
- •Метод рекомбинантных ДНК
- •Генетическая инженерия или техника рекомбинантных ДНК - это совокупность приемов, позволяющих путем операций
- •В 1972 г. была создана первая рекомбинантная молекула ДНК, состоящая из фрагмента ДНК
- •Общий принцип генной инженерии.
- •Общая схема молекулярного клонирования:
- •Получение генов.
- •Выделение генов из ДНК проводят с помощью рестриктаз, катализирующих расщепление ДНК на участках,
- •Сшивка по одноименным "липким" концам (рестриктазно лигазный метод)
- •Химико-ферментный синтез применяют в том случае, если известна первичная структура белка или пептида,
- •Ферментный синтез гена на основе выделенной матричной РНК (мРНК) является в настоящее время
- •Обратная
- •Полученный тем или иным способом ген содержит информацию о структуре белка, но сам
- •Перенос генетической информации в клетку реципиента осуществляется в составе вектора.
- •Существует несколько типов векторов: бактериальные плазмиды, вирусы, бактериофаги, гибридные вектора, содержащие ДНК фага
- •Конструирование рекомбинантных ДНК осуществляется in vitro с
- •Плазмида pBR322
- •Отбор рекомбинантных векторов
- •Техника использования плазмиды pBR322для отбора рекомбинантных клеток
- •Геномные библиотеки, клонирование ДНК in vivo
- •Клонирование ДНК in vivo
- •Клонирование ДНК - процесс получения множества идентичных Клонирование ДНК
- •Библиотека кДНК.
- •Подготовка ДНК
- •Преимущества клоновой ДНК перед клонами геномной ДНК в том, что кодирующая белок нуклеотидная
- •Библиотеки фрагментов ДНК
- •Амплификация ДНК с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР).
- •Скрининг и отбор рекомбинантных клеток.
- •На первой стадии идентифицируют и отбирают клетки, несущие вектор, на основе которого осуществлен
- •На второй стадии отбирают клетки, несущие вектор и ген- мишень. Для этого используют
- •Скрининг библиотеки ДНК
- •Иногда известно только приблизительное расположение гена на хромосоме. Зная последовательность генов, расположенных по
- •Хромосомная
- •Заполнение пробелов: «прогулка по хромосоме»
- •Характеристика клонированных последовательностей
- •Построение рестрикционной карты по сайтам рестриктаз
- •Блоттинг (блот-гибридизация) нуклеиновых кислот
- •Разрезание
- •Основные проблемы, возникающие при генетических манипуляциях, заключаются в следующем:
- •Развитие техники рекомбинантных ДНК позволяет проводить выделение генов эукариот и экспрессировать их в
- •Разделы геномики:
- •Итог структурной геномики – получение последовательности нуклеотидов (сиквенса sequence), которая представляла бы полностью
- •Для того, чтобы получить такой сиквенс, сегодня приходится определять последовательность нуклеотидов в достаточно
- •Например, в геноме человека 3*109 п.н. случайно может встретится последовательность длиной 15 нуклеотидов
- •Но дело в том, что в ДНК нуклеотиды расположены не случайно, и это
- •Как это можно было сделать? Нужно было поставить какие-нибудь «метки» в геноме человека,
- •Полиморфизм ДНК. Основные типы генетических маркеров
- •В основе детекции ДНК маркеров лежит метод амплификации (размножения) фрагментов ДНК in vitro
- •Описанный подход применяется не только в фундаментальных исследованиях , но и в практике
- •Генетическая карта была первой картой генома человека, на основе которой строилась дальнейшая работа
- •Физические карты генома часто представлены наборами фрагментов ДНК, клонированные в векторных молекулах (рекомбинантных
- •Существуют две стратегии для секвенирования больших участков ДНК.
- •Подходы к физическому картированию: картирование «сверху вниз» и «снизу вверх»
- •Существуют два основных метода секвенирования химический и
- •Это используется следующим образом. У нас есть матрица (нить ДНК), которую надо секвенировать.
- •Рис. 3,10 Чтение последовательности ДНК.
- •Типы геномных карт
- •Карты генома с разным уровнем разрешения
- •Проект генома человека начат в 1990 г. Первая (черновая) версия последовательности нуклеотидов была
- •Кроме данных о последовательности нуклеотидов геномной ДНК человека (референтная последовательность) созданы также базы
- •Гомологичные хромосомы можно отличить по фрагментам рестрикции, если их нуклеотидные
- •Полиморфизм длин фрагментов рестрикции для выявления серповидно-клеточной анемии.
