
- •Регуляция экспрессии генов
- •Регуляция экспрессии генов
- •Зачем нужна регуляция
- •В клетках содержатся тысячи различных белков, которые кодируются разными генами и представлены в
- •Регуляция экспрессии генов у прокариот
- •Экспрессия некоторых генов зависит от специфических ингибиторов, обычно это конечные продукты биосинтеза. Бактериальные
- •Не зависимо от системы регуляции, возможен негативный и позитивный контроль экспрессии генов.
- •Индуцибельная система метаболизма лактозы у E. coli
- •У E. coli lac оперон содержит 3 структурных гена: lacZ, lacY, и lacA,
- •Структурные гены lac оперона транскрибируются одной mRNA, которая затем транслируется в три фермента.
- •Жакоб и Моно предположили, что репрессор связывается с последовательностью ДНК оператора, ингибируя РНК-
- •Для объяснения механизмов регуляции экспрессии структурных генов оперонная модель использует взаимодействие молекул. В
- •Принцип жизни бактерии – экономия
- •Белок-репрессор Lac-оперона
- •Ген lacI оказывает отрицательный контроль над опероном, производя аллостерический репрессор, который может подавлять
- •Когда репрессор связывается с регионом оператора, он ингибирует РНК-полимеразу после того, как она
- •Когда лактоза присутствует, то она косвенно индуцирует активацию генов, связываясь с репрессором, который
- •Конститутивные мутации нарушают эти молекулярные взаимодействия, что приводит к непрерывной транскрипции структурных генов.
- •В мутанте lac I-, белок-репрессор меняется и не может связываться с оператором, поэтому
- •В мутанте lac O– нуклеотидная последовательность ДНК оператора меняется, что не позволяет связываться
- •В мутанте lac IS репрессор не может взаимодействовать с индуктором лактозой. В результате,
- •САР-белок: позитивный контроль lac-оперона
- •Механизм катаболической репрессии.
- •Глюкоза является предпочтительным источником сахара для E. сoli по сравнению с лактозой. В
- •В присутствии глюкозы уровень цАМФ снижается, CAP-AMP комплексы не образуются, и транскрипция не
- •Фермент аденилатциклаза катализирует образование цАМФ из АТФ.
- •Репрессибельная система метаболизма триптофана
- •Модель регуляции триптофанового оперона – в норме репрессор инактивирован и не может взаимодействовать
- •Структура trp-оперона включает 5 смежных генов (trp E, D, C, B, A) которые
- •В дополнение к репрессору, промотору, оператору и структурным генам триптофановый оперон (trp) содержит
- •В отсутствие триптофана, репрессор неактивен и не может связываться с оператором, что позволяет
- •Когда триптофан присутствует, то он функционирует как корепрессор путем связывания с репрессором.
- •Аттенуация
- •Регуляция транскрипции
- ••Смысл сложной регуляции у эукариот – в «точной настройке».
- •Регуляция экспрессии эукариотических генов может происходить на разных уровнях:
- •Регуляторные элементы, факторы транскрипции и эукариотические гены
- •Промоторы
- •Кроме того, для инициации транскрипции важны проксимальные элементы. Один из них – СААТ-бокс
- •Многие промоторы эукариот содержат CAAT и GC боксы.
- •Промотор содержит несколько элементов, в том числе GC, СААТ и ТАТА боксы.
- •Энхансеры
- •Как энхансеры контролируют транскрипцию, находясь на расстоянии от промотора и сайта инициации транскрипции?
- •Энхансеры расположены вдали от промоторов и состоят из доменов (кластеров аминокислот, выполняющих определенную
- •Факторы транскрипции
- •Экспрессия эукариотических генов находится под контролем регуляторных элементов, расположенных в непосредственной близости от
- •Структурные мотивы факторов транскрипции
- •Один мотив, содержащий ДНК-связывающий домен активатора белков, это спираль-виток-спираль (HTH). Три α-спирали, разделенных
- •Другой мотив, содержащий ДНК-связывающий домен активатора белков, это цинковый палец, который содержит аминокислоты
- •Лейциновая молния (лейциновые ножницы) представляет собой белок, димер, сформированный между остатками лейцина в
- •Кроме ДНК-связывающих доменов факторы транскрипции содержат домены, активирующие транскрипцию. Они состоят из 30-100
- •Сборка транскрипционного комплекса
- •В области промотора происходит сборка и других факторов транскрипции, взаимодействующих в определенном порядке.
- •На этом этапе транскрипция происходит на очень низком базальном уровне. На конечной стадии
- •TATA-box
- ••Кроме транскрипционных факторов, существуют еще регуляторные белки
- •Регуляторные Промотор участки
- •Посттранскрипционная регуляция экспрессии генов
- •Пре-мРНК, содержащие двенадцать экзонов, могут быть соединены в различных комбинациях для создания различных
- •Альтернативный сплайсинг
- •Альтернативный сплайсинг гена SLO.
- •Ген Dscam у Drosophila, участвующий в сцеплении между нейронами, содержит 4 кластера экзонов,
- •Конформация хроматина, метилирование ДНК и экспрессия генов
- •При этом специальные белки разрушают нуклеосомы, удаляя гистоны и освобождая ДНК. У дрожжей

