Олигонуклеотид-направленный мутагенез с использованием плазмидной днк.
Основной недостаток олигонуклеотид-направленного мутагенеза с использованием фага М13 – большое число процедур. Чтобы выделить мутантную форму нужного гена, приходится затратить много времени. В качестве альтернативы было разработано множество других подходов, основанных на применении плазмидных ДНК. Это позволяет обойтись без переноса интересующего исследователя гена из плазмиды в фаговую ДНК, а после завершения мутагенеза – обратно в плазмиду.
Один из этих подходов включает встраивание ДНК в плазмидный вектор, который несет функциональный ген устойчивости к тетрациклину; и неактивный ген устойчивости к ампициллину; в середине последнего заменен один нуклеотид. Клетки E. Сoli трансформируют вектором, несущим ДНК-мишень, и двуцепочечную плазмидную ДНК денатурируют щелочью с тем, чтобы получить одноцепочечные кольцевые молекулы. Денатурированную ДНК отжигают с тремя разными олигонуклеотидами. Один из них предназначен для внесения изменений в клонированную ДНК-мишень, второй – для устранения мутации в гене устойчивости к ампициллину, третий – для замены одного нуклеотида в гене устойчивости к тетрациклину с тем, чтобы инактивировать этот ген. В реакционную смесь добавляют четыре дезоксирибонуклеозидтрифосфата и ДНК-полимеразу. Гибридизовавшиеся олигонуклеотиды служат затравками для синтеза ДНК, а инактная кольцевая молекула ДНК – матрицей. Одноцепочечные разрывы в новосинтезированной цепи зашиваются с помощью ДНК-лигазы. По окончании синтеза и лигирования (соединения двух молекул ДНК с помощью фосфодиэфирных связей in vitro катализируется ферментом ДНК-лигазой фага Т4) продуктами реакции трансформируют клетки E. сoli. Трансформантов отбирают по признаку устойчивости к ампициллину и чувствительности к тетрациклину. Примерно 90% из них содержат специфическую мутацию в клонированном гене. У остальных трансформантов клонированный ген не был изменен либо потому, что олигонуклеотид не гибридизовался с ним, либо потому, что он вытеснялся в ходе синтеза ДНК. Клетки, несущие мутантный клонированный ген, идентифицируют с помощью гибридизации. Все плазмиды, штаммы, ферменты, олигонуклеотиды (кроме того, который предназначен для изменения клонированного гена), а также буферы продают в наборе, что облегчает работу.
Олигонуклеотид-направленный мутагенез с использованием полимеразной цепной реакции (пцр)-амплификации. (умножение числа отдельных генов или группы генов)
Один из вариантов этого подхода состоит в следующем. Ген-мишень встраивают в плазмидный вектор и помещают препарат в две пробирки. В каждую из них добавляют по два специфических праймера (короткий олигонуклеотид, который гибридизуется с матрицей и служит затравкой при ее копировании) для ПЦР; 1 и 2 в одну пробирку, 3 и 4 – в другую. Праймеры 2 и 4 полностью комплементарны одному из участков клонированного гена или прилегающей к нему последовательности, а 1 и 3 комплементарны другому участку, но содержат один некомплементарный нуклеотид и гибридизуются с разными цепями, так что в результате происходит замена обоих нуклеотидов данной пары. Положение сайтов гибридизации праймеров 1 и 2 в одной пробирке и 3 и 4 – в другой таково, что ПЦР-продукты в разных пробирках имеют разные концы. По окончании ПЦР содержимое пробирок объединяют и проводят денатурацию, а затем ренатурацию (воссоединение цепей двуцепочечной ДНК, разошедшихся при денатурации). Поскольку концы амплифицированных молекул ДНК из двух пробирок неодинаковы, одноцепочечные ДНК из разных пробирок ассоциируют с образованием кольцевых молекул с двумя одноцепочечными разрывами. Эти разрывы репарируются in vivo после трансформации E. сoli. При ренатурации одиночных цепей из одной пробирки образуются линейные молекулы. В клетках E. сoli стабильно поддерживаются в виде плазмид и наследуются только кольцевые, а не линейные молекулы, при этом все они несут сайт-специфическую мутацию.
А. Полимеразная цепная реакция
Полимеразная цепная реакция [ПЦР (PCR)] позволяет многократно воспроизводить (амплифицировать) выбранный фрагмент ДНК без помощи рестриктаз, векторов или клетки-хозяина. Для этого нужно иметь в своем распоряжении два олигонуклеотида (праймера), каждый из которых будет гибридизоваться с одной из цепей на противоположных концах подлежащего амплификации фрагмента ДНК, достаточное количество дезоксирибонуклеозидтрифосфатов и специальную термостабильную ДНК-полимеразу. Праймер синтезируют, а полимеразу получают из термостабильных бактерий.