- •Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ)
- •ДНК дактилоскопия в деле об убийстве.
- •Небольшое количество коротких тандемных повторов (STR, или микросателлитов), состоящих из 2-9 повторов н.п.,
- •Варьирующие по числу тандемные повторы (VNTRs, или минисателлиты) содержат повторяющиеся кластеры в 10-100
- •Как исследовать, действительно ли ген существует, то есть транскрибируется ли данный участок ДНК?
- •Для этого ген представляют в чипе частью его последовательности – олигонуклеотидом, который иммобилизован
- •В реальном эксперименте все участки на матрице в той или иной мере «светятся».
- •При этом сравнивают транскрипцию гена в разных тканях, в них гены экспрессируются по-разному.
- •Гибридизация на микрочипах позволяет проверить компьютерное предсказание о том, что данный фрагмент генома
- •Котранскрибируемые экзоны (границы гена) выявляются экспериментально на чипе. Соседние площадки содержат олигонуклеотиды, соответствующие
- •Следующий опыт. Взяли образцы РНК из опухолей у двух групп больных. В одной
- •Обзор методов для картирования и секвенирования
- •ПЦР-амплификация С помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), исследователи могут непосредственно усиливать отдельные участки
Метод рекомбинантных ДНК
Генетическая инженерия или техника рекомбинантных ДНК - это совокупность приемов, позволяющих путем операций in vitro перенести генетический материал из одного организма (источника генов) в другой (хозяин или реципиент) так, чтобы обеспечить наследование этих генов в новом для них организме.
Перенос генов методами генной инженерии дает возможность преодолевать межвидовые барьеры и передавать отдельные наследственные признаки одних организмов другим.
В 1972 г. была создана первая рекомбинантная молекула ДНК, состоящая из фрагмента ДНК вируса SV40 и бактериофага λ с опероном E. coli. Инструментом для генетического
конструирования стали две группы ферментов –
рестрицирующие эндонуклеазы (рестриктазы) и лигазы. Первые необходимы для получения однородных фрагментов ДНК, вторые – для их соединения. Рестриктазы и лигазы в совокупности с другими ферментами (нуклеазами, обратной транскриптазой, ДНК-полимеразой и др.) обеспечивают проведение всех генноинженерных манипуляций.

Общий принцип генной инженерии.
Общая схема молекулярного клонирования:
-получение нужного гена;
-встраивание его в генетический элемент, способный к репликации (вектор);
-введение гена, входящего в состав вектора, в организм- реципиент;
-идентификация (скрининг) и отбор клеток, которые приобрели желаемый ген или гены.
Получение генов.
Получение генов возможно несколькими путями: выделением из ДНК, химико-ферментным синтезом и ферментным синтезом.
Выделение генов из ДНК проводят с помощью рестриктаз, катализирующих расщепление ДНК на участках, имеющих определенные нуклеотидные последовательности (4–8 нуклеотидных пар). Расщепление можно проводить внутри узнаваемого участка нуклеотидных пар; при этом обе нити ДНК «разрезаются» на одном уровне. Образующиеся фрагменты ДНК имеют так называемые тупые концы. Возможно расщепление ДНК со сдвигом, при этом одна из нитей выступает на несколько нуклеотидов. Образуемые при этом «липкие» концы в силу своей комплементарности вступают во взаимодействие. Нуклеотидную последовательность с липкими концами можно присоединить к вектору (предварительно обработанному той же рестриктазой), превратить в кольцевую в результате сшивания лигазами взаимно комплементарных концов. Метод имеет существенные недостатки, так как достаточно трудно подобрать действие ферментов для строгого вычленения нужного гена. Вместе с геном захватываются «лишние» нуклеотиды или, наоборот, ферменты отрезают часть гена, превращая его в функционально неполноценный.


Сшивка по одноименным "липким" концам (рестриктазно лигазный метод)
Схема рестриктазно - лигазного метода
Химико-ферментный синтез применяют в том случае, если известна первичная структура белка или пептида, синтез которого кодирует ген. Необходимо полное знание нуклеотидной последовательности гена. Метод состоит из химического синтеза одноцепочечных фрагментов ДНК (олигонуклеотидов) за счет поэтапного образования эфирных связей между нуклеотидами. Полученные олигонуклеотиды с помощью ДНК-лигазы сшиваются между собой с образованием двуцепочечного нуклеотида. С помощью данного метода были получены гены А- и В-цепей инсулина, проинсулина, соматостатина и др.