Раздел 4 «Основные направления проверки налогов и сборов» определяет основные направления проведения проверки по существу:

• действие федерального и регионального законодательства, а также нормативных правовых актов представительных органов муниципальных образований;

• основания возникновения (изменения, прекращения) и порядок исполнения обязанностей по уплате налогов и сборов;

• какие налоги (сборы) должен уплачивать налогоплательщик;

• действие актов законодательства о налогах и сборах во времени;

• проверка порядка исчисления сроков, установленных законодательством о налогах и сборах;

• проверка на соответствие нормативных правовых актов о налогах и сборах НК РФ;

• проверка действия международных договоров по вопросам налогообложения;

• анализ решений, постановлений, определений и т.д. судебных органов, влияющих на организацию налогообложения в Российской Федерации (Конституционный, Высший Арбитражный и Верховный суды);

• проверка режимов налогообложения (обычный, специальные);

• статус налогоплательщика и наличие подтверждающих этот статус документов (резидент / нерезидент, коммерческая организация / некоммерческая организация, бюджетная / внебюджетная, крупнейший налогоплательщик, налогоплательщик / налоговый агент, собственник / посредник, юридическое / физическое лицо и т.д.);

• проверка доходов из различных источников (в РФ, от источников за пределами РФ и т.д.);

• проверка объектов налогообложения по каждому налогу и специальному режиму;

• проверка налоговой базы по каждому налогу и специальному режиму;

• проверка налогового периода по каждому налогу и специальному режиму;

• проверка налоговых ставок по каждому налогу и специальному режиму;

• проверка порядка исчисления по каждому налогу и специальному режиму;

• проверка порядка уплаты по каждому налогу и специальному режиму;

• сроки уплаты по каждому налогу и специальному режиму;

• специальные вопросы, присущие данному налогу и специальному режиму;

• льготы и основания для их использования налогоплательщиком в предусмотренных законодательством случаях;

• анализ особенностей деятельности налогоплательщика, влияющие на процесс налогообложения (сезонность, ритмичность, географическое местонахождение, климатические условия, сегментарность бизнеса, межправительственные соглашения и международные обязательства, специальные решения Правительства РФ и т.д.);

• анализ особенностей организационной структуры налогоплательщика (вхождение в транснациональную и (или) национальную корпорацию, естественную монополию, сеть, холдинг, корпорацию и т.д., наличие филиалов и других обособленных подразделений, наличие оборудованных и необорудованных рабочих мест, место нахождения имущества, осуществление операции не по месту нахождения налогоплательщика и т.д.);

• проверка внутренних регламентов и иных локальных актов налогоплательщика (учредительные документы, решения общих собраний, решения совета директоров и иных органов управления, приказы, включая приказы о внутренних и внешних политиках, распоряжения, указания, положения, инструкции, коллективные договоры и т.д.);

• проверка прав собственности на активы и обязательства налогоплательщика, включая права собственности на товары, работы, услуги;

• проверка взаимозависимости при осуществлении деятельности налогоплательщика, включая договорные обязательства;

• проверка обоснованности ценообразования для целей налогообложения;

• экспертиза операций на предмет их экономического смысла;

• экспертиза цели делового характера деятельности налогоплательщика;

• анализ обоснованности/необоснованности налоговой выгоды;

• анализ возможности реального осуществления налогоплательщиком операций с учетом времени, места нахождения имущества или объема материальных ресурсов, экономически необходимых для производства товаров, выполнения работ или оказания услуг;

• анализ наличия необходимых условий для достижения результатов соответствующей экономической деятельности (управленческий или технический персонал, основные средства, производственные активы, складские помещения, транспортные средства);

• анализ периода создания и деятельности организации (незадолго до совершения хозяйственной операции, «спящая» фирма, разовый характер операций и т.д.);

• проверка ритмичности/неритмичности совершения хозяйственных операций;

• анализ нарушений налогового законодательства в прошлом;

• проверка расчетов по налогам с использованием «проблемного» банка;

• проверка транзитных платежей между участниками взаимосвязанных хозяйственных операций;

• анализ расчетов при использовании посредников при осуществлении хозяйственных операций;

• проверка актов контролирующих органов, решений и постановления судебных органов, решения о неисполнении и (или) отказе от исполнения обязательств, влияющих на процесс налогообложения;

• проверка правильности и своевременности оформления документов, подтверждающих правильность исчисления и своевременность уплаты налогов (первичные документы, регистры, справки, расчеты, пояснения, расшифровки, внутренняя отчетность и т.д.);

• проверка правильности заполнения и оформления бухгалтерской, налоговой, статистической и иной отчетности;

• проверка своевременности сдачи бухгалтерской, налоговой, и иной отчетности в соответствующие адреса;

• экспертиза порядка и сроков урегулирования спорных вопросов с налоговыми органами;

• экспертиза порядка и сроков урегулирования спорных вопросов с таможенными органами;

• экспертиза порядка и сроков урегулирования спорных вопросов с финансовыми органами;

• экспертиза порядка и сроков урегулирования спорных вопросов с правоохранительными органами;

• экспертиза порядка и сроков урегулирования спорных вопросов с другими органами и организациями (государственными, общественными и т.д.);

• экспертиза порядка и сроков урегулирования спорных вопросов в судебных органах;

• анализ особенностей налогообложения в условиях конкурсного производства, процедуры банкротства, реорганизации, ликвидации и т.д.;

• проверка обоснованности, правильности и оформления предъявляемых санкций со стороны налоговых, финансовых и других органов (недоимки, а также пени и штрафы);

• проверка порядка и сроков внесения исправлений, уточнений и корректировок по расчетам, уплате и оформлению документов по налогам;

• проверка списания безнадежных долгов по налогам и сборам;

• проверка отсрочки, рассрочки по уплате налога и сбора, инвестиционного налогового кредита;

• проверка оформления в учете и отчетности порядка и условий применения обеспечения исполнения обязанности по уплате налогов или сборов: залога имущества, поручительства, пени, приостановления операций по счетам в банке и наложения ареста на имущество налогоплательщика;

• проверка зачета или возврата сумм излишне уплаченных налогов, сборов, пеней, штрафов;

• проверка возврата сумм излишне взысканных налогов, сборов, пеней и штрафов;

• проверка отсутствия налоговых и иных правонарушений;

• проверка на соответствие соглашениям и договорам об избежании двойного налогообложения и т.д.

Раздел 5 «Проверка заполнения и представления финансовой отчетности и налоговых деклараций» предполагает проверку предпосылок подготовки финансовой отчетности и налоговых деклараций, а также полноту, точность и сопоставимость данных, и соблюдение установленных сроков ее представления.