Действие третье.
Картина первая. Любовь к Фаусту принесла Маргарите тяжкие страдания. Много дней провела она в одиночестве, ожидая любимого, но напрасно: Фауст её покинул. Весь город насмехается над обманутой девушкой. Только Зибель по-прежнему верен ей; утешая несчастную, он даёт клятву жестоко отомстить Фаусту. Слова юноши пугают Маргариту: неверный возлюбленный ей всё ещё дорог, и она предпочитает мести молитву.
Картина вторая. Суровые, мрачные звуки органа. Здесь, в Божьем храме, Маргарита пытается облегчить молитвой свою душу. Но в ответ слышит страшные слова Мефистофеля: "От неба ты отпала и аду предана!". Маргарита в смятении. До неё доносятся голоса адских духов. Силы покидают бедную девушку, и она падает без чувств.
Картина третья. Улица перед домом Маргариты. Под звуки торжественного марша возвращаются с войны солдаты. Среди доблестных воинов - Валентин. Он счастлив, что вернулся в родной город, рад встрече с друзьями. Но почему Зибель отказывается войти к нему в дом и просит быть добрее к Маргарите? Оставив друга, Валентин спешит к любимой сестре. К дому Маргариты подходят Фауст и Мефистофель. Юношу терзают угрызения совести: это он обесчестил священный приют Маргариты, принёс в её дом стыд и позор. Мефистофель издевается над его чувствами. Приглашая Маргариту на свидание с любимым, сатана исполняет саркастическую, насмешливую серенаду.
Взбешенный дьявольским хохотом, выбегает Валентин. Шпага сверкает в его руке: соблазнитель Маргариты должен быть наказан! Но в этом поединке Фаусту ничто не угрожает. О его безопасности позаботится Мефистофель. Недолго продолжается борьба. Фауст наносит Валентину смертельный удар и, увлекаемый Мефистофелем, скрывается. Вокруг умирающего собирается толпа. Маргарита пытается облегчить страдания брата, но он с негодованием отстраняет её. Валентин проклинает сестру и предсказывает ей позорную смерть.
Действие четвёртое.
Картина первая. Маргарита лишилась рассудка: в минуту отчаяния она умертвила своего новорождённого ребёнка. Безумная объявлена преступницей и заключена в тюрьму. Её ждёт казнь. Никем не замеченные, в темницу пробираются Фауст и Мефистофель. Девушку можно спасти лишь до наступления рассвета - пока спит стража. Фауст нежно окликает Маргариту. Узнав голос любимого, она приходит в себя. Отныне ей нечего страшиться: Фауст уведёт её отсюда, спасёт от смерти. Оба счастливы. Обеспокоенный Мефистофель торопит Фауста: скоро утро. Но вновь сражённая душевным недугом, Маргарита отказывается идти с ними: её пугают глаза сатаны, зло светящиеся во мраке. Заслышав приближение стражи, Мефистофель и Фауст скрываются.
Картина вторая. Глухое, скалистое место в горах. Сюда в Вальпургиеву ночь собрались ведьмы, чтобы отпраздновать свой шабаш. Покорный воле Мефистофеля, на праздник злых духов пришёл Фауст. Мрачный пейзаж, ужасающие чудовища пугают его. Тогда Мефистофель в мгновение ока меняет картину: роскошно убран стол, пируют весёлые куртизанки... За чашей вина Фауст отвлекается от мрачных мыслей. Но не надолго. В его воображении возникает далёкий нежный образ Маргариты. Не желая больше находиться под властью сатаны, Фауст бежит прочь. Любовь преследует его...