34.3. Молекулы цитохрома с

34.4. Общая характеристика молекул

ЦИТОХРОМА С

Цитохром С - это белок, принимающий участие в про-цессах клеточного дыхания, он обнаружен в митохондриях животных и растений. Комбинированную аминокислот-ную последовательность более чем 70 разных видов можно найти на стр. 1093 [30], построенную по [49]. В молекуле цитохрома С находятся 104 аминокислоты в последова-тельности, гомологичной для всех цитохромов. Молекулы не млекопитающих несколько длиннее, они, как правило, содержат 112 аминокислот.

34.5. Разбиение консервативной части

ШЕСТИ ЦИТОХРОМОВ С.

В старой работе [50] приведены последовательности для цитохромов С (человека, лошади, дрожжей, тунца, цыпленка, быка или свиньи). На этих 6-ти цитохромах имеется 56 консервативных (для всех 6-ти) аминокислот. С увеличением выборки цитохромов С, с включением большого числа простейших, число консервативных пос-ледовательностей резко уменьшается [30], [49].Однако нам интересны именно те шесть последовательностей с 56-ю консервативными участками, попадающих своим числом в наш диапазон [52-57].

Таблица 30А. Последовательности 6 цитохромов С с вы-деленным консенсусом.

№

104

103

102

101

100

9 9

98

97

96

9 5

94

93

92

1.человек

G

DNH2

T

A

K

K

L

Y

A

I

L

D

A

2.лошадь

G

DNH2

T

A

K

K

L

Y

A

I

L

D

G

3.дрожжи

G

C

-

A

K

K

L

Y

T

I

L

D

DNH2

4.тунец

S

A

T

S

-

K

L

Y

A

V

L

D

GNH2

5.цыпленок

S

T

A

N

K

K

L

Y

A

I

L

D

V

6.бык и свинья

G

DNH2

DNH2

A

K

K

L

Y

A

I

L

D

G

№

91

90

89

88

87

86

85

8 4

8 3

82

81

80

79

78

1.

R

G

G

K

K

K

I

E

V

F

I

M

K

T

2.

R

G

T

K

K

K

I

E

A

F

I

M

K

T

3.

R

D

L

G

K

K

L

E

G

F

A

M

K

T

4.

R

G

E

G

K

K

I

E

A

F

I

M

K

T

5.

R

G

S

G

K

K

I

E

A

F

I

M

K

T

6.

R

G

E

TC

K

K

I

E

A

F

I

M

K

T

№

77

76

75

74

73

72

71

70

69

68

67

66

65

64

1.

E

P

I

Y

K

K

P

DNH2

G

L

Y

G

M

L

2.

E

P

I

Y

K

K

P

DNH2

G

L

Y

G

M

L

3.

E

P

I

Y

K

K

P

DNH2

T

L

Y

G

S

M

4.

E

P

I

Y

K

K

P

DNH2

G

L

Y

G

M

L

5.

E

P

I

Y

K

K

P

DNH2

G

L

Y

G

M

L

6.

E

P

I

Y

K

K

P

DNH2

G

L

Y

G

M

L

№

63

62

61

6 0

59

58

57

5 6

55

54

53

5 2

51

1.

T

N

G

E

W

I

I

E

K

D?

DNH2

K

DNH2

2.

T

G

G

K

W

T

I

E

K

D?

DNH2

K

DNH2

3.

N

N

G

D

W

L

V

DNH2

K

D?

K

I

DNH2

4.

T

N

N

DNH2

W

V

I

E

K

D?

S

K

DNH2

5.

T

N

G

E

W

T

I

E

K

D?

D

K

DNH2

6.

T

N

G

E

W

T

I

E

K

D?

DNH2

K

DNH2

Таблица 30 А, продолжение.

№

50

49

48

47

46

45

44

43

42

41

40

39

38

1

A

T

Y

G

Y

E

P

A

GNH2

E

T

K

R

2.

D

T

Y

T

F

E

P

A

GNH2

E

T

K

R

3.

D

T

Y

S

Y

E

GNH2

A

GNH2

E

S

Q

R

4.

D

T

Y

S

Y

E

G

A

GNH2

E

T

L

R

5.

D

T

Y

S

F

E

G

A

GNH2

E

T

L

R

6.

D

T

Y

S

F

E

P

A

GNH2

E

T

L

R

№

37

36

35

34

33

34

33

32

31

30

29

28

27

1.

E

F

L

G

H

G

H

L

NNH2

P

E

T

K

2.

E

F

L

G

H

G

H

L

NNH2

P

E

T

K

3.

E

F

I

G

H

G

H

L

NNH2

P

E

V

K

4.

E

F

L

G

Y

G

Y

L

NNH2

P

E

V

K

5.

E

F

L

G

H

G

H

L

NNH2

P

E

T

K

6.

E

F

L

G

H

G

H

L

NNH2

P

E

T

K

№

2 6

25

2 4

23

2 2

21

20

19

18

17

16

15

1 4

1.

Q

K

E

E

K

G

V

T

T

C

GNH2

S

C

2.

Q

K

E

E

K

G

V

T

T

C

GNH2

A

C

3.

Q

P

E

E

K

G

V

T

T

C

L

G

C

4.

Q

K

E

E

DNH2

G

V

T

T

C

GNH2

A

C

5.

Q

K

E

E

K

G

V

T

T

C

GNH2

S

C

6.

Q

K

E

E

K

G

V

T

T

C

GNH2

A

C

№

13

12

11

10

9

8

7

6

5

4

3

2

1

1.

K

M

I

F

I

K

K

E

K

G

V

A

E

2.

K

GNH2

V

F

I

K

K

E

K

G

V

A

E

3.

R

T

K

F

L

T

A

E

K

L

A

S

E

4.

K

GNH2

V

F

T

K

K

E

K

A

V

D

E

5.

K

GNH2

V

F

I

K

K

E

K

G

I

D

E

6.

K

GNH2

V

F

I

K

K

E

K

G

V

D

E

На рис.47А представлено распределение последователь-ности 56 аминокислот по типам и видно, что 16-ть групп b₇ составлено из малых полярных-неполяр-ных аминокислот; 1 и 3 из групп b₁ и b₄ составлены из уме-ренно неполярно-по-лярных кислот.

Рис. 47А

Разбиение по типу аминокислот в кру-говой диаграмме дано в соответствии с [38] и обсуждалось в п.5.3.

В 16-ке – четкое разбиение на 4-ки, а в 36-ке есть две выделенные 9-ки.