Типы геномных карт

Карты генома с разным уровнем разрешения

гены

физическая карта с низким уровнем разрешения (сегменты дифференциальной окраски)

упорядоченные маркеры

генетическая карта (карта генетического сцепления)

перекрывающиеся клоны

рестрикционная карта

последовательность

нуклеотидов

Проект генома человека начат в 1990 г. Первая (черновая) версия последовательности нуклеотидов была закончена в 2000г. Конечная версия, которая больше не будет совершенствоваться (названная Build35) - закончена в 2004 г.

Последняя версия последовательности содержит 2,85 миллиардов пар нуклеотидов с 341 брешью, то есть в этих местах по каким-то причинам секвенировать геномную ДНК не удалось. Сиквенс покрывает около 99% той части генома человека, которая представлены в некомпактизированной форме – эухроматине. Аккуратность сиквенса в конечной версии – 1 ошибка на 100 тысяч позиций подряд. Еще точнее секвенировать весь геном уже никто не будет. Предсказанное число генов у человека теперь 20-25 тысяч, что немного меньше, чем предсказывалось раньше.

Кроме данных о последовательности нуклеотидов геномной ДНК человека (референтная последовательность) созданы также базы данных:

1)о последовательности нуклеотидов транскрибируемых участков ДНК (EST database, EST = Expressed Sequence Tags), которая характеризует не геномную ДНК, а то, транскрибировалось с ДНК.

2)о положении и содержании отличий (полиморфизмов, то есть нуклеотидных замен) других известных последовательностей ДНК человека от референтной последовательности (SNP database, SNP = Single Nucleotide Polymorphism)

Гомологичные хромосомы можно отличить по фрагментам рестрикции, если их нуклеотидные

последовательности отличаются по сайтам рестрикции.

На хромосоме A три сайта рестрикции генерируют фрагменты 7 кб и 3 кб.

На хромосоме B два сайта рестрикции образуют один 10 кб фрагмент.

Возможные генотипы AA, AB и BB образуют полиморфизмы

длин фрагментов рестрикции (ПДРФ, RFLP), которые могут

быть идентифицированы методом Саузерн-блоттинга.

Полиморфизм длин фрагментов рестрикции для выявления серповидно-клеточной анемии.

Нормальный аллель имеет GAG последовательность, узнаваемую рестриктазой MstII, производит 2 фрагмента при Саузерн-блоттинге, в то время как мутантный аллель βs содержит GTG последовательность, в результате дающую один крупный фрагмент.

В этой родословной, II-1 - нормальная гомозигота, II-2 - рецессивная гомозигота, а II-3 является гетерозиготным носителем.

ДНК дактилоскопия в деле об убийстве.

Этот радиоавтограф показывает, что ДНК в крови с одежды подсудимого соответствует отпечатку ДНК жертвы, но отличается от отпечатка подсудимого.

Это свидетельствует о том, что кровь на одежде подсудимого принадлежит жертве, а не подсудимому.

Небольшое количество коротких тандемных повторов (STR, или микросателлитов), состоящих из 2-9 повторов н.п., могут быть

собраны с мест преступлений и амплифицированы с помощью ПЦР для производства ДНК фингерпринта. Эта судебно-медицинская экспертиза представляет образцы от жертвы, исследуемой пробы и 3 подозреваемых в уголовном деле.