Споры за Баварское наследство
В 1503 году умер Лансгут-Баварский герцог Георг Богатый. Не желая, чтобы его владения достались Альбрехту IV Баварско-Мюнхенскому, он незадолго до смерти сделал завещание, в котором наследником сделал Рупрехта Пфальцского, женатого на его дочери Елизавете. Однако Максимилиан в своё время подписал договор с Альбрехтом, которому гарантировал наследование Лансгута. В итоге Альбрехт начал войну против Рупрехта, занявшего Лансгут от имени жены. Альбрехт обосновывал свои права тем, что в Германии наследование владений по женской линии нарушает существующие законы. Все попытки Максимилиана уладить конфликт миром успехом не увенчались.
В разгоревшейся войне за Лансгутское наследство Максимилиан встал на сторону Альбрехта, мужа своей сестры. Он объявил Рупрехта вне закона, что только раздуло конфликт. Рупрехта поддержал отец, курфюрст Пфальца Филипп, а также король Чехии. Война шла с переменным успехом, опустошая затронутые территории. В августе 1504 года в битве при Лансгуте погиб Рупрехт. Однако мир наступил только в сентябре после того, как в битве при Венценбахе (около Регенсбурга) армия под руководством Максимилиана разбила пфальцско-чешские войска, причем Максимилиан, чудом избежавший гибели, проявил себя как храбрый воин.
Итогом войны стало то, что Альбрехт IV объединил в своих руках Баварские земли. Максимилиан при этом присоединил к своим владениям часть Тироля, прежде принадлежавшую Баварии (Куфштейн, Раттенберг, Китцбюель, Циллерталь, а также область вокруг Мондзее). Это завершилось складывание ядра Австрийской державы Нового времени.
Ещё раз Максимилиану пришлось вмешаться в баваские дела после смерти Альбрехта IV в 1508 году. Незадолго до смерти Альбрехт издал новый закон о наследовании баварских земель по праву первородства. Опасаясь конфликтов между сыновьями, вдова Альбрехта Кунигуда обратилась к брату, чтобы он изменил закон, разрешив наследование и младшим сыновьям, что Максимилиан и сделал. Однако в итоге оба младших сына детей не оставили.
Реформы Максимилиана I
Правление Максимилиана имело большое значение для развития Австрийского государства. Эрцгерцог развернул широкую программу преобразования системы государственного управления страны. Уже в 1493 году австрийские земли были поделены на два округа: Верхнюю Австрию (Тироль и Передняя Австрия) и Нижнюю Австрию (Австрия, Штирия, Каринтия, Крайна). В каждой из частей было создано отдельное правительство, включающее наместника, назначаемого эрцгерцогом, и его советников. В Вене организовали единое для всех земель казначейство (позднее перенесено в Инсбрук) и счётное управление. В 1498 г. Максимилиан создал целую систему высших органов управления: Надворный совет (высший административный и судебный орган), Надворную палату (высший фискальный и финансовый орган) и Надворную канцелярию (внешние сношения и законотворческая деятельность). Были также объединены военные ведомства всех австрийских земель. В результате была организована новая, централизованная система государственного управления и заложена основа объединения родовых габсбургских владений в единое Австрийское государство.
Реформы Максимилиана I вызвали, однако, сопротивление сословий. В 1502 году на едином ландтаге нижнеавстрийских земель дворянство выступило резко против централизаторских стремлений эрцгерцога. Максимилиан, испытывающий острую нужду в финансовых средствах на ведение войн с турками и в Италии, был вынужден пойти на уступки и восстановить судебные права сословий. В 1518 году в состав Придворного совета были включены представители ландтага. Таким образом, административные реформы не были завершены, однако они способствовали укреплению государственной власти в Австрии и позволили в дальнейшем создать эффективную бюрократическую систему.