Семейство: Retroviridae.

Таксономическая структура семейства.

Семейство: Retroviridae Рода: Alpharetrovirus, Betaretrovirus, Gammaretrovirus, Deltaretrovirus, Epsilonretrovirus, Lentivirus, Spumavirus

Характеристика вириона. Морфология. Вирион сферический (диаметр 80-100 нм) оболочечный, с гликопротеиновыми поверхностными выступами (8 нм в длину). Внутреннее ядро включает сферический нуклеокапсид (нуклеоид), расположенный эксцентрично у представителей рода Betaretrovirus, по центру – у Alpharetrovirus, Gammaretrovirus, Deltaretrovirus и Spumavirus, и в виде стержня или усеченного конуса у представителей рода Lentivirus. Существует два пути морфогенеза. Исторически, номенклатура, основанная на электронной микроскопии классифицировала членов родов Alpharetrovirus и Gammaretrovirus, которых сборка капсида происходит на плазматической мембране, как вирусы типа С. По отношению к членам рода Betaretrovirus сбрка их частиц типа А (незрелых капсидов) происходит в цитоплазме с последующим почкованием по морфологическому типу В (MMTV) или D (Mason-Pfizer monkey virus, M-PMV).

Вирионы чувствительны к нагреванию, детергентам и формальдегиду. Поверхностные гликопротеины могут быть удалены пртеолитическими ферментами. Относительно устойчивы к УФ облучению. Плавучая плотность 1,16-1,18 г/см³, S_20w 600S (в сахарозе).

Геном. Геном представлен димером молекул РНК (мономер РНК: односпиральная, линейная с позитивной полярностью, размер 7-11 kb), составляющих 2% сухого веса вириона. Мономеры связаны друг с другм водородными связями. Каждый мономер полиаденилирован и кэпирован по 3’- и 5’-концу, соответственно. Очищенная вирусная РНК не инфекционна. Каждый мономер комплементарно ассоциирован со специфической молекулой тРНК, в области (называемой сайтом связывания с праймером – primer binding site), расположенной ближе к 5’-концу РНК, и около 18 оснований по 3’-концу тРНК. РНК и фрагменты ДНК, клеточного происхождения могут оказаться в составе вириона.

Другие компоненты вириона. Протеины составляют около 60% сухой массы вириона. Два оболочечных протеина: SU (surface – поверхностный) и TM (transmembrane – трансмембранный), кодируются вирусным геном env. Внутренние негликозилированные 3-6 структурных протеинов кодируются геном gag. Расположение от N-конца: (1) MA (matrix-матрикс), (2) протеин, обнаруженный у некоторых вирусов, с неопределенной функцией, (3) CA (capsid protein – капсидный протеин), (4) NC (nucleocapsid – нуклеокапсид). Протеин МА часто ацилирован, с меристиловой частью, ковалентно связанной с аминоконцевым глицином. К другим протеинам относятся: протеаза (PR, кодируемая геном pro), обратная транскриптаза (RT, кодируемая геном pol) и интеграза (IN, кодируемая геном pol). У некоторых вирусов присутствует dUTPase (DU), роль которого не ясна. Липиды составляют около 35% сухого веса вириона, и являются производными клеточной мембраны. Углеводы составляют 3% сухого веса вириона. Обычно оба (реже один) поверхностных оболочечных протеина гликозилированы. В вирусной оболочке также обнаруживаются клеточные гликолипиды.

Организация генома и репликация. Вирион несет две копии генома. Инфекционный вирус имеет 4 основных гена, кодирующих вирусные протеины в следующем порядке: 5’-gag-pro-pol-env-3’. Некоторые ретровирусы содержат гены, кодирующие неструктурные протеины, играющие важную роль в регуляции экспрессии генов и репликации вируса. Другие могут нести влияющие на патогенез последовательности клеточного происхождения, которые могут быть включены в полноразмерный геном вируса (например, у вируса саркомы Рауса – Rouse sarcoma virus, RSV) или в виде замен при делециях вирусных последовательностей (например, у вируса саркомы мышей – Murine sarcoma virus). Такие делеции приводят к нарушению репликации вируса и зависят от нетрансформирующих вирусов-помощников, необходимых для образования инфекционного потомства. Во многих случаях последовательности клеточного происхождения образуют гибриды с генами вирусных структурных белков, которые транслируются в один химерный протеин.

