- •Биофизическая химия Сборник примеров и задач
- •Оглавление
- •Введение
- •1. Термодинамическое описание биохимических реакций
- •1.1. Расчёт изменения свободной энергии химических реакций
- •1.2. Практические расчёты при описании биохимических реакций
- •Примеры решения задач
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •2. Стехиометрические расчёты биотехнологических процессов
- •2.1. Стехиометрия и материальный баланс микробиологических процессов
- •2.2. Расчёт выхода биомассы на субстрат (источник углерода)
- •Значения γs и максимальные теоретические значения выхода биомассы для различных субстратов
- •Оценка теплового эффекта и свободной энергии некоторых процессов биосинтеза
- •Задачи для самостоятельного решения
- •Данные для решения задачи 1
- •Данные для решения задачи 2
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •3. Ферментативная кинетика и катализ
- •3.1. Общая характеристика ферментов
- •3.2. Кинетическое описание ферментативных процессов
- •3.3. Различные типы координат, используемые для графического решения уравнения Михаэлиса–Ментен
- •3.4. Интегральная форма уравнения Михаэлиса–Ментен
- •3.5. Ингибирование ферментативных реакций
- •Кинетические схемы, основные формулы различных ферментативных процессов
- •Примеры решения задач
- •Задачи для самостоятельного решения
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •Заключение
- •Приложение 1
- •Приложение 2 Константы диссоциации аминокислот, органических кислот и оснований
- •Константы диссоциации различных соединений при 25 °с
- •Приложение 3 Элементарный состав сухой биомассы микроорганизмов
- •Элементарный состав сухой биомассы микроорганизмов
- •Элементарный состав и восстановленность сухой биомассы микроорганизмов, выращенных в условиях непрерывного культивирования
- •Элементный состав и восстановленность сухой биомассы микроорганизмов различных типов дрожжей, выращенных в условиях непрерывного культивирования при лимитировании роста субстратом
- •Список литературы
- •Суясов Николай Александрович
Примеры решения задач
Пример 1. Определите ΔG0(СО2), если известно, что при насыщении воды газовой смесью с Р(СО2) = 0,05 атм активность углекислого газа в растворе составляет 5,310–4 моль/моль, а ΔĞ0(СО2) = –382,9 кДж/моль (Т = 25 0С).
Решение. Исходя из условий задачи можно записать уравнение, которое соответствует ΔĞ0(СО2):
,
тогда:
;
=
–394348,78 [Дж/моль].
Ответ:
Дж/моль
= –394,35 кДж/моль.
Пример 2. а) Рассчитайте, может ли при 300 К самопроизвольно (ΔĞ' < 0) протекать реакция
глюкозо-6-фосфат
+ H2O
при физиологических концентрациях (глюкоза – 0,01 моль/л, НРО42– – 0,003 моль/л, глюкозо-6-фосфат – 0,005 моль/л), если известно, что рН 7,0, а Ка диссоциации Н3РО4 составляют: для первой ступени – 10–2,1, для второй – 10–7,2, для третьей – 10–12,4; Ка1(глюкозо-6-фосфат) = 10–1,21, Ка2(глюкозо-6-фосфат) = 10–6,24. Для реакции
глюкозо-6-фосфат
+ H2O
ΔĞ0 = 13,4 кДж/моль.
б) При каких условиях в расчётах необходимо было бы учитывать диссоциацию аниона НРО42–.
Решение. а) Необходимо рассчитать ΔĞ' для реакции:
глюкозо-6-фосфат
+ H2O
,
где
– поправка на реакцию аниона НРО42–
(поскольку
анион слева, то поправка принимается с
отрицательным знаком);
– поправка на диссоциацию глюкозо-6-фосфат;
– поправка на физиологические
концентрации.
;
=
–26949,3 Дж/моль;
;
=
–33199,3 Дж/моль;
;
=
22768,5 Дж/моль;
;
=
29918,5 [Дж/моль],
следовательно, данная реакция не может протекать самопроизвольно при рассматриваемых условиях.
б) Диссоциацию аниона НРО42– необходимо было бы учитывать при значениях рН, близких к 12 – 13, так как при рН 7,0
.
