37.4. Разбиение аминокислотных

ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

ФЕРРЕДОКСИНОВ 2-Fe-S*НА ГРУППЫ

В п.34.9.4,с.270 мы разбирали ферредоксины типа 1-Fe-S и 8-Fe-S*, теперь обращаемся к ферредоксинам, имею-щим более длинные последовательности аминокислот. В Таб.41 представлены 5 последовательностей из 97 а.к.-т для разных ферредоксинов из 5 организ-мов. ([52 стр. 129, 32]). Из них 60 а.к. имеет консервативный характер и по сравнению с 57-ю 3 а.к.из них -лишние.

Таблица 41. Последовательности ферредоксинов

типа 2-Fe-S*

№ вида

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

15

16

17

18

1

A

T

Y

K

V

K

L

V

T

P

S

G

Q

Q

E

F

Q

G

2

A

A

Y

K

V

T

L

V

T

P

T

G

N

V

E

F

Q

G

3

A

S

Y

K

V

K

L

V

T

P

E

G

T

Q

E

F

E

G

4

-

A

F

K

V

K

L

L

T

P

D

G

P

K

E

F

E

G

5

A

Try

Y

K

V

T

L

K

T

P

S

G

D

Q

T

I

E

G

1 9

20

21

2 2

23

24

25

26

2 7

28

29

30

31

32

33

34

35

P

D

D

V

Y

I

L

D

Q

A

E

E

V

G

I

D

L

P

D

D

V

Y

I

L

D

A

A

E

E

E

G

I

D

L

P

D

D

V

Y

I

L

D

H

A

E

E

E

G

I

V

L

P

D

D

V

Y

I

L

D

Q

A

E

E

L

G

I

D

L

P

D

D

T

Y

I

L

D

A

A

E

E

A

G

L

D

L

36

37

38

39

40

41

42

43

44

45

46

47

48

49

50

51

52

P

Y

S

C

R

A

G

S

C

S

S

C

A

G

K

V

K

P

Y

S

C

R

A

G

S

C

S

S

C

A

G

K

L

K

P

Y

S

C

R

A

G

S

C

S

S

C

A

G

K

V

A

P

Y

S

C

R

A

G

S

C

S

S

C

A

G

K

L

V

P

Y

S

C

R

A

G

A

C

S

S

C

A

G

K

V

G

53

54

55

56

5 7

58

5 9

60

61

62

63

64

65

66

67

68

69

V

G

D

V

D

Q

S

D

G

S

F

L

D

D

E

Q

I

T

G

S

L

N

Q

D

D

Q

S

F

L

D

D

D

Q

I

A

G

E

V

N

Q

S

D

Q

S

F

L

D

D

D

Q

I

V

G

D

L

D

Q

S

D

Q

S

F

L

D

D

E

Q

I

G

G

T

V

D

Q

S

D

Q

S

F

L

D

D

S

Q

M

Таблица 41, продолжение.

70

7 1

72

7 3

74

75

76

77

7 8

79

80

81

82

83

84

85

86

G

E

G

W

V

L

T

C

V

A

Y

P

V

S

D

G

T

D

E

G

W

V

L

T

C

A

A

Y

P

V

S

D

V

T

E

E

G

W

V

L

T

C

V

A

Y

A

K

S

D

V

T

E

E

G

W

V

L

T

C

A

A

Y

P

R

S

D

V

V

D

G

G

P

V

L

T

C

V

A

Y

P

T

S

D

C

T

8 7

88

89

90

91

92

93

9 4

95

96

97

ВИД

I

E

T

H

K

E

E

E

L

T

A

Таро

I

E

T

H

K

E

E

E

L

T

A

Шпинат

I

E

T

H

K

E

E

E

L

T

A

Люцерна

I

E

T

H

K

E

E

E

L

T

A

L.glauca

I

A

T

H

K

E

E

D

L

F

A

Scenedesmys

Из 60 позиций можно исключить какие-то в сумме 3-и позиции среди 3-х слева и 3-х справа. На рис. 78, левые такие позиции обозначены белыми кружками, черными - правые. В обычной зоне группы b₁ - b₄ (F-Y) име-ется как раз 5 аминокис-лот: 1+0+1+3=5.

На Рис. 78а. из A, T, D составлена группа b₇ ; из V, I, L и R, K, Q, E составлены 2 девятки b₆.При таком раскладе хорошо выделена b₇ , но в нее входят аминокислот-ные концевые остатки, тогда как

Рис. 78а

исключаются более глубокие номера №№2,2 с концов. Кроме того, непонятно, какой еще остаток убрать, до-полняя число удаленных до трех. На рис. 78б. дана дру-гая попытка разбить эти 60 остатков на структуру ДТА-57 с удалением трех позиций.

Чтобы выделить 16-ть группы b₇ из G удалена искусственно единица. 36-ка группы b₁₆ на 9-ки не разбита. выкинуты 2 крайних остатка «А» и одно G.

Следует признать эти разбиения неудовлетворитель-ными. С одной стороны, это плохо, а с другой -это придает больший вес случаям удачного разбиения, Поскольку красиво разбить по ДТА-57 можно далеко не любой конгламерат объектов числом 52-57, 60-61 единиц. Отсутствие удачного разбиения можно объяснить несколь-кими факторами : 1. консенсус установ-лен по малому числу последовательнос-тей; 2. консенсус в данном случае не очень значимая

Рис. 78б.

величина по сравнению со структурами, имеющими точное разбиение ДТА-57, т.е., информационные молекулы ДНК-РНК имеют гораздо большее значение и сложились по структуре гораздо рациональнее.

ПРИЛОЖЕНИЕ 1

СМЫСЛ ЗНАЧЕНИЙ

СТОЛБЦОВ И СТРОК ПОСЛЕДУЮЩЕЙ ТАБЛИЦЫ

(без номера)

1. 1-ый и 6-ой (-слева направо) столбцы предста-вляют собой номера последних и первых делений соответственно в строках в порядке их появления до момента вылупления.

2. Номера первого столбца иногда встречаются-попарно равными в соседних строках, поскольку после этого события (-именно последнего деления) ни одна из них не делится. В альтернативном случае числа в соседних строках не удваиваются, если одна из сестринских клеток позднее делится далее. Благодаря этому эффекту разница в значе-ниях цифр этих столбцов(-1-го и 6-го) постепенно снижается и в конце Таблицы ( стр.359 ) значения их сравниваются с полным числом событий, рав-ным значению 784.