Проникновение в клетку определяется взаимодействием гликопротеином вириона и специфическими рецепторами на клеточной поверхности, следствием чего является слияние вирусной оболочки и клеточной мембраны и эндоцитоз. Некоторые из клеточных рецепторов были идентифицированы. В проникновении вируса иммунодефицита человека (Human immunodificiency virus, HIV) в клетку принимают участие два рецептора: иммуноглобулин-подобный протеин с одним трансмембранным участком CD4 и хемокиновый рецептор, пронизывающий мембрану семь раз (CCR5 или CXCR4). Рецепторы для экотропных (Murine leukemia virus, MLV), амфотропных MLV и Gibbon are leukemia virus (GALV) связаны с участием в транспортировке мелких молекул и имеют сложную структуру с множественными трансмембранными доменами. Для вирусов лейкоза птиц (ALVs) идентифицировано два рецептора: для вирусов подгруппы А – мелкая молекула с одним трансмембранным доменом, отдаленно напоминающая клеточный рецептор для низкоплотностных липопротеинов, тогда как для вирусов подгруппы В – рецепторы семейства протеинов фактора некроза опухоли.

Репликация начинается с обратной транскрипции (при участии обратной транскриптазы, RT) вирионной РНК в кДНК, с использованием 3’-конца тРНК в качестве праймера. Синтез кДНК сопровождается разрезанием вирусной РНК (за счет RNAse H активности RT). Продукты гидролиза служат для первичного синтеза кДНК с негативной полярностью. Конечная форма двуспирального ДНК-транскрипта, образуемого из вирусного генома, содержит длинные концевые повторы (LTRs), состоящие из последовательностей с 3’- и 5’-концов вирусной РНК, фланкирующих сиквенс (R), обнаруженный по обоим концам РНК. Процесс обратной транскрипции характеризуется высокой частотой рекомбинации.

Ретровирусная ДНК интегрируется в хромосомную ДНК клетки, образуя провирус, при участии вирусного протеина IN. Слияние конца вирусной ДНК с клеточной сопровждается удалением двух оснований с концов вирусной ДНК и формированием короткого дуплекса клеточного сиквенса в сайте интеграции. Интеграция вирусного генома может происходить по многим сайтам клеточного генома. Однако однажды интегрировавшись, сиквенс уже не может изменить свою позицию внутри той же клетки. Карта интегрированного провируса колинеарна неинтегрированной вирусной ДНК. Интеграция предшествует вирусной репликации.

Интегрированный провирус транскрибируется клеточной РНК полимеразой II в вирионную РНК и мРНК в ответ на транскрипционный сигнал в вирусных LTRs. У вирусов некоторых родов транскрипция также регулируется вирусными трансактиваторами. В зависимости от вируса и генетической карты различают несколько классов мРНК. мРНК, включающая весь геном служит для трансляции генов gag, pro, pol (расположенных в 5’-половине РНК), продуктом которых является полипротеин-предшественник, разрезаемый до структурных протеинов, полимеразы, RT и IN, соответственно. Меньшие РНК, включающие 5’-конец генома, после сплайсинга с сиквенсом 3’-конца генома, и включающие ген env, участки U3 и R, транслируются в предшественники оболочечных протеинов. У вирусов, содержащих дополнительные гены, может происходить другой сплайсинг, но все такие РНК будут иметь общий 5’-концевой сиквенс. Спумавирусы уникальны в том, что могут использовать внутренний промотор, расположенный в гене env выше доступа к рамке считывания. Большинство первично транслированных продуктов представляют собой полипротеины, подвергающиеся протеолитическому разрезанию для приобретения функциональной активности. Продукты генов gag, pro и pol обычно являются вторичными после первичной трансляции продуктов. Для трансляции pro и pol используются обходные трансляционные терминирующие сигналы.

Сборка капсида происходит либо на плазматической мембране (вирусы большинства родов), либо как внутрицитоплазматические частицы (Betaretrovirus и Spumavirus), и высвобождаются из клетки почкованием. Полипротеиновый процессинг внутренних протеинов происходит попутно или последовательно с созреванием вириона.

Антигенные свойства. Протеины содержат типо- и группоспецифические антигенные детерминанты. Некоторые из типоспецифических детерминант участвуют в антитело-обусловленной нейтрализации вируса. Группоспецифические детерминанты являются общими у членов одной серогруппы или могут встречаться у членов разных серогрупп внутри рода. Показана слабая перекрестная активность между представителями разных родов. Эпитопы, определяющие Т-клеточный ответ обнаружены у многих структурных протеинов. Антигенные свойства неиспользуются в классификации вирусов.

Биологические особенности. Ретровирусы распространены среди позвоночных как экзогенные агенты. Эндогенные провирусы, являющиеся результатом произошедшего когда-либо инфицирования герминативных клеток, наследуются по законам Менделя. Ретровирусы связаны с различными болезнями: лейкемии, лимфомы, саркомы и другие опухолевидные процессы тканей мезодермального происхождения; карцинома печени, почек, молочных желез; иммунодифециты (СПИД); аутоиммунные болезни; болезнь нижних двигательных нервов и многие другие остро протекающие болезни. Некоторые ретровирусы непатогенны. Распространение может быть горизонтальное (через кровь, слюну, половые контакты и т.п.) и вертикальное (прямое инфицирование плода; инфицирование через молоко, или при прохождении через родовые пути). Эндогенные ретровирусы наследуются в виде провирусов.

