- •1.Самореплицирующиеся молекулы. Естественный отбор самореплицирующихся молекул. Значение возникновения мембранных структур в эволюции клетки.
- •2.Нуклеиновые кислоты. Строение азотистых оснований. Пуриновые и пиримидиновые основания. Строение нуклеозидов и нуклеотидов
- •3.Доказательства генетической роли нуклеиновых кислот. Явление трансформации у бактерий. Эксперименты Эйвери, Мак-Леонда и Мак-Карти.
- •4. Модель днк Уотсона и Крика
- •5. Вращение связей между атомами, формирующими сахарофосфатный остов днк и свободное вращение с-1/-n-гликозидной связи – основа структурных вариаций в днк. Cин- и анти-конформации.
- •6.Альтернативные двухспиральные структуры днк. Параметры b-, a- и z-форм днк.
- •7. Положение атомов n7,o6,n6в пуринах – положение Хугстена. Хугстеновское спаривание – основа формирования триплексов днк(н-днк).
- •8. Явление суперспирализации днк. Образование супервитков в концевых молекулах днк – основа формирования третичной структуры.
- •9. Регуляция топологии днк in vivo. Днк-топоизомеразы. Классификация днк-топоизомераз.
- •11. Характеристика волокон хроматина диаметром 10 нм и 30 нм. Мономерная нуклеосома. Структурирующая роль гистонов в организации генома эукариот.
- •12. Классификация гистонов. Эволюционная стабильность гистонов н3 и н4. Роль оснóвных n-концевых «хвостов» гистонов в конденсации днк.
- •13. Первый уровень упоковки днк в хромосомею Минимальная нуклеосома( нуклеосомный кор). Нуклеосома. Гистон-ацетилтрансфераза нат.
- •15. Доказательство полуконсервативного способа репликации днк. Эксперимент Месельсона и Сталя. Репликативная вилка. Одно- и двунаправленная репликация.
- •16. Типы репликации. Репликация кольцевых днк с образованием глазка. -структура. Репликация по типу катящегося кольца (репликация днк фагов м13, х174, ). Репликация с образованием d-петель.
- •18.Локус oriC – точка начала репликации. Структура локуса oriC. Предзатравочный комплекс. Роль белков dnaА, hu, dnaС и dnaВ в формировании предзатравочного комплекса.
- •19. Регуляция инициации репликации днк e. Coli. Dam-метилаза. Последовательности gatc. Терминация репликации.
- •20. Множественность точек начала репликации у эукариот. «Лицензирование» как механизм контроля согласованной активация точек начала репликации.
- •21.Точки начала репликации Saccharomyces cerevisiae. Аrs-элементы. Консервативные последовательности в составе ars-элементов.
- •23. Сборка предрепликационного комплекса. Комплекс днк-полимераза /праймаза. Инициаторная днк. Процессивный синтез днк с участием днк-полимеразы .
- •24. Системы рестрикции и модификации. Уникальный тип метилирования днк прокариот. Представление о метилированных, полуметилированных и неметилированных сайтах. Явление рестрикции днк.
- •25. Рестриктазы типа 2(класс 1). Характеристика рестриктазы Eco r1. Природа сайтов узнавания и рестрикции. «Липкие» и «тупые» концы.
- •26. Молекулярная основа мутаций. Точечные мутации. Транзиции и трансверсии. Горячие точки. Молчащие мутации. Нейтральные мутации.
- •27. Причины мутаций. Таутомерные формы оснований. Дезаминирование оснований. Апуринизация днк. Алкилирующие агенты.
- •28. Действие физических факторов (влияние на равновесие амино – имино-форм). Ошибки днк-полимеразы, связанные с включением аналогов природных нуклеотидов.
- •29. Система коррекции несоответствий спаривания оснований. Роль последовательностей gatc в mismatch репарации.
- •30. Эксцизионная репарация оснований. Ар-сайты. Днк-гликозилазы. Удаление урацила и тимина. Субстратная специфичность днк-гликозилаз ung, hGmug1, tdg и mbd4 человека.
- •31. Эксцизионная репарация нуклеотидов. Удаление пиримидиновых димеров. Нуклеаза авс (авс-эксцинуклеаза). Компоненты авс-эксцинуклеазы – белки UvrА, UvrB, UvrC. UvrD-геликаза.