Однако настоящая реакция не реализуема при сильнощелочных средах.
Ответ: а) самопроизвольно реакция протекать не будет;
б) диссоциацию аниона необходимо учитывать только при сильнощелочных средах.
Задачи для самостоятельного решения
При решении задач используйте данные, приведённые в приложении 1 и 2.
Задача 1. Рассчитайте растворимость водорода в воде, если известно, что ΔĞ0(Н2) составляет 10,8 кДж/моль (Т = 25 0С).
Задача 2. Рассчитайте растворимость азота в воде, если известно, что ΔĞ0(N2) составляет 28,1 кДж/моль (Т = 25 0С).
Задача 3. Рассчитайте ΔG0(O2), если известно, что растворимость кислорода в воде при 25 0С составляет 7,63 мг/л (Р(О2) = 1 атм).
Задача 4. Определите ΔG0(СН4), если известно, что при 30 0С активность метана в насыщенном растворе составляет 23,3·10–6 моль/моль, а ΔĞ0(СН4) = –23,9 кДж/моль.
Задача 5. Рассчитайте ΔG0, ΔĞ0, ΔĞ' для реакции в водном растворе:
,
если известно, что:
|
Параметр |
R1NH3+ |
R2COOH |
R1NHCOR2 |
H2O |
|
ΔG0обр., кДж/моль |
316,0 |
–600,7 |
–703,1 |
–237,0 |
|
анас.р-ра |
9,7 |
14,4 |
4,9 |
- |
|
pKa |
- |
3,8 |
- |
- |
|
Физиологические концентрации, моль/л |
0,009 |
0,16 |
0,044 |
- |
Задача
6. Рассчитайте
ΔG0,
ΔĞ0,
ΔĞ' для реакции в водном растворе:
,
если известно, что:
|
Параметр |
R1NH2 |
R2COOH |
R1NHCOR2 |
H2O |
|
ΔG0обр., кДж/моль |
316,0 |
–600,7 |
–703,1 |
–237,0 |
|
анас.р-ра |
9,7 |
14,4 |
4,9 |
- |
|
pKa |
- |
3,8 |
- |
- |
|
Физиологические концентрации, моль/л |
0,009 |
0,16 |
0,044 |
- |
Задача 7. Рассчитайте ΔG0, ΔĞ0, ΔĞ' для реакции в водном растворе:
,
если известно, что:
|
Параметр |
R1NH3+ |
R2COOH |
R1NHCOR2 |
H2O |
|
ΔG0обр., кДж/моль |
–354,5 |
–437,2 |
–581,4 |
–237,0 |
|
анас.р-ра |
11,3 |
10,6 |
3,8 |
- |
|
pKa |
- |
3,0 |
- |
- |
|
Физиологические концентрации, моль/л |
3·10–2 |
0,2 |
0,035 |
- |
Задача 8. Рассчитайте ΔG0, ΔĞ0, ΔĞ' для реакции в водном растворе:
,
если известно, что:
|
Параметр |
R1NH2 |
R2COOH |
R1NHCOR2 |
H2O |
|
ΔG0обр., кДж/моль |
–354,5 |
–437,2 |
–581,4 |
–237,0 |
|
анас.р-ра |
11,3 |
10,6 |
3,8 |
- |
|
рКа |
- |
3,0 |
- |
- |
|
Физиологические концентрации, моль/л |
3·10-2 |
0,2 |
0,035 |
- |
Задача 9. а) Одна из стадий цикла лимонной кислоты может быть описана следующим уравнением:
.
Рассчитайте ΔĞ0' для этого процесса, учитывая поправку на диссоциацию пирувата, если известно, что для этой реакции ΔĞ = 2,30 кДж/моль (концентрации компонентов 1 моль/л, Р(газов) = 1 атм, Н2О как компонент не учитывать), рН 7,0, t = 30 0С, активность растворённых веществ а = 1, Р0'(СО2) = 0,05 атм, учитывая, что аэрирование осуществляется смесью с Р(О2) = 0,25 атм, растворимость кислорода – 7,63 мг/л.