Род: Alpharetrovirus. Типовой вид: Avian leukosis virus (ALV) (вирус лейкоза птиц).

Сборка вирусных частиц происходит на плазматической мембране, по морфологии С-типа. Молекулярная масса протеинов: МА ± 19х10³; р10 ± 10х10³; СА ± 27х10³; NC ± 12х10³; PR ± 15х10³; RT ± 68х10³; IN ± 32х10³; SU ± 85х10³; TM ± 37х10³. Геном 7,2 кб (1 мономер). Расположение генов: gag-pro-pol-env. Дополнительных генов нет. LTR около 350 нуклеотидов, из которых 250 составляют участок U3, 20 – сиквенс R, 80 – участок U5. Вирусы широко распространены и являются экзо- и эндогенными вирусами уток и других видов птиц. Изоляты ALV подразделяются на подгруппы А-J по различию в используемых клеточных рецепторах. Отдаленное сходство сиквенсов выявлено у эндогенных вирусов птиц и млекопитающих. Инфекция ассоциируется с малигнизацией и другми болезнями (истощение, остеопороз). Выделено много онкоген-содержащих вирусов.

Критерии подразделения на виды внутри рода. Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный сиквенс. Аминокислотный сиквенс (генных продуктов). Спектр естественных хозяев. Разный онкогенез (если есть).

Например, вирус лейкоза птиц может быть легко отличен от вируса саркомы Рауса, так как не имеет онкогена, и кодирует только gag, pol и env. Репликация дефектных альфаретровирусов может быть отличена от вируса саркомы Рауса по различным делециям участков генов gag, pol и env и наличию уникальных для каждого онкогенов. Вирус саркомы Рауса кодирует онкоген src, тогда как вирус миелобластоза птиц, например, кодирует онкоген myb. Спектр хозяев, определяемый взаимодействием поверхностных гликопротеинов и клеточных рецепторов обычно используется для определния штаммов внутри вида.

Виды (9 видов):

Название вида вируса	Название на русском языке		№ генома			Аббревиа-ра
Avian leukosis virus Avian leukosis virus-RSA Avian leukosis virus-HPRS103	Вирус лейкоза птиц Вирус лейкоза птиц-RSA Вирус лейкоза птиц-HPRS103		M37980 Z46390			ALV ALV-A ALV-J
Онкогенсодержащие вирусы:
Недефектные по репликации:
Rouse sarcoma virus Rouse sarcoma virus (Prague C) Rouse sarcoma virus (Schmidt-Ruppin B) Rouse sarcoma virus (Schmidt-Ruppin D)		Вирус саркомы Рауса Вирус саркомы Рауса (Prague C) Вирус саркомы Рауса (Schmidt-Ruppin B) Вирус саркомы Рауса (Schmidt-Ruppin D)		J02342 AF052428 D10652			RSV RSV-Pr-C RSV-SR-B RSV-SR-D
Дефектные по репликации:
Avian carcinoma Mill Hill virus2	Вирус Милл Хилл карциномыптиц2				К02082		ACMHV-2
Avian myeloblastosis virus	Вирус миелобластоза птиц				J02013		AMV
Avian myelocytomatosis virus 29	Вирус миелоцитоматоза птиц 29				J02019		AMCV-29
Avian sarcoma virus CT10	Вирус саркомы птиц СТ10				Y00302		ASV-CT10
Fujinami sarcoma virus	Вирус саркомы Фуджинами				J02194		FuSV
UR2 sarcoma virus	Вирус саркомы UR2				M1045		UR2SV
Y73 sarcoma virus	Вирус саркомы Y73				J02027		Y73SV

Род: Betaretrovirus.Типовой:Mouse mammary tumor virus(MMTV)(вирус опухоли молочной железы мыш).

Характерные особенности.Вирионы MMTV имеют морфологию типа В (эксцентрично расположенное ядро, выступы на поверхности вириона). Другие члены рода имеют морфологию типа D (менее плотные поверхностные выступы и цилиндрический кор). Сборка капсида происходит в цитоплазме (образуя структуру, называемую частицами типа А), после чего они транспортируются и отпочковываются через цитоплазматическую мембрану. Молекулярная масса протеинов: МА ± 10х10³; р21 ± 21х10³; СА ± 27х10³; NC ± 14х10³; DU; PR ± 15х10³; RT; IN; SU ± 52х10³; TM ± 36х10³. Размер генома 8-10 kb (1 мономер). Организация для MMTV: gag-pro-pol-env-sag. У MMTV есть дополнительный ген sag, продуктом которого является суперантиген. У MMTV размер LTR составляет 1300 нуклеотидов, 1200 нуклеотидов, кодирующие регион U3, 15 нуклеотидов – R, 95-120 нуклеотидов – U5, длина которых у всех видов рода.