- •33. Репарация, включающая рекомбинацию. Sos-ответ. Понятие sos-генов. Ферменты и белки sos-репарации. Белки RecA и LexA.
- •35.Строение информационных рнк. Строение информационных рнк прокариот. Лидерные, трейлерные и кодирующие участки. Полицистронность иРнк прокариот.
- •36. Строение иРнк эукариот. Структурные элементы иРнк эукариот. Полиаденилирование и кэпирование иРнк. Структура кэпов. Метилирование кэпов.
- •37.Специфические участки взаимодействия рнк-полимераз с днк. Структура промоторов. Стартовая точка, положения по ходу транскрипции и положения против хода транскрипции. Блок Прибнова и –35-блок.
- •38. Классификация рнк-полимераз эукариот.
- •39. Промоторы эукариот. Блок Хогнесса. –70-блок.
- •40.Закрытый и открытый двойные комплексы. Тройной комплекс. Роль σ-фактора.
- •41. Терминация транскрипции. Ρ-зависимые и ρ-независимые терминаторы.
- •42. Прерывистость генов э. Процессинг и сплайсинг транскриптов рнк-полимеразы II.
- •43. Интроны, подчиняющиеся «правилу gu/ag». Донор сплайсинга и акцептор сплайсинга. Точка ветвления интрона. Малые ядерные рнк (мяРнк) и сплайсисома.
- •44.Процессинг транскриптов, синтезируемых рнк-полимеразой III.
- •45. Механизм сплайсинга тРнк. ТРнк-лигаза.
- •47. Представления об интронах группы I как о рибозимах. Самосплайсинг рРнк Tetrahymena thermophila.
- •48. Интроны группы II – второй класс самосплайсирующихся интронов. Явление рнк-интерференции и редактирование рнк.
- •49. Экспериментальная расшифровка генетического кода. Синтетические олигонуклеотиды. Метод связывания рибосом.
- •50. Периодические сополимеры Кораны. Установление значения терминирующих кодонов.
- •51. Строение тРнк. Пространственная l-форма тРнк. Минорные компоненты тРнк.
- •52. Гипотеза «качаний».
- •53. Активация аминокислот. Активные центры в аминоацил-тРнк-синтетазах. Аминоацил-тРнк-синтетазы – самокорректирующие ферменты.
- •54.Стадии активации ак.
- •55. Инициация трансляции. Инициаторные тРнк прокариот. Факторы инициации прокариот.
- •56. Элонгация. Факторы элонгации. Образование пептидной связи.
- •57. Терминация синтеза полипептидных цепей. Терминирующие кодоны. Rf-1 и rf-2 – белковые факторы терминации. Фактор терминации rf-3.
- •58. Перепрограммирование трансляции. Включение Se-цистеина как один из механизмов перекодирования трансляции. Уникальность структуры тРнкSeс п. И э.
- •59. Явление транс-трансляции. Бактериальная тм-рнк. Совмещение свойств транспортной и матричной рнк в тмРнк.
- •60. Методы промышленной микробиологии. Суперпродукция лизина.
- •61. Представления о принципах генетической рекомбинации с использованием подвижных генетических элементов.
- •62. Способы соединения фрагментов днк invitro. Метод линкеров. Коннекторный метод.
- •63.Понятие вектора. Векторы в генетической инженерии. Свойства «идеального» вектора.
- •64. Плазмиды, классификация плазмид. Структура сайтов рестрикции эндонуклеаз типа II. «Тупые» и «липкие» концы.
- •65. Трансформация, трансфекция, клонирование.
- •66. Способы получения днк для клонирования.
3.Доказательства генетической роли нуклеиновых кислот. Явление трансформации у бактерий. Эксперименты Эйвери, Мак-Леонда и Мак-Карти.
Методами формальной генетики было установлено, что ген является дискретным фактором наследственности, представляет собой часть хромосомы и, что он переходит от родителя к потомку, т.е. передается в ряду поколений.
Решающую роль в выяснении природы гена сыграло представление о том, что ген отличается от признака, который он определяет. До начала 40-х годов было лишь известно, что гены – это действительно основные единицы наследственности, но каким путем они выполняют свою функцию, оставалось неясным. В своих работах, проведенных в 1902-1908 годах, Арчибальд Гэррод высказал мнение, что болезнь человека – алкаптонурия – обусловлена нарушением какой-то метаболической реакции, катализируемой ферментом. В 1941 году Дж. Бидл и Э. Тейтем, основываясь на данных по изучению мутантных штаммов хлебной плесени Neurospora crassa, сформулировали важнейший принцип – один ген – один белок (один фермент).
