- •А.В. Мышлявцев, м.Д. Мышлявцева математическое моделирование в естественных науках
- •Введение
- •Глава 1. Основные понятия и примеры математических моделей
- •1.1. Примеры эмпирических моделей
- •Результаты победителей олимпийских игр в беге на 200 м,
- •Результаты победителей олимпийских игр в беге на 200 м,
- •1.2. Разведение семги
- •1.3. «Ядерная зима»
- •«Волны-убийцы»
- •«Ядерная зима»
- •1.4. Некоторые подходы при моделировании сложных систем и явлений
- •Иерархическая цепочка моделей
- •Многомасштабное моделирование
- •Глава 2. Математическое моделирование в физике
- •2.1. Траектория всплытия подводной лодки
- •2.2. Диффузия
- •2.3. Метод молекулярной динамики
- •Метод Верле и метод «прыжка лягушки»
- •Классическая молекулярная динамика
- •Применение метода молекулярной динамики при моделировании реальных систем
- •2.4. Модель решеточного газа
- •Применение метода трансфер-матрицы при исследовании одномерной мрг
- •Эквивалентность мрг и модели Изинга
- •Применение метода Монте-Карло при исследовании двумерной мрг
- •Глава 3. Математическое моделирование в химии и химической технологии
- •3.1. Уравнения состояния реальных газов
- •Нелинейные уравнения
- •Метод бисекций
- •Метод Ньютона
- •Определение молярного объема реального газа
- •3.2. Вычисление равновесных концентраций
- •Системы нелинейных уравнений
- •3.3. Определение состава газа методом масс-спектроскопии смеси после бомбардировки медленными электронами
- •3.4. Определение числа независимых стехиометрических уравнений
- •3.5. Как плод получает глюкозу от своей матери?
- •Глава 4. Математическое моделирование в биологии
- •4.1. Примеры математических моделей популяционной биологии
- •Уравнение Ферхюльста (логистическое уравнение)
- •Популяционная модель с дискретным временем
- •Модели взаимодействующих видов
- •Модель Вольтерра и ее обобщения
- •4.2. Модель работы нейрона
- •4.3. Третичная структура белка
- •Список литературы
- •Математическое моделирование в естественных науках
1.4. Некоторые подходы при моделировании сложных систем и явлений
При моделировании сложных систем и явлений используются специфические подходы. Мы очень коротко остановимся на двух из них.
Иерархическая цепочка моделей
Первый подход – это построение иерархических цепочек моделей. В рамках такой цепочки мы можем выбрать необходимый нам уровень детализации описания системы с учетом наших вычислительных возможностей.
В качестве примера приведем иерархическую цепочку моделей газа.
При переходе от моделей более высокого иерархического уровня к моделям более низкого уровня увеличивается количество дополнительных условий и предположений, что автоматически уменьшает область применимости соответствующей модели.
На рис. 1.16 показана иерархическая цепочка моделей газа, где числа в кружочках обозначают соответствующие предположения:
1 |
– |
возможность статистического описания с помощью функции распределения, упругие столкновения молекул; |
2 |
– |
предположения о локальном термодинамическом равновесии; |
3,19 |
– |
изотермичность; |
4,11 |
– |
несжимаемость жидкости; |
5,7,18 |
– |
отсутствие вязкости; |
6 |
– |
потенциальность течения; |
8 |
– |
неподвижность газа; |
9 |
– |
постоянство коэффициента теплопроводности, стационарность процесса; |
10 |
– |
изотермичность и отсутствие вязкости; |
12 |
– |
одномерность течения; |
13 |
– |
идеальность газа, изоэнтропность; |
14,17 |
– |
малые изменения плотности; |
15,16 |
– |
простые волны. |
Иерархические цепочки моделей особенно характерны для физических систем.
Многомасштабное моделирование
Рассмотрим теперь второй общий подход, активно развивающийся в последнее время, в связи с задачами, поставленными нанонауками и нанотехнологией. Это так называемое «multiscale modeling» или многомасштабное моделирование. Необходимость учета процессов, протекающих на временных и пространственных масштабах, отличающихся в тысячи и миллионы раз, не позволяет провести непосредственное моделирование в рамках обычной модели.