В данный род входят экзогенные, передающиеся вертикально (с молоком) и эндогенные вирусы мышей, так же как и экзогенные, передающиеся горизонтально, и эндогенные вирусы приматов и овец. Вирусы мышей ассоциированы с карциномой млочной железы и Т-лимфомами, тогда как экзогенные вирусы приматов ассоциированы с иммунодефицитными болезнями; Jaagsiekte virus (JSRV) ассоциирован с раком легких у овец. Онкоген-содержащие вирусы не выявлены.

Критерии подразделения на виды внутри рода.

Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный сиквенс. Аминокислотный сиквенс (генных продуктов). Спектр естественных хозяев.

Некоторые ретровирусы приматов довольно различны между собой, хотя и относятся к одному виду благодаря рекомбинации с геном env гаммаретровирусов. Наиболее дивергентные из них эндогенные Squirrel monkey retrovirus (SMRV) и Langur virus (LNGV), которые не могут инфицировать клетки из тканей органов приматов. Несколько серологически различных штаммов существует у вида Mason-Pfizer monkey virus (M-PMV). Mouse mammary tumor virus (MMTV) выделен как отдельный вид, благодаря наличию уникального участка, кодирующего sag и очень отличающегося гена env. Ovine pulmonary adenocarcinoma virus (JSRV) также выделен как отдельный вид на основе оценки степени нуклеотидной дивергенции. Сходные эндогенные провирусы были идентифицированы и у других млекопитающих (грызуны, приматы).

Виды (5 видов):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббревиа-а
Langur virus	Вирус Лангур	--	LNGV
Mason-Pfizer monkey virus Simian retrovirus 1 Simian retrovirus 2	Вирус обезьян Месон-Пфайзер Ретровирус обезьян 1 Ретровирус обезьян 2	M12349 M11841 M16605	M-PMV SRV-1 SRV-2
Mouse mammary tumor virus	Вирус опухоли молочной железы мышей	M15122	MMTV
Ovine pulmonary adenocarcinoma virus (Jaagsiekte sheep virus)	Вирус аденокарциномы легких овец	M80216	JSRV
Squirrel monkey retrovirus	Ретровирус белечьей обезьяны	M23385	SMRV

Род: Gammaretrovirus. Типовой : Murine leukemia virus (MLV) (вирус лейкемии мышей).

Характерные особенности. Вирион имеет морфологию типа С, со слаборазличимыми поверхностными выступами. Плотный кор расположен в центре. Сборка капсида происходит на внутренней поверхности мембраны одновременно с почкованием. Молекулярная масса протеинов: МА ± 15х10³; р12 ± 12х10³; СА ± 30х10³; NC ± 10х10³; PR ± 14х10³; RT ± 80х10³; IN ± 46х10³; SU ± 70х10³; TM ± 15х10³. Геном 8,3 kb; расположение генов: gag-pro-pol-env.Дополнительных генов нетРазмер LTR составляет 600 нуклеотидов, 500 нуклеотидов – регион U3, 60 нуклеотидов – R, 75 нуклеотидов – U5.

Вирусы широко распространены, экзогенные (передаются горизонтально и вертикально) и эндогенные вирусы встречаются у многих млекопитающих. Вирусы ретикулоэндотелиозов включают несколько видов, выделенных у птиц, не имеют сходных эндогенных последовательностей. Сходные эндогенные последовательности обнаружены у млекопитающих. Вирусы ассоциируются с рядом таких болезней как малигнизация, иммуносупрессия, нейрологические нарушения и др. Выделено много онкоген-содержащих вирусов млекопитающих и вирусов группы ретикулоэндотелиозов.

Критерии подразделения на виды внутри рода. Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный сиквенс и вирусный онкогенез. Антигенные свойства. Спектр естественных хозяев. Патогенность.

Описаны вирусы ретикулоэндотелиозов млекопитающих, рептилий и птиц. Вирусы млекопитающих могут быть как способными к репликации и не имеющими онкогенов клеточного происхождения, так и дефектными по способности к репликации, имеющие разные клеточные онкогены.

Murine leukemia virus (MLV) может быть отличен от Gibbon ape leukemia virus (GALV) по дивергенции сиквенсов, различием в рецепторах, необходимых для проникновения в клетку, и ограниченной антигенной перекрестной реактивности в ELISA. Вирус саркомы мышей, дефектные по репликации отличается от MLVs и между собой по наличию клеточных онкогенов (Moloney sarcoma virus(mos) и Wooley monkey sarcoma virus (sis)) и потерей частей генов gag, pol, env.

