2.8 La systématique, l'informatique et internet

Nommer, classer et identifier les espèces est un travail délicat qui néces¬site d’utiliser:

• des collections de référence de spécimens types, en principe déposées dans des musées;

• des publications spécialisées décrivant les espèces nouvelles;

• des faunes et des flores accompagnées de clés d’identification qui synthétisent l’information disponible et donnent accès à la connais¬sance taxinomique.

Il en résulte que la connaissance des divers groupes taxinomiques a longtemps été le privilège d’une poignée de spécialistes dont le nombre fluctue selon les politiques et les modes. On fait d’ailleurs le constat, un peu partout dans le monde, d’une véritable crise en matière de recru¬tement de systématiciens. Dans un tel contexte, si l’on veut accélérer le processus d’inventaire de la diversité biologique qui nécessitera encore plusieurs siècles, et utiliser au mieux l’information existante souvent dispersée dans de nombreuses revues, il faut avoir recours à des moyens puissants et interactifs de gestion et de diffusion de l’information taxi- nomique.

L’informatique est donc naturellement apparue comme l’outil indispen¬sable au stockage, à la gestion et à l’analyse de toutes ces informations. 

Si des progrès considérables ont été faits dans le domaine des logiciels et des traitements informatisés, un système informatique performant en matière de systématique et d’inventaires taxinomiques fait encore cruellement défaut à l’heure actuelle. Paradoxalement, des moyens autrement plus importants ont été mis dans la connaissance des étoiles et l’exploration de l’espace que dans celle des organismes vivants qui nous entourent.

Pourtant des référentiels taxinomiques constitués de listes de noms de référence et de leurs synonymes, sont en cours de constitution et consultables sur Internet. Ils peuvent être complétés par des informa¬tions sur la description des espèces, leur répartition géographique, les collections déposées dans les grands muséums, etc. Ainsi la collection de poissons du Muséum national d’histoire naturelle de Paris est consultable sur Internet.

Il existe de nombreuses bases de données soit régionales soit par groupe d’espèces. Ainsi Fishbase traite de l’ensemble des poissons alors que Titan s’intéresse aux Coléoptères des bois, etc. Un objectif est de mettre en réseau ces différentes bases pour avoir accès à l’ensemble de l’information concernant la biodiversité. Le catalogue de la Vie (Cata¬logue of Life) a pour projet d’établir un véritable annuaire du vivant. Il s’agit d’une liste dynamique qui fournit des indications sur le nom scientifique en vigueur, les synonymes, la distribution, les références scientifiques correspondantes, etc. Et de nombreux autres projets ont vu le jour en vue de promouvoir la diffusion des connaissances en systématique. Par exemple le projet international Species 2000, le projet Fauna Europaea et les bases européennes ERMS (European Register of Marine Species) ou CLEMAM. Soutenu par la National Science Foundation des États Unis, le Tree of Life (Arbre de la Vie) se donne pour objectif de cartographier l’histoire de l’évolution de toutes les espèces, passées et présentes. D’autre part, le projet EOL, « Ency- clopedia of Life », est officiellement lancé. Son objectif est de créer une encyclopédie en ligne recensant toutes les espèces vivantes ou disparues. Le projet est de rassembler virtuellement toutes les données connues sur toutes les espèces et ainsi améliorer la compréhension de la vie sur Terre. Pour chaque espèce, l’objectif est d’avoir au moins une photo, la classification (taxonomie) et une description incluant l’habitat et la répartition de l’espèce sur la planète.

Dans certains cas ces bases de données hébergent également des systèmes d’aide à l’identification des espèces pour l’usage des profes¬sionnels et des amateurs. On assiste aujourd’hui à l’émergence de la systématique assistée par ordinateur avec des programmes permettant

de construire automatiquement des clés d’identification, des diagnoses ou des reconstructions phylogénétiques, de faire des identifications, de stocker et d’accéder à des données variées dont celles des collections entreposées dans les musées.

De manière générale l’objectif n’est pas de constituer des bases de données isolées et monstrueuses mais, grâce à Internet, d’organiser le partage du savoir (bases de données réparties, logiciels, travail coopé¬ratif, etc.) et d’assurer la compatibilité et la synergie entre les différentes initiatives qui se font jour. C’est l’objectif du GBIF (Global Biodiversity Information Facility) du Forum Mégascience de l’OCDE. Il a été créé en 2001 afin de prendre en charge un ensemble de tâches qui permet¬traient à tous les utilisateurs d’accéder par Internet au stock mondial de données primaires sur la biodiversité. La mission du GBIF est de faci¬liter la numérisation des données primaires et leur dissémination à l’échelle mondiale, de telle sorte qu’une personne, quel que soit son pays d’origine, puisse tirer profit de l’utilisation de cette information. Pour ce faire, le GBIF offre un moteur de recherche portant sur des bases de données connectées au GBIF de manière standardisée. Les possesseurs de données peuvent connecter tout ou partie de leurs ressources au GBIF, mais restent maîtres de leurs données, qu’ils continuent à héberger et à utiliser dans le cadre de leur travail.