Лекция_5_БИ_М_2014
.pdf
Mos-Mon-Hum-Spi-Ric
Mos-Mon-Hum
Spi-Ric
Mon-Hum
Rice |
Spinach |
Mosquito |
Human |
Monkey |
Построение дерева.
Независимо от того, какой метод построения дерева вы используете, отправная точка построения -
множественное выравнивание последовательностей.
ReadSeq удобная веб-программа, которая форматирует множественное выравнивание в форматы, совместимые с наиболее часто
используемыми филогенетическими программами,
такими как PAUP и PHYLIP.
Построение дерева.
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
Этот сайт содержит 200 пакетов филогении, в том числе
PAUP (David Swofford и коллеги) и PHYLIP (Joe Felsenstein).
Построение дерева:
–distance-based методы
–character-based методы: maximum parsimony
–characterand model-based методы: maximum likelihood
–characterand model-based методы: Bayesian
Построение дерева. distance-based методы.
Существует множество пакетов для построения деревьев. Остановимся на двух.
[1]MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
Sudhir Kumar, Koichiro Tamura, and Masatoshi Nei.
Download it from http://www.megasoftware.net/
[2]PAUP (Phylogeny Analysis Using Parsimony), written by David Swofford. See http://paup.csit.fsu.edu/.
Далее используем MEGA и PAUP для построения деревьев distance-based методом (UPGMA).
Построение дерева. distance-based методы.
Как в MEGA построить дерево?
•Открываете (.meg) файл с множественным выравниванием
•Выбираете метод в меню.
Построение дерева. UPGMA
UPGMA is
unweighted pair group method using arithmetic mean
1 2
3
4
5
Page 382
Построение дерева. UPGMA
Шаг 1: вычисляются парные дистанции между последовательностями.
1 2
3
4
5
Page 382
Построение дерева. UPGMA
Шаг 2: Находится пара, характеризующаяся минимальной дистанцией. Они объединяются в кластер
1 2
6
3 |
1 |
2 |
|
4
5
Page 382
Построение дерева. UPGMA
Шаг 3: Повтор шага 2 без учёта существующего клас
Следующая пара с минимальной дистанцией => кла
1 2
6 |
|
|
7 |
1 |
2 |
4 |
5 |
3
4
5
Page 382