31.5. Повторы
(Краткие замечания, подробнее см.стр.224-225 ниже)
1. Notch-повторы. В [41-37] приведены весьма ценные данные о с-богатых 36 повторах с 55-58-ю позициями нейрогенных локусов дрозофилы, отвечающих за синтез egf -подобных белков.
Из
нейрогенной области эмбриона этой мушки
образуется около 1600 клеток, одна четвертая
часть которых в дальнейшем идет на
образование нейральных структур, а
остальные 3/4 - на структуры эпидермиса.
Здесь (см.[1]) упомянутые значения 1/4 и
3/4 (ср. свойство
-фага),
которая не может существовать при
укорочении генома на 25% являются согласно
ДМЯ значениями функции
,
определяющим долю дифференцирующихся
клеток, размножающихся на s-х
шагах развития. В [41-37] дана как бы
трехмерная развертка позиций а.к. - в
линейной последовательности а.к. (55
а.к., первое измерение) , в 36 повторах
этих 55-ок (2-е измерение) и в 14 гомологичных
генах разных таксонов-вирусов, мыши,
крысы, коровы и человека(3-е измерение).
31.6. Обработка и анализ данных
ПО 87 ГОМЕОБОКСАМ
При усреднении по всем тройкам слева и справа в сумме по одностороннему критерию знаком следует 99,5% достоверность отличия всех в среднем 9-х позиций в 36-ке (-19 «+» среди 24) от трех ближайших соседей, Причем частота смен в 9-ых позициях больше частоты смен а.к. на заряженные в 1,8 раза в среднем по отношению к 6-ти соседям в сумме слева и справа. Отметим, что при учете только двух, а не шести соседей достоверность хуже ( 97%). Таблица 25.
Число различных аминокислот по 61 позициям 87 гомеобоксов. Часть1. Позиции №№1-30.
n |
-2 0 2 4 6
|
8 10 12 14 16 |
18 20 22 24 26
|
|||||||
АК |
1,2,3,4,5 |
6,7,8,9,0 |
1,2,3,4,5 |
6,7,8,9,0 |
1,2,3,4,5 |
6,7,8,9,0 |
||||
S |
5,10,1,3,15 |
0,2,8,0,27 |
8,4,0,0,0 |
1,0,0,0,2 |
0,2,1,3,1,1 |
1,0,10,4,2,7 |
||||
G |
4,12,1,2,27 |
1,0,0,0,0 |
3,0,0,0,0 |
1,0,0,0,0 |
0,1,0,0,0 |
0,0,0,1,0 |
||||
D |
15,3,1,0,0 |
0,0,0,0,0 |
1,1,0,0,5 |
0,0,0,0,0 |
0,0,1,1,0 |
0,0,4,0,3 |
||||
N |
0,1,2,0,0 |
0,0,2,1,1 |
4,3,0,0,0 |
0,0,1,1,2 |
0,3,1,64,3 |
0,0,2,1,0 |
||||
E |
15,4,0,0,0 |
0,0,0,1,2 |
1,10,3,05 |
64,0,80,3,69 |
0,2,12,3,1 |
0,0,07,3 |
||||
Q |
1,5,1,1,5 |
0,27,0,0,0 |
1,10,77,0,3 |
0,0,0,4,1 |
0,4,4,2,12 |
0,0,0,0,5 |
||||
K |
7,3,47,8,9 |
1,1,2,0,2 |
5,2,0,5,1 |
0,0,2,37,3 |
2,2,1,1,6 |
4,0,0,3,4 |
||||
R |
8,24,29,43,3 |
83,0,1,0,0 |
49,1,0,5,1 |
10,0,2,9,0 |
0,1,6,6,52 |
1,0,0,56,44 |
||||
Y |
1,1,0,0,3 |
0,0,0,56,0 |
1,35,0,0,0 |
0,3,0,0,0 |
1,3,13,0,0 |
80,0,16,0,3 |
||||
H |
0,1,0,23,0 |
0,0,0,0,0 |
0,2,1,0,0 |
0,0,0,1,2 |
1,45,0,2,4 |
0,0,0,0,1 |
||||
W |
0,0,0,1,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,2,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,6,0 |
||||
F |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,21,0 |
0,3,0,01 |
3,0,1,0,1 |
77,0,38,0 |
0,2,0,0,6 |
||||
M |
0,2,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,01 |
0,0,0,01 |
0,0,0,0,1 |
0,0,1,0,0 |
||||
L |
1,0,0,1,1 |
0,0,1,0,0 |
0,4,0,25,53 |
0,82,1,2,1 |
6,8,2,0,0 |
0,60,0,1,0 |
||||
I |
0,0,0,0,0 |
0,0,3,6,0 |
1,0,2,2,1 |
0,0,0,2,1 |
0,0,2,0,0 |
1,11,6,2,0 |
||||
V |
0,3,0,0,3 |
0,3,2,0,0 |
1,1,19,8 |
2,0,0,1,1 |
0,0,0,0,0 |
0,3,2,4,2 |
||||
C |
0,1,0,0,2 |
2,3,0,1,1 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,1,0,0,0 |
0,0,3,0,1 |
||||