Виды (17 видов):

Название вида вируса	Название на русском языке			№ генома				Аббревиатура
Группа вирусов млекопитающих
Недефектные по репликации
Feline leukemia virus	Вирус лейкемии кошек				M18247				FeLV
Gibbon ape leukemia virus	Вирус лейкемии гиббонов				M26927				GALV
Guinea pig type C oncovirus	Онковирус типа С морских свинок				M18247				GPCOV
Murine leukemia virus Abelson Murine leukemia virus AKR (endogenous) Murine leukemia virus Friend Murine leukemia virus Moloney Murine leukemia virus	Вирус лейкемии мышей Вирус лейкемии мышей Абелсон Вирус лейкемии AKR (эндогенный) мышей Вирус лейкемии мышей Френд Вирус Молони лейкемии мышей				J02255 J02009 J01998 M93134, Z11128 J02255				MLV AbMLV AKRMLV FrMLV MoMLV
Porcine type C oncovirus	Онковирус типа С свиней				--				PCOV
Дефектные по репликации
Finkel-Biskis-Jinkins murine sarcoma virus	Вирус Финкел-Бискис-Джинкинс саркомы мышей					К02712				FBJMSV
Gardner-Alstein feline sarcoma vi	Вир Гарднер-Алстейн саркомы кош					--				GAFeSV
Hardy-Zukerman feline sarcoma	Вир Харди-Зукерман саркомы кшк					--				HZFeSV
Harvey murine sarcoma virus	Вирус Харвей саркомы мышей					--				HaMSV
Kirsten murine sarcoma virus	Вирус Кирстен саркомы мышей					--				KiMSV
Moloney murine sarcoma virus	Вирус Молони саркомы мышей					J02266				MoMSV
Snyder-Theilen feline sarcoma vir	Вирус Снайдер-Тейлен саркомы кш					--				STFeSV
Wooly monkey sarcoma virus (Simian sarcoma virus)	Вирус саркомы шерстистых обезьян (Вирус саркомы обезьян)					J02394				WMSV
Группа вирусов рептилий
Viper retrovitus		Ретровирус гадюк				--				VRV
Группа вирусов (ретикулоэндотелиозов) птиц
Chick syncytial virus			Синцитиальный вирус цыплят				--				СSV
Reticuloendotheliosis virus (strain T, A)			Вирус ретикулоэндотелиоза,			--					REV
Trager duck spleen necrosis virus			Вирус некроза селезенки уток			--					TDSNV

Род: Deltaretrovirus.Типовой: Bovine leukemia virus(BLV)(вирус лейкемии (лейкоза) КРС).

По морфологии и стратегии сборки вирион дельтаретровирусов сходен с таковым гаммаретровирусов: морфология типа С, слаборазличимыми поверхностными выступами, плотный кор расположен в центре; сборка капсида происходит на внутренней поверхности мембраны одновременно с почкованием. Молекулярная масса протеинов: МА ± 19х10³; СА ± 24х10³; NC ± 12-15х10³; PR ± 14х10³; RT; IN; SU ± 60х10³; TM ± 21х10³. Геном 8,3 kb; расположение генов: gag-pro-pol-env-tax-rex. Дополнительные гены: tax-rex, кодируют неструктурные протеины, участвующие в регуляции синтеза и процессинга вирусной РНК. Размер LTR составляет 550-750 нуклеотидов, 200-300 нуклеотидов – регион U3, 135-235 нуклеотидов – R, 100-200 нуклеотидов – U5. Экзогенные вирусы (с горизонтальной передачей) данного рода обнаружены только у небольшой группы млекопитающих. Родственных эндогенных вирусов не идентифицировано. Инфекции связаны с В- или Т-клеточными лейкемиями или лимфомами, так же как и с нейрологической болезнью (тропический спастический парапорез или HTLV-ассоциированная миопатия) с длительным латентным периодом с инцидентностью менее 100%. Онкоген-вирусов нет.

Критерии подразделения на виды внутри рода. Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный сиквенс. Антигенные свойства. Спектр естественных хозяев. Патогенность. HTLV-1 и STLV-1 были отнесены в соответствующий кластер не по признаку спектра восприимчивых хозяев, а в соответствии с географическим распространением. Все описанные субтипы HTLV-1 наиболее вероятно возникли при межвидовой передаче от обезьян человеку. Например, Primate T-lymphotropic virus 1 (PTLV-1) отличается от Primate T-lymphotropic virus 2 (PTLV-2), впервую очередь, на основе филогенетических различий. Оба вируса имеют одинаковую кодирующую стратегию, но только PTLV-1 имеет отношение к болезни человека.

