Пептидная связь и первичная структура белков
Аминокислота 1 |
|
Аминокислота 2 |
|
|
|
|
|
|
Пептидная связь
4 аминокислоты
Амино |
Карбоксиль |
группа |
ная группа |
С-конец
N-конец
Пептидные
связи
Полипептид
Пентапептид
SerGlyTyrAlaLeu
N-конец: аминогруппа |
С-конец: |
|
карбоксильная группа |
Свойства пептидной связи
О
R' C |
N R |
R' C |
N R |
O |
|
O |
|
Фрагмент полипептидной цепи
Показаны углы внутреннего вращения
|
|
|
|
O |
|
Cα |
|
H |
H |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
C |
|
|
|
|
|
|
|
N |
|
|
N |
|
|
|
|
|
ω |
Cα |
ψ |
|
|
H |
|
|
φ |
|
|
|
Cα 
C
R
O
Карты Рамачандрана показывают «разрешенные» и « запрещенные»
конформации аминокислотных остатков в координатах ψ и φ
anti-parallel
parallel
310-helix
π-helix
Белый – запрещенные Красный – разрешенные Желтый – разрешенные, но нестабильные
•ψ угол вращения вокруг связи N - Calpha
•Ψ угол вращения вокруг связи C – Calpha
•ω угол вращения вокруг связи C – N
Образование дисульфидных мостиков
Цистеин
Цистин
Цистеин
1952 – 1956 Фредерик Сэнджер определил аминокислотную
последовательность пептидного гормона инсулина Нобелевская премия по химии 1958
Дисульфидные
мостики
образованы
остатками
А- цистеина цепь
В-цепь
Первичная
структура инсулина быка
Секвенирование полипептидов
Основные этапы:
1) Расщепление белка на несколько фрагментов длиной, доступной для секвенирования.
2)Секвенирование каждого из полученных фрагментов.
3)Сборка полной структуры белка из установленных
структур |
его фрагментов |
1) Гидролиз ферментами: трипсин (Lys-X, Arg-X);
химотрипсин (Phe-X, Tyr-X, Trp-X)
Химический гидролиз: бромциан (Met)
2)Секвенирование по Сэнджеру; по Эдману; масс-спектрометрия
3)Метод перекрывающихся фрагментов