компаний и академических исследовательских институтов к разнообразной, сложной и распределенной информации о болезнях и обеспечить возможность совместных исследований по поиску новых лекарств.

Приложение основано на возможности вычислять вероятность того, что новое потенциальное лекарство войдет в прямой контакт с активной частью одного из паразитных белков малярии. Обычно такие вычисления выполняются на кластерах ПК и ограничиваются примерно 100 000 кандидатами на новое лекарство. В сеансе массовой обработки данных, названном WISDOM (Wide In Silico Docking On Malaria) и проведенном

вгрид-среде EGEE в августе 2005 года, исследовано свыше 46 миллионов кандидатов. В сеансе одновременно использовалось 1000 вычислительных машин в 15 странах по всему миру; на одном персональном компьютере для выполнения такой работы потребовалось бы 80 лет. Успех сеанса WISDOM продемонстрировал, какую помощь может оказать грид

висследованиях по поиску лекарств, значительно ускоряя весь процесс разработки.

А в течение апреля 2006 года лаборатории Азии и Европы, используя помимо EGEE гридинфраструктуры AuverGrid и TWGrid, провели совместную работу по анализу 300000 возможных компонент лекарства против вируса птичьего гриппа H5N1. Целью работы был поиск возможных соединений, которые могли бы подавлять активность фермента на поверхности вируса гриппа, так называемой нейраминидазы, подтип N1. Чтобы свести 300 000 компонент к 8 различным целевым структурам нейраминидаз гриппа А, были задействованы 2000 компьютеров, работавших в течение 4 недель в апреле. Если бы работал один компьютер, ему понадобилось бы 100 лет для решения этой задачи. Было создано и сохранено в реляционной базе данных более 60 000 выходных файлов с объемом информации 600 Гб. В настоящее время потенциальные компоненты лекарства против птичьего гриппа идентифицируются и классифицируются.

Следующие шаги в развитии приложения по поиску новых лекарств включают классификацию большого количества данных, чтобы идентифицировать потенциальные лекарства, используемые в лечении ряда заболеваний, и сократить разрыв между такими «виртуальными кандидатами» и традиционной разработкой лекарств. Это может привести к появлению значительного числа физических молекул - кандидатов для лекарств, которые в дальнейшем могут быть доведены до уровня реальных терапевтических компонентов.

3.6.5 Приложения в области вычислительной химии

В грид-инфраструктуре размещены и работают в постоянном режиме несколько приложений в области вычислительной химии:

Приложение GEMS (Grid Enabled Molecular Simulator – "Молекулярный симулятор на основе грид-технологий") используется для моделирования динамики реакций в сложных химических системах. Для его эксплуатации в инфраструктуре EGEE создана виртуальная организация CompChem.

ABCtraj рассчитывает наблюдаемые величины атом-диатомного взаимодействия в газообразной фазе. События генерируются методом Монте-Карло. Программа подключена к среде молекулярной виртуальной реальности, где на мониторы выводятся результаты моделирования.

Venus рассчитывает сечения и коэффициенты скорости элементарных химических реакций, моделируя столкновения атомов и молекул при начальных условиях, полученных методом Монте-Карло.

Приложение DI-Poly моделирует молекулярную динамику сложных систем. Оно

стало стандартом де-факто в сообществах вычислительной химии и

72