Виды (4 вида):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббре-ра
Bovine leukemia virus	Вирус лейкемии (лейкоза) КРС	K02120	BLV
Primate Tlymphotropic virus 1 Human T-lymphotropic virus 1 Simian T-lymphotropic virus 1	Тлимфотропный вирус приматов1 Т-лимфотропный вирус человека1 Т-лимфотропный вирус обезьян 1	D13784	PTLV-1 HTLV-1 STLV-1
Primate Tlymphotropic virus 2 Human T-lymphotropic virus 2 Simian T-lymphotropic virus 2 (Formely termed STLV-PP)	Т-лимфотропный вирусприматов 2 Т-лимфотропный вирус человека 2 Т-лимфотропный вирусобезьян 2 (ранее называемый STLV-PP)	M10060	PTLV-2 HTLV-2 STLV-2
Primate Tlymphotropic virus 3 Simian T-lymphotropic virus 3 (Formely termed STLV-L)	Т-лимфотропный вирус приматов 3 Т-лимфотропный вирус обезьян 3 (ранее называемый STLV-L)	Y07616	PTLV-3 STLV-3

Род: Epsilonretrovirus.

Типовой вид: Walleye dermal sarcoma virus (WDSV) (вир дермальной саркомы (глаукомы)).

Все представители рода являются экзогенными ретровирусами. Имеют сложную структуру. Размер генома 11,7-12,8 kb, расположение генов: gag-pro-pol-env-orfA-orfB; 1-3 ORFs, кодирующие преимущественно дополнительные протеины. ORFa (вирусный гомолог циклину D) присутствует у всех трех ретровирусов, вызывающих глаукому. Функции двух других ORFs у вирусов глаукомы или одной ORF у ретровируса змееголова не определены. Размер LTR ретровирусов рыб варьирует от 500 до 650 нуклеотидов, 450 нуклеотидов – регион U3, 80 нуклеотидов – R, 75 нуклеотидов – U5. Филогенетический анализ участка полимеразы показал, что ретровирусы глаукомы и окуней образуют группу вирусов, отличающихся от ретровирусов змееголова. Тем не менее, на данный момент, все ретровирусы рыб оказались в одной группе с ретровирусами типа С млекопитающих.

Критерии подразделения на виды внутри рода. Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный сиквенс и вирусный онкогенез. Аминокислотный сиквенс продуктов генов. Спектр естественных хозяев.

Данный род состоит из трех видов ретровирусов рыб, различающиеся между собой на основе филогенетического разнообразия. В даный таксон включены два предполагаемых вида. С появлением дополнительных данных ретровирус змееголова может быть выделен в отдельный род. Вирус гиперплазии окуней был секвенирован только по гену полимеразы и остается в статусе предполагаемого, пока не будет получена дополнительная информация по сиквенсу.

Виды (3 вида):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббревиатура
Walleye dermal sarcoma virus	Вирус дермальной саркомы (глаукомы)	AF033822	WDSV
Walleye epidermal hyperplasia virus 1	Вирус эпидермальной гиперплазии (глаукомы) 1	AF014792	WEHV-1
Walleye epidermal hyperplasia virus 2	Вирус эпидермальной гиперплазии (глаукомы) 2	AF014793	WEHV-2

Предполагаемые виды (2): Perch hyperplasia virus (PHV) (вирус гиперплазии окуней)

Snakehead retrovirus (SnRV) [U26458] (ретровирус змееголова).

Род: Lentivirus. Типовой вид: Human immunodificiency virus 1 (HIV-1) вирус иммунодефицита человека 1.

Вирион имеет характерную морфологию, с прямоугольным или конусовидным кором (нуклеоидом). Сборка вириона происходит на клеточной мембране. Молекулярная масса протеинов: МА ± 17х10³; СА ± 24х10³; NC ± 7-11х10³; PR ± 14х10³; RT ± 66х10³; DU (у всех кроме лентивирусов приматов); IN ± 32х10³; SU ± 120х10³; TM ± 41х10³. Размер генома 9,3 kb; расположение генов: gag-pro-pol-vif-vpr-tat-rev-vpu-env-nef. Кроме основных генов gag-pro-pol-env присутствуют дополнительные гены (например для HIV-1: vif, vpr, tat, rev, vpu и nef), продукты которых участвуют в регуляции и синтезе вирусной РНК и других репликативных процессах. У других вирусов могут быть дополнительные гены неструктурных белков (например у HIV-2: vpx). Размер LTR 600 нуклеотидов, 450 нуклеотидов – регион U3, 100 нуклеотидов – R, 80 нуклеотидов – U5.