В мутанте lac IS репрессор не может взаимодействовать с индуктором лактозой. В результате, репрессор всегда связан с оператором и структурные гены постоянно репрессированы.
САР-белок: позитивный контроль lac-оперона
Если в среде достаточно лактозы и глюкозы, то клетке выгоднее использовать готовую глюкозу. В присутствии глюкозы репрессию или экспрессию lac-оперона обеспечивает катаболит- активирующий белок (CAP, catabolite-activating protein). Ингибирование лактозного оперона или катаболитная репрессия происходит в случае предпочтения клеткой глюкозы, когда lac- оперон не активируется даже в присутствии лактозы
Когда lac-репрессор связывается с индуктором, происходит активация lac-оперона, РНК-полимераза связывается с промотором, локализованным с 5’конца структурных генов, и начинается их транскрипция. В пределах lac-оперона промотор локализован между геном I и оператором О. Оказалось, что для эффективного связывания РНК-полимеразы с промотором требуется белок САР.
Механизм катаболической репрессии.
В отсутствие глюкозы САР облегчает связывание РНК- полимеразы с промотором и транскрипцию, т.е. наблюдается позитивный контроль. Для максимально эффективной транскрипции нужно, чтобы репрессор связывался с лактозой (нет репрессии оперона), а САР связывался с САР- связывающим сайтом.
Какова роль глюкозы в ингибировании связывания САР? Такое связывание зависит от циклоаденозинмонофосфата
цАМФ. Перед связыванием с промотором САР образует комплекс с цАМФ, уровень которого зависит от активности фермента аденилатциклазы (АТФ – цАМФ). Поэтому САР назыают также АМФ-рецепторным белком (CRP) с соответствующим названием гена.
Глюкоза ингибирует активность аденилатциклазы, снижая его концентрацию. Из-за этого связывание САР с цАМФ затруднено, и позитивный контроль нарушается. Катаболитная репрессия энергетически выгодна для клетки, она наблюдается и для других индуцибельных оперонов, участвующих в метаболизме галактозы и арабинозы.

Глюкоза является предпочтительным источником сахара для E. сoli по сравнению с лактозой. В отсутствие глюкозы уровень циклического аденозин монофосфата (цАМФ) увеличивается, в результате чего формируется CAP-cAMP комплекс, который связывается с CAP сайтом промотора, стимулируя транскрипцию.
Continue

В присутствии глюкозы уровень цАМФ снижается, CAP-AMP комплексы не образуются, и транскрипция не стимулируется.
Это называется катаболитной репрессией.

Фермент аденилатциклаза катализирует образование цАМФ из АТФ.
Активность аденилатциклазы ингибируется глюкозой.
Таким образом, уровень цАМФ падает, когда уровень глюкозы растет.
Репрессибельная система метаболизма триптофана
уE. coli
В1953 г. был открыт репрессибельный оперон триптофансинтетазы у E. coli. Если в среде достаточно триптофана, то ферменты его синтеза не продуцируются.
Вбиосинтезе триптофана участвует ряд ферментов, кодируемых 5 генами, локализованными по соседству на хромосоме. Эти гены – часть одного оперона, и в присутствии триптофана репрессируются.
Модель регуляции триптофанового оперона – в норме репрессор инактивирован и не может взаимодействовать с операторной областью оперона. Молекулы репрессора аллостерические и могут связываться с триптофаном.
В присутствии триптофана комплекс репрессор-триптофан приобретает новую конформацию и связывается с оператором, репрессируя транскрипцию, при наличии конечного продукта – триптофана оперон репрессирован, и ферменты не синтезируются.
Эта репрессибельная система находится под негативным контролем, поскольку регуляторный комплекс молекул репрессирует транскрипцию структурных генов. Триптофан – корепрессор, т.к. входит в состав регуляторного комплекса и участвует в репрессии оперона.
Структура trp-оперона включает 5 смежных генов (trp E, D, C, B, A) которые транскрибируются в виде полицистронной иРНК с последующей трансляцией ферментов, участвующих в биосинтезе триптофана.
Как и в lac-опероне, промотор имеет сайт связывания с РНК- полимеразой и оператор, связывающийся с репрессором. Если связывания не происходит, то транскрипция начинается с
перекрывающихся последовательностей trpP-trpO, продолжаясь вдоль лидерной последовательности и последовательности, кодирующей первый структурный ген trpЕ.
Лидерная последовательность имеет другой регуляторный элемент
– аттенуатор – интегральную часть контролирующего механизма триптофанового оперона.

В дополнение к репрессору, промотору, оператору и структурным генам триптофановый оперон (trp) содержит лидерную и аттенуаторную последовательности.