2.6.3 Сравнение с транс-действующими некодирующими рнк

В механизме действия обоих типов РНК заметны сходства. Они образуют Уотсно-Криковские водородные связи с комплементарными основаниями своих РНК-мишеней, взаимодействуют с мишенями стехиометрически, могут быть деградированы или поглощены в результате взаимодействия со своей целью (Jens G, Wolfgang RH, 2011).

Тем не менее, существует несколько важных отличий. asRNA полностью или в большей степени комплементарны своим мишеням и могут образовывать более стабильные дуплексы РНК. Это может иметь значение для кинетики связывания, а взаимодействие может быть независимым от белков, таких как Hfq . asRNA происходят из одного геномной области, что и их цели. Это может быть одним из ключевых преимуществ, потому что необходимое пространство генома меняется незначительно, и организм теоретически может позволить себе одну или несколько регуляторных РНК для каждого отдельного гена без необходимости увеличения размера генома. Недавние исследования транскриптома высокопродуктивными методами показали, что эта ситуация не слишком далека от реальности для некоторых бактерий (Sharma CM et al, 2010). Кроме того, по сравнению с другими регулирующими элементами, новые asRNA должны легко возникать в процессе эволюции, так как небольшое количество точечных мутаций может дать активный промотор. Комплементарность последовательность получится автоматически (Jens G, Wolfgang RH, 2011). Цис-позиция также имеет преимущество: asRNA и целевой ген транскрибируются в тесной стерической близости. Это должно привести к повышенной локальной концентрации и облегчению взаимодействия. Кроме того, пространственная структура транскрипции является важным фактором. Некоторые мРНК в E. coli и Caulobacter crescentus показали ограниченную диффузию от своих сайтов транскрипции (Montero Llopis P et al, 2010). Транскрипционная интерференция зависит от транскрипции с близко расположенных промоторов и, следовательно, этот вид регуляции ограничен asRNA. (Giangrossi M et al, 2010). Выдающаяся длина некоторых asRNA ( до более чем 7000 нт (Stazic D et al, 2011)) является еще одной важной разницей по сравнению с транс- действующими некодирующими РНК. Длина может быть выгодным свойством для интерференции по механизму столкновения (Sneppen K et al, 2005).