Церковная политика
Устранение политической опасности со стороны католиков и ультра-протестантов позволило Якову VI перейти к претворению в жизнь собственных представлений о месте церкви в государстве. К середине 1590-х годов доктрина Эндрю Мелвилла о «двух царствах», предполагающая фактическое подчинение государственной власти пресвитерианской церкви, получила широкое признание в Шотландии. Епископы полностью лишились власти, духовенство перестало принимать участие в парламентах, а генеральные ассамблеи шотландской церкви все больше вмешивались в дела государства. Торжество пресвитерианской модели управления было зафиксировано статутом 1592 г.
С 1596 года король постепенно начал усиливать свою власть в церковных вопросах. Манипулируя временем и местом созывов генеральных ассамблей и используя политическое давление, Яков VI смог добиться признания за королем права назначения пасторов в важнейшие приходы и восстановить участие епископов в парламенте страны. В 1604 году король отказался созвать генеральную ассамблею церкви, а несколько делегатов, пытающихся без королевской санкции возобновить заседания, были арестованы. Выступивший в защиту прав церковнослужителей Эндрю Мелвилл был в 1606 году брошен в Тауэр. Следующим шагом стала реставрация роли епископата. Законом 1606 года епископам были возвращены земельные владения и ренты, секуляризованные в период протестантских реформ, а также полномочия по контролю над синодами и пресвитериями.
Восстановление значения епископата, однако, не повлекло за собой изменений в полномочиях приходских собраний и пресвитерий, верховным органом церковной администрации осталась генеральная ассамблея, правда, более зависимая от короля, чем прежде. В результате сложилась система так называемого «якобитского компромисса», позволившая примирить враждующие группировки и обеспечить усиление влияния короля в церковных вопросах.
Расписанный Рубенсом потолок Банкетного зала со сценами из жизни короля Якова.
В конце своего правления, во многом благодаря английскому влиянию, Яков VI приступил к доктринальным реформам в шотландской церкви. В 1617 году король предложил для утверждения генеральной ассамблее «Пять статей», предполагающих введение в пресвитерианскую литургию элементов англиканства. Эти предложения (особенно введение коленопреклонения при причастии) вызвали мощное возмущение шотландского духовенства. Генеральная ассамблея отказалась утвердить статьи. Лишь в 1621 году путём манипуляций с выборами и прямого давления на делегатов удалось добиться одобрения «Пяти статей» парламентом. Литургические реформы Якова VI привели к складыванию в Шотландии новой оппозиции королю и в значительной мере свели на нет успехи в сфере организационного переустройства церкви. Осознавая крах своей литургической политики, Яков VI не стал настаивать на решительном внедрении в жизнь «Пяти статей» и отказался от продолжения церковных реформ.
Социально-политические результаты правления в Шотландии
За время своего долгого правления в Шотландии Якову VI, благодаря сочетанию решительности в установлении королевской власти и готовности к компромиссам, удалось вывести страну из периода затяжного религиозно-политического кризиса и обеспечить сорокалетний период мира и спокойствия. Король старался аппелировать непосредственно к народу Шотландии, разрывая традиционные феодальные связи. Междоусобицы и дуэли были запрещены, злоупотребления баронов решительно пресекались. Была существенно реформирована судебная система, а в 1606 году создан институт мировых судей. Одновременно на государственную службу в беспрецедентных масштабах привлекались представители среднего класса. Рыцарские звания, секуляризованные земли и графские титулы распределялись, в основном, среди талантливых выходцев из мелкого дворянства и горожан, создавая новую опору для королевской власти. Не прибегая к репрессиям, Яков VI полностью ликвидировал почву для аристократических переворотов и сделал короля действительно над-фракционной фигурой, обеспечивающей единство нации.
Якову VI удалось также обеспечить включение в общую систему государственной власти полу-автономных горских регионов западной Шотландии. Одним из важнейших направлений королевской политики в этой сфере стало массовое переселение шотландцев из равнинных регионов на Гебридские острова, в Аргайл и, что имело наибольшее значение, в Ольстер. В то же время королевской власти были подчинены вожди горских кланов (экспедиция лорда Охилтри на Гебриды в 1608 г. и подписание Статута Ионы в 1609 году, подавление мятежей Макдональдов в 1614—1615 годах, разгром клана Макгрегоров в 1610 году). При этом Яков VI в борьбе за подчинение горских регионов продолжал политику своих предшественников и опирался на несколько наиболее преданных королю кланов (Кэмпбеллы, Макензи). В 1611—1615 годах была ликвидирована автономия Оркнейских островов.
Яков VI также поощрял торговлю и местное сельскохозяйственное производство. Именно на период его правления приходится возникновение в Шотландии сахарной и стекольной промышленности, рывок в производстве сукна из шерсти и льна, угледобычи и солеварения, ориентированных на экспорт, прежде всего в Англию, торговля с которой в условиях объединения корон стала практически беспошлинной. К концу правления Якова VI уровень жизни в стране значительно повысился.
Показательной чертой политики Якова VI стала первая попытка основания шотландской колонии в Америке. В 1621 году король даровал Уильяму Александеру, графу Стерлингскому, права на основание колонии «Новая Шотландия» на побережье современной Канады. В рамках кампании по привлечению колонистов был даже учрежден новый дворянский титул баронета. Первые колонисты прибыли в Новую Шотландию в 1622 году, позднее у французов был отнят Порт-Роял, ставший центром колонии. Однако в 1632 году шотландские приобретения в Канаде были переданы Франции. (Смотри также Колонии Шотландии)