
- •26 Лекция 18. Малоугловое рассеяние биомакромолекул в растворе
- •Лекция 18. Малоугловое рассеяние биомакромолекул в растворе
- •Разбавленные растворы тождественных частиц
- •Кривая рассеяния при малых значениях q. Аппроксимация Гинье, интенсивность прямого рассеянного излучения и радиус инерции
- •Для простоты формул опустим 2 и подставим первые два члена разложения в формулу для I(s):
- •Асимптотическое поведение кривой рассеяния при больших значениях q. Соотношение Порода
- •Полная кривая рассеяния. Функция распределения расстояний
- •Информационное содержание p(r) и I(q) для монодисперсного раствора частиц с отчетливо выраженной границей
- •Полидисперсные растворы
- •Взаимодействующие частицы
- •От структуры – к кривой рассеяния
- •От кривой рассеяния – к набору структур
Полидисперсные растворы
Из двух допущений, описанных выше, сделаем менее строгим то, что раствор является монодисперсным. Теперь будем считать, что раствор содержит частицы, неидентичные друг другу. При этом второе допущение о бесконечном разбавлении оставим в силе (взаимодействие между частицами отсутствует).
Рис. Е2.5. (a) Диаграмма Гинье для полидисперсного раствора частиц приблизительно одинакового размера. (б) Диаграмма Гинье для раствора, содержащего мелкие и крупные частицы. Черные пунктирные линии соединяют точки кривой, состоящей из двух частей. Красная вертикальная пунктирная линия соответствует случаю QRg = 1 для крупных частиц, a зеленая − вертикальная пунктирная линия соответствует случаю QRg = 1 для более мелких частиц. В примере углы наклона линий данных соотносятся друг с другом с коэффициентом, равным 10, так что радиус инерции более мелких частиц в √10 ≈ 3 раза меньше радиуса более крупных частиц. (в) Диаграмма Гинье для раствора, содержащего частицы, плавно изменяющиеся в размере.
Можно выделить два полезных с экспериментальной точки зрения случая. В первом частицы имеют одинаковую амплитуду рассеяния по величине, но противоположную по вкладу в радиус инерции, так что при этом кривая рассеяния в приближении Гинье достаточно хорошо описывается прямой линией в данном диапазоне Q, где QRg меньше или равно ~1 для всех частиц (рис. Е2.5а). Измеренные значения I(0) и считаем экспериментальными параметрами. Они соответствуют средневзвешенным значениям амплитуд и радиусам инерции частиц в растворе:
(Е2.23)
(Е2.24)
в
котором имеются Nn
частиц с амплитудой
рассеяния
n
и радиусом инерции
Rgn.
Два этих уравнения служат базой для
интерпретации очень важных экспериментов
МУР для изучения комплексообразования
и взаимосвязей частиц при различных
условиях.
Во втором полезном экспериментальном случае частицы имеют различные радиусы инерции, и тогда приближение Гинье удовлетворяет каждому, но в разных диапазонах Q. Это создает ломаную линию графика логарифмической зависимости I от Q2, если частицы состоят из двух наборов – больших и малых частиц (как при ассоциации в растворе), или кривую линию, когда размер частиц меняется более плавно (Рис. Е2.5(б) и (в)).
Можно предусмотреть эксперименты по рассеянию под малыми углами для изучения каждого набора частиц в отдельности с достаточной степенью приближения, если распределение по размерам таково, что области значений Q для анализа Гинье четко выражены, как на рис. Е2.5(б). С другой стороны, нельзя извлечь практически никакой информации из изогнутой кривой рассеяния, кроме того, что в данном диапазоне размеров раствор является полидисперсным и при задании форм-фактора частиц рассчитать кривую объемного распределения по размерам. В биохимической части эксперимента потребуются определенные усилия для уменьшения полидисперсности.
Взаимодействующие частицы
Теперь мы сохраним в силе первое допущение относительно монодисперсности, но ослабим второе допущение: раствор больше не считается бесконечно разведенным и каждая частица испытывает воздействие других частиц.