В состав рода входят экзогенные вирусы (с горизонтальной и вертикальной передачей) человека и многих других млекопитающих. О существовании родственных эндогенных вирусов сведений нет. Лентивирусы приматов отличаются по использованию хемокинового рецептора, протеина CD4 и по отсутствию DU. Некоторые группы проявляют перекрестную активность по антигенам Gag (лентивирусы овец, коз и кошек). Вирусы, родственные Feline immunodificiency virus (FIV) были выделены от других крупных кошачьих (например, Puma lentivirus), а наличие антител к антигену Gag у львов и других крупных кошачьих свидетельствует о существовании других вирусов, близких FIV и лентивирусам овец и коз. Вирусы ассоциируются с различными болезнями, включая иммунодефициты, нейрологические нарушения, артриты и др. Онкоген-вирусов нет.

Критерии подразделения на виды внутри рода.Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный и аминокислотный сиквенс. Антигенные свойства. Спектр естественных хозяев. Патогенность.

На основе различий по спектру восприимчивых хозяев лентивирусы были подразделены на 5 групп (лентивирусы приматов, овец и коз, лошадей, кошек и КРС). Внтури группы лентивирусов приматов HIV-1 отличается от HIV-2, прежде всего по дивергенции нуклетидных сиквенсов, которая превышает 50%, и по наличию у HIV-2 гена vpx. Показана ограниченная перекрестная реактивность в ELISA на основе Gag-антигенов; по продукту гена env перекрестной активности нет.

Виды (10 видов):

Название вида вируса	Название на русском языке			№ генома в				Аббревиатура
Группа лентивирусов КРС
Bovine immunodeficiency virus	Вирус иммунодефицита КРС			M32609				BIV
Группа лентивирусов лошадей
Equine infectious anemia virus	Вирус инфекционной анемии лошадей				M16575					EIAV
Группа лентивирусов кошек
Feline immunodeficiency virus(Petu	Вирус иммунодефицита кошек(Петулума)						M25381				FIV-P
Felineimmunodeficiencyvirus(Oma)	Вирус иммунодефицита кошек (Ома)						FIU56928				FIVO
Puma lentivirus (PLV-14)	Лентивирус пум (PLV-14)						PLU03982				PLV
Группа лентивирусов овец и коз
Caprine arthritis encephalitis virus	Вирус артрита-энцефалита коз			M33677					CAEV
Visna/Maedi virus (strain 1514)	Вирус Висна-Мэди(штамм 1514)			M60609					VISNA
Группа лентивирусов приматов
Human immunodeficiency virus 1 Genomic clades of HIV-1 (examples): Clade A:U455 Clade B: ARV-2/SF-2 BRU (LAI) HXB2 RF MN Clade C: ETH2220 Clade D: NDK ELI Clade F: 93BR020 Clade H: 90CR056 Clade O: ANT70		ВИЧ 1 (Генетические группы (clades) HIV-1, примеры вирусов каждой группы)	M62320 K02007 K02013 K03455 M17451 M17449 U46016 M27323 X04414 AF005494 AF005496 L20587			HIV-1 HIV-1.U455 HIV-1.ARV-2/SF-2 HIV-1.BRU (LAI) HIV-1.HXB2 HIV-1.RF HIV-1.MN HIV-1.ETH2220 HIV-1.NDK HIV-1.ELI HIV-1.93BR020 HIV-1.90CR056 HIV-1.ANT70
Human immunodeficiency virus 2 Genomic clades of HIV-2 (examples): Clade A: BEN ISY ROD ST Clade B: D205 EHOA UC1		ВИЧ 2(Генетические группы (clades) HIV-1, примеры вирусов каждой группы)	M30502 J04498 M15390 M31113 X61240 U27200 L07625			HIV-2 HIV-2.BEN HIV-2.ISY HIV-2.ROD HIV-2.ST HIV-2.D205 HIV-2.EHOA HIV-2.UCI
Simian immunodeficiency virus African green monkey (agm) SIVs African green monkey TYO African green monkey 155 African green monkey 3 African green monkey gr-1 African green monkey Sab-1 African green monkey Tan-1 chimpanzee SIV mandrill SIV red-capped mangabey SIV sooty mangabey SIV-H4 *Rhesus (Maccaca mulatta) *pig-tailed macaque *stamp-tailed macaque (stm) sykes monkey SIV		Вирус иммунодефицита обезьян (ВИО) ВИО африканской зеленой мартышки ВИО африканской зеленой мартышки TYO ВИО африканской зеленой мартышки 155 ВИО африканской зеленой мартышки 3 ВИО африканской зеленой мартышки gr-1 ВИО африканской зеленой мартышки Sab-1 ВИО африканской зеленой мартышки Tan-1 ВИО шимпанзе ВИО мандрилл ВИО дымчатого мангабея ВИО-Н4 черного мангабея ВИО макак резус (Maccaca mulatta) ВИО свинохвостых макак ВИО медвежьих макак ВИО белогорлых обезьян	X07805 M29975 M30931 M58410 U04005 U58991 X52154 M27470 AF028607 X14307 M195499 M32741 M83293 L06042			HIV-2 SIV-agm.TYO SIV-agm.155 SIV-agm.3 SIV-agm.gr SIV-agm.sab SIV-agm.tan SIV-cpz SIV-mnd SIV-rcm SIV-sm SIV-mac SIV-mne SIV-stm SIV-syk