Приведем характерный пример метода молекулярной динамики, в которой в явном виде описывается движение каждого атома в отдельности, с формальной точки зрения позволяющий описать любой материальный объект, однако, в действительности это не так. Так, интервал времени, который способна охватить молекулярная динамика, не превосходит нескольких наносекунд, а характерные времена фазовых переходов в миллионы раз больше.
|
Рис. 1.16. Иерархическая цепочка моделей газа. Стрелками показаны переходы к моделям более низкого иерархического уровня |
Аналогично, метод функционала плотности (density functional theory – DFT) в принципе позволяет вычислить все внутримолекулярные и межмолекулярные взаимодействия и определить, например, третичную структуру белка, однако, здесь мы сталкиваемся с разномасштабностью в пространстве при переходе от долей нанометров (несколько атомов) к десяткам и сотням нанометров (десятки тысяч и миллионы атомов).
Чтобы не быть голословными, приведем конкретный, достаточно простой пример использования такого подхода.
В последние несколько десятилетий методы, основанные на теории функционала плотности (далее DFT), продемонстрировали высокую точность при вычислении структурных и энергетических свойств широкого спектра материалов.
Традиционно при вычислении ab initio система рассматривается при абсолютном нуле (Т = 0 К). Вместе с тем наибольший интерес в приложениях представляют свойства при конечных температурах, в частности, равновесные фазовые диаграммы или более общее – термодинамические свойства. Главная трудность, связанная с проведением квантово-механических расчетов – серьезные ограничения в размерах ячейки моделирования и в количестве учитываемых атомных конфигураций.
С другой стороны, вычисление термодинамических свойств требует, по определению, больших размеров системы и большого объема фазового пространства. Таким образом, мы должны будем сочетать метод DFT с методами статистической механики.
Типичным примером использования этого подхода является задача об определении из первых принципов стабильности различных фаз сплавов.
Опишем модель более подробно.
При фиксированных температуре и давлении стабильность фаз определяется минимумом энергии Гиббса G:
,
где
– внутренняя энергия,
– энтропия,
–
объем.
Энергия Гиббса легко определяется через статистическую сумму, определяемую как
,
где
– энергия
–го
микроскопического состояния,
– константа Больцмана. Величина
определяется при помощи квантово-механических
вычислений.
Далее
,
где
– энергия Гельмгольца и
.
Опишем общий подход к решению задачи: вначале при помощи DFT для сравнительно небольшой системы, состоящий из не более чем сотен атомов, определяются параметры так называемого эффективного гамильтониана, который потом используется в статистическом моделировании, т.е. вначале – модель квантовой механики, а затем – модель более высокого уровня.
В заключение приведем общую схему методов и подходов, используемую при моделировании свойств материалов, химических и биологических систем, в том числе в области нанонаук и нанотехнологий (рис. 1.17).
На микроуровне (от пикометров до ангстремов) атомистическое моделирование проводится с использованием методов квантовой механики, таких, как ab initio, полуэмпирические и DFT, чтобы получить точную информацию о структуре и энергетике для малых молекулярных систем, содержащих менее чем сотню атомов.
Главная функция этих атомистических моделей в мигомасштабной схеме заключается в определении параметров для больших времен и пространственных размеров, т.е. для молекулярного моделирования. Аналогично осуществляется переход от молекулярного моделирования к следующим временным и пространственным размерам, следуя схеме, изображенной на рис. 1.17.
Завершая первую главу пособия, заметим, что математическое моделирование охватывает очень широкий спектр задач и, безусловно, не может быть рассмотрено в рамках одного пособия. С учетом назначения пособия мы будем рассматривать в дальнейшем только модели из физики, химии и биологии. Каждой предметной области посвящена своя глава, хотя, конечно, мы не сможем охватить всего многообразия моделей в каждой из этих наук.
Остановимся коротко на основном подходе, к изложении которого мы придерживаемся: мы будем исходить от физической, химической или биологической модели, а не как это часто делается, от математического метода или вычислительного алгоритма, т.е. мы вначале строим модель на языке предметной области, а затем строим уже математическую модель.
Ну и наконец, приведем слова Артуро Розенблюта и Норберта Винера по поводу стремления построить «наилучшую» модель: «Наилучшей моделью кота является другой кот, а еще лучше – тот же самый кот». По существу это означает, что «полная» модель тождественна оригиналу и смысл моделирования исчезает.
|
Рис. 1.17.
|