P |
4,9,3,2,8 |
0,0,4,0,0 |
1,3,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,6 |
0,11,0,0,9 |
||||
A |
1,2,2,2,8 |
0,2,33,1,1 |
75,3,6,6 |
6,0,0,3,3 |
0,9,2,0,1 |
0,0,1,1,2 |
||||
I |
3,6,0,1,3 |
0,49,31,0,53 |
4,3,0,41,2 |
0,0,0,0,0 |
0,6,4,4,0 |
0,0,42,1,2 |
||||
X*) |
22,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,24,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
||||
Σ |
по 87 |
по 87 |
по 87 |
по 87 |
по 87 |
по87 |
||||
consen sus n |
D/ERGRG по 15 24 47 43 27 |
RTAYT 83 49 33 56 53 |
RYQTL 49 35 77 41 53 |
ELEKE 64 82 80 37 69 |
FHFNR 72 45 38 64 52 |
YLTRR 80 60 42 56 44 |
||||
3
! 5 ! 41
---
! 42
!19!
41
!
42
! 19/2
! 41
*) аминокислоты неопределенные или измененные метилированием.
Таблица 25. Продолжение. Часть 2. (позиции №№31-61)
n |
28 30 32 34 36 ! 42 !19/3! 41 ! ! |
38 40 42 44 46
4
|
48 50 52 54 56 58 ! 43 ! 44 ! |
||||
АК |
1,2,3,4,5 |
6,7,8,9,0 |
1,2,3,4,5 |
6,7,8,9,0 |
1,2,3,4,5 |
6,7,8,9,0,1 |
|
S |
7, 0,1, 9,0 |
9,1,4,0,6 |
0,26,0,4,0 |
0,0,0,0,0 |
5,0,0,0,1 |
0,2,0,0,4,19 |
|
G |
1, 0,0, 0,0 |
0,1,1,0,11 |
0,1,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0,0 |
|
D |
1, 0,0, 0,0 |
0,3,2,0,2 |
0,0,1,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,3,0,0,26,0 |
|
N |
0, 6,0, 1,0 |
1,10,4,0,14 |
1,9,0,1,1 |
0,0,3,0,0 |
0,87,0,0,0 |
0,8,0,0,1,23 |
|
E |
0, 0,6, 0,0 |
0,4,8,0,6 |
0,3,76,3,1 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,6,0,0,27,2 |
|
Q |
6, 0,7, 0,0 |
0,8,4,0,4 |
0,0,0,0,74 |
0,4,0,0,0 |
75,01,0,4 |
0,20,1,7,6 |
|
K |
4, 2,9, 6,0 |
6,2,8,6,0 |
0,1,0,1,0 |
0,79,0,0,0 |
1,0,1,0,0 |
73,0,4,71,1,2 |
|
R |
63,69,0,0,0 |
0,6,5,0,2 |
0,0,6,61,3 |
0,3,0,0,0 |
0,0,84,87,9 |
13,0,82,9,2,4 |
|
Y |
0, 0 ,3,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,6,0,0,0,0 |
|
H |
0, 0, 1,0,0 |
0,36,0,0,2 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
1,0,1,0,54 |
0,3,0,1,2,14 |
|
W |
0,0,1,0,0 |
0,6,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,87,0 |
0,0,0,0,0 |
0,38,0,0,0,0 |
|
F |
0,1,1,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,86 |
0,0,0,0,0 |
0,1,0,0,0,1 |
|
M |
0,0,1,1,13 |
1,0,0,0,0 |
3,0,1,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,3,0,0,2,0 |
|
L |
0,2,3,0,26, |
0,1,10,72,0 |
82,0,0,1,0 |
1,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,8,0,0,1,2 |
|
I |
0,5,36,0,44 |
0,2,0,1,0 |
1,0,0,1,0 |
60,0,71,0,0 |
1,0,0,0,0 |
0,6,0,1,5,2 |
|
V |
0,0,12,0,4 |
0,0,1,0,0 |
0,0,0,0,5 |
26,0,13,0,1 |
0,0,0,0,5 |
0,0,0,0,1,2 |
|
C |
0,0,2,0,0 |
0,0,0,1,35 |
0,1,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
4,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0,0 |
|
P |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,4,1,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0,0 |
|
A |
1,1,3,70,0 |
70,7,26,0,3 |
0,1,0,9,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,13 |
0,0,0,0,5,1 |
|
I |
4,1,1,0,0 |
0,0,14,6,1 |
0,41,2,6,3 |
0,1,0,0,0 |
0,0,0,0,1 |
0,0,0,2,1,7 |
|
X |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,0,0 |
0,0,0,1,1,1 |
|
Σ |
по87 |
по87 |
по87 |
по87 |
по87 |
по86 |
|
con sen sus n |
RRIAI 63 69 36 70 44 |
AHALC 70 36 26 72 35 |
LTERQ 82 41 76 61 74 |
IKIWF 60 79 71 87 86 |
QNRRH 75 87 84 87 54 |
KWRKEN 73 38 82 71 27 23 |
|
2
!19!