б) Рассчитайте, как изменится ΔĞ0' этого процесса при снижении рН до 6,0. Предположите, можно ли регулировать этот процесс варьированием рН, какие могут быть ограничения.
Задача 10. а) Дрожжи рода Saccharomyces в аэробных условиях (в присутствии О2) способны окислять глюкозу до СО2, в то время как в анаэробных условиях осуществляется спиртовое брожение. Рассчитайте (на 1 моль глюкозы) ΔĞ0, ΔĞ0' (условия: t = 30 0С, а (растворённых веществ) = 1, Р0'(СО2) = 0,05 атм) для обоих процессов, учитывая, что аэрирование осуществляется смесью с Р(О2) = 0,3 атм, растворимость кислорода – 7,63 мг/л;
б) В каком из двух случаев и во сколько раз будет использовано большее количество глюкозы на конструктивный обмен (анаболизм), где будет больший прирост дрожжевой биомассы? Ответ обоснуйте.
Задача 11. а) Фосфорилирование глюкозы в гликолизе может быть описано следующим уравнением:
глюкозо-1-Ф2–
+ H2O.
Рассчитайте ΔĞ0' для этого процесса, учитывая поправку на реакцию аниона, если известно, что для реакции:
глюкозо-1-Ф2–
H+2
+ H2O.
ΔĞ = 2,30 кДж/моль (концентрации компонентов = 1 моль/л, Р(газов) = 1 атм, Н2О как компонент не учитывать), рН = 7,0, t = 30 0С, а (растворённых веществ) = 1;
б) Объясните, почему при расчётах поправкой на диссоциацию НРО42– можно пренебречь (доказать).
Задача 12. а) В результате гетероферментативного кисломолочного сбраживания глюкозы помимо молочной кислоты (CH3CHOHCOOH) может образовываться спектр различных продуктов. Так, в случае бифидобактерий выделяется также уксусная кислота, а при сбраживании глюкозы культурой Leuconostoc mesenteroides помимо целевого продукта выделяется этанол и углекислый газ. Рассчитайте (на 1 моль глюкозы) ΔĞ0, ΔĞ0' (условия: t = 37 0С, а (растворённых веществ) = 1, Р0'(СО2) = 0,05 атм) для обоих процессов;
б) Сравните ΔĞ0 для обоих процессов, обоснуйте разницу с точки зрения статистического смысла энтропии.
Задача
13. а) Сравните
КПД
получения АТФ из глюкозы при биохимических
условиях, если известно, что при
гомоферментативном молочнокислом
брожении из одного моль С6Н12О6
образуется 2 моль АТФ, а при аэробном
окислении глюкозы (в присутствии О2)
– 38 моль АТФ. Процессы протекают при t
= 30 0С,
рН 7,0, ΔG0
(брожение глюкозы) = –230,5 кДж/моль,
ΔG0(аэробное
окисление глюкозы) = –2872,0 кДж/моль,
Р(СО2)
= 0,05 атм, аэрирование осуществляется
кислородом воздуха с объёмной долей О2
21 %, растворимость кислорода равна 8
мг/л.
ΔĞ'гидролиз АТФ = –33,5 кДж/моль.
б) Как изменится ΔĞ'обр. АТФ при молочнокислом брожении?
Задача 14. а) Определите максимальное количество глюкозы, которое может быть получено из СО2 и воды за счет энергии гидролиза 1 моль АТФ при физиологических условиях (РСО2 = 0,05 атм; растворимость СО2 = 5,3·10-4 моль/л; Сглюкоза = 0,01моль/л; рН = 7,0; t = 30 0C; ΔĞ'гидролиз АТФ = –33,5 кДж/моль);
б)
Рассчитайте поправку к процессу гидролиза
АТФ (
).
Задача 15. а) Определите константу диссоциации фосфоенолпирувата
![]()
при биохимических условиях, если известно, что для реакции
![]()
ΔĞ0= –55,6 кДж/моль, рН 7,0, t = 30 0С;
б) Какое влияние на равновесие данной системы окажет понижение рН, какие существуют ограничения по использованию кислотности среды для регулирования процесса?
