Вирусология / Vvodnaya-2011-1
.pdf
Организация генома вируса гепатита С. Сайты разрезания полипротеина показаны для генотипа 1.
Вид протеазы
Сайт разрезания (aa No.)
|
Host |
?Host |
NS2(+NS |
|
|
|
|
||
signal |
signal |
3) |
NS3 protease (NS4a) |
||||||
peptidase |
peptidase |
metallo- |
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
protease |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
173/174 |
191/192 |
383/384 |
746/747 |
809/810 |
1026/1027 |
1657/1658 |
1711/1712 |
1972/1973 |
2420/2421 |
5’ 
341 nt
Размер белков (kDa)
Выполняемые
функции
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
9030-9099 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
poly(U) |
||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
nt |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
C |
E1 |
E2 |
|
|
NS2 |
|
NS3 |
|
|
a |
NS4b |
|
|
aNS5b |
|
|
|
|
|
3’ |
or |
|||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
27-66 nt |
poly(A) |
||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
3010-3033 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
aa |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
22- |
|
gp3 |
gp6 |
|
7 |
21 |
|
|
70- |
|
|
|
4- |
|
2 |
|
56- |
|
|
|
|
|
68- |
|
|
|
|
||||||||||||||
21 |
|
1-37 |
1-72 |
|
|
|
- |
|
|
72 |
|
|
|
10 |
|
|
7 |
|
58 |
|
|
|
|
|
70 |
|
|
|
|
||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
23 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
Струк |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
? |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Неструктурные |
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||
|
|
|
|
турны |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
белки (NS) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||
|
|
|
|
|
|
е |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
белки |
|
|
|
Zn2+ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||
|
RNA- |
|
Envelop |
|
|
|
|
Ser |
|
|
|
|
? |
|
? |
РНК-зависимая РНК- |
|||||||||||||||||||||||||
|
bindin |
|
|
metallo- |
Protenase/ |
Required |
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||
|
g |
|
|
e |
proteinase |
Helicase |
|
|
|
|
|
|
полимераза |
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
|
glyco- |
by NS3 |
|
|
|
|
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
Nucleo |
|
|
(+NS3) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||
|
proteins |
|
|
|
|
|
|
protease |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||
- |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
capsid
Классификация вирусов
Сначала ее пытались построить на основе симптомов заболеваний (пример - гепатиты)
Потом – на основе сходства в нахождении в организме (миксовирусы)
Наконец – на основе строения вириона
И все неудачно !
Таблица 1. Характеристики вирусов, вызывающих гепатит у людей.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Вирус |
Способ |
Семейство |
Геном и его |
Вызывает ли |
Отдаленные |
|
|
|
заражения |
|
размер |
хроническое |
последствия |
|
|
|
|
|
|
носительство |
|
|
|
Гепатит А |
Фекально- |
Пикорнавирус |
Позитивный, |
Не замечено |
Не замечено |
|
|
|
оральный |
|
РНК, 7500 |
|
|
|
|
|
|
|
нуклеотидов |
|
|
|
|
Гепатит В |
Паренте- |
Гепаднавирус |
ДНК, 3200 |
В более чем |
Карцинома |
|
|
|
ральный |
|
нуклеотидов |
50% случаев |
|
|
|
Гепатит С |
Паренте- |
Флавивирус |
Позитивный, |
В более чем |
Гепатоцеллю- |
|
|
|
ральный |
|
РНК, 9400 |
50% случаев |
лярная карци- |
|
|
|
|
|
нуклеотидов |
|
|
нома, цирроз |
|
Гепатит D |
Паренте- |
Неклассифици- |
ДНК, 1700 |
Встречается и |
Встречается и |
|
|
|
ральный |
рованный воз- |
нуклеотидов |
передается со- |
передается со- |
|
|
|
|
будитель |
|
вместно с гепа- |
вместно с гепа- |
|
|
|
|
|
|
титом В |
титом В, цирроз |
|
|
Гепатит Е |
Фекально- |
Hepeviridae се- |
Негативный, |
Не замечено |
Не замечено |
|
|
|
оральный |
мейство |
РНК, 7500 |
|
|
|
|
|
|
|
нуклеотидов |
|
|
|
|
Гепатит F |
Фекально- |
Пикорнавирус |
Позитивный, |
Не замечено |
Не замечено |
|
|
|
оральный |
|
РНК, 7500 |
|
|
|
|
|
|
|
нуклеотидов |
|
|
|
|
Гепатит G |
Паренте- |
Флавивирус |
Позитивный, |
Вызывает |
Не замечено |
|
|
|
ральный |
|
РНК, 9400 |
|
|
|
|
|
|
|
нуклеотидов |
|
|
|
|
Желтая лихо- |
Паренте- |
Флавивирус |
Позитивный, |
Не замечено |
Не замечено |
|
|
радка |
ральный |
|
РНК, 9400 |
|
|
|
|
|
|
|
нуклеотидов |
|
|
|
Нынешняя классификация вирусов
На основе : типа генома, его строения,
сходстве основных генов
и
антигенных свойств основных поверхностных белков
Нынешняя классификация вирусов (2)
Царство вирусов - Vira
Отряд (порядок) - -virales
Семейство - -viridae
Подсемейство (не всегда) - -virinae
Род - -virus
Вид - -virus
Генотип или серотип
Штамм
Изолят – это неохарактеризованный штамм
Квази-вид – совокупность вирусов одного вида и штамма в зараженном организме
Свойства вирусов
Макросвойства на уровне организма:
Патогенность
Вирулентность
Смертность
Способы заражения
Свойства вирусов (2)
Способы передачи:
Аэрогенный (грипп, респираторные вирусы, корь, оспа)
Фекально-оральный (гепатиты А и Е, энтеровирусы, полиомиелит)
Парентеральный (гепатиты В и С, ВИЧ)
Половой (гепатит В, ВИЧ, папилломавирус)
Векторный (комары или клещи)
Свойства вирусов (3)
Используются для диагностики:
Антигенные свойства – отличия в поверхностных белках
Свойства гемагглютинации
Свойства образовывать синцитии (респираторные вирусы, корь)
Свойства давать цитопатогенный эффект на культурах клеток
Свойства образовывать бляшки на культурах клеток
Патогенные свойства на различных животных
Сравнение методов количественного выявления вирусных
маркеров (Fields Virology, ed., Lippincott, 2001; А.М.Егоров с соавт.
Теория и практика иммуноферментного анализа.Москва, Высшая школа, 1991- с.126
Метод выявления |
Предел |
Недостатки |
|
чувств. |
|
|
|
|
Прямой подсчет в поле |
107 частиц в |
Нужна высокая |
электронного микроскопа |
мл как |
концентрация чистого |
|
минимум |
патогена |
|
|
|
Инфекционность по |
100-1000 |
Время анализа – 2 - 3 дня |
образованию бляшек |
частиц на |
|
|
мл |
|
|
|
|
Выявление антител класса |
- |
Возможно не ранее 7-8 дня |
IgM методом ELISA |
|
|
|
|
|
Выявление антигена вируса |
106 частиц в |
Возможно только во время |
методом ELISA или РПГА |
мл или 50 |
активации инфекции |
|
пкг |
|
|
|
|
Выявление генома методом |
100-1000 |
Слишком высокая чувстви- |
ПЦР |
частиц на |
тельность – |
|
мл |
ложнопозитивы! |
|
|
|
Некоторые характеристики инфекции гриппа у людей