- •IV. Ферменты – регуляторы биологических процессов
- •§4.1. Классификация ферментов
- •§4.2. Структура ферментов
- •4.2.1. Первичная, вторичная и третичная структуры
- •4.2.2. Активный центр
- •4.2.3. Кофакторы
- •§4.3. Ферментативный катализ
- •4.3.1. Общая схема механизма химических реакций.
- •4.3.2. Скорость некаталитических реакций
- •4.3.3. Химический катализ. Катализаторы
- •4.3.4. Основные особенности ферментативного катализа
- •4.3.5. Пример простейшей реакции
- •4.3.6. Принцип индуцированного соответствия
- •4.3.7. Комплекс Михаэлиса
- •4.3.8. Уравнение Михаэлиса–Ментен
- •Зависимость от температуры
- •§4.4. Многостадийная модель ферментативных реакций
- •4.4.1.Реакция превращение l-аланина в d-аланин
- •Реакция с участием кофермента
- •Ферментативная реакция
- •4.4.2. Расщепление пептидной связи
- •Неферментативный процесс
- •Ферментативная реакция
- •Активный центр гидролитического фермента
- •Модель ферментативного гидролиза
- •§4.5. Ферменты с несколькими активными центрами Двухцентровые ферменты
- •§4.6. Каскады ферментативных реакций
4.3.2. Скорость некаталитических реакций
Для осуществления простейшей реакции
в отсутствие фермента нужно преодолеть
энергетический барьер
,
называемый энергией активации и
равный разности химических потенциалов
в наивысшем энергетическом состоянии
и в исходном состоянии
(рис. 4–4). Чем выше активационный
барьер Еа, тем стабильнее
молекула S. Необходимую
энергию молекулы могут получить только
в результате теплового движения, за
счет столкновения с другими молекулами.
Если энергия активации
,
то достаточной энергией при температуре
27°С обладает ничтожная часть молекул
:
приблизительно 2 из 109 молекул.
Кроме того, сталкивающиеся молекулы
должны быть ориентированы определенным
образом друг относительно друга,
обеспечивая пространственное соответствие
реагирующих центров. В результате
реакция идет очень медленно, несмотря
на то, что свободная энергия в ходе
реакции понижается на величину, равную
разности химических потенциалов
субстрата
и продукта Р:
.
|
Рис. 4–4. Изменение химического потенциала μ в реакции S→P (изменения конформации). Для осуществления реакции, идущей с понижением свободной энергии ΔF необходимо преодоление энергетического барьера Еа |
Скорость V химической реакции определяется вероятностью преодоления потенциального барьера, то есть числом актов превращений (переходов через барьер) в секунду, и описывается формулой
, (4.7)
где
– постоянная Планка, kВ
– постоянная Больцмана. Значение kВТ
имеет порядок энергии теплового движения,
а множитель перед экспонентой (скорость
реакции в отсутствие потенциального
барьера Еа = 0)
при комнатной температуре Т 300 К
имеет порядок ~1013 актов/с. Этот
множитель определяет максимально
возможную скорость химической реакции
Vmax:
. (4.8)
Максимальная скорость реакции
соответствует возможности разрыва
связи при каждом колебании длины
валентной связи, когда атомы максимально
удаляются друг от друга, то есть
определяется средней частотой колебаний
ν0 ≈ 1013 с–1:
или
. (4.9)
Таким образом, Vmax (4.10) совпадает с частотой ν0 тепловых колебаний частиц (4.11).
4.3.3. Химический катализ. Катализаторы
Катализаторами называются вещества, которые, участвуя в реакции, снижают величину энергии активации благодаря тому, что с катализатором реакция проходит через другие промежуточные стадии, которые обладают более низкими значениями энергии активации.
Катализ разделяется на два типа: гомогенный и гетерогенный.
В первом случае катализатор и реагирующие
вещества образуют одну фазу – газ или
раствор. Например, при каталитическом
разложении пероксида (перекиси) водорода
Н2О2 в водном растворе в
качестве катализатора используются
ионы
,
,
.
Эти ионы образуют с Н2О2
промежуточные нестойкие соединения,
которые затем распадаются с выделением
кислорода.
Во втором случае реакция проходит на поверхности катализатора и протекает путем образования активных поверхностных соединений катализатора с реагирующими веществами. После ряда стадий химических превращений, в которых участвуют эти поверхностные соединения, образуются конечные продукты. Катализатор при этом не расходуется.
При заданной температуре скорость реакции определяется, в основном, высотой барьера Eа (рис. 4–4). Величина Eа соответствует энергии, необходимой для разрыва связей. Поэтому для увеличения скорости реакции при Т = const надо уменьшить энергию связи между атомами, которые перегруппировываются в процессе химической реакции. Энергия связи между одной и той же парой атомов варьируется в различных соединениях в зависимости от распределения электронной плотности и, таким образом, определяется их пространственной структурой и элементным составом ближайшего окружения (например, электроотрицательностью атомов соседей). В растворах энергия связи пары атомов определяется также силами электростатического взаимодействия одного из атомов пары с близкорасположенными заряженными группами других частиц.
Отсюда следует, что энергию связи можно уменьшить, если использовать в химической реакции катализаторы, которые, образуя химические ковалентные связи с реагирующими веществами (промежуточные комплексы), способствуют разрыву нужных связей, а затем выходят из игры. Заметим, что действие катализатора связано только с ускорением, но не со смещением равновесия химической реакции.
Рассмотрим реакцию
. (4.10)
Здесь S, F и FS – обозначения участвующих в реакции веществ. Скорость реакции определяется скоростью изменения во времени концентрации одного из реагентов (исходных субстратов), которая, если объем системы в ходе реакции не изменяется, записывается в виде:
. (4.11)
Квадратные скобки обозначают концентрации реагентов. С другой стороны, скорость реакции (число актов превращений в секунду) определяется частотой соударений молекул реагирующих веществ, а, следовательно, пропорциональна концентрации исходных продуктов:
.
(4.12)
Коэффициент пропорциональности
между скоростью и концентрацией исходных
продуктов называется константой
скорости реакции.
Скорость реакции, например, 2А+3В=С будет
.
Аналогично, для скорости реакции
каждая концентрация входит в произведение
в степени, равной коэффициенту, стоящему
в уравнении процесса:
,
(4.13)
а для обратной реакции
. (4.14)
Таким образом, для реакции (4.12) получаем
. (4.15)
Для обратной реакции
скорость
. (4.16)
Рассмотрим изменение концентрации субстрата S в обратимой реакции
.
(4.17)
Учитывая, что в прямой реакции концентрация
субстрата S уменьшается,
а в обратной реакции – увеличивается,
то, используя для прямой реакции (4.17), а
для обратной реакции (4.18) совместно с
равенством
,
получаем
. (4.18)
