Item value threshold converged?
- •Ir Inten -- 18.5781 18.9228 128.1958
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •5.3 Расчет пути химической реакции.
- •Irc calculation in mass-weighted internal coordinates
- •Variables:
- •VI. Учет влияния эффектов сольватации
- •Version: matrix inversion
- •174 Tesserae over a maximum of 1500
- •VII. Дополнительные сведения
- •7.1. Порядок следования разделов в исходном файле
- •7.2. Методы расчета, реализованные в Гауссиане
- •7.3. Встроенные базисные наборы и псевдопотенциалы атомов
- •7.4. Наиболее часто употребляемые директивы
- •7.4.1 Опции директивы Opt
- •7.4.2 Опции директивы Freq
- •7.4.3 Опции директивы scrf
- •7.4.4 Опции директивы scf
- •7.4.5 Опции директивы Pop
- •7.4.6 Опции директивы Guess
- •7.4.7 Опции директивы Geom
- •7.4.8 Опции директивы irc
- •7.5. Задание базисных наборов и псевдопотенциалов во входном файле
- •VIII. Заключение
5.2 Поиск переходного состояния.
В Гауссиане процедура поиска переходного состояния, так же как и процедура поиска структуры, отвечающей минимуму на ППЭ, контролируется директивой Opt, параметры которой задают метод локализации стационарных точек ППЭ, а также определяют внутренние параметры заданного алгоритма, включают или отключают те или иные его процедуры, т.е. задают расчетную схему внутри самого алгоритма или, иначе, «настраивают» алгоритм для решения конкретной задачи. По умолчанию для обоих типов оптимизации геометрии используется алгоритм Берни с избыточными внутренними координатами. Поиск переходного состояния задается параметром TS. Например, если во входном файле имеется директива Opt с параметром TS (Opt=TS), то в ходе расчета будет осуществляться поиск переходного состояния методом Берни в избыточных внутренних координатах (остальные опции алгоритма задаются по умолчанию)3. Отметим, что по умолчанию начальные значения силовых постоянных (элементов Гессиана) оцениваются в очень грубом приближении. В случае поиска переходного состояния для успешной работы любого алгоритма оптимизации необходимо иметь более точную начальную матрицу Гессе. Существует несколько параметров, задающих тот или иной способ оценки начальных значений силовых постоянных. Обычно используют параметр CalcFC, устанавливающий, что элементы Гессиана будут точно вычисляться на первом шаге оптимизации. В особо сложных случаях задают параметр CalcAll, согласно которому элементы этой матрицы будут точно вычисляться на каждом шаге оптимизации. В качестве начальной при оптимизации геометрии можно использовать матрицу силовых постоянных системы из архивного файла, созданного в ходе того или иного расчета данной системы, например, в ходе расчета частот нормальных колебаний на более низком уровне теории. Это осуществляется заданием параметра ReadFC.
Оптимизацию геометрии методом Берни можно проводить в различных системах координат. Как мы уже отмечали, по умолчанию используются избыточные внутренние координаты (параметр Redundant). В этом случае начальную геометрию системы можно задавать различными способами (с использованием либо внутренних, либо декартовых координат); Гауссиан сам определяет набор избыточных внутренних координат, по которым будет проводиться оптимизация. С помощью параметра ModRedundant можно фиксировать какие-либо координаты и таким образом осуществить частичную оптимизацию геометрии4. Оптимизация с использованием внутренних координат задается параметром Z-matrix. В этом случае начальная геометрия системы должна быть описана с помощью Z-матрицы, составленной с использованием внутренних координат, а оптимизация будет проводиться по переменным такой Z-матрицы5. Некоторые переменные можно «заморозить» (т.е. не варьировать в ходе оптимизации), включив их в раздел констант.
Оптимизация в декартовых координатах осуществляется при задании параметра Cartesian. В этом случае координаты нельзя фиксировать, т.е. в ходе расчета всегда будет выполняться полная оптимизация геометрии. Начальная геометрия системы может быть задана с использованием как внутренних, так и декартовых координат. В том случае, когда Z-матрица составляется в смешанном формате (см. раздел 3.3.3), оптимизацию проводят с использованием внутренних координат (т.е. задают параметр Z-matrix). При этом варьируются только внутренние координаты из раздела переменных Z-матрицы.
Отметим, что алгоритм Берни в случае поиска локальных минимумов работает вполне надежно. Минимум на ППЭ удается локализовать, стартуя даже с достаточно удаленной от его окрестности точки. В случае же поиска седловых точек дело обстоит иначе. В этом случае алгоритм Берни работает не так успешно и, как правило, находит интересующую пользователя седловую точку, если только заданная им начальная геометрия переходного состояния отвечает точке на ППЭ в окрестности искомой седловой точки, т.е. в небольшой области ППЭ, в которой Гессиан уже имеет «правильную» структуру (одно отрицательное собственное значение). Строго говоря, алгоритм Берни при оптимизации геометрии переходного состояния вряд ли завершит свою работу успешно, если на каком-либо его шаге произойдет выход за пределы области ППЭ с «правильной» структурой Гессиана. По умолчанию алгоритм Берни (в случае поиска переходного состояния) на каждом шаге анализирует матрицу Гессе и, если число ее отрицательных собственных значений не равно единице, прекращает работу. Задав параметр NoEigenTest, можно заблокировать это тестирование, однако разработчики Гауссиана по вполне понятным причинам не рекомендуют использовать этот параметр.
Покажем, как работает алгоритм Берни в случае поиска переходного состояния на примере простейшей реакции HCNHNC. Входной файл для задачи оптимизации структуры переходного состояния этой реакции приведен ниже:
%chk=test.chk
# RHF/3-21G Opt=(ts,z-matrix,calcfc) Freq
TS optimization using Berny algorithm in internal coordinates
0 1
N
C 1 cn2
H 1 hn3 2 hnc3
