Оглавление-вып. 2
I. Посвящение ii
II. Аннотация II -го выпуска 1
III. Титульный лист для всех выпусков 2
IV. Титульный лист II-го выпуска-краткие названия трех частей II-го-выпуска 4
V. Развернутые названия трех частей 5
VI. Содержание 7
VII.Перечень названий и краткое содержание всех выпусков 15
Предисловие................................................................................23
Содержание
ЧАСТЬ 11 26
НЕМАТОДА C.Elegans - Атом водорода теоретической биологии (-Дж. Уотсон)(По работам Сиднея Бреннера, Роберта Хорвица, Джона Салстона и др.) описание эмбрионального клеточного дерева развития почвенной нематоды С.Elegans
ВВЕДЕНИЕ
1. Нематода С.Elegans как объект изучения биологии развития 27
2. Нобелевская премия по медицине за 2002 г. за исследования, проведенные на нематоде 29
ДИНАМИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ПОКЛЕТОЧНОГО ДЕЛЕНИЯ НЕМАТОДЫ
3. Перечень прилагаемых общих экспериментальных сведений по эмбриональному развитию нематоды С.Elegans. 33
4. Предварительные замечания к обработке приводимых экспериментальных результатов 35
5. Конфигурация дробления клеток на начальных и конечных стадиях до вылупления 37
6. Подробное описание конфигураций дробления 40
6.1.Таблица № 1 клеток и шифровка событий 49
7.Таблица № 2 шифров событий во времени 66
8.Эмбриональное развитие C.Elegans 84
8.1. Микроритм и общая динамика 84
9. Две промежуточных стадии развития 90
9.1 Структурнодинамическое использование ДТА-57 на примере нематоды 92
9.2. 55 пар сестринских нейронов нематоды 92
9.3. 55 клеток, делящихся после вылупления 93
10. Клеточные деревья и их фрагменты, описываемые решениями bs c s от 1 до 7 95
10.1.Глотка нематоды С.Elegans –и ДТА57 95
10.2.Стадия 57 клеток в эмбрионе нематоды 103
10.3. Стадия развития эмбриона, на которой все имеющиеся клетки появились за 57 делений, последних в своих клеточных линиях 105
10.4. Клеточное дерево нервной системы асцидии Ciona Intestinalis 107
11. Моделирование динамики развития клонов нематоды с помощью вариантов алгоритмов ДТА- 109
12. Разбиение всего дерева развития нематоды на клоны по 54-57 клеток по пространственной поляризации (-морфогенез) 115
13. Комментарии к разбиению на эклоны 122
14. Динамика внутриклональной организации нематоды С.Еlegans - «атома водорода» по Дж. Уотсону для теоретической биологии 135
15. Вариант протоколов решений для суммарных поклеточных делений согласно балансным уравнениям 142
16. Уравнения дифференцировки и ветви всего клеточного дерева эмбриона нематоды С. Elegans 145
ЧАСТЬ 12.
НЕМАТОДА C.Elegans -периодизация развития и квант времени, его роль 158
17. Волны митозов, биологический квант времени и атомная постоянная тонкой структуры 159
18.Периодизация событий митозов, квант времени, двумерная временная развертка одномерной временной оси 160
Введение 160
19. Одномерная периодичность -фазы - и двумерность (4-ех мерность) бегущей волны 161
20.Уточнения значений времени микроритма /4,- разложение в цепную дробь-фибоначчиевое представление биологического кванта времени 163
21.
-атомная
постоянная тонкой структуры 166
22.Сдвиг фаз волн митозов (двумерные временные плоскости, наклон касательных к винтовым линиям на торе свернутых временных осей-анонс из III- вып.) 168
23.Исторический экскурс 170
24.Рис.31. Гистограмма плотности распределения всех времен деления клеток нематоды 172
25.Таблица №17 к гистограмме плотности распределения всех времен деления клеток нематоды 173
26.1,2.. Две гистограммы и Таблица № 18 к ним дробных частей всех времен (Рис.32) и последних делений клеток (Рис.33) нематоды в единицах кванта времени 175
27.График кумулятивной скорости накопления всех событий деления и Таблица № 19 к этому графику 178
28.Графическая иллюстрация определения кванта времени с 6-ю знаками точности и коэффициентом корреляции R2 = 0,99994028 по 55-ти событиям деления по Таблице № 20 189
29.1,2.Рис.36,37, к ним Таб. № 21-два примера проведенных регрессионных прямых (с 1-й и 6-ю прямыми) соответственно с 8-ю и 9-ю девятками точности коэффициента регресси R2 для всего массива данных-784-х событий 192