Молекулярное скопление частиц
В литре раствора макромолекул молярной массой M г·моль−1 и концентрацией C мг·мл−1 имеются N частиц:
N = NAC/M
где NA – число Авогадро.
Оценим среднее расстояние d между ними, допуская, что они распределены по сетке куба со стороной 10 см:
d = [(10 × 108)/N]1/3Å
В качестве примера вычислим эти значения для гемоглобина в эритроцитах. Концентрация белка составляет около 300 г ·л−1,, в общем случае, значение аналогично концентрации в клеточной цитоплазме. Молярная масса гемоглобина − около 64 кДа. Тоgda
Тогда N = 3 × 1021
и
d = 66Å
При сферической аппроксимации радиус гемоглобина составляет около 30 Å. Расстояние между частицами в растворе 300 г· л−1 менее 10 Å, что соответствует двум-трем слоям молекул воды
В живой клетке концентрация белков столь высока, что вне организма условия эксперимента по рассеянию под малыми углами были бы очень далеки от бесконечного разведения. Положение и ориентация каждой частицы в концентрированном растворе сильно зависит от других частиц, даже когда отсутствует дальнее взаимодействие между ними, просто хотя бы потому, что вокруг частицы недостаточно места для свободного перемещения или вращения. Для частиц с приблизительно сферической симметрией (при которой все ориентации эквивалентны) влияние высоких концентраций на малоугловую кривую рассеяния можно вычислить с использованием «жидкоподобной» потенциальной функции, при этом межчастичное взаимодействие и упаковка поглощаются молекулами в жидкости. Для ассиметричных частиц задача усложняется многократно, если асимметрия велика (очень длинные или очень плоские частицы), они тогда образуют волокна или пучки.
Рис. Е2.6. Слева. (a) Квази-сферическая частица, описываемая некоторым распределением плотности рассеяния. (б) Распределение центров масс частиц (точки) в жидкости. (в) Квази-сферические частицы в жидкости, описываемые как конволюция (a) и (б). (г) Форм-фактор или интенсивность рассеянного излучения частицы в обратном пространстве. (д) «Структурный» фактор жидкости, состоящей из точечных молекул. (е) Интенсивность рассеянного излучения квази-сферическими жидкими молекулами, обусловленная умножением (г) и (д). Напоминаем, что преобразование Фурье для конволюции есть просто умножение (см. Главу A3). Справа. Концентрационная зависимость кривой рассеяния раствора лизоцима при рH 7.0 в 50 мМ Hepes буфере при концентрации от 5 до 200 мг·мл-1. Кривые рассеяния нормализованы на концентрацию. Резкое уменьшение интенсивности при Q, меньших ≈ 0.02 Å-1, связано с аппаратурными искажениями (Arai and Hirai, 1999).
Потенциальная функция, описывающая молекулы в жидкости, соответствующее распределение частиц и коэффициент рассеяния (амплитуда волны в обратном пространстве как функция Q) для точечных молекул показаны на рис. Е2.6 (слева). Теперь можно спрогнозировать кривую рассеяния группой частиц со сферической симметрией, которая организована в соответствии с данным межчастичным потенциалом, применяя конволюционно-мультипликационую связь между реальным и обратным пространством. При отталкивающем потенциале коэффициент рассеяния возрастает от Q равного нулю, тогда как форм-фактор обычно уменьшается. В результате кривая рассеяния сглаживается в области аппроксимации Гинье, приводя к кажущимся радиусу инерции и значениям I(0), которые меньше тех, что соответствуют частице в разбавленном растворе. Фактор рассеяния стремится к 1 для больших значений Q, а они не намного больше значений в области аппроксимации Гинье и зависят от близости частиц. Так что эффект от межчастичной интерференции на кривую рассеяния становится ничтожно малым, и высокие макромолекулярные концентрации (если они имеются) могут использоваться для измерения при «высоких» Q. Рис Е2.6 (справа) демонстрирует экспериментальный ход кривой рассеяния для раствора лизоцима в широком интервале концентраций и векторов рассеяния, подтверждающий теоретические прогнозы.