Принятие Соборного Уложения
Волнения и мятежи, жалобы на неправый суд и лихоимство побудили царя всерьез заняться составлением нового свода законов, в котором было бы собрано все лучшее из прежнего беспорядочного российского законодательства. 3 октября 1648 года Соборное Уложение (свод законов) было готово. Уложение узаконило смертную казнь через сожжение богохульникам, еретикам. Смертная казнь полагалась также покушавшимся на жизнь государя, изменникам, бунтовщикам и незаконным соискателям престола. Обвиненного в воровстве подвергали пытке, чтобы узнать, не украл ли он еще чего-нибудь. Воровавшему впервые отрезали ухо и секли плетью. За второе воровство отсекали второе ухо и сажали на два года в тюрьму. Страшное наказание ожидало жену, убившую своего мужа: ее живую закапывали в землю по шею и держали таким образом до самой смерти. Еще более ужасное наказание ожидало фальшивомонетчиков: им заливали горло расплавленным металлом.
Воссоединение с Украиной
Царствование Алексея Михайловича ознаменовалось важным событием - воссоединением Украины, входившей большей частью в Речь Посполитую, с Россией.
1 октября 1653 года Земский Собор принял решение объявить войну Польше за оскорбление веры и царской чести, а 8 января 1654 года на Переяславской Раде было принято решение о добровольном воссоединении Украины с единоверной Россией.
Польская война началась успешно для Москвы: в 1654 году был взят Смоленск, а на следующий год Вильно, Ковно и Гродно. В довершение всех несчастий для Польши в войну против нее вступила Швеция. Шведы овладели Познанью, Варшавой, Краковом. Польша находилась на краю гибели. Русские были недовольны усилением Швеции. Недовольна была и католическая Австрия, не желавшая, чтобы единоверная с ней Польша попала в руки иноверцев. Ее послу удалось убедить бояр и царя в том, что шведский король имеет тайные замыслы против России, и в июле 1656 года Алексей Михайлович двинул на Швецию русское войско. Эта война не принесла России успеха.
Одновременное ведение двух больших войн привело к полному истощению государственной казны. Чтобы пополнить ее, правительство решило пустить в оборот вместе с серебряными деньгами медные деньги с одинаковым курсом. Через некоторое время медные деньги не только резко упали в цене, но их введение привело в 1662 году к так называемому "медному бунту". После его усмирения медные деньги были уничтожены и в обращение снова пущены серебряные.
Церковный раскол
Царствование Алексея Михайловича по времени совпадает с церковным расколом. Проводимая патриархом Никоном реформа с целью исправления ошибок в церковных книгах, в написании икон и приведении богослужения в соответствие с канонами греческой веры вызвала бурный протест раскольников-старообрядцев. Они отказывались принимать исправленные книги, почитать четырехконечный крест, креститься тремя пальцами, писать имя "Иисус" вместо "Исус" и т. д. Раскол дал толчок новым волнениям. Во многом этому способствовал и сам патриарх Никон, человек резкий и деспотичный. Возвысившийся при Алексее Михайловиче и пользующийся доверием религиозного царя, патриарх попытался поднять духовную власть на уровень светской. Понадеявшись на силу церкви и свое собственное влияние, он вступил в борьбу с самим царем, обвинив царя в пренебрежении к церкви, патриарху и его реформе. Опасаясь, как бы "второй великий государь" не затмил его царскую власть, Алексей Михайлович созвал в 1666 году церковный Собор, на котором Никон был лишен патриаршества. Он был сослан в Ферапонтов монастырь, а затем в Кирилло-Белозерский.
В ходе церковного раскола образовалось два направления: старообрядческое и никонианское. Протопоп Аввакум, главный вдохновитель борьбы старообрядцев, в 1682 году был сожжен вместе со своими соратниками на костре. За долгие годы, проведенные им в земляной тюрьме, он написал книгу "Житие".