Російський протекторат

Разом з тим царський уряд використав свої війська і фортеці на Запоріжжі не тільки для оборони краю, а й для встановлення контролю над Запорозькою Січчю в інтересах кріпосницької держави. Запорозька Січ поступово втрачала незалежність, зберігаючи, однак, автономію. В 2-й пол. 17 ст. шляхетська Польща, захопивши Правобережну Україну, почала нищити козацтво та реставрувати кріпосницькі порядки, а Крим і Туреччина розгорнули наступ на Україну. В той тяжкий час для українського народу запорозьке козацтво мужньо боролося проти польських, кримських і турецьких агресорів. Особливого значення набули походи запорожців проти Польщі й Криму під проводом уславленого кошового отамана І.Сірка в 60-х-70-х роках 17 ст.

Запорозьке козацтво підтримувало також антифеодальні виступи народних мас Росії. Під час повстання на Дону під проводом К.Булавіна (1707–1708 рр.) запорозька сірома прийшла на допомогу донській голоті й мужньо билася з царськими карателями. Після поразки чимало повстанців знайшло притулок і захист на Запоріжжі.

Ліквідація 1709

Уряд царя Петра І розглядав Запорозьку Січ як один з осередків визвольної боротьби українського народу. Після переходу на бік шведів гетьмана І.Мазепи та частини запорозької старшини й козаків під проводом кошового отамана Костя Гордієнка, царський уряд звинуватив усе запорозьке козацтво в зраді.

За наказом царського уряду 14 (25) травня 1709 р. Запорозьку Січ було зруйновано військами під орудою полковника Яковлева. Кошовий атаман Степаненко у листі гетьману Скоропадському писав:

Учинилось у насъ въ Сичѣ то, что по Галагановой и московской присягѣ, товариству нашему голову лупили, шею на плахахъ рубили, вѣшали и иныя тиранскія смерти задавали, и дѣлали то, чего и въ поганствѣ, за древнихъ мучителей не водилось: мертвыхъ изъ гробов многихъ не только изъ товариства, но и чернецовъ откапывали, головы имъ отсѣкали, шкуры лупили и вѣшали.[1]

Після поразки шведської армії та українських козаків під командуванням гетьмана Мазепи під Полтавою деякі запорожці пішли на південь й в 1710 році заснували нову Січ, при впаданні в Дніпро ріки Каменки (на Херсонщині). Однак за наказом Петра вона була зруйнована військами гетьмана Скоропадського й генерала Бутурліна. Запорожці відійшли ще далі й заснували Олешківську Січ у межах Османської імперії.

Відповідно до Прутської мирної угоди (1711) та Адріанопольської угоди (1713) Московська держава відмовлялась від претенцій на Правобережну Україну та Запоріжжя та визнавала юрисдикцію Туреччини над Запорозькою Січчю. Запорозькі козаки (Олешківська Січ) знаходились під владою Османської імперії до 1734 року.

Проте запорожці потрапили у дуже складне становище. Відрив від рідного краю тяжко позначився на економічному побуті козацтва. Припинився і приплив утікачів з України. Крім того, хан, побоюючись запорожців, заборонив їм споруджувати укріплення й користуватися гарматами. Бажання козаків повернутися на батьківщину здійснилося в 1734 р. Почавши підготовку до війни з Кримом і Туреччиною, царський уряд дозволив запорожцям повернутися на Запоріжжя. В березні 1734 р. запорожці заснували на р. Підпільній (рукаві Дніпра), поблизу колишньої Старої Січі, т.зв. Нову Січ.

Ліквідація 1775

Останній період (1734–1775 рр.) в історії Запорозької Січі позначився з одного боку, помітним економічним піднесенням Запорожжя, з другого — поступовим занепадом автономії Запорозької Січі і тих порядків, які були властиві їй у ранній період. Посилення феодально-кріпосницького і національного гніту в центральних районах України і відносний спокій на російсько-кримських кордонах сприяли народній колонізації Запоріжжя. В 70-х роках 18 ст. населення Запоріжжя становило, ймовірно, 100 тис. чоловік. У зв'язку з цим ускладнилося й управління краєм. Саме тоді склався адміністративно-територіальний поділ Запоріжжя на 8 паланок (округів). Відбулися зміни і в економіці Запорозької Січі, що полягали, насамперед, у розширенні землеробства, якого раніше майже не було, в дальшому розвитку скотарства і промислів. У сільському господарстві значне місце зайняли зимівники, де успішно розвивалося скотарство, конярство, вівчарство та землеробство. Робочу силу великих зимівників становили наймити. Основна маса населення зосереджувалася, однак, не в зимівниках, а в слободах. Земля вважалася власністю всього війська і Кіш відводив її власникам зимівників і слобідським громадам. Населення слобід виконувало різні повинності. Головною повинністю козака була військова служба на власний кошт. Посполитих звільняли від військової служби, але натомість вони відбували багато інших повинностей на користь війська і сплачували грошові податки. Найману працю широко застосовували і на промислах — рибних, соляних, у чумацтві тощо. Заможне козацтво всіляко обмежувало компетенцію військової ради, прагнуло замінити її Радою старшини і «значного товариства». За Нової Січі козацтво почало відокремлюватися від посполитих, перетворюватися на верству, головним обов'язком якої було відбування військової служби, а привілеєм (для більшості в основному тільки формальним) — участь у самоврядуванні, передусім у військовій раді.

Для нагляду за діями кошової старшини біля Січі 1735 р. було збудовано Новосіченський ретраншемент і поставлено військову залогу. Вживалися заходи для перевірки козацьких компутів (списків) і впровадження паспортів. На кордонах Запоріжжя за наказом царського уряду збудовано систему укріплених ліній і засновано військові поселення Нову Сербію (1752 р.) і Слов'яно-Сербію (1753 р.). Після ліквідації гетьманства (1764 р.) Запорозька Січ лишалася єдиним українським краєм, де ще зберігалася автономія. За Кючук-Кайнарджійським мирним договором 1774 р. кордони Росії відсунулися до гирла Південного Бугу, і Запорозька Січ втрачала значення форпосту в боротьбі проти турецько-татарської агресії. Крім того, царський уряд пригадуючи участь січовиків у кривавому повстанні на Правобережжі в 1768 році, відомішому як Коліївщина, побоювався нових заворушень. Тим більше, Омелян Пугачов у 1774 р. під час бунту збирався йти на возз'єднання з запоріжцями, відчуваючи моральну підтримку з їхнього боку. Після подавлення бунту, для багатьох учасників цього повстання Запоріжжя стало надійним прихистком.

У квітні 1775 року Г. Потьомкін виступив на засіданні царського уряду з проектом ліквідації Запорозької Січі. На початку червня 1775 р. царські війська на чолі з генералом П. Текелієм, що поверталися з турецького фронту, та генерала Федора Чорби, що був викликаний для цього з придушення повстання О.Пугачова, оточили Запорозьку Січ 4-5(15-16).VI .1775 р. Не маючи сил боронитися, кошовий отаман Петро Іванович Калнишевський змушений був здати фортецю без бою. Разом із старшиною його було заарештовано і на пропозицію Потьомкіна заслано довічно до Соловецького монастиря, де він помер на 113 році життя у 1803 р. Запорозьке військо було оголошено розпущеним. Землі Запорозької Січі царський уряд почав роздавати поміщикам, а козаків покріпачувати. Це спричинилося до втечі 5 тисяч запорожців на підвладну Туреччині територію в гирлі Дунаю, де вони заснували Задунайську Січ.