В 1944 году Освальд Эйвери, Колин Мак-Леод и Маклин Мак-Карти опубликовали результаты своих классических исследований. Экспериментальное доказательство того, что трансформирующий фактор - это дезоксирибонуклеиновая кислота сводилось к следующим положениям:
1. элементарный хим.состав очищенного трансформирующего фактора оказался близким для вирулентного фактора.
2. оптические электрофоретические св-ва и поведение фактора при центрифугировании напоминали св-ва ДНК.
3. обработка трансформирующего фактора растворителями или др.веществами, которые обеспечивают удаление липидов, не приводили к утрате трансформирующей активности.
4. обработка трипсином – удаление белков.
5. РНК сохраняла активность.
6. использование ДНКазы привело к потере активности.
Явление трансформации впервые обнаружил Гриффит при изучении пневмококковой инфекции у мышей. Вирулентнае бактерии образуют на поверхности агара гладкие колонии – S, невирулентные – шероховатые колонии R. Инактивированные нагреванием S-клетки живые R-клетки не патогенны для мыши. Однако, если инфицировать мышь смесью этих клеток, она погибнет и из легочной ткани могут быть выделены живые S-клетки. Трансформацию R-клеток в вирулентные S-клетки можно осуществить in vitro, если к R-клеткам добавить ДНК, выделенную из гладких бактерий.
4. Модель днк Уотсона и Крика
Открытие двойной спирали ДНК было в 1953 году Дж.Уотсоном и Ф.Криком, в основу легли две группы фактов:1)результаты предшествующего анализа количественного соотношения 4-х оснований в составе ДНК, полученные Чаргаффом и 2)анализ картин дифракции рентгеновских лучей на нитях ДНК, полученных Р.Франклин и М.Уилкинсом.
Закономерности, выявленные Э.Чаргаффом были впоследствии сформулированы в виде правил [7]:
а) состав ДНК различных клеток, составляющих ткани и органы одного организма всегда одинаков;
б) состав ДНК клеток организма с возрастом не изменяется;
в) состав ДНК клеток разных видов различен;
г) количество аденина всегда равно количеству тимина (АТ), а количество гуанина равно количеству цитозина (G C);
д) сумма пуриновых оснований равна сумме пиримидиновых оснований (А+G Т+С).
Дж. Уотсон и Ф. Крик предположили, что две полинуклеотидные цепи в молекуле ДНК не связаны ковалентно, а соединяются водородными связями, возникающими между АО. В А-Т паре-2 водородные связи: одна из них образуется м/у амино- и кето-группами, а другая – м/у 2-мя атомами N пурина и пиримидина, соответственно. В G-C паре- 3 водородные связи: две из них образуются между амино- и кето-группами соответствующих оснований, а третья – между атомами N.
Для осуществления специфического спаривания основания должны находиться в соответствующей таутомерной форме. Миграция водородного атома позволяет каждому основанию существовать в различных таутомерных формах.
Согласно модели двойной спирали две полинуклеотидные цепи в молекуле ДНК - антипараллельны, т. е. идут в противоположных направлениях(одна цепь в 5/ 3/, а другая - 3/ 5/ ).
Основания имеют плоскую форму и располагаются парами в плоскости, перпендикулярной оси спирали.Cтабилизация спиральной структуры дополнительно обеспечивается межплоскостными взаимодействиями между ароматическими кольцами соседних оснований. Эти специфические контакты получили название стэкинг-взаимодействий.
Каждая пара оснований в ДНК повернута на 36 вокруг оси спирали относительно следующей пары и 10 пар оснований составляют один полный оборот в 360. Две цепи уложены так, что наблюдаемая структура характеризуется наличием малой бороздки шириной 12 Å и большой бороздки шириной 22 Å. Двойная спираль правосторонняя. Данное описание соответствует модели ДНК, известной как B-форма.
Предлагая модель молекулы ДНК Дж. Уотсон и Ф. Крик постулировали также механизм репликации ДНК, в соответствии с которым каждая исходная цепь может служить матрицей для синтеза комплементарной дочерней цепи. Такой механизм удвоения ДНК был назван полуконсервативным.