Полимеразная цепная реакция
На первой стадии двунитевую ДНК нагревают до 90оС для разделения цепей и получения однонитевой ДНК (а). Затем смесь охлаждают, чтобы произошла гибридизация с праймерами (б). Комплементарные цепи ДНК синтезируются в обоих направлениях, начиная от праймеров (в). Этот циклический процесс (цикл 1) повторяют с той же самой реакционной смесью (цикл 2, 3 и т.д.) 20-30-кратно. Двунитевые фрагменты ДНК, равные по длине расстоянию между двумя праймерами, начинают накапливаться после третьего цикла. Их количество удваивается после каждого цикла до тех пор, пока почти все синтезированные фрагменты не будут соответствовать первоначальному фрагменту, ограниченному праймерами. Циклы нагревания и охлаждения проводятся в термостате-амплификаторе с программируемым температурным режимом.
Б. Анализ длины рестрикционных фрагментов
Рестриктазы расщепляют ДНК в специфических участках, обычно в палиндромных последовательностях (см. с. 254). Когда одно из оснований в такой последовательности изменяется в результате мутации, этот участок перестает расщепляться рестриктазами. В то же время мутации могут приводить к образованию новых участков, чувствительных к рестриктазе. В результате соответствующие фрагменты ДНК, полученной от двух генетически не идентичных индивидов, часто образуют рестрикционные фрагменты различной длины. Это явление носит название полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ДНК (ПДРФ, англ. restriction fragment length polimorphism, RFLP).
Н а рис. 1 приведен метод выявления ПДРФ. Прежде всего, ДНК-фрагмент, содержащий исследуемую последовательность, амплифицируют с помощью ПЦР (А). Затем амплифицированный фрагмент гидролизуют подходящей рестриктазой. Фрагменты разделяют гель-электрофорезом, интересующий фрагмент выявляют с помощью специфичного генного зонда (см. с. 256). На рис. 2 приведены результаты применения метода в криминалистике. Рестрикционная карта образца ДНК, выделенной из ткани, найденной на месте преступления, четко совпадает с пробой, взятой у подозреваемого 2, а не у подозреваемого 1. Для получения такого «генетического отпечатка" достаточно очень малого количества материала, содержащего ДНК. Вторым важным практическим приложением ПДРФ-анализа является выявление генетических мутаций, ведущих к наследственным заболеваниям.
В. Сверхэкспрессия белков
Для лечения тех или иных заболеваний необходимы белки, например белковые гормоны, которые у животных присутствуют в малых количествах и поэтому труднодоступны. В настоящее время такие белки можно получать в больших количествах при помощи сверхэкспрессии в бактериальных или эукариотических клетках. Для этого необходимо выделить соответствующий ген из ДНК человека и клонировать его в составе плазмиды. Кроме этого гена плазмида должна содержать последовательность ДНК, которая делает возможной репликацию и транскрипцию плазмидной ДНК в клетке-хозяине. Как только подходящие клетки трансформированы плазмидой и произойдет репликация, транскрипция гена инициируется путем индукции. Трансляция образовавшейся мРНК в клетке-хозяине позволяет производить необходимый белок в достаточном количестве.
С лучайный мутагенез с использованием «вырожденных» олигонуклеотидных праймеров.
К сожалению, обычно бывает неизвестно, какую нуклеотидную замену в клонированном гене нужно произвести, чтобы получить белок с нужными свойствами. Поэтому часто приходится изменять один определенный нуклеотидный сайт всеми возможными способами. Например, можно синтезировать олигонуклеотидные праймеры, в одном из сайтов которых находятся разные нуклеотиды. Такие «вырожденные» олигонуклеотиды обычно получают, добавляя в автоматически синтезатор ДНК на определенном этапе, когда к цепи должен присоединяться специфический нуклеотид, небольшое количество (до несколкьих процентов) трех других нуклеотидов. В результате получается гетерогенный по одному сайту набор олигонуклеотидных праймеров, с помощью которых можно получить соответствующий набор мутантных генов-мишеней с нуклеотидными заменами в специфическом сайте.
Этот подход имеет два преимущества: 1) не нужно в точности знать, какую роль играет тот или иной аминокислотный остаток в функционировании белка; 2) поскольку в данном сайте происходят разные аминокислотные замены, могут случайно синтезироваться белки с разнообразными интересными и полезными свойствами. Конечно, если ни один из образующихся белков не обладает нужными свойствами, приходится начинать все сначала, синтезировав новый набор «вырожденных» праймеров, комплементарных другой области гена.
