Проблеми, пов'язані з реалізацією чартерних рейсів:

1. Оскільки чартери забирають у регулярних ліній досить велика кількість потенційних клієнтів, багато держав намагаються обмежити кількість чартерних рейсів, висуваючи ряд вимог, спрямованих на утруднення здійснення таких рейсів, виконуваних іноземними перевізниками (установлення ліміту на кількість чартерних рейсів або заборона на них; допуск чартерів на певні напрямки тільки за узгодженням з національними перевізниками; обмеження ціни нижньої межі чартерного перевезення на досить високому рівні; рівний розподіл чартерної програми з національними перевізниками й ін. В останньому випадку проблема вирішується або встановленням рівної частки чартерних рейсів для авіакомпаній обох країн, або доставкою туристів в одну сторону вітчизняною авіакомпанією, а назад - іноземної. Такий досвід роботи є на маршрутах у Таїланд, Об'єднані Арабські Емірати, на Сицилію й ін.

2. Авіакомпанії виділяють для чартерних перевезень, як правило, повітряні судна більше старого зразка, які не завжди вигідно або взагалі неможливо технічно вдосконалити, і тому саме їх доводиться знімати з експлуатації.

3. У багатьох авіакомпаній виникли складності, обумовлені їх невеликим по чисельності парком повітряних судів і відсутністю необхідної резервної техніки.

4. Крім одержання дозволів на перевезення авіакомпаніям доводиться вирішувати питання, пов'язані з одержанням повітряних коридорів при польоті над територією тієї або іншої країни. Надання повітряного коридору залежить у ряді випадків від технічного оснащення судів, умов експлуатації регулярних ліній і інших факторів.

5. Існує ряд проблем із забезпеченням стоянки літаків в аеропорті, особливо при організації чартерних рейсів з відстоєм.

6. В аеропортах пріоритет в обслуговуванні віддається регулярним польотам.

7. У пасажира, що купив квиток на чартерний рейс, більше шансів прибути в пункт призначення із запізненням у порівнянні з пасажиром, що придбав квиток на регулярний переліт. До найбільш характерних зривів, можна віднести об'єднання рейсів, перенесення рейсу, затримка й скасування його.

Протягом декількох років у ході здійснення чартерних програм неодноразово порушувалися права туристів як споживачів: виникали затримки з відльотом і вивозом назад, без оголошення змінювалися аеропорти прибуття після повернення додому, іноді не надавалося харчування на борті, хоча воно було заплановано й оплачене й т.д. Наприклад, «останньою краплею», з'явилася історія з «Русавіа», коли затримка туристів, що їхали на зустріч Нового року в Балі, склала 40 год, оскільки в авіакомпанії не виявилося дозволу на проліт через територію Китаю. Як видно, проблеми, пов'язані з організацією чартерних рейсів, досить численні й різноманітні. Проте в загальному обсязі перевезень ряду авіакомпаній кількість чартерів доходить до 20 %, що обумовлено їх досить високою ефективністю. Остання досягається максимальним комерційним завантаженням повітряних судів (як правило, не менш 85-90 %), а також можливістю експлуатувати більше стару авіатехніку.

Популярність чартерних рейсів і їхня економічна ефективність привели до виникнення авіакомпаній, що спеціалізуються на чартерних перевезеннях. В 1972 р. була створена Міжнародна Асоціація авіачартерних перевізників, що займається рішенням проблем, пов'язаних з організацією чартерів і захистом своїх інтересів на ринку авіапослуг.