- •26 Лекция 18. Малоугловое рассеяние биомакромолекул в растворе
- •Лекция 18. Малоугловое рассеяние биомакромолекул в растворе
- •Разбавленные растворы тождественных частиц
- •Кривая рассеяния при малых значениях q. Аппроксимация Гинье, интенсивность прямого рассеянного излучения и радиус инерции
- •Для простоты формул опустим 2 и подставим первые два члена разложения в формулу для I(s):
- •Асимптотическое поведение кривой рассеяния при больших значениях q. Соотношение Порода
- •Полная кривая рассеяния. Функция распределения расстояний
- •Информационное содержание p(r) и I(q) для монодисперсного раствора частиц с отчетливо выраженной границей
- •Полидисперсные растворы
- •Взаимодействующие частицы
- •От структуры – к кривой рассеяния
- •От кривой рассеяния – к набору структур
Кривая рассеяния при малых значениях q. Аппроксимация Гинье, интенсивность прямого рассеянного излучения и радиус инерции
Разложив (sin Qrjk)/ Qrjk в уравнении Дебая в ряд по степеням Qrjk, получим (для одиночной частицы):
Для простоты формул опустим 2 и подставим первые два члена разложения в формулу для I(s):
Имея в виду, что первое слагаемое - это выражение для I(0), получаем:
Е2.7
Rg в данной формуле является радиусом инерции тела, массовое распределение в котором выражается электронной плотностью:
(E2.7)
Отметим, что по механической аналогии Rg является радиусом инерции распределения mj. Это также можно записать так:
(Е2.8)
где rj есть расстояние всех элементов частицы mj от центра тяжести (см. Приложение 1).
Еще
одно замечание: радиус инерции всегда
представлен в уравнениях как его квадрат
.
Это важный результат. Поскольку амплитуды,
mj
бывают как положительными, так и
отрицательными, мы можем получить
физически значимые отрицательные
значения
.
Два уравнения известны как аппроксимация Гинье:
(Е2.9)
Они верны для кривой рассеяния частицы любой формы при условии, что QRg меньше либо равно приблизительно 1.
Кривые рассеяния для сферы и вытянутого эллипсоида с отношением осей 1:1:5 приведены на рис. Е2.2. Там же показана гауссова функция, соответствующая аппроксимации Гинье. Чтобы проследить влияние формы частицы независимо от её абсолютного размера, кривые построены в виде функции произведения QRg.
Аппроксимация Гинье (длина Гинье-участка) действительна для больших или меньших значений QRg в зависимости от формы частицы. Так, для эллипсоидов с отношением осей примерно 1:1:1.7 (вытянутый) или 1:1:0.6 (сплюснутый) аппроксимация является хорошей при значениях QRg, выходящие далеко за пределы 1. Напротив, для более компактных форм (например, сферы, − самой компактной формы) кривая рассеяния отклоняется ниже аппроксимации Гинье, в то время как для более асимметричных форм (таких как удлиненные или сплюснутые эллипсоиды с отношением осей 1:1:>1.7 или 1:1:<0.6, соответственно: например, 1:1:5 изображенный на рисунке) кривая рассеяния отклоняется выше аппроксимации Гинье.
Контрастная амплитуда и закон Архимеда.
Под
термином «контрастная амплитуда» mj
мы будем понимать разность между
амплитудой рассеяния частицы и
растворителя. В общем случае, значения
mj
= (fj
− ρo
j)
могут быть положительными или
отрицательными, что иногда приводит к
отрицательному значению квадратa
радиуса инерции (
)
в уравнении Е2.9. Этому имеется механическая
аналогия, если мы рассмотрим частицу,
погруженную в жидкую среду. Эффективная
масса ее компонентов содержит член
выталкивающей силы по закону Архимеда
mэфф
= (mi
− ρoj
), где члены mi
теперь соответствуют
инерционным массам, а ρo
– массовой плотности
раствора.
Отрицательное значение эффективной массы получается, например, в случае пробкового материала в воде, который не тонет, а всплывает под действием выталкивающей силы.
Интересно отметить, что центр масс частицы, состоящий из положительных и отрицательных масс, может находиться за пределами частицы. Рассмотрим ниже пример для одномерного случая, когда частица массой m = +2 находится на расстоянии +a, a частица с массой m = –1 на расстоянии – а.
Центр масс обеих частиц может быть найден из выражения
и, согласно расчету, находится за пределами частицы при X = +3а.