30.Табл. № 22 для 2-х гистограмм-всех и последних делений 203
ЧАСТЬ 2
Универсальность гомеобокса и гомеодоменов- генов белков. организаторов онто - и фило – генеза и их теоретическое описание многомерными аттракторами ДТА-21 и ДТА-57 ........................204
31.Архитектура каскадной реализации линейной программы ДНК 1. Гомео боксы, гомеодомены и повторы 205
31.1.Вступление 205
31.2.Информация на1-м уровне - вида и гена 207
31.3.Гомеодомены 208
31.4.Табл.24-2-й уровень информации-позиционный 208
31.5.Повторы(замечание, подробнее с 223-й с.) 216
31.6.Обработка и анализ данных по 87 гомеобоксам 217
31.7.Циклины и кинезины в кинетопластах 220
31.8.Повторы. (Табл. № 26, части 1, 2.) 223
31.9.Заключение 229
НЕКОТОРЫЕ ОБОБЩЕНИЯ
32.Примеры на общую динамику ДТА-21 231
32.1Протекание беременности у человека 231
32.2Геоселитебные системы на примере Подолии Украины 232
32.3.Универсальный архетип развития 233
32.4.Геоселитебные системы регионов и ДТА-57 238
ЧАСТЬ 3................................................................................................244
Сквозные закономерности в динамике многомерных аттракторов (геометрий стадий холодной вселенной-супер-петли и-струны, компактификация размерности) - основа описания аттракторами существующих активных ферментных центров и информационных матриц в биологии. Структура биохимических молекул и применения ДТА-57
33. Применение решений уравнений дифференцировки для S от 1 до 7 к структуре биохимических молекул 245
33.1. Пары нуклеозидов в двойных цепочках ДНК и РНК 245
33.1.1.Общая характеристика пар нуклеозидов 245
33.1.2.Разбиения атомов в парах нуклеозидов 248
33.2.РНК-фермент Tebrahymena Thermophila 252
33.2.1.Общая характеристика фермента 252
33.2.2.Разбиение РНК-фермента 254
33.3.Церамид гликосфинголипидов 255
33.3.1.Общая характеристика гликосфинголипидов 255
33.3.2.Разбиение радикала церамида 257
33.3.3.Обсуждение результатов, замечания и комментарии 257
34.Антибиотик валиномицин 258
34.1.Общая характеристика валиномицина 258
34.2.Круговая диаграмма 20 аминокислот, размещенных по полярности и размеру 260
34.3.Молекулы цитохрома С 261
34.4.Общая характеристика молекул цитохрома С 261
34.5.Разбиение консервативной части шести цитохромов С 261
34.6.Обсуждение результатов. 264
34.7.Разбиение 112 аминокислот цитохрома С пшеничного зародыша 265
34.8.Обсуждение результатов 267
34.9.Последовательность а.к. гемоглобина 267
34.9.1.Общая характеристика гемоглобина 267
34.9.2.Обсуждение результатов 270
34.9.3.Задача 270
34.9.4.Разбиение аминокислотных последовательностей ферредоксинов типа 1 Fe-S; 8-Fe-s* 270
34.9.5.Общая характеристика ферредоксинов 270
35.применение решений уравнений дифференцировки для s 8 275
35.1.Витамин В12 И ДТА-57 и его кофермент 275
35.2.Молекула монактина 277
35.3.Молекула хлорофилла 278
35.4.Гем гемоглобина 280
36.Классы молекул, избирательно подчиняющихся ДТА-57-описанию 282
36.1.Тройки аминокилотных остатков в белковых последовательностях 282
36.1.1 Подсчет числа атомов в аминокислотных остатках в пептидной цепи 282
36.2.Разбиение атомов на группы в аминокислотных остатках. (Таблица 36.) 292
36.2.0.Предварительное обсуждение 292
36.2.1.Примеры разбиений троек аминокислотных остатков 294
36.2.2.Обсуждение 297
36.3.Структура тРНК и ДТА-57 299
36.4.Еще примеры: порфирины, стероиды, фосфолипиды 301
36.4.1.Порфины 301
36.4.2.Стероиды 301
36.4.3.Фосфолипиды 302
37.Редукция биологических структур по численности компонент от 60-61 к 52-57- 305
37.1.Преонкосфера ленточного червя Moniezia expansa 305
37.2.РНК-фермент : редукция при саморазрезании 305
37.3.Молекулы коллагена 306
37.4.Разбиение аминокислотных последовательностей ферредоксинов 2-Fe-S* на группы 308
ПРИЛОЖЕНИЕ - 1 Таблицы двумерной развёртки последних делений для гистограммы (-численный материал для неё) дробных частей тех же делений в единицах кванта времени 311
ПРИЛОЖЕНИЕ - 2 Система уравнений диофантовой модели – ядра (ДМЯ) 360
ЛИТЕРАТУРА 375
ОПЕЧАТКИ 382
ПЕРЕЧЕНЬ ОБНАРУЖЕННЫХ СООТВЕТСТВИЙ С ДТА-57, ДТА-21 384
ПРИЛОЖЕНИЕ – 3 388
ПРИЛОЖЕНИЕ – 4 393
КРАТКИЕ ВЫВОДЫ И ЗАКЛЮЧЕНИЕ 407