В составе Русской Церкви.

Тяжёлое положение православных грузин подвигало их искать помощи у единоверной России начиная с XV века. В ответ на просьбу последнего Карталинского царя Георгия XII 12 сентября 1801 года императором Российским Александром I был издан манифест, которым Восточная Грузия была присоединена к России. В 1804 году Соломон II Имеретинский также принял русское покровительство, хотя впоследствии противился присоединению Западной Грузии к Российской империи в 1810 году.

Вместе с утверждением русского гражданского управления в Грузии Грузинская Церковь также вошла в состав Русской. Уже с 1783 года Карталинский католикос являлся членом Святейшего Синода Русской Православной Церкви, а с 1811 года Грузинская Церковь становится Синодальным Грузинским Экзархатом. Однако, хотя в своём прошении к императору Павлу I царь Георгий XII настаивал на сохранении автокефалии Грузинской Церкви, а во время учреждения Экзархата предусматривалась его автономия, эти условия не были соблюдены на деле. Русский период в истории Грузинской Церкви ознаменовался как освобождением от вековых разорений под защитой православной державы, так и стеснением национальных чувств.

Период Экзархата отмечен достижениями особенно в образовательной и миссионерской деятельности. В 1817 году была открыта Тифлисская духовная семинария, за которой в 1894 году последовала Кутаисская, а вдобавок к ним – многие епархиальные женские училища и церковно-приходские школы. В 1860-х годах в течение нескольких лет при Экзархате издавался на грузинском языке журнал Грузинский духовный вестник сПрибавлением по-русски, затем выходили на грузинском и русском языках журналы Мцкемси (Пастырь, 1886-1902), Духовный Вестник Грузинского Экзархата (1891-1906), Вестник Грузинского Экзархата (1909-1917). Большую культурно-просветительную деятельность проводило учреждённое при экзархе архиепископе Павле (Лебедеве) Братство Пресвятой Богородицы (с 1897 года – Миссионерское духовно-просветительное братство), издававшее на грузинском и русском языках религиозно-нравственную литературу, организовывавшее религиозно-нравственные чтения, духовные концерты и т.п. Важным событием на грани XIX и XX веков явилось исправление грузинской Библии. Много было сделано на поприще миссионерской деятельности в продолжение трудов известного благовестника Северного Кавказа святого Иоанна Манглисского и Осетинской духовной комиссии, на базе которой в 1860 году возникло Общество восстановления христианства на Кавказе.

При этом внутреннее духовное развитие Экзархата ограничивалось условиями Синодального управления Русской Церкви с его бюрократической опёкой, вмешательством светских властей в церковные дела, стремлением сделать из Церкви орган государственного управления. В Грузии повсеместные трудности усугублялись национальным разделением, которое, при том что после 1817 года все экзархи были русскими, приводило к разладу в церковной жизни из-за незнания последними грузинских традиций и насаждения ими русской церковной практики. Трения наглядно проявились в связи со введением богослужения нацерковнославянском языке и русских песнопений.

Движение за восстановление грузинской автокефалии, которое поддержали как представители духовенства так и видные миряне во главе с князем Илией Чавчавадзе, стало набирать силу в конце XIX столетия. В ходе работы так называемого Предсоборного Присутствия 1906-1907 года, созванного с целью подготовки и изучения проекта предстоящих реформ в Русской Православной Церкви, вопрос об автокефалии встал с новой остротой. С тех пор он не снимался с повестки дня, до тех пор пока свержение монаршей власти в России не сподвигло радетелей об автокефалии к решительным действиям.