
- •А.В. Мышлявцев, м.Д. Мышлявцева математическое моделирование в естественных науках
- •Введение
- •Глава 1. Основные понятия и примеры математических моделей
- •1.1. Примеры эмпирических моделей
- •Результаты победителей олимпийских игр в беге на 200 м,
- •Результаты победителей олимпийских игр в беге на 200 м,
- •1.2. Разведение семги
- •1.3. «Ядерная зима»
- •«Волны-убийцы»
- •«Ядерная зима»
- •1.4. Некоторые подходы при моделировании сложных систем и явлений
- •Иерархическая цепочка моделей
- •Многомасштабное моделирование
- •Глава 2. Математическое моделирование в физике
- •2.1. Траектория всплытия подводной лодки
- •2.2. Диффузия
- •2.3. Метод молекулярной динамики
- •Метод Верле и метод «прыжка лягушки»
- •Классическая молекулярная динамика
- •Применение метода молекулярной динамики при моделировании реальных систем
- •2.4. Модель решеточного газа
- •Применение метода трансфер-матрицы при исследовании одномерной мрг
- •Эквивалентность мрг и модели Изинга
- •Применение метода Монте-Карло при исследовании двумерной мрг
- •Глава 3. Математическое моделирование в химии и химической технологии
- •3.1. Уравнения состояния реальных газов
- •Нелинейные уравнения
- •Метод бисекций
- •Метод Ньютона
- •Определение молярного объема реального газа
- •3.2. Вычисление равновесных концентраций
- •Системы нелинейных уравнений
- •3.3. Определение состава газа методом масс-спектроскопии смеси после бомбардировки медленными электронами
- •3.4. Определение числа независимых стехиометрических уравнений
- •3.5. Как плод получает глюкозу от своей матери?
- •Глава 4. Математическое моделирование в биологии
- •4.1. Примеры математических моделей популяционной биологии
- •Уравнение Ферхюльста (логистическое уравнение)
- •Популяционная модель с дискретным временем
- •Модели взаимодействующих видов
- •Модель Вольтерра и ее обобщения
- •4.2. Модель работы нейрона
- •4.3. Третичная структура белка
- •Список литературы
- •Математическое моделирование в естественных науках
Метод Верле и метод «прыжка лягушки»
При использовании методов классической молекулярной динамики необходимо вычислять очень длинные траектории. По теореме Лиувилля фазовый объем классической системы из N взаимодействующих частиц сохраняется, поэтому крайне желательно использовать алгоритмы, которые удовлетворяют теореме Лиувилля.
Уравнения движения, которые являются системой ОДУ второго порядка,
запишем в стандартном виде системы ОДУ первого порядка, вводя обозначения:
,
(2.27)
где
и
– функции времени и силы
– функции координат, зависящих от
времени. Перепишем уравнение (2.27) как
,
(2.28)
где
– оператор Лиувилля, действие которого
описывается как
.
(2.29)
Решение уравнения Лиувилля (2.28) формально может быть представлено как
.
(2.30)
Для лучшего понимания дальнейших выкладок запишем несколько первых членов ряда Тейлора для экспоненты в (2.30):
,
(2.31)
,
(2.32)
.
(2.33)
Так как
,
(2.34)
,
(2.35)
то с учетом (2.31)–(2.35) получим
.
(2.36)
Метод
Верле и метод «прыжка лягушки» базируются
на достаточно общем подходе, связанном
с упрощением структуры выражения
.
Введем
шаг по времени
,
где число шагов
велико. Запишем
очевидное равенство:
.
Теперь разобьем оператор Лиувилля на две части
.
Сложность
выражения
непосредственно связана с тем, что
операторы
и
не коммутируют, т.е.
.
Следовательно,
.
Однако,
при малых
можно использовать приближенное
равенство
,
(2.37)
которое тем точнее, чем меньше .
Рассмотрим действие каждого из сомножителей в правой части (2.37):
.
Каждый
из сомножителей правой части (2.37)
осуществляет либо сдвиг по координате
с постоянной скоростью
,
либо сдвиг по скорости с постоянным
ускорением
.
По существу замена выражения
на произведение
в некотором смысле аналогична замене
точного приращения функции ее линейной
частью.
Перейдем теперь к изложению вычислительных алгоритмов.
Начнем с методов Верле.
Разложение для можно симметризовать:
(
2.38)
Соответствующий алгоритм называется позиционным алгоритмом Верле:
,
,
(2.39)
.
Суть этого алгоритма схематически показан на рис. 2.3.
Если в (2.38) мы поменяем местами операторы и , сохранив симметризованную форму, то получим:
(
2.40)
Это представление порождает так называемый алгоритм скоростей Верле
,
,
(2.41)
.
Суть этого метода изображена на рис. 2.4.
|
|
Рис. 2.3. Позиционный алгоритм Верле |
Рис. 2.4. Алгоритм скоростей Верле
|
Опишем теперь стандартный алгоритм Верле, который эквивалентен алгоритму скоростей:
(2.42)
Стандартный
алгоритм Верле начинается с задания
двух множеств координат
и
,
алгоритм скоростей Верле – с задания
множества координат
и скоростей
.
Два обсуждаемых алгоритма дают одну и
ту же траекторию, если положить
.
Рассмотрим еще один метод, тесно связанный с методом Верле. Это так называемый «leapfrog method». В русскоязычной литературе он известен под несколькими названиями: «прыжок лягушки», «чехарды», «перешагивания».
Этот метод основывается на простейшем разложении
,
( 2.43)
но
вводятся две различных временных сетки
для координат и скоростей, сдвинутых
относительно друг друга на
.
Алгоритм записывается как
(2.44)
|
Рис. 2.5. «Прыжок лягушки» |
Методы Верле и родственные им методы широко используются в классической молекулярной физике. Помимо этого, большинство из вас регулярно сталкивается с результатами их использования. Речь идет о компьютерных играх с анимацией. Движение объектов в игре почти всегда описывается при помощи рассмотренных нами алгоритмов. Чтобы убедиться в этом, достаточно зайти на любой форум разработчиков игр.