1353-1378 – Годы управления кафедрой.

В 1353 году, на престол вступил Иван Красный.

В наследники престола, свт. Алексея наметил ещё свт. Феогност.

Свт. Алексей родился в 1300 году. Был сыном черниговского боярина, переселившегося из Малороссии в Москву. Даниил Александрович (князь Московский) был его крёстным. Будущий святителя носил в миру два имени: Симеон и Еливферий. При рождении Симеон, а при крещении – Еливферий.

Был необычайно одарённым, прекрасно читал. В 20 лет постригается в монахи в Богоявленском монастыре в Москве. Свт. Феогност берёт его в свой двор, и делает его управителем церковного законопроизводства, и делают митрополичьим судьёй на 12 лет. Там он изучил греческий язык.

В 1352 году, митр. Феогност посвящает его в викарии во Владимир-на-Клязьме. В 1353 году, еп. Алексий отправляется в Константинополь, за поставлением в митрополиты. Там его продержали целый год, давая понять, что русский нежелателен для поставления в первосвятители. Наконец, его рукоположили, уважая добродетельность его жизни, его образованность. Но, прямо при свт. Алексии, на Литовскую митрополию был поставлен некий Роман. Его резиденцией был городок Новогрудок. Началась борьба между двумя митрополитами за Киев, т.к. официально, были по титулами митрополитами киевскими. В конце концов, Киев достался Алексию. Митр. Роман, в компенсацию за Киев, прихватил себе Брянск. В Киеве, прибывший Алексий был схвачен Ольгердом, но чудесным образом сбежал.

Разделение закончилось со смертью Романа. Собор в Константинополе, под предводительством патр. Филофея, постановил, что негоже Литве отделятся от Русских Метрополий.

Дважды свт. Алексий ходил на поклон в Сарай. Ханом тогда был Дженебек. Первый раз он ходил, чтобы исцелить слепую жену его, Тайдулу. Хан подтвердил свой ярлык на митр. Алексии. Второе хождение было в 1358 году. Он посетил тогда Бердыбека, сына Дженебека и Тайдулы. Но умертвил 12 своих братьев, когда добивался власти. Святитель добился нового ярлыка уже от него. В этом его помогла Тайдула.

С 1358 во 1360 год, по возвращении, он прожил в Киеве, восстанавливая храмы и монастыри.

С 1359, после смерти Ивана Красного, он становится опекуном его несовершеннолетнего сына Димитрия, будущего московского князя Димитрия Донского. Причём, именно он помог ему получить ярлык, т.к. с 1359 по 1362 год, столицей Руси был Нижний Новгород, с князем Дмитрием Константиновичем. С 1362 года стало неоспариваемое сидение великих князей в Москве.

В 1362 году был перенесён первосвятительский престол из Владимира в Москву.

Митрополит Алексей благословил брак с дочерью нижегородского князя, тем самым породнил их с Москвой. Жена его Евдокия, в иночестве Евфросиния, причислена к лику святых.

Но с этим браком и воссоединением с Москвой не согласился дядя Ефросинии, Борис Константинович. Тогда, свт. Алексий направляет в Нижний Новгород преп. Сергия. Тот накладывает на Нижний Новгород интердикт (практика римо-католической церкви, закрыл все православные храмы). Народ возмутился, и Борису пришлось бежать из города.

Свт. Алексий был очень расположен к монашеству. В 1361 году открыл женский Алексеевский монастырь. В том же году, он устроил монастырь Святого Спаса на Яузе. Его игуменом стал ученик преп. Сергия, Андроник. В 1365 были восстановлены два древних монастыря: Благовещенский в Нижнем Новгороде; Константино-Елененский во Владимире-на-Клязьме.

За 25 лет своего первосвятительского служения, рукоположил около 25 епископов.

Скончался свт. Алексей в 1378 г., 25 февраляе в Москве. Был погребён в основанном им Чудовом монастыре (в честь чуда Архангела Михаила в Хонех). В 1431 году, 20 мая, были обретены его мощи. После себя, он оставил в литературное наследство знаменитые Алексеевские Евангелия (переводы); Окружное послание к пастве; Послание к новгородцам.

Ко времени смерти свт. Алексия, Русь была разделена на три метрополии: Киевскую, Галицкую и Литовскую.