
Палеонтологічні докази
На початку 1950-х років двоє дослідників приступили до ретельного вивчення на берегах оз. Верхнього (США) шару породи, що має вік 2000 млн. років і відомої як кременистий сланець. Вони виявили безсумнівні ознаки давнього ї життя: останки малюсіньких організмів, що нагадують мікроскопічні одноклітинні водорості й бактерії, які благополучно живуть і понині. Якимось дивним чином ці тендітні організми просочилися склоподібним кремнеземом, затверділим і перетворився в кременистий сланець, де вони й збереглися, подібно мухам у бурштині. Білі кільця в породі виявилися розмитими останками їх колоній
Знахідка цих органічні останків стала відкриттям. найдавнішим з виявлених на сьогоднішній день формам життя (у західній частині Австралії) близько 3 500 млн. років.
Філогенетичні дерева, побудовані незалежно, на основі генетичних, біохімічних . цитологічних даних, повинні відповідати один одному. Найбільш простий, хоча і не дуже точний спосіб побудувати таке дерево - порівняння будови організмів живих істот : чим менше відмінностей між видами, тим менше поколінь відокремлюють їх від спільного предка. Еволюційне дерево можна побудувати по кожному окремо взятому гену, .
. Якщо існує єдине еволюційне дерево, яке об'єднує всі види в об'єктивну генеалогію, то всі дані повинні підтверджувати цю генеалогію
Зробимо проміжний висновок
Більшість експертів вважає, що в LUCA вже булі ДНК и РНК, ферменти реплікації ї транскріпції, рибосоми й Інші компоненти апарата синтезу білка. Найсільнішім аргументом на користь реальності LUCA є єдність генетичного коду й фундаментальна подібність молекулярних систем синтезу ДНК, РНК и білків у всіх живих організмів. Але цей аргумент, при всій його переконливості, є не кількіснім, а якіснім. Чисельно оцініті його силу досить непросто.
Статистичні докази
Дуглас Теобальд з Університету Брандейса (США) спробував розробити незалежні статистичні тести для перевірки гіпотези LUCA, у які не була б вмонтована ідея про те, що подібність послідовностей є мірило їхнього споріднення, і не була б споконвічно закладена ідея єдності походження.. Його завдання було більш вузьким: він хотів кількісно оцінити, наскільки надійними (або ненадійними) є свідчення на користь LUCA, які полягають в амінокислотних послідовностях ключових білків, які є у всіх живих істот
Підхід Теобальда заснований на тестах, розроблених у рамках теорії вибору моделей
Теобальд аналізував амінокислотні послідовності 23 білків, які є у всіх живих організмів . Білкові послідовності були взяті в 12 організмів: чотирьох бактерій, чотирьох архей і чотирьох еукариот (дріжджі, дрозофіла, хробак, людина)
Порівнювані еволюційні моделі будувалися на основі ряду допущень. Передбачалося, що амінокислотні послідовності можуть поступово мінятися в ході еволюції шляхом заміни одних амінокислот іншими
Автор розглянув два класи моделей: у першому з них горизонтальний генетичний обмін не враховувався, і організми повинні були еволюціонувати відповідно до деревоподібних схем.
У межах кожного класу порівнювалися між собою найбільш правдоподібні моделі, побудовані на основі різних допущень про кількість вихідних предків. Модель єдиного походження (ABE, де A археї, B бактерії, E еукариоти) рівнялася з різноманітними моделями множинного походження: AE + B (в архей і еукариот був один загальний предок, але бактерії відбулися від іншого предка), AB + E, BE + A, A + B + E і т.д. Розглядалася навіть можливість незалежного походження багатоклітинних тварин або людини
Моделі другого класу допускали горизонтальний обмін (у тому числі симбиогенетическое злиття двох організмів в один), тому схеми виходили не деревоподібні, а сітчасті, з перемичками між галузями.
Всі три використаних тести у всіх випадках упевнено підтримали гіпотезу LUCA на противагу альтернативним гіпотезам множинного походження
Самою правдоподібною моделлю, з величезним відривом від всіх інших, виявилася модель LUCA 2-го класи: з єдиним загальним предком і сітчастою структурою, обумовленою горизонтальним генетичним обміном між лініями, що еволюціонують.
Таким чином, амінокислотні послідовності ключових білків, наявних у кожній живій клітині, дають потужну статистичну підтримку гіпотезі LUCA.