Квадрат радиуса инерции частицы равен:
Отрицательная величина квадрата радиуса инерции, получается на вполне правдоподобной физической модели − такой как, например, палка под водой со свинцовым шаром на одном конце и пробковым материалом на другом, или частица с частями положительной и отрицательной амплитуды.
Рис. Е2.2. Кривые рассеяния сферы и эллипсоида вращения в зависимости от QRg; также показана кривая Гинье гауссовой функции. Rg – это радиус инерции в каждом случае. Следует обратить внимание, что все кривые совпадают с аппроксимацией Гинье при малых значениях QRg
При интерпретации экспериментальных данных полезно построить кривую рассеяния в координатах ln I(Q) в зависимости от Q2 (Рис. Е2.3). Затем прямую линию наложим на район, где действительна аппроксимация Гинье. Тогда прямая дает нам два экспериментальных параметра, ее пересечение в Q = 0 (путем экстраполяции) и ее угловой коэффициент, из чего по уравнению Е2.9 мы можем рассчитать:
I (0) = exp (отрезок)
и
= − 3×наклон
Когда раствор эффективно разбавлен и монодисперсный, контрастная амплитуда рассеяния ∑jmj и ее радиус инерции рассчитываются, соответственно, из пересечения и углового коэффициента аппроксимации Гинье и массовой концентрации частиц. Соотношение между контрастной амплитудой рассеяния и молярной массой легко определяется из химического состава частицы и растворителя.
Расчет молекулярной массы.
Для
частицы с известным составом мы можем
рассчитать eё
контрастную амплитуду на единицу
молярной
массы:
,
где
а fj
– амплитуды атомного
рассеяния, ρo
– плотность растворителя, а V
– объем частицы.
Последний (в см3)
нетрудно рассчитать из V
= M
/NA,
где M
– масса в граммах на
моль, а
– парциальный удельный
объём в кубических сантиметрах на грамм.
Как правило, хорошим приближением
является значение между 0,73 и 0,75 для
парциального удельного объема любого
белка.
M − это не всегда молярная масса частицы в растворе. Например, если частица является димером, ее молярная масса в растворе составляет 2M. В общем случае мы можем обозначить массу частицы в растворе M' . Объединяя уравнения (Е2.5) и (Е2.7) и проведя соответствующие подстановки, получаем:
(А)
Таким образом, для монодисперсного раствора невзаимодействующих частиц с известным составом и парциальным удельным объемом интенсивность рассеянного излучения, экстраполированная на нулевой угол, и разделенная на концентрацию, будет пропорциональна молярной массе. Отметим, что как IN(0), так и C должны быть известны в абсолютных единицах. В случае малоуглового нейтронного рассеяния для абсолютной калибровки используется рассеяние воды (Jacrot and Zaccai, 1981), a для рентгеновского рассеяния − калиброванные образцы специального вещества − люполена.
Аппроксимация Гинье позволяет исследователю независимо и одновременно определить молярную массу частицы в растворе (через значение I(0) и концентрацию для определения, например, ее олигомерного состояния при данном состоянии раствора) и ее пространственную протяженность (через значение ). Это нетривиальная информация. Аналитическое центрифугирование определяет либо молекулярную массу (в эксперименте по седиментационному равновесию), либо параметр, связанный с молекулярной массой − коэффициент поступательного трения (константа седиментации в эксперименте по скоростному осаждению). Методы фильтрации в геле определяют молярную массу косвенно посредством измерения того, что, по сути, является коэффициентом диффузии, и сопоставления с таковыми для известных частиц. Если форма частиц, по которым проводится сравнение, отличается от формы неизвестной частицы, то измеренное значение молярной массы будет некорректным.
Рис. Е2.3. Зависимость ln I(Q) от Q2 в аппроксимации Гинье. В примере показаны данные по малоугловому рассеянию нейтронов для комплексa серил-тРНК-синтетаза и серил-тРНК. Радиус инерции, определенный из наклона кривой в интервале Q от 0.012 °A−1 до 0.043 °A−1, составил 28.7 ± 0.2Å. Таким образом, соответствие теории и эксперимента наблюдается в диапазоне 0.33 < QRg < 1.23. Значение I(0), рассчитанное из пересечения прямой с осью ординат, и уже известная концентраций белка и тРНК, соответствуют молярной массе, ожидаемой для комплекса в соотношении 1: 1