* - описана межвидовая передача SIV-sm (у содержащихся в неволе).

Род: Spumavirus. Типовой вид: Chimpanzee foamy virus (CFV) (пенящий вирус шимпанзе).

Характерные особенности. Вирион имеет характерную морфологию, со слабозаметными поверхностными выступами и центральным неплотным ядром. Сборка капсида происходит в цитоплазме, после чего он отпочковывается в эндоплазматическую сеть или через плазматическую мембрану. Для почкования капсида необходим протеин Env. Нет сведений о разрезании в инфекционном вирионе протеина-предшественника Gag до субъединиц MA, CA, NC. Молекулярная масса протеинов: Gag-предшественник ± 74х10³; N-концевой продукт разрезания Gag ± 70х10³; Pol-предшественник ± 127х10³; RT ± 80х10³; IN ± 40х10³; Env-предшественник ± 130х10³; SU ± 80х10³; TM ± 48х10³; Itas/Bel ± 35х10³; Bet (Bel-1/Bel-2 fusion protein) ± 60х10³; Env-Bet fusion protein ± 170х10³. Размер генома 11,6 kb; расположение генов: gag-pro-pol-env-tas-bet. Tas является ДНК-связывающим протеином с трансактиваторной функцией. Функции другого дополнительного протеина не известны. Размер LTR 1770 нуклеотидов, 1400 нуклеотидов – регион U3, 200 нуклеотидов – R, 150 нуклеотидов – U5. У вирусов КРС и кошек размер соответствует 950-1000 нуклеотидов. Спумавирусы могут использовать два сайта начала транскрипции: R в LTR и внутренний промотор (IP), расположенный выше дополнительных рамок считывания в гене env. Активность обоих промоторо зависит от Tas. Другим важным критерием отличия спумавирусов от представителей других родов семейства Retroviridae – экспрессия протеина Pol со сплайсированной субгеномной мРНК и присутствие в вирионе большого количества обратнотранскрибированной ДНК.

Вирусы распространены повсеместно, экзогенные, найдены у многих млекопитающих. Естественного инфицирования людей не зарегистрировано, отмечались редкие случаи заражения людей от нечеловекообразных обезьян. Есть данные о существовании родственных (но не близких) эндогенных вирусов. Многие изоляты вызывают характерную “пенистую” цитопатологию в культуре клеток. Болезней, ассоциированных со спумавирусной инфекцией, не отмечается. Онкоген-вирусов не обнаружено.

Критерии подразделения на виды внутри рода. Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный и аминокислотный сиквенсы. Спектр естественных хозяев. Виды (5 видов):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббревиатура
Bovine foamy virus	Пенящий вирус КРС	U94514	BFV
Chimpanzee foamy virus Chimpanzee foamy virus human isolate(formerly Human foamy virus, HFV)	Пенящий вирус шимпанзе Пенящий вирус шимпанзе, изолят от человека (ранее наз. Пенящий вирус человека)	U04327 Y07725	CFV CFV/Hu
Feline foamy virus	Пенящий вирус кошек	Y08851	FFV
Simian foamy virus 1	Пенящий вирус обезьян 1	Х54482	SFV-1
Simian foamy virus 3	Пенящий вирус обезьян 3	M74895	SFV-3

ЛЕЙКОЗ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА

Leukaemia in cattle, Bovine leukosis (англ.); Leukose bovine (франц.)

Лейкоз КРС - хроническая инфекционная болезнь опухолевой природы, основной при­знак которой - злокачественное разрастание клеток кроветворных органов с нарушением их созревания, в результате чего происходит диффузная инфильтрация органов этими клетка­ми или появляются опухоли. Само определение болезни обязывает выдвинуть проблему борьбы с этой инфекцией на первое место И, действительно, после опубликования серий работ о близком генетическом и АГ-родстве ВБЛ с вирусом Т-клеточного лейкоза человека (HTLV-1 и HTLV-2) диагностика и профилактика лейкоза КРС приобретают особую акту­альность. Лейкозы животных диагностируют почти во всех странах мира. Широко распространены в США, ряде стран Европы, Африке и Австралии