41
! ! 42
Но опора на «усредненного» соседа достаточно логична, т.к. результат позволяет утверждать, что сдвиг всех отсчетов (в 83 доменах) как целого, выбранной 55-ки вправо или влево на 1 или 2, или 3 позиции в среднем невозможен, поскольку при этом
выделенность 9-х позиции в 4-х девятках 36-ки теряется.
3. Выделены по критерию замен по заряженным позициям во всем 9-ах: по 1-м, по 2-,3-,4-м. Получается с достоверностью лучшей, чем 96-% разница в заменах в 18,4% в 41 и 32,6% в 42, т.е. в 1,77 раза - в 4-1-ке 73 замены на заряженные а.к. из 397 и 124 из 381-й -в 42 -ке Итак, нами установлена значительная устойчивость в среднем выделенной 55-ки в выбранной системе координат -1-я позиция приходятся на 4-ю позиция в старой системе, а 56-я - на 58-ю, четыре девятые позиции в 9-ках приходятся на 15,24,33,42 номера в старой нумерации [39]. Этот результат означает, что все самые важные следствия из ДМЯ (см. Введение) находят свое высоко достоверное подтверждение на молекулярном уровне, на 83 гомеодоменах и гомеобоксах самых крупных таксонов - нематодах, кишечнополостных, насекомых, позвоночных, млекопитающихся.
4. Перейдем к краткому изложению данных других ра-бот. В [57-40] сравниваются пять гомеодоменов с 56 по-зициями у львиного зева, человека и дрожжей с гомео-доменом арабидопсиса, в которых имеется 12 позиций со 100% совпадением и 6-с 80%. Статьи [74-20,65-28,68-35, 70-39,71-41] посвящены доменам с 36-732 позициями. В [71-41] представлены 54-55 а.к. последовательности G-CSE и BCF-2/IL -6-факторов. В [74-20] приведены POU -специфичесие домены и POU-гомеодомены соответственно с 60-ю и 53-я позициями. В [65-28,70-39] изложены сведения о четырех протеинах, один из которых (GT-ПС) клеточно специфичен. Три из четырех белков кодируются перекрывающимися нуклеотидными мотивами в
домене BISV40 -энхансера. При этом повсеместно вст-речаются октамерные мотивы. Аналогичные данные приведены и по парамиксовирусам типа SV5 [68-35], где проведено сравнение с пятью другими вирусами, имеющими с-богатые белки-домены. Отметим сведения в [62-21] о 13 а.к. -спиральной последовательности (в Му-оД) у лягушки Ксенопус, активирующей мышечные гены эктопическим образом вне миогенеза. Около 20 гомеодоменов из C.elegans приведены в [60-15,61-18,73-43] , в которых также сообщается о выделении более чем 80 генов со сходством по гомеобоксу в 3-й - -спиральной области (в области 16-ки !!) от 25 до 100 %. Причем, от-мечены POU -специфичесие домены и POU-гомеодоме-ны и их сходство с Дрозофилой и Ксенопусом. Необхо-димо отметить встречающиеся одновременное (вблизи друг от друга в одной цепи) наличие а.к. последовательности с 13 и 20 а.к. , например, в Дрозофиле [64-27 c.3087]. В обзоре [16] подчеркнута хроногенная роль гомеодомена в развитии позвоночных: на 13 день развития эмбриона мыши область ХIHboxI начинает экспрессию генов мезодермы и нейральной ткани, а также а-р-спецификацию (поляризацию).