3. Систематика и номенклатура микроорганизмов

Систематика (таксономия) бактерий является одним из наиболее важных и сложных разделов микробиологии. Задачами систематики являются классификация, номенклатура и идентификация организмов.

Классификация – распределение множества организмов по группам (таксонам). Любая классификация живых организмов призвана показать степень сходства и предполагаемую эволюционную взаимосвязь (при этом более высокие категории – емкие и широкие, а более низкие – конкретны и ограничены).

Образование и применение научных названий микроорганизмов регламентируют «Международный кодекс номенклатуры бактерий», «Международный кодекс ботанической номенклатуры» (грибы), «Международный кодекс зоологической номенклатуры» (простейшие) и решения Международного комитета по таксономии вирусов. Все изменения научных названий микроорганизмов возможны лишь решениями соответствующих международных конгрессов и постоянных комитетов по номенклатуре.

Наиболее приемлемой филогенетической системой классификации прокариот является система, основанная на сопоставлении последовательности нуклеотидов в 16S-рРНК. Эта система положена в основу 2-го издания многотомной энциклопедии прокариот Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (Руководство по систематике бактерий Берджи), первый том которой вышел в свет в 2001 г. В этом труде все прокариоты разделены на 26 филогенетических «ветвей» (групп) на основании строения их 16S-рРНК; 23 «ветви» представлены эубактериями, а три – архебактериями. Следует подчеркнуть, что большое количество этих филогенетических групп содержат виды прокариот, которые не выделены в виде чистых культур и поэтому еще детально не изучены. Для представителей данных видов известны в настоящее время только последовательности нуклеотидов в 16S-рРНК. Из 23 групп эубактерий две филогенетические группы представлены грамположительными бактериями, остальные группы – грамотрицательными.

Основные таксономические категории

Номенклатура – присвоение названий отдельным группам и видам микроорганизмов.

Для микроорганизмов приняты следующие таксономические категории (по нисходящей): Домен – Царство – Тип (Отдел) – Класс – Порядок – Семейство – Род – Вид.

Названия видов биномиальны (бинарны), то есть обозначаются двумя словами – названия рода и вида: первое определяет их принадлежность к конкретному роду, второе – к виду. Например,Escherichiacoli(кишечная палочка),Staphylococcusaureus(золотистый стафилококк),Streptococcuspyogenes(гноеродный стрептококк).

В микробиологии существуют также более мелкие таксономические единицы: подвид (subspecies), разновидность. Подвиды могут различаться по физиологическим (биовар), морфологическим (морфовар), по антигенным (серовар) свойствам, а также среде обитания (эковар).

В таблице 3 представлены основные таксономические категории для C.tetaniиT.pallidum.

Таблица 3. Основные таксономические категории

Таксономические категории
Домен	Bacteria	Bacteria
Царство	Prokaryotae	Prokaryotae
Тип*	Firmicutes	Gracilicutes
Класс	Firmibacteria	Scotobacteria
Порядок	Clostridiales	Spirochetales
Семейство	Clostridiaceae	Spirochetaceae
Род	Clostidium	Treponema
Вид	tetani	pallidum
* Для таксонов высшего ранга предпочтительно название "Тип" (Phylum), а не "Отдел